早稻孢囊线虫ISSR反应体系的建立与优化

采用正交设计对早稻孢囊线虫ISSR-PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、dNTPs、引物)在4个用量水平上进行优化试验.结果表明,早稻孢囊线虫ISSR-PCR最佳的反应体系为:在25μL反应体系中,含TaqDNA聚合酶(5U/μL)0.3 μL、模板DNA 1μL、dNTPs(2.5 mmol/L)2 μL、引物(10 μmol/L)1 μL、10×PCRBuffer(20 mmol/L Mg2+ plus)2.5 μL.引物UBC887最适退火温度为48℃.优化的早稻孢囊线虫ISSR-PCR的反应体系和程序有较好的重复性和稳定性.     

大豆孢囊线虫ISSR反应体系的建立与优化

采用正交设计对大豆孢囊线虫ISSR-PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物),在4个用量水平上进行优化试验。结果表明:大豆孢囊线虫ISSR-PCR的最佳反应体系为在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL) 0. 34μL、模板DNA 1. 2μL、d NTPs(2. 5 mmol/L) 1. 5μL、引物(10μmol/L)0. 8μL、10×PCR Buffer 2. 5μL。引物PTY26最适退火温度为55℃。用引物PTY188和PTY888对大豆孢囊线虫最佳ISSR-PCR的反应体系进行验证,结果表明该反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。     

长春花ISSR-PCR 反应体系的正交优化

[目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。[结果]长春花ISSR-PCR反应体系的最佳条件：引物浓度0.50μmol/L,dNTP浓度0.10 mmol/L,Mg2＋浓度3.00 mmol/L,Taq酶浓度0.75U/25μl,DNA模板浓度350 ng/25μl。采用该反应体系筛选出12对适合于长春花ISSR-PCR反应的引物。[结论]利用优化系统进行长春花的ISSR-PCR反应,可获得稳定性高、重复性好、背景清晰的电泳结果。     

安祖花ISSR-PCR反应体系的优化和确立

为建立适宜安祖花DNA的ISSR-PCR扩增体系,采用单因子试验对影响ISSR-PCR反应的各组分(Taq DNA聚合酶、模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+浓度)进行了优化,确立了适合安祖花的条带清晰、多态性高、重复性好的最佳ISSR-PCR反应体系,即在20μL PCR反应体系中含有10×PCR Buffer 2.0μL、25 mmol/L MgCl21.2μL、10 mmol/L dNTPs 0.8μL、5 U/μL Taq酶0.2μL、10μmol/L引物3.0μL、20 ng/μL模板2.0μL;并利用2条引物对15个安祖花品种进行了稳定性鉴定,为安祖花的遗传多样性分析及育种工作提供技术支持。     

骆驼刺ISSR-PCR反应体系的建立

用CTAB法提取叶片DNA,然后通过单因素实验,研究了Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Mg2+浓度4种因素对ISSR-PCR扩增的影响,建立了适合于骆驼刺的ISSR-PCR反应体系,其为25μL总体积中含1×PCR反应缓冲液(无Mg2+)、1.5U Taq DNA聚合酶、0.6 mmol/L dNTPs、0.6μmol/L引物、1.5 mmol/L MgCl2。     

茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化

对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59.0℃.     

铜鱼ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

采用正交设计方法,对影响铜鱼(Coreius heterodon(Bleeker))ISSR-PCR扩增结果的5个因素,如Mg2+、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶和模板DNA的浓度,在4个水平上进行了比较优化,建立了适合铜鱼的最佳ISSR-PCR反应体系:在25μL反应体系中含有1.5 mmol/L Mg2+,0.16 mmol/L dNTP,0.2μmol/L引物,1UTaqDNA聚合酶和140 ng模板DNA.检验结果表明,采用该反应体系对铜鱼进行ISSR-PCR扩增可获得多态性高,稳定性和重复性好的电泳条带.     

沙地云杉ISSR-PCR反应体系的初步优化

以沙地云杉叶基因组DNA为材料,采用单因素试验方法对ISSR-PCR体系中的主要成分Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物浓度、退火温度进行筛选,建立并优化沙地ISSR-PCR反应体系。结果表明,UBC835是最适引物,适宜退火温度为50℃。沙地云杉ISSR-PCR分析的最适反应体系(20μL PCR反应体系)为:2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、0.25μmol/L引物、50 ng/μL模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,50℃退火45 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸7 min,4℃保存。     

