DNA条形码技术在海马物种鉴定中的应用分析

海马具有重要的药用和观赏价值,但因其可供鉴定的形态特征较少,应用形态学对海马进行种水平的鉴定时经常会遇到很多困难。DNA条形码技术为海马物种鉴定提供了重要的鉴定方法。通过检索生命条形码数据库（BOLD）和GenBank数据库中海马的DNA条形码信息,应用MEGA软件计算海马种间遗传距离,分析DNA条形码在海马物种鉴定中的应用效果。结果表明,COI基因条码可以有效鉴别大部分种以上阶元的海马,但对亲缘关系较近的海马难以获得准确的鉴定结果。还有一些海马尚无相关的基因信息,也无法通过基因条形码进行鉴别。因此,应用DNA条形码鉴定海马物种尚有一定的局限性。     

DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用

水生动物是一类主要生活于水中的动物类群,其具有种类多样、分布广泛、复杂难辨等特点,但是对于水产动物的物种鉴定长期以来一直困扰着相关方面的专家和学者.随着DNA条形码技术的提出,其已被成功地应用于水生动物的物种鉴定.整理总结了国内外使用DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用.     

动物性中药材地龙DNA条形码初步研究

利用通用引物对中药材地龙的COI、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙CO Ⅰ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析.结果显示:(1) 中 药材地龙CO Ⅰ片断的长度为682 bp.其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26％.碱基A+T的含量为58.8％、G+C的含量为41.2％.16S rDNA片断的长度为503 bp.其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14％,碱基A+T的含量为62.4％、G+C的含量为37.6％;(2)获得CO Ⅰ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16s rDNA序列的登录号为HQ405777 -HQ405783;(3)中药材地龙DNA中CO Ⅰ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码.     

基于线粒体COⅠ基因的DNA条形码在沼虾属种类鉴定中的应用

为探索DNA条形码在沼虾属(Macrobrachium)种类鉴定中的可行性,对21种沼虾(亚洲群体7种和美洲群体14种)的COⅠ基因片段序列进行分析。结果显示:沼虾COⅠ基因组成偏倚明显,AT含量(57.74%)高于GC(42.26%),GC在各个密码子位点的含量由高到低分别为第1密码子位点(49.24%)、第2密码子位点(40.72%)、第3密码子位点(36.82%);基于Kimura2–Parameter模型分析21种沼虾的种间和种内平均遗传距离分别为0.753和0.005,种间平均遗传距离是种内遗传距离的150.6倍,符合HEBERT所推荐的鉴定不同物种的最小有效种间遗传距离为0.02以及种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准;在分子系统发育树中,NJ树和ML树的拓扑结构基本一致,亚洲种群和美洲种群分别以100%和82%的置信度形成2个姐妹支,并且同种沼虾都以较高的置信度聚集在同一分支内。研究结果证明,线粒体COⅠ基因能有效地对沼虾属的种类进行鉴别。     

基于Cytb基因的穿山甲科物种鉴定研究

为鉴别混有非穿山甲物种疑似检材的来源物种,基于细胞色素b基因设计了穿山甲科特异的新引物DCW-F1/DCW-R1。试验表明：其特异性良好、灵敏度较高、适用检材类型较广。采用BLAST比对法、遗传距离法和系统发育法分析了4组不同长度Cytb序列,研究序列长度对穿山甲物种鉴定的影响。结果表明,多数样本与相应穿山甲物种同源序列相似度均高于98%,建议将该值作为BLAST比对法的判别标准;除马来穿山甲(211 bp)和树穿山甲(421和211 bp)外,剩余5个穿山甲物种种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离,序列长度的变化和样本量的不平衡会导致该比值不稳定;除马来穿山甲和菲律宾穿山甲,其余物种均为单系,序列长度变短使得系统发育树拓扑结构和分支置信度发生相应变化。     

基于线粒体COI基因序列分析家鸭系统发育关系

根据北京鸭线粒体DNA( mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列.结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COI基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856.聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001～0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003 ～0.006.基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的番鸭聚为第1类,应属于鸭亚科;雁属的白额雁、灰雁与天鹅属的黑天鹅聚为第2类,应属于雁亚科;鹊雁与中国骛一起聚为第3类,应属于鹊雁亚科.上述结果表明,基于COⅠ基因条形码,在亚科阶元上,所有鸭科物种分类与以往分类结果是一致的.因此,使用DNA条形码鉴定物种系统发育关系时,需考虑阶元划分标准.     

