鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性（RFLP）的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡（欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡）的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属（Aeromonas sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、邻单胞菌属（Plesiomonas sp.）、克雷伯氏菌属（Klebsiella sp.）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter sp.）、不动杆菌属（Acinetobacter sp.）和肠杆菌属（Enterobacter sp.）等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定

从患病缢蛏(Sinvnovacula constricta)中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌.对该株的16SrDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对.16S rDNA序列分析表明:12#菌与多株气单胞茵的16S rDNA的同源性均在95%vx以上.在细菌系统分类学中应归属于气单胞茵属.从构建的系统发育树中可以看出:12#茵与点状产气单胞茵(Aeromonas punctata)共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌(Aeromonas punctata)的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞茵(Aeromonas punctata).     

青枯菌拮抗菌2-Q-9的分子鉴定及抑菌相关基因的克隆

通过16S rDNA碱基序列的测定和同源性分析,鉴定青枯菌拮抗菌2-Q-9与桥石短芽孢杆菌(Brevibacillus choshinensis)亲缘关系最近,其16S rDNA序列提交GenBank,登录号为FJ613127.根据已测得的该拮抗菌外泌抗菌肽氨基酸序列中的一段设计简并引物,利用染色体步移法得到全长序列780 bp,经测序和BLAST比对分析表明,该基因属于CodY家族,与已鉴定的转录因子抑制剂CodY(ZP_01171531)的同源性最高;表现在氨基酸水平的相似性为77%,其序列全长已提交GenBank,登录号为FJ613128.     

三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验

选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。     

传统肉制品中一株植物乳杆菌的分离筛选及鉴定

从传统发酵酸肉中分离出一株乳酸杆菌(XC10001),利用API鉴定系统、16S rDNA同源性分析以及recA基因多重PCR特异性扩增3个方法对该菌株进行鉴定,API鉴定结果和16S rDNA同源性分析结果都表明该菌株同植物乳杆菌的同源性最高;多重PCR扩增后发现一条约300 bp的recA基因特异扩增片段,对该片段测序后发现同植物乳杆菌ATCC14917序列完全相同,因此将该菌确定为植物乳杆菌.菌株XC10001的16S rDNA序列的国际基因序列注册号为HM446157.     

TMPD降解菌Staphylococcus pasteuri的鉴定

通过形态学观察、生理生化特征测定和16S rDNA序列同源性分析,对1株TMPD降解菌(LF-2)进行了鉴定.结果表明:LF-2的形态及主要生理生化特征与葡萄球菌属一致,而且与巴氏葡萄球菌(AJ717376)的16S rDNA序列具有99.80%的同源性;在系统发育树上构成一个分支.由此确定TMPD降解菌LF-2属于巴氏葡萄球菌(Staphylococcus pasteuri).     

重庆地区草地贪夜蛾肠道细菌的分离鉴定

为了解入侵重庆地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)肠道所携带的细菌组成,以采集自巫溪、巫山地区玉米地里的草地贪夜蛾为材料,运用传统培养方法分离了其肠道优势细菌,并基于16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定,共获得了30个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,可归于5个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)以及气单胞菌属(Aeromonas);其中,克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度最高,占所有分离菌株的63%;假单胞属(Pseudomonas)和肠杆菌属(Enterobacter)菌株仅在巫山地区分离得到,气单胞菌属(Aeromonas)仅在巫溪地区分离得到.实验确定了入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道优势细菌的种类及丰度,为后续研究草地贪夜蛾肠道微生物对宿主的生长发育以及迁飞等重要问题奠定了基础.     

患病北极红点鲑的病原分离与鉴定

对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。     

红色素产生菌H1的分子生物学鉴定

从青岛近海海洋沉积物中分离得到1株红色素产生菌H1,利用PCR技术扩增该菌株的16S rDNA核苷酸序列,通过琼脂糖凝胶电泳得到1条约1 500 bp的16S rDNA片段.运用Blast程序与数据库中已存在的细菌16S rDNA核苷酸序列进行相似性比较,表明该菌株与Kocuria rosea的相似性最高,为99.54%,可以认为属于同1个种.选取10株同源性较高的典型菌株序列,进行多序列比对,构建了菌株H1的系统发育树.     