迎红杜鹃ISSR-PCR反应体系建立

利用正交设计L16(45)方法对迎红杜鹃(Rhododendron mucronulatum Turcz.)ISSR-PCR(Inter-simple sequence repeat-Polymerase chain reaction products)反应体系的5因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、DNA模板、dNTP、引物)在4个水平上进行了优化试验。结果表明,ISSR-PCR反应体系各因素在设定的不同水平对PCR反应结果都有影响,其中引物浓度的影响最大;筛选出了各反应因素的最佳水平,建立的迎红杜鹃ISSR-PCR反应最佳体系(25μL)为2.0μL10×Buffer、0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL)、2μLDNA模板(20ng/μL),2.5μL dNTPs(2.5mmol/L)、2μL引物(10μmol/L)。     

越桔 ISSR-PCR 反应体系建立与优化

以改良CTAB法提取越桔(Vaccinium Linn.)品种薄雾DNA为材料,采用正交设计L16(45)表探讨了Tag酶;Mg~(2+);DNA;dntps及引物浓度5个主要因素对越桔ISSR-PCR扩增反应的影响,通过直观分析和方差分析结合,建立了越桔ISSR-PCR(20μL)最佳反应体系,各组分的浓度为:Tag酶0.75 U,Mg~(2+)1.875 mmol/L,DNA 0.8mmol/L,dntp 0.1mmol/L,引物0.2μmol/L.在此基础上探讨了引物UBC835的最佳退火温度、循环次数和延伸时间,结果分别为54.2℃、35次、60s.选用两个引物对21份越桔资源进行ISSR扩增,结果显示优化的体系稳定性较高.     

葡萄ISSR-PCR反应体系的建立与正交设计优化

建立和优化稳定的葡萄ISSR-PCR反应体系,为进一步开展葡萄遗传多样性研究和品种选优提供理论依据。运用改良的CTAB法从葡萄嫩叶中提取基因组总DNA,通过单因素试验分析d NTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、DNA模板用量、Taq DNA聚合酶用量等5个因素对葡萄ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响,并采用正交设计试验方法优化建立葡萄ISSR-PCR最佳反应体系。优化的最佳ISSR-PCR反应体系(20μL)为:10×PCR buffer、0.225 mmol/L d NTPs、Taq DNA聚合酶1.0 U、1.00μmol/L引物、2.75 mmol/L Mg2+、DNA模板30 ng。利用优化的ISSR-PCR反应体系能够扩增获得清晰、稳定的DNA条带,可用于后续的葡萄种质资源遗传多样性分析。     

盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增条件研究

以盾叶薯蓣的叶片制备ISSR-PCR DNA 模板.通过单因子试验分别研究了模板DNA质量和浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度以及退火温度对盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增的影响,建立了适宜于盾叶薯蓣的ISSR反应体系和扩增参数,即15μL反应体系中包括:20 ng/L模板DNA,1×Taq酶缓冲液,1.0 U Taq聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.2 μmol/L引物和0.3 mmol/L dNTPs.并从46个ISSR引物中筛选出10个带纹清晰、多态性丰富的引物,并确定了这些引物的适宜退火温度.     

铜鱼ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

采用正交设计方法,对影响铜鱼(Coreius heterodon(Bleeker))ISSR-PCR扩增结果的5个因素,如Mg~(2+)、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA的浓度,在4个水平上进行了比较优化,建立了适合铜鱼的最佳ISSR-PCR反应体系:在25μL反应体系中含有1.5 mmol/L Mg~(2+),0.16 mmol/L dNTP,0.2 μmol/L引物,lU Taq DNA聚合酶和140 ng模板DNA.检验结果表明,采用该反应体系对铜鱼进行ISSR-PCR扩增可获得多态性高,稳定性和重复性好的电泳条带.

Abstract：

The method of orthogonal design was used to optimize five factors,i.e.concentration of Mg~(2+),dNTP,primer,Taq DNA polymerase and DNA temple,which affect ISSR-PCR amplification results of Coreius heterodon(Bleeker),each at four levels,and an optimal ISSR-PCR reaction system for C.heter-odon(Bleeker)was established:an ISSR-PCR reaction system with a total volume of 25 μL containing 1.5mmol/L Mg~(2+),0.16 mmol/L dNTP,0.2μmol/L primer,1U Taq DNA polymerase and 140 ng DNA tem-pie.The testing results of the reaction system confirmed that it can produce stable and reproducible electrophoretic bands with high polymorphism of ISSR-PCR for C.heterodon(Bleeker).     

