果梅SSR反应体系的优化

以果梅品种小叶猪肝为试材 ,研究了果梅SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响 ,并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明 :在PCR反应体系中 ,Mg2 + 的最适浓度范围为1 89～ 2 83mmol·L-1;dNTP最适浓度为 0 2 4mmol·L-1;引物的最适浓度为 0 38μmol·L-1;Taq 聚合酶在 2 6 5 μL反应体系中宜加入 1U。利用此反应体系 ,对 2 4个果梅代表品种进行了SSR反应 ,用 8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测 ,扩增产物在 10 0～ 2 0 0bp之间 ,不同品种间DNA谱带多态性丰富。琼脂糖电泳检测的DNA多态性不如聚丙稀酰胺凝胶丰富     

正交设计优化番茄基因组DNA SSR-PCR反应体系

以21份番茄品种为材料,应用正交试验设计对影响番茄SSR—PCR的主要参数进行优化,建立适于番茄的SSR反应体系和扩增程序。在15μl体系中各反应的最适合含量为：2．5μl ddH2O,1μl 40ng模板DNA,3μl 200μmol／L dNTP,3μl 0．8μmol／L SSR引物,0．1μl 0．5U／μl Taq DNA聚合酶,1．5μl 10×PCR Buffer,0．9μl 1．5mmol／L MgCl2。PCR适宜扩增程序为：94℃预变性2min;94℃变性1min,45℃退火25s,共35个循环;68℃延伸25s,68℃延伸10min,然后4℃保存。利用此反应体系对21个番茄品种进行PCR扩增并电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合番茄的遗传多样性研究。     

黄瓜RAPD体系的优化与应用

以黄瓜为实验材料,采用改良CTAB法提取黄瓜基因组DNA进行RAPD分析,优化黄瓜RAPD体系的程序、模板、引物、dNTPs、Mg2+等参数。结果表明:黄瓜的PCR程序为94℃预变性3min;94℃变性30s,37℃复性30s,72℃延伸2min,循环40周,最后72℃延伸7min为佳;反应体系中,模板DNA的适宜浓度为2.5～5ng·μl-1,适宜的引物浓度为0.6μmol·L-1,dNTPs的适宜浓度为0.25mmol·L-1,Mg2+适宜浓度为1.875mmol·L-1。同时应用这一DNA扩增体系,进行黄瓜RAPD分析,筛选出了适用于申绿64的2条引物,最终得到了它的特异性条带。     

大蒜SSR体系的建立与优化

为建立适宜大蒜(Allium sativum L.)的SSR反应体系和扩增程序,应用L16(45)正交设计对影响SSR-PCR的主要参数进行优化。结果表明,适宜大蒜的SSR反应体系总体积为20μL,其中含TaqDNA聚合酶0.02 U/μL、引物为0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、DNA 30 mg/L;PCR适宜扩增程序为:94℃预变性3 min,94℃变性30 s,55℃45 s,72℃延伸90 s,35次循环,94℃变性30 s,53℃45 s,72℃延伸1 min,10次循环的最后一个循环延伸增加为10 min。并优化引物最适合退火温度为53.5~58.5℃。利用此反应体系对40份大蒜品种进行SSR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠。在此基础上,利用优化的SSR反应体系对100对大葱SSR引物进行筛选,从中筛选出1对扩增谱带清晰稳定性好的SSR引物,并对40份大蒜品种进行遗传多样性分析。这一对SSR引物共检测出3个多态性条带可将供试材料聚为2大类,大部分品种(系)都按照其地理来源和遗传背景进行聚类。     

山核桃RAPD反应体系的优化

建立山核桃RAPD反应优化体系是进行山核桃遗传多样性分析的前提。通过对影响PCR扩增结果的主要因子的组合研究,确定了山核桃Caryacathayensis的最适反应体系和扩增程序,即在20μL反应体系中,含2 5mg·L-1(50ng)模板,2 0μL10×Buffer,16 67pmol·s-1TaqDNA聚合酶;各0 2mmol·L-1dNTPs,3 0mmol·L-1MgCl2,0 3μmol·L-1引物。扩增程序为:94℃预变性300s,94℃变性30s,38℃退火30s,72℃链延伸90s,38次循环,72℃后延伸420s。图5表2参6     

