文山牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的] 探究云南文山牛群体Y染色体遗传结构与血统来源,以期为该黄牛品种的资源保护与利用提供科学依据。[方法] 本研究采用PCR扩增和生物信息学方法,对55头文山牛Y-SNPs（UTY19和ZFY10）和Y-STRs（INRA189和BM861）遗传多样性进行系统研究。[结果] 55头文山牛均属于瘤牛Y3单倍型组,结合Y-SNPs和Y-STRs分型结果,发现文山牛中存在Y3-88-156和Y3-90-156两种Y染色体单倍型,Y染色体单倍型多样度为0.1684±0.0636。[结论] 云南文山牛只有瘤牛父系起源,其遗传血统稳定,纯合度高。     

中国黄牛Y-STRs遗传多样性与起源研究

[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。     

中国黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

为了研究中国黄牛Y染色体SNPs的遗传多样性及父系起源,本研究利用PCR-SSCP与测序方法,选择4个牛Y-SNPs位点DDX3Y-7、UTY-19、ZFY-9和ZFY-10,分析了16个中国地方黄牛品种284头公牛与缅甸黄牛4头公牛Y染色体的遗传多样性.结果表明,在中国16个黄牛品种中,仅发现普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型,表明只有Y2和Y3两种父系起源,尚未发现中国黄牛存在普通牛Y1单倍型的分子证据.4头缅甸黄牛均为Y3单倍型.在中国16个黄牛品种中,Y2和Y3单倍型频率分别为57.0％和43.0％,其中Y2单倍型频率在北方黄牛中占优势(98.3％),Y3单倍型频率在南方黄牛中占优势(76.1％),中原黄牛中普通牛Y2的单倍型频率较高,为63.8％0,瘤牛Y3的单倍型频率为36.2％.本研究证明,中国黄牛存在普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型两种父系起源,Y2单倍型频率自北向南逐渐减少,Y3单倍型频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型的交汇处.     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

关岭牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]探究关岭牛Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、限制性酶切和生物信息学方法,分析关岭牛Y-SNP(USP9Y基因)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]发现32头关岭牛USP9Y基因的PCR产物均为552bp,其中4头牛的552bp片段不能被SspI酶切开,属于普通牛Y2单倍型组,占0.125,其余28头牛的PCR产物均可被酶切成两条带(215bp和338bp),属于瘤牛Y3单倍型组,占0.875。2个Y-STRs标记INRA189和BM861在关岭牛品种均表现多态性(88/104bp和156/158bp)。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,界定关岭牛有2种Y染色体单倍型Y2-104-158和Y3-88-156,其Y染色体单倍型多样度为0.2258±0.0882,表明关岭牛父系遗传多样性很低。[结论]关岭牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种父系起源,其中瘤牛占明显优势。     

延边牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]为了研究延边牛Y染色体遗传多样性以及父系起源。[方法]采用PCR扩增、直接测序和生物信息学方法,分析延边牛的2个Y-SNPs标记(UTY19和ZFY10)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]Y-SNPs标记检测发现延边牛有Y1和Y2单倍型组,2个Y-STRs标记在延边牛品种检测发现只有INRA189表现多态性(98bp/102bp/104bp)。结合Y-SNPs与Y-STRs的分型结果,确定延边牛有3种Y染色体单倍型Y1-98-158、Y2-102-158和Y2-104-158,所占频率分别为0.031、0.938和0.031,其Y染色体单倍型多样度为0.1230±0.0777,表明延边牛父系遗传多样性很低,父系遗传稳定。[结论]延边牛为普通牛父系起源,其中Y2单倍型组占明显优势。     

渤海黑牛Y染色体遗传多样性及父系起源研究

[目的]为研究渤海黑牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳的方法,利用Y-SNPs和Y-STRs联合标记,对15头纯种渤海黑牛和15头与日本和牛杂交改良的渤海黑牛公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现15头纯种渤海黑牛中普通牛Y1单倍型组所占频率为6.67%,普通牛Y2单倍型组所占频率为20.00%,瘤牛Y3单倍型组所占频率为73.33%,单倍型多样度为0.4476±0.1345;15头与日本和牛杂交改良的个体中,Y1单倍型组所占频率为40.00%,Y2单倍型组所占频率为26.67%,Y3单倍型组所占频率为33.33%,单倍型多样度为0.7048±0.0535。结果表明,渤海黑牛群体存在普通牛Y1、Y2和瘤牛Y3三种父系起源,遗传多样性较高。[结论]纯种渤海黑牛的父系以瘤牛为主,同时兼有普通牛Y2的种质特征。     