旱稻孢囊线虫ISSR反应体系的建立与优化

采用正交设计对旱稻孢囊线虫ISSR–PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物)在4个用量水平上进行优化试验。结果表明,旱稻孢囊线虫ISSR–PCR最佳的反应体系为:在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.3μL﹑模板DNA 1μL﹑d NTPs(2.5 mmol/L)2μL﹑引物(10μmol/L)1μL﹑10×PCR Buffer(20 mmol/L Mg2+plus)2.5μL。引物UBC887最适退火温度为48℃。优化的旱稻孢囊线虫ISSR–PCR的反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。     

菊属ISSR反应体系的建立及优化

以菊属野生种和不同类型菊花品种为试验材料,通过正交试验对菊属ISSR-PCR反应体系进行初选,在此基础上对体系中的dNTP、引物、Mg2 、TaqDNA聚合酶、模板DNA等最佳浓度进行了筛选,通过稳定性检测,优化了菊花ISSR-PCR反应体系:总体积20μl,DNA模板量60 ng;引物浓度0.5μmol/L;dNTP浓度100μmol/L;Mg2 浓度1.875 mmol/L;Taq聚合酶1 U。     

野牛草ISSR-PCR反应体系的优化与建立

根据正交试验设计原理探索野牛草[Buchloe dactyloides(Nutt.)Engelm.]ISSR-PCR反应体系中各主要成分的最优化用量,对影响野牛草ISSR-PCR反应体系的主要因素[d NTP、Taq DNA聚合酶、引物(Primers)、Mg~(2+)的用量]进行优化,获得野牛草的ISSR-PCR最适反应体系为20μL的反应体系,包括引物(2.0μmol/L)4.0μL、Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.2μL、MgCl_2(25 mmol/L)1.6μL、d NTP(2 mmol/L)2.0μL和模板DNA(20 ng/μL)3.0μL。该优化体系的建立为利用ISSR分子标记进行野牛草种质资源遗传多样性研究、种质资源鉴定等奠定了基础。     

三七病原根结线虫的分子鉴定

利用设计合成的1对北方根结线虫（Meloidogyne hapla）特异性寡聚核苷酸引物Mh-F／Mh-R,以北方根结线虫、南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫全基因组DNA为对照,对采自云南文山、砚山、马关、蒙自等地区的三七根结线虫全基因组DNA进行PCR特异性扩增。结果表明,设计合成的引物能从北方根结线虫和供试的4个三七病原根结线虫全基因组DNA中扩增到462bp长度的分子片段,而南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫的全基因组DNA无扩增产物。表明4个地区的三七病原根结线虫种群均为北方根结线虫,该对引物可用于三七根结线虫的分子鉴定。     

中药艾总DNA的提取及ISSR-PCR反应体系的优化

为探索艾的遗传多样性,采用正交试验方法 L16(45)与单因素分析法相结合对其PCR反应的5个主要因素(Mg2+、引物、模板DNA、dNTPs以及Taq酶)在4个水平上分别进行优化。结果表明:得到最佳的反应体系(20μL)为模板DNA 60ng,Mg2+2.5mmol/L,引物0.8μmol/L,dNTPs 0.15mmol/L,Taq酶1.0U。通过统计数据分析,对艾ISSR-PCR反应的影响程度依次为Mg2+浓度引物模板DNAdNTPs浓度Taq酶。     

‘兰州百合’ISSR-PCR体系的优化

以‘兰州百合’为试材,采用CTAB法提取百合嫩叶DNA,对‘兰州百合’ISSR-PCR反应体系的Taq酶、dNTP、引物和模板DNA进行4个因素4个水平优化试验,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳结果分析,最终获得的最佳反应体系为:25μL反应体系中含Taq DNA聚合酶0.5U,dNTP 0.3mmol/L,引物0.5μmol/L,模板DNA 60ng,10×Buffer(20mmol/L Mg2+plus)2.5μL,不足部分用ddH2O补足.在获得最佳反应体系的基础上确定了引物最佳退火温度为53℃,最佳循环次数45次.该优化体系以UBC873作为引物对18份‘兰州百合’材料DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示该优化体系具有较高的扩增稳定性.     

珍稀濒危植物宝华玉兰ISSR-PCR反应体系建立及优化

为建立和优化宝华玉兰(Magnolia zenii Cheng)ISSR-PCR反应体系,采用正交试验和单因子试验方法对影响PCR扩增体系中的Mg~(2+)、d NTPs、DNA模板、引物和Taq聚合酶一定浓度的用量5个因子进行分析比较。结果显示,宝华玉兰ISSR-PCR 25μL反应体系中的5个因子最佳水平分别为DNA模板(20 ng/μL)3.5μL,引物(10μmol/L)1.25μL,Taq聚合酶(5 U/μL)0.2μL,Mg~(2+)(25 mmol/L)2.0μL,d NTPs(2.5 mmol/L)0.8μL。宝华玉兰ISSR-PCR反应的最优体系建立,为进一步利用ISSR对其进行分子标记辅助育种、分子身份证构建和遗传多样性分析等后续研究奠定了基础。