白桦ISSR-PCR反应体系的优化

以白桦基因组DNA为模板,研究了ISSR的影响因素,建立一套适宜于白桦的ISSR优化反应体系及程序。即20μL反应体系中,Mg2+浓度范围为0.5~3.0mmol·L-1,dNTPs浓度范围为0.10~0.30mmol·L-1,Taq聚合酶浓度范围为1.0~2.0U,模板DNA浓度为30~120ng,同时含有RNA的模板DNA对ISSR扩增也略有影响,引物浓度范围为0.2~0.4μmmol·L-1。通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度为49℃。反应程序为:第一个循环基因组DNA经94℃预变性5min;30个循环为94℃变性30s,49℃退火30s,72℃延伸30s;最后一个循环完成后,在72℃延伸7min。     

黄麻DNA提取与RAPD反应体系的建立

以假黄麻、假长果、越南圆果 (圆果种黄麻 )等为材料 ,研究了黄麻 DNA的提取方法以及对 RAPD分析的影响因素 ,包括模板浓度、Mg2 + 、d NTP、引物和 Taq酶等 ,建立了适于黄麻种质 RAPD分析的 PCR反应体系 .即在 2 5μL反应体积中 ,Tris- HCl(p H8.0 )、KCl、Mg Cl2 、d NTP、随机引物的浓度分别为 10 mmol· L-1、5 0mmol·L-1、2 .5 mmol· L-1、15 0 μmol· L-1、0 .2 μmol· L-1,并含有 30 - 60 ng DNA与 1.5 U Taq DNA聚合酶 .扩增程序为 :94℃预变性 5 min;然后 94℃ 30 s,37℃ 1.5 min,72℃ 1min,4 1个循环 ;最后 72℃延伸 7mi     

常绿阔叶林优势种福建青冈RAPD反应体系的建立

以福建青冈幼叶为材料,利用改进的CTAB法提取福建青冈幼叶的总DNA,探索适合于随机扩增多态DNA标记(RAPD)扩增的反应体系.结果表明,福建青冈合适的RAPD反应体系为:反应体积15μL,含10 ng模板DNA、1.5 mmo.lL-1MgC l2、0.3μmol.L-1引物、0.3 mmo.lL-1dNTP、1 UTaqDNA聚合酶.扩增程序为:94℃预变性3 m in,然后于94℃变性30 s,37℃复性30 s,72℃延伸90 s,循环41次,最后于72℃延伸7 m in.应用上述反应体系进行福建青冈的RAPD扩增反应,扩增产物进行12 g.L-1琼脂糖凝胶电泳,EB染色后用紫外凝胶成像系统分析,可获得满意的指纹图谱.     

荷花ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以荷花叶片提取的基因组DNA为材料,通过对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等进行筛选和优化,确立了可用于荷花ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积含0.4 mmol.L-1dNTPs、3.5 mmol.L-1Mg2+、1.5 UTaqDNA聚合酶、0.4μmol.μL-1引物、3 ng模板DNA。PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,54.5℃退火30 s,72℃延伸1 min,45个循环,最后72℃延伸7 min,置4℃保存。应用该ISSR体系对6份荷花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

福建含笑ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以福建含笑叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,确立了可用于福建含笑ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:20μL PCR反应体积中含0.4 mmol.L-1dNTPs,2.5 mmol.L-1Mg2+,1.5 UTaqDNA聚合酶,0.6μmol.μL-1引物,30 ng模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,47.3℃退火30 s,72℃延伸1 min,45个循环,72℃延伸7 min,4℃保存。应用ISSR体系对5份福建含笑种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。