大别山牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]从分子水平分析大别山牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物测序及荧光微卫星分型方法。[结果]对49头大别山牛公牛的2个YSNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测,结果表明,2个Y-SNPs标记在大别山牛中均未检测出多态性,2个Y-STRs标记在大别山牛中均表现为单态,即INRA189标记的等位基因大小均为88bp,BM861均为156bp。根据Y-SNPs与Y-STRs标记的结果,发现49头大别山牛全部为Y3-88-156单倍型,频率为1,表明该品种只有Y3瘤牛父系起源,其单倍型多样度为0,显示大别山牛的父系遗传多样性很低。[结论]大别山牛属于南方黄牛类型,其遗传多样性很低,表明其瘤牛种质特性单一、稳定。     

昭通牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性和父系起源研究

[目的]从分子水平分析昭通牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序和荧光微卫星分型方法对24头昭通牛2个Y-SNPs标记（UTY-19和ZFY-10）和2个Y-STRs标记（INRA189和BM861）进行遗传多态性检测。[结果]发现昭通牛有Y2-90-158和Y3-88-156两种单倍型（Y-SNPs-INRA189-BM861）,频率分别为29.17%和70.83%,表明昭通牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.4312±0.0812,说明昭通牛的遗传多样性较高。[结论]昭通牛以瘤牛Y3单倍型组为主,具有南方黄牛特征,与其地理分布和气候及形态特征相一致。     

涠洲牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究涠洲牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]本研究利用PCR测序及生物信息学方法,对28头涠洲公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测。[结果]发现28头涠洲牛全部为Y3单倍型组,根据Y-SNPs标记的核苷酸变异及Y-STRs标记的等位基因大小确定单倍型(Y-SNP-INRA189-BM861),结果显示28头涠洲牛有Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为89.29%和10.71%,说明涠洲牛只有1个瘤牛Y3父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.1984±0.0924,表明涠洲牛的父系遗传多样性较低。[结论]涠洲牛属于瘤牛父系起源,遗传基础十分稳定。     

滇中牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性研究

[目的]为探究云南滇中牛的Y染色体遗传结构与血统来源,以期为该黄牛品种的资源保护与利用提供科学依据。[方法]采用PCR扩增和荧光分型方法,对27头滇中牛的Y-SNPs（UTY19和UTY10）和Y-STRs（INRA189和BM861）遗传多样性进行分析。[结果]27头滇中牛包含Y2和Y3两种单倍型组,其频率分别为22.22%和77.78%。结合Y-SNPs和Y-STRs的分型结果,发现这27头滇中牛存在Y2-90-158、Y3-88-156和Y3-90-156共3种Y染色体单倍型（Y-INRA189-BM861）,Y染色体单倍型多样度为0.5128±0.0904,其遗传多样性较高。[结论]滇中牛Y染色体遗传多样性较高,有普通牛和瘤牛2个父系起源,以瘤牛血统为主。     

夏南牛Y-STRs和Y-SNPs多态性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究夏南牛的父系遗传多态性、群体遗传结构及起源。[方法]采用直接测序、荧光微卫星分型方法。[结果]通过2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)分析发现,32头夏南牛属于普通牛Y2单倍型组,所占频率为100%。通过2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)的遗传多态性分析,发现32头夏南牛在2个Y-STRs标记中均无多态性,INRA189标记只有102bp等位基因,BM861标记只有158bp等位基因。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,判定夏南牛只有1种Y染色体单倍型(Y2-102-158),其Y染色体单倍型多样度为0。[结论]夏南牛只有Y2普通牛父系起源且父系遗传基础稳定、单一,这与夏南牛的培育历史相一致。     