大别山牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]从分子水平分析大别山牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物测序及荧光微卫星分型方法。[结果]对49头大别山牛公牛的2个YSNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测,结果表明,2个Y-SNPs标记在大别山牛中均未检测出多态性,2个Y-STRs标记在大别山牛中均表现为单态,即INRA189标记的等位基因大小均为88bp,BM861均为156bp。根据Y-SNPs与Y-STRs标记的结果,发现49头大别山牛全部为Y3-88-156单倍型,频率为1,表明该品种只有Y3瘤牛父系起源,其单倍型多样度为0,显示大别山牛的父系遗传多样性很低。[结论]大别山牛属于南方黄牛类型,其遗传多样性很低,表明其瘤牛种质特性单一、稳定。     

昭通牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性和父系起源研究

[目的]从分子水平分析昭通牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序和荧光微卫星分型方法对24头昭通牛2个Y-SNPs标记（UTY-19和ZFY-10）和2个Y-STRs标记（INRA189和BM861）进行遗传多态性检测。[结果]发现昭通牛有Y2-90-158和Y3-88-156两种单倍型（Y-SNPs-INRA189-BM861）,频率分别为29.17%和70.83%,表明昭通牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.4312±0.0812,说明昭通牛的遗传多样性较高。[结论]昭通牛以瘤牛Y3单倍型组为主,具有南方黄牛特征,与其地理分布和气候及形态特征相一致。     

涠洲牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究涠洲牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]本研究利用PCR测序及生物信息学方法,对28头涠洲公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测。[结果]发现28头涠洲牛全部为Y3单倍型组,根据Y-SNPs标记的核苷酸变异及Y-STRs标记的等位基因大小确定单倍型(Y-SNP-INRA189-BM861),结果显示28头涠洲牛有Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为89.29%和10.71%,说明涠洲牛只有1个瘤牛Y3父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.1984±0.0924,表明涠洲牛的父系遗传多样性较低。[结论]涠洲牛属于瘤牛父系起源,遗传基础十分稳定。     

柴达木牛和蒙古牛Y染色体基因组遗传多样性与父系起源研究

旨在从基因组水平探究柴达木牛和蒙古牛的父系遗传多样性和起源进化关系。本研究采用全基因组重测序技术对柴达木牛品种5个不同地理群体共计22个个体和蒙古牛23个个体的Y染色体单拷贝基因区进行SNP扫描,使用生物信息学方法分析其父系遗传多样性和系统发育关系。结果表明,22头柴达木牛共定义了4种单倍型,其单倍型多样度为0.610±0.093,核苷酸多样度为0.074±0.015,而23头蒙古牛共确定了10种单倍型,其单倍型多样度为0.925±0.025,核苷酸多样度为0.137±0.013,表明柴达木牛相比蒙古牛其父系遗传多样性较低。构建的系统发育树和单倍型网络图表明,22头柴达木牛明显地分为Y1(18.2%)和Y2(81.8%)两个单倍型组,其中Y2为优势单倍型组,Y2单倍型组又包括Y2a(18.2%)与Y2b(63.6%)两种亚单倍型组,其中Y2b亚单倍型组占优势,表明柴达木牛有Y1与Y2两个父系起源;蒙古牛也拥有Y1(17.4%)和Y2(82.6%)两个父系起源,但Y2单倍型组以Y2a为主要亚单倍型组(47.8%)。上述结果表明,柴达木牛和蒙古牛具有相似的父系遗传组成,但考虑到柴达木牛的父...     

西藏牛和日喀则驼峰牛Y-SNPs遗传多样性及父系起源研究

[目的]分析西藏牛和日喀则驼峰牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对13头西藏牛Y-SNPs分析,发现西藏牛包含普通牛Y1、Y2及瘤牛Y3三种单倍型组,其频率分别为0.077、0.846和0.077;对8头日喀则驼峰牛Y-SNPs的分析表明,日喀则驼峰牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种单倍型组,其频率分别为0.125和0.875。西藏牛和日喀则驼峰牛的单倍型多样度分别为0.2949±0.1558和0.2500±0.1802,表明西藏牛和日喀则驼峰牛具有较低的父系遗传多样性。[结论]西藏牛主要为普通牛Y2起源,日喀则驼峰牛主要为瘤牛Y3起源,且其遗传多样性较低。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

