夷陵黄牛mtDNAD-loop区遗传多样性研究

【目的】为了探究夷陵黄牛的母系起源与遗传多样性。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在27头夷陵黄牛mtDNA D-loop区共检测到54个变异位点,界定了13个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.7720,平均核苷酸多样度为0.0228,表明夷陵黄牛具有比较丰富的遗传多样性。构建的系统发育树显示夷陵黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】夷陵黄牛受瘤牛的影响大,属于中国南方黄牛,具有普通牛与瘤牛的种质特征。     

黄陂牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

【目的】探究黄陂牛的遗传多样性与母系起源。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在21头黄陂牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,定义了10个mtDNA单倍型,平均单倍型多样度为0.7760,平均核苷酸多样度为0.0234,表明黄陂牛具有丰富的遗传多样性。构建的NJ系统发育树表明黄陂牛具有瘤牛和普通牛两个母系起源。【结论】黄陂牛有丰富的遗传多样性,有瘤牛和普通牛两个母系起源,且受瘤牛的影响较大。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。     

隆林牛与郏县红牛线粒体DNA全基因组遗传多样性比较研究

摘　要：［目的］本研究旨在从基因组水平探究隆林牛和郏县红牛的线粒体DNA（mtDNA）全基因组遗传多样性与母系起源,并对2个黄牛品种的mtDNA全基因组遗传多样性进行比较分析。［方法］采用全基因组重测序及生物信息学方法。［结果］在15头隆林牛和28头郏县红牛mtDNA全基因组序列中,共检测到36种单倍型,其中郏县红牛有26种单倍型,隆林牛仅有8种单倍型,2个黄牛品种共享2种单倍型。郏县红牛和隆林牛的平均单倍型多样度（Hd）分别为1.000和0.943,平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.0080和0.0053,表明其遗传多样性丰富。构建的系统发育树表明,隆林牛和郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］隆林牛以瘤牛起源为主,郏县红牛为普通牛与瘤牛的混合起源,这2个地方黄牛品种具有独特的母系遗传信息,表现出明显的母系遗传差异。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

岭南牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]通过测定岭南牛线粒体D-loop全序列来了解岭南牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对30头岭南牛mtDNA D-loop序列分析,共发现62个变异位点和19种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.0260,单倍型多样度(Hd)为0.8920,表明岭南牛遗传多样性丰富。构建的NJ系统进化树表明岭南牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]岭南牛属于南方牛类型,受瘤牛的影响较大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。     

吉安牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]探究吉安牛的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]在26头吉安牛mtDNA D-loop区共检测到52个变异位点,定义了7种mtDNA单倍型。构建的NJ系统发育树表明吉安牛具有瘤牛和普通牛两个母系起源。[结论]吉安牛具有丰富的遗传多样性,有瘤牛和普通牛两个母系起源,且受瘤牛的影响较大。     

蒙古牛线粒体DNA全基因组遗传多样性与起源研究

［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。     

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

金川牦牛和中国西门塔尔牛肉品质差异研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究

采用mtDNA和微卫星DNA两种标记方法,对夏南牛与13个黄牛群体的179个个体进行遗传多样性和群体间的亲缘关系及母系起源分析。通过测定14个黄牛群体179条mtDNA D-loop区序列,共发现124个变异位点和60种单倍型,表明14个黄牛群体具有丰富的遗传多样性。夏南牛群体mtDNA D-loop区序列共发现49个变异位点和7种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.732±0.017,其单倍型多样度较中国地方牛种低,中国黄牛具有更丰富的遗传多样性。通过测定9个具有高度多态性的微卫星座位的等位基因数(Na)、平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC),表明9个微卫星位点在60个夏南牛个体中共发现47个等位基因,平均每个位点的有效等位基因数为1.229~6.584。总群体的PIC和H分别为0.608~0.798和0.695~0.837,夏南牛的PIC和H分别为0.692和0.715,夏南牛的遗传多样性较中国黄牛低,中国黄牛群体的遗传多样性高于外来牛种,这一结果和群体间mtDNA D-loop区研究结果一致。构建的NJ系统进化树显示14个黄牛群体主要起源于普通牛和瘤牛,夏南牛受瘤牛的影响更大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。本研究为夏南牛遗传资源的保护、合理利用和选育改良提供了理论依据。     