渤海黑牛Y染色体遗传多样性及父系起源研究

[目的]为研究渤海黑牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳的方法,利用Y-SNPs和Y-STRs联合标记,对15头纯种渤海黑牛和15头与日本和牛杂交改良的渤海黑牛公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现15头纯种渤海黑牛中普通牛Y1单倍型组所占频率为6.67%,普通牛Y2单倍型组所占频率为20.00%,瘤牛Y3单倍型组所占频率为73.33%,单倍型多样度为0.4476±0.1345;15头与日本和牛杂交改良的个体中,Y1单倍型组所占频率为40.00%,Y2单倍型组所占频率为26.67%,Y3单倍型组所占频率为33.33%,单倍型多样度为0.7048±0.0535。结果表明,渤海黑牛群体存在普通牛Y1、Y2和瘤牛Y3三种父系起源,遗传多样性较高。[结论]纯种渤海黑牛的父系以瘤牛为主,同时兼有普通牛Y2的种质特征。     

关岭牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]探究关岭牛Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、限制性酶切和生物信息学方法,分析关岭牛Y-SNP(USP9Y基因)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]发现32头关岭牛USP9Y基因的PCR产物均为552bp,其中4头牛的552bp片段不能被SspI酶切开,属于普通牛Y2单倍型组,占0.125,其余28头牛的PCR产物均可被酶切成两条带(215bp和338bp),属于瘤牛Y3单倍型组,占0.875。2个Y-STRs标记INRA189和BM861在关岭牛品种均表现多态性(88/104bp和156/158bp)。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,界定关岭牛有2种Y染色体单倍型Y2-104-158和Y3-88-156,其Y染色体单倍型多样度为0.2258±0.0882,表明关岭牛父系遗传多样性很低。[结论]关岭牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种父系起源,其中瘤牛占明显优势。     

延边牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]为了研究延边牛Y染色体遗传多样性以及父系起源。[方法]采用PCR扩增、直接测序和生物信息学方法,分析延边牛的2个Y-SNPs标记(UTY19和ZFY10)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]Y-SNPs标记检测发现延边牛有Y1和Y2单倍型组,2个Y-STRs标记在延边牛品种检测发现只有INRA189表现多态性(98bp/102bp/104bp)。结合Y-SNPs与Y-STRs的分型结果,确定延边牛有3种Y染色体单倍型Y1-98-158、Y2-102-158和Y2-104-158,所占频率分别为0.031、0.938和0.031,其Y染色体单倍型多样度为0.1230±0.0777,表明延边牛父系遗传多样性很低,父系遗传稳定。[结论]延边牛为普通牛父系起源,其中Y2单倍型组占明显优势。     

中国黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

为了研究中国黄牛Y染色体SNPs的遗传多样性及父系起源,本研究利用PCR-SSCP与测序方法,选择4个牛Y-SNPs位点DDX3Y-7、UTY-19、ZFY-9和ZFY-10,分析了16个中国地方黄牛品种284头公牛与缅甸黄牛4头公牛Y染色体的遗传多样性.结果表明,在中国16个黄牛品种中,仅发现普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型,表明只有Y2和Y3两种父系起源,尚未发现中国黄牛存在普通牛Y1单倍型的分子证据.4头缅甸黄牛均为Y3单倍型.在中国16个黄牛品种中,Y2和Y3单倍型频率分别为57.0％和43.0％,其中Y2单倍型频率在北方黄牛中占优势(98.3％),Y3单倍型频率在南方黄牛中占优势(76.1％),中原黄牛中普通牛Y2的单倍型频率较高,为63.8％0,瘤牛Y3的单倍型频率为36.2％.本研究证明,中国黄牛存在普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型两种父系起源,Y2单倍型频率自北向南逐渐减少,Y3单倍型频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型的交汇处.     

柴达木牛和蒙古牛Y染色体基因组遗传多样性与父系起源研究

旨在从基因组水平探究柴达木牛和蒙古牛的父系遗传多样性和起源进化关系。本研究采用全基因组重测序技术对柴达木牛品种5个不同地理群体共计22个个体和蒙古牛23个个体的Y染色体单拷贝基因区进行SNP扫描,使用生物信息学方法分析其父系遗传多样性和系统发育关系。结果表明,22头柴达木牛共定义了4种单倍型,其单倍型多样度为0.610±0.093,核苷酸多样度为0.074±0.015,而23头蒙古牛共确定了10种单倍型,其单倍型多样度为0.925±0.025,核苷酸多样度为0.137±0.013,表明柴达木牛相比蒙古牛其父系遗传多样性较低。构建的系统发育树和单倍型网络图表明,22头柴达木牛明显地分为Y1(18.2%)和Y2(81.8%)两个单倍型组,其中Y2为优势单倍型组,Y2单倍型组又包括Y2a(18.2%)与Y2b(63.6%)两种亚单倍型组,其中Y2b亚单倍型组占优势,表明柴达木牛有Y1与Y2两个父系起源;蒙古牛也拥有Y1(17.4%)和Y2(82.6%)两个父系起源,但Y2单倍型组以Y2a为主要亚单倍型组(47.8%)。上述结果表明,柴达木牛和蒙古牛具有相似的父系遗传组成,但考虑到柴达木牛的父...     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