DNA条形码在鱼类胃含物种类鉴定中的应用

DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。     

线粒体DNA分子技术在斑点叉尾鮰物种鉴定中的应用

[目的]应对出口水产品国外技术贸易壁垒,建立一种能被国际上普遍接受的进出口水产品中斑点叉尾鮰物种真伪鉴定方法,该方法也有助于我国水产品行业商业欺诈认定裁决工作。[方法]采用酚-氯仿抽提法提取水产品中基因组DNA,利用自行设计的引物D-loop F/D-loopR,对斑点叉尾鮰及大口鲇、革胡子鲶、鲤和鲫等物种的线粒体DNA D-loop和COⅠ区进行PCR扩增测序比对,根据斑点叉尾鮰物种D-loop区的序列寻找其特异性酶切位点,对D-loop区进行酶切鉴定。[结果]]建立的DNA提取技术可以满足水产品中线粒体D-loop扩增的要求,斑点叉尾鮰D-loop对应的最佳退火温度为54.8℃,其在D-loop序列的200 bp处有一特异性酶切位点EcoRⅠ。[结论]建立的斑点叉尾鮰产品中DNA提取、扩增技术及EcoRⅠ特异性酶切图谱方法,不需测序就能够将斑点叉尾鮰与其他近似物种区分开来,该方法适于进出口水产品贸易中斑点叉尾鮰产品的物种真伪鉴定。     

基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属（Gymnothorax）鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列（504bp）。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明：（1）504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异（37.1%）;（2）序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;（3）细斑裸胸鳝（Gymnothorax fimbriatus）与黑斑裸胸鳝（G.favagineus）之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;（4）在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。     

2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化

为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量(47.5%)低于G+C含量(52.5%);共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体(占总个体数的56.25%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数(Fst)为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。     

广东省鳞翅目桑树害虫种类调查与鉴定

鳞翅目害虫是广东桑树(Morus alba L.)种植区主要为害桑树的害虫种类,每年都会对蚕桑生产造成较大的经济损失.从2016年10月至2017年10月,通过对桑园鳞翅目害虫的调查与采集,利用形态和分子(细胞色素氧化酶亚基I基因mtCOI)鉴定的方法对其进行系统鉴定,共鉴定出5种鳞翅目害虫,分别为桑螟(Glyphodes pyloalis Walker)、棕斑澳黄毒蛾(Orvasca subnotata Walker)、棉古毒蛾(Orgyia australis Walker)、柑橘长卷叶蛾(Homona coffearia Meyrick)和大钩翅尺蛾(Hyposidra talaca Walker);其中,棕斑澳黄毒蛾(Orgyia subnotata Walker)为国内首次报道为害桑树,柑橘长卷叶蛾(Homona coffearia Meyrick)、大钩翅尺蛾(Hyposidra talaca Walker)为广东省内首次报道为害桑树.     

2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化

为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量(47.5%)低于G+C含量(52.5%);共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体(占总个体数的56.25%);平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数(Fst)为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。     

一种昆虫的分子生物学鉴定

[目的]生物学鉴定攀西地区1种重要的经济昆虫。[方法]采用分子生物学技术对该昆虫进行线粒体细胞色素氧化酶（COI）基因种属特异性研究。[结果]利用PCR技术扩增出长度为1 100 bp的序列,经过序列分析比对,确定该昆虫属于昆虫纲,广翅目（Mega-loptera）,齿蛉科（Corydalidae）,巨齿蛉属（Acanthacorydalis）。[结论]结果为人工养殖该种昆虫提供了重要的理论依据。     

桑蟥DNA条形码与系统进化分析

动物的线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)是进行种质资源鉴定的DNA条形码序列。本文利用PCR扩增和DNA测序技术获得桑蟥(Rondotia menciana Moore) COI 5′端618 bp的基因片段(GenBank登录号:JX195182),与家蚕和野桑蚕该段线粒体基因序列的一致性达99%,但更偏好于使用碱基T。在所分析的蚕类昆虫中,桑蟥与野桑蚕、家蚕的遗传距离最小,与栗蚕的遗传距离最大。构建的NJ和UPGMA分子树中,与蚕蛾科昆虫野桑蚕、家蚕聚合在同一分支。     

鳅科鱼类DNA条形码鉴定及系统进化研究

【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。     

杨树萤叶甲DNA条形码研究

[目的]杨树萤叶甲(杨毛臀萤叶甲)(Agelastica alni orientalis Baly)主要分布于新疆,是杨、柳及苹果等林果的重要食叶害虫,对作物的严重危害期通常在幼虫期,难以对此做出准确鉴定.运用DNA条形码技术可以对害虫各龄期的标本进行快速和准确的鉴定.[方法]通过提取杨树萤叶甲的基因组DNA,以线粒体细胞色素氧化酶(COⅠ)基因作为通用引物进行PCR扩增,最后获得准确的碱基序列作为杨树萤叶甲的DNA条形码.[结果]根据杨树萤叶甲在不同龄期的DNA序列一