自然发酵东北酸菜中乳杆菌的分离与鉴定

文章从15份自然发酵的东北酸菜样品中分离乳杆菌,并对其种属进行鉴定。通过形态学观察及H2O2酶、糖发酵等生理生化试验对所分离菌株进行初步鉴定,再利用16S rDNA序列同源性分析的方法对所分离菌株进行16S rDNA基因扩增与测序,并将测序结果与GenBank中该属内菌株的16S rDNA基因序列进行同源性比较分析。结果表明,从15份自然发酵的东北酸菜中分离获得21株菌,其中6株为植物乳杆菌,8株为短乳杆菌,6株为罗伊氏乳杆菌,1株为米酒乳杆菌。本研究为从多角度开发利用东北酸菜中的微生物资源提供依据。     

斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。     

16SrDNA对四种常见细菌中的鉴定与应用

本实验利用16SrDNA序列分析技术,对来自犊牛腹泻粪便中的四株菌（A菌,B菌,C菌,D菌）进行菌种鉴定。使用16SrDNA通用引物,通过PCR扩增分别得到1500bp,与GenBank中序列进行比对。结果表明：A菌与肠杆菌属、B菌与短小芽孢杆菌、C菌与大肠杆菌、D菌与变形杆菌的同源性最高,相似率均达到了99％,初步确定A菌为肠杆菌属、B菌为短小芽孢杆菌、C菌为大肠杆菌、D菌为变形杆菌。本试验的目的是为16SrDNA在临床细菌的鉴定提供客观理论依据。     

农业微生物制剂的活性菌分离与鉴定

微生物制剂是以自然界中分离的有益菌为主体开发的产品,在健康、环保及农业生产上应用广泛。某农业微生物制剂在海南的热带农业生产中能显著增产和增强作物抗性,为了了解该微生物制剂的作用机制,本研究采用平板划线法对活性菌进行分离和纯化,对分离菌株进行生长、形态及显微观察,对16S rDNA进行序列PCR扩增、测序及生物信息学分析,鉴定活性菌的种属。结果表明,分离得到2个形态不同的细菌菌株,通过形态观察及16S rDNA序列的分子鉴定,发现这2个菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有99.9%的同源性;2个菌株的16S rDNA序列的比较结果发现它们有7个碱基的差别,说明这2个菌株可能是不同的生理小种。     

齐口裂腹鱼溃疡病病原的分离鉴定

从患溃疡病的齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的溃疡灶中分离到一高致病性菌株D060501,动物回归实验证实该菌能引起健康齐口裂腹鱼出现明显的体表溃疡症,且具有较强的致病作用。通过对分离菌进行了形态学、理化特性等较系统的表观分类学指征鉴定,该菌菌株在TSA平板上生长呈边缘光滑、有光泽的圆形白色菌落,具有溶血性。染色发现该菌为革兰氏阴性短杆菌;具运动性;能发酵葡萄糖;脂酶、氧化酶和精氨酸双水解酶反应阳性;能利用葡萄糖产气,阿拉伯糖产酸;麦芽糖、硫化氢、氰化钾和V-P反应阳性;DNA酶和尿素反应阴性。对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及测序,得到1条长度为1 514 bp的核苷酸序列。将获得的序列在GenBank数据库中进行Blast分析并下载同源性较高的细菌序列,用DNAstar软件进行多序列比对分析并构建系统发育树,结果表明,D060501分离株与其他嗜水气单胞菌形成一个簇群,菌株D060501与嗜水气单胞菌(Genbank登录号AF468055)的亲缘关系最近,同源性高达为99.1%,由D060501菌株的系统进化树分析可见,该菌与其他7株菌在进化上距离小于1.0,结合形态及生理生化特点可将其鉴定为嗜水气单胞菌。对该菌的药敏试验表明,该菌对氯霉素和庆大霉素高度敏感,对四环素、复方新诺明、强力霉素和羧苄青霉素耐药。     

乳杆菌的分离及鉴定

从健康学龄儿童的新鲜粪便样品中分离得到6株乳杆菌,并对其进行属和种的鉴定。首先通过形态学观察及H2O2酶、糖发酵等生理生化试验对所分得菌株进行初步鉴定,然后利用16S rDNA序列同源性分析方法,对所分得菌株进行16S rDNA基因扩增与测序,测序结果与GenBank中该属内菌株的16S rDNA基因序列进行同源性分析,从而准确鉴定所分得菌株,并申请各菌株的GenBank登录号。经鉴定,其中1株为卷曲乳杆菌,2株为植物乳杆菌,1株为发酵乳杆菌,1株为黏液乳杆菌,1株为唾液乳杆菌。     

基于16S rDNA序列的4株气单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株气单胞菌属(A eromonas)细菌的16 S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,通过BLAST软件在GenBank中查找同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均为99.2％,Aeromonas sp.T4与序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均为97.9％,A eromonas sp.T5与序列GQ205446.1相似度最高,均为99.4％,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1相似度最高,为99.6％;其他两种方法的结果相似度略低.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T4与序列HM778618.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T5与序列GQ232759.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1亲缘关系最近.     

6S rDNA-RFLP法快速鉴定蒙古国传统乳制品中的乳酸菌

以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图谱分析,将49株乳杆菌和2株片球菌准确鉴定到种,其他4株肠球菌鉴定到属。采用16S rDNA-RFLP方法鉴定乳酸菌具有准确性,可靠性和高效性。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.