三江黄牛RAPD遗传多样性研究

为了研究三江黄牛品种的遗传多样性,保护其丰富的遗传资源,本研究采用RAPD技术对两地(三江乡、水磨镇)共61头三江黄牛基因组DNA进行分析,从26个引物中筛选出9个特异性较强的引物对全基因组进行扩增,分析种群的遗传多样性。结果表明:61个样本共扩增出51种条带,多态性条带为43,多态频率为84.31%,在三江群中,多态位点36个,多态频率为70.59%,在水磨群中,多态位点40个,多态频率为78.43%,Nei氏基因多样性指数(H)分别为0.273 1、0.295 8。显示两地群体遗传多样性均较丰富,且多样性指数较接近。三江黄牛种群Shannon's多样性指数(I)、基因多样度(H)和有效等位基因数(Ne)分别为0.464 8、0.313 5、1.544 8,群体总的遗传多样性指数(Ht)、群体内遗传多样性指数(Hs)、群体分化指数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.313 0、0.284 4、0.091 3和4.977 2。结果提示三江黄牛的遗传多样性具有一定的丰富程度,对三江黄牛资源研究、品种保护有理论意义。     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。     

利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源

旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对PCR产物进行直接测序和生物信息学分析。结果表明,5个基因片段共筛选到8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3、2、1、1、1个突变位点。利用DNASP5.1软件共定义了10种单倍型,分别为H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10,其中H1是优势单倍型,占梅花鹿种公鹿群体的49.1%,H5和H10为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。171只梅花鹿种公鹿的单倍型多样性为0.696 80,核苷酸多样性为0.000 36。NJ系统进化树和structure群体结构分析结果表明,梅花鹿种公鹿有3个父系类型,分别为Y1、Y2和Y3,除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。     

湘西黄牛遗传多样性的初步研究

利用6个微卫星标记对湘西黄牛的遗传多样性进行了初步分析.6对微卫星引物在湘西黄牛中共检测到65个等位基因,平均每对引物上检测到9.3个等位基因;平均有效等位基因7.8759个,等位基因在湘西黄牛群体中的分布很均匀;平均观测杂合度为0.8669,平均期望杂合度为0.8829.6个微卫星座位在湘西黄牛中平均多态信息含量(PIC)为0.8297,均大于0.5,都是高度多态性的.湘西黄牛杂合子的比例较大,基因纯合率都偏低,群体的遗传变异度高,表明湘西黄牛遗传多样性丰富,具有较大的选择潜力,可承受的选择压比较大,这是开展新品种培育工作的有利条件.     

夷陵黄牛mtDNAD-loop区遗传多样性研究

【目的】为了探究夷陵黄牛的母系起源与遗传多样性。【方法】采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。【结果】在27头夷陵黄牛mtDNA D-loop区共检测到54个变异位点,界定了13个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.7720,平均核苷酸多样度为0.0228,表明夷陵黄牛具有比较丰富的遗传多样性。构建的系统发育树显示夷陵黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】夷陵黄牛受瘤牛的影响大,属于中国南方黄牛,具有普通牛与瘤牛的种质特征。     

云南文山黄牛和迪庆黄牛的遗传多样性比较研究

本文通过细胞遗传学、mtDNARFLP（线粒体DNA、限制性片段长度多态性）和血液蛋白及同工酶3个方面的研究，分析了云南文山黄牛和迪庆黄牛的遗传多样性和遗传分化关系。结果：（1）细胞遗传学云南两个地方黄牛品种的Y染色体形态及其C一带具有显著多态性。文山黄牛和迪庆黄牛分别为一小的近端部和亚申部（或中部）着丝位Y染色体，并分别在Y染色体的臂端部和短臂的臂端部显示弱阳性C一带，说明文山黄牛的父系起源可能是瘤牛（Bosindicus），而迪庆黄牛是普遍牛（Bostaurus）。推测两种Y染色体可能是臂问倒位的结果。（2）mtD－NARFLP两个黄牛品种的111个个体的mtDNA经8种限制性内切酶酶切后，有个酶表现出多态，共检测到17种限制性态型。归结出的3种基因单倍型，分别是A－A－A－A－A－A－A型（瘤斗）、B－B－B－B－B—B－B型（普通型）和A－C－B－B－C－A－A型（耗半Bosgrunniens）。从基因单倍型在群体中的表现可看出，文山黄牛和迪庆黄牛都具有瘤牛和普通牛两种母系起源。但文山黄牛以瘤牛血统为主，迪庆黄牛以普通牛血统为主，而且还可能含有部价耗牛的血统。（3）血液蛋白及同工酶分析了两个黄牛品种的33种血液蛋白及同工酶共计37个遗传座位，其中ALB、TF、HB一β、CAR、NP、6PGD6个座位检测到多态性。     

湘西黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]为了探究湘西黄牛的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]在33头湘西黄牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,界定了15个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.8750,核苷酸多样度为0.0144,表明湘西黄牛的遗传多样性较低。构建的系统发育树表明湘西黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。[结论]湘西黄牛的遗传多样性较低,属于中国南方黄牛,有瘤牛和普通牛两个母系起源,受瘤牛的影响更大。