皖南牛Y-STRs与Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法,选择2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)和2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y3 3种单倍型组,其频率分别为2.86%、8.56%和88.58%。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型(Y1-98-158),普通牛Y2单倍型组有3种单倍型(Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-106-158),瘤牛Y3单倍型组只有1种单倍型(Y3-88-156),皖南牛Y染色体单倍型多样度为0.2185±0.0924,表明皖南牛有普通牛与瘤牛2个父系起源,遗传多样性较低。[结论]皖南牛属于南方黄牛类型,以瘤牛的种质特性为主。     

西藏牛和日喀则驼峰牛Y-SNPs遗传多样性及父系起源研究

[目的]分析西藏牛和日喀则驼峰牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对13头西藏牛Y-SNPs分析,发现西藏牛包含普通牛Y1、Y2及瘤牛Y3三种单倍型组,其频率分别为0.077、0.846和0.077;对8头日喀则驼峰牛Y-SNPs的分析表明,日喀则驼峰牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种单倍型组,其频率分别为0.125和0.875。西藏牛和日喀则驼峰牛的单倍型多样度分别为0.2949±0.1558和0.2500±0.1802,表明西藏牛和日喀则驼峰牛具有较低的父系遗传多样性。[结论]西藏牛主要为普通牛Y2起源,日喀则驼峰牛主要为瘤牛Y3起源,且其遗传多样性较低。     

中国黄牛mtDNA 16S rRNA基因遗传多样性与系统进化分析

采用PCR和DNA测序技术和生物信息学方法,测定分析了10个中国黄牛品种(群体)和2个外来牛品种共131个体的mtDNA 16SrRNA基因全序列的遗传变异,并分析了品种(群体)间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,在12个群体131条16SrRNA基因序列中,共发现了78个变异位点,形成了40种单倍型,揭示了中国黄牛群体具有丰富的遗传多样性。总群体的平均单倍型多样性指数(Hd)为0.857±0.024,平均核苷酸多样性指数(Pi)为0.00582,Kimura双参数品种间遗传距离范围为0.001~0.009,10个中国黄牛品种(群体)核苷酸多样度高于2个外来牛品种。基于Kimura-2-parameter距离采用NJ法构建了10个中国黄牛品种(群体)分子系统树,111个体聚为2簇,即分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛存在两个母系起源,主要起源于瘤牛和普通牛。其中草原红牛和蒙古牛起源于普通牛,恩施牛主要起源于瘤牛,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异。这些结果为我国黄牛的种质资源保护、杂交育种和品种改良奠定了分子遗传学基础。     

昭通牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性和父系起源研究

[目的]从分子水平分析昭通牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序和荧光微卫星分型方法对24头昭通牛2个Y-SNPs标记（UTY-19和ZFY-10）和2个Y-STRs标记（INRA189和BM861）进行遗传多态性检测。[结果]发现昭通牛有Y2-90-158和Y3-88-156两种单倍型（Y-SNPs-INRA189-BM861）,频率分别为29.17%和70.83%,表明昭通牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.4312±0.0812,说明昭通牛的遗传多样性较高。[结论]昭通牛以瘤牛Y3单倍型组为主,具有南方黄牛特征,与其地理分布和气候及形态特征相一致。     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析

[目的]为评价和挖掘早胜牛遗传资源及种质资源,开展了早胜牛母系遗传背景及分子遗传特性研究。[方法]以早胜牛mtDNA D-Loop区为标记位点,对基因组DNA进行了PCR扩增和测序;以8个中国地方黄牛品种和5个引进品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列为对照,分析了核苷酸多态位点、核苷酸多样性、单倍型数等遗传多态性指标,构建了系统发育树。[结果]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区富含A和T,检测到80个核苷酸变异位点,存在转换、颠换、转换和颠换共存3种突变类型,且以转换为主;界定了59个单倍型,其中8个共享单倍型,51个特有单倍型;我国地方黄牛分为两大支系,多数与非洲瘤牛、欧洲普通牛聚为一类,少数与印度瘤牛聚为一类;与其他地方黄牛品种相比,早胜牛及其杂交类群与秦川牛的亲缘关系最近。[结论]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,与秦川牛的亲缘关系最近。