中国矮马群体mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用线粒体细胞色素 b（mtDNA Cytb）基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度（Hd）（0.869）,最低的为四川矮马（0.740）,核苷酸多样度（Pi）最高的为贵州矮马（0.00435）,最低的为宁强矮马（0.00227）,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支均含有5个矮马群体的信息。【结论】5个矮马群体总体上具有较高的遗传多样性,其中云南、贵州及德保矮马的遗传多样性相对较高,四川和宁强矮马相对较低;系统发生关系分析说明中国5个矮马群体存在基因交流,具有多重母系起源。     

德宏水牛mtDNA Cytb基因多态性研究

通过对29头德宏水牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到了7种单倍型、14个核苷酸的多态位点,单倍型多样度(Hd)为0.672,核苷酸多样度(Pi)为0.002 3,表明德宏水牛具有丰富的遗传多样性.同时发现德宏水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG.NJ系统发育树构建的结果表明德宏水牛Cytb基因有2个支系A和B,这说明德宏水牛起源于2个母系.     

三个品种马PPARGC1A基因PCR-SSCP多态性分析

【目的】研究三个品种马PPARGC1A基因的多态性,为马分子育种奠定一定基础。【方法】以焉耆马、伊犁马、纯血马共161匹马为对象,用PCR-SSCP、DNA测序等技术研究分析马PPARGC1A基因的多态性。【结果】焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因均有多态性,在75682碱基处发生G→A的突变,导致等位基因A变为等位基因B,产生从、BB、AB 3种基因型,基因频率计算结果显示,焉耆马,伊犁马处于Hardy-Weinberg非平衡状态。【结论】PPARGC1A基因在焉耆马与伊犁马中均存在多态性。     

中国部分鸽mtDNA D－loop区遗传多态性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,测定中国境内8个品种（系）鸽108份样本mtDNA D－loop区部分序列,研究中国部分肉鸽品种（系）的遗传多态性与系统进化关系。结果表明,在扩增的761 bp mtDNA D－loop区序列间发现3个变异位点,约占分析位点总数的0．39,具4个单倍型;8个群体内单倍型多样度为0．333～0．867,总体单倍型变异度为0．559,总体核苷酸多样度为0．00085,表现出较为贫瘠的遗传多态性,未表现出显著的遗传分化;石岐鸽与欧洲肉鸽Ⅰ、银羽王鸽与欧洲肉鸽Ⅰ、泰深鸽与银羽王鸽间呈现出较大的遗传距离,在后期配套系培育及杂交优势利用方面具较大遗传选育空间。     

贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究*

 务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。     

普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

马MxA基因第12外显子多态性检测研究

[目的]建立检测马MxA基因第12外显子多态性的快速、准确方法。[方法]采用错配聚合酶链反应（mismatchPCR）对马MxA基因第12外显子进行扩增,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析（RFLP）,鉴定MxA基因cDNA第1790位核苷酸点突变,并对PCR产物进行核苷酸序列分析。[结果]马MxA基因第12外显子区域存在AA、AB、BB3个基因型;位于cDNA序列第l790位点的碱基发生变异（由汕c）,引起了MxA蛋白编码区第562氨基酸由色氨酸变成半胱氨酸的变异;使用mismatchPCR—RFLP法所得PCR产物特异性序列,与RFLP分析结果相符。[结论]采用mismatch PCR—RFLP对马MxA基因12外显子的多态性进行检测操作简单,结果准确。     

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析.结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon 16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型.3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875.基...     

贵州麻羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。     

羊、牛、驴三类物种的mtDNA多态性研究进展

线粒体DNA(mtDNA)是真核生物内唯一存在的核外遗传物质,目前,人们普遍的观点是mtDNA遵循一种母系遗传方式.有关mtDNA的遗传结构、基本特征等方面已积累了丰富的资料.从mtDNA的结构特点、基本特征、研究现状以及研究方法等方面进行了阐述.并且它已经越来越多的应用于山羊、绵羊、黄牛、水牛、驴等物种的多态性以及母系起源进化方面的研究,这为品种选育以及保种提供了理论基础.     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

山羊mtDNA多态性及其遗传结构的研究*

 对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。     

东北狍mtDNA D-loop序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东北狍(Capreolus capreolus)mtDNA D-loop序列进行扩增,所得PCR产物经纯化后克隆测序,得到622bp的核苷酸片段,多态位点数(S)为351,核苷酸多样性(Pi)为0．3492,平均核苷酸差异数(K)为166．238。狍的mtDNA D-loop区序列个体变异程度大,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

[目的]探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据.[方法]以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高...     

伊犁马在四个微卫星位点上的遗传多样性分析

通过四个微卫星位点对伊犁马进行了遗传检测 ,用8;非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR扩增产物.统计该群体的等位基因的组成、等位基因数.利用等位基因频率计算出多态信息含量、杂合度及其平均值.结果表明四个微卫星位点在伊犁马中的平均多态信息含量为0.697 3,属高度多态,可作为有效的遗传标记用于伊犁马遗传多样性的分析.     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

南海斑点马鲛群体遗传多样性研究

本研究采用PCR技术对采自广州附近海域的斑点马鲛(Scomberomorus guttatus)19个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop基因进行扩增和分析,结果表明,该斑点马鲛群体的遗传多样性较为丰富,19个个体通过聚类形成两大分支,表明该群体可能来源于2个不同的母系祖先。     

中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。