南丹牛Y-SNPs与Y-STRs遗传多样性研究

[目的]分析南丹牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]用PCR扩增、测序及生物信息学方法进行分析。[结果]通过对25头南丹牛的Y-SNPs和Y-STRs分析,发现南丹牛仅包含瘤牛Y3单倍型组,细分为Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为92%和8%,南丹牛的Y染色体单倍型多样度为0.1533±0.0915。[结论]南丹牛是瘤牛父系起源,其遗传基础很稳定。     

皖南牛Y-STRs与Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法,选择2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)和2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y3 3种单倍型组,其频率分别为2.86%、8.56%和88.58%。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型(Y1-98-158),普通牛Y2单倍型组有3种单倍型(Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-106-158),瘤牛Y3单倍型组只有1种单倍型(Y3-88-156),皖南牛Y染色体单倍型多样度为0.2185±0.0924,表明皖南牛有普通牛与瘤牛2个父系起源,遗传多样性较低。[结论]皖南牛属于南方黄牛类型,以瘤牛的种质特性为主。     

岭南黄牛Y-SNP遗传多样性与父系起源研究

[目的]通过对岭南牛两个Y-SNPs标记进行研究,了解岭南牛的父系起源及遗传多样性。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对30头岭南牛YSNPs标记进行分析,发现有28个Y3单倍型组,占总个体数的93.33%,2个为Y2单倍型组,占6.67%。表明岭南牛有普通牛和瘤牛2个父系起源。[结论]岭南牛属于南方牛类型,受瘤牛的影响很大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。     

文山牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的] 探究云南文山牛群体Y染色体遗传结构与血统来源,以期为该黄牛品种的资源保护与利用提供科学依据。[方法] 本研究采用PCR扩增和生物信息学方法,对55头文山牛Y-SNPs（UTY19和ZFY10）和Y-STRs（INRA189和BM861）遗传多样性进行系统研究。[结果] 55头文山牛均属于瘤牛Y3单倍型组,结合Y-SNPs和Y-STRs分型结果,发现文山牛中存在Y3-88-156和Y3-90-156两种Y染色体单倍型,Y染色体单倍型多样度为0.1684±0.0636。[结论] 云南文山牛只有瘤牛父系起源,其遗传血统稳定,纯合度高。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。     

利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源

旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对PCR产物进行直接测序和生物信息学分析。结果表明,5个基因片段共筛选到8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3、2、1、1、1个突变位点。利用DNASP5.1软件共定义了10种单倍型,分别为H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10,其中H1是优势单倍型,占梅花鹿种公鹿群体的49.1%,H5和H10为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。171只梅花鹿种公鹿的单倍型多样性为0.696 80,核苷酸多样性为0.000 36。NJ系统进化树和structure群体结构分析结果表明,梅花鹿种公鹿有3个父系类型,分别为Y1、Y2和Y3,除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。     

家牛全基因组遗传多样性与起源研究进展

随着高质量的家牛三代基因组的组装、高密度芯片、高通量测序技术的发展,从全基因组水平上对家牛的起源、驯化、适应性机制、重要经济性状候选基因和群体历史动态的研究取得了许多重要的研究成果。本文综述了通过基因芯片和重测序技术研究世界家牛的起源、遗传多样性、群体结构、迁徙驯化历史、不同群体间的基因交流,以及原牛和近缘野牛对家牛的渐渗影响,以期为今后家牛重要经济性状相关功能基因的定位、家牛的起源和驯化研究提供参考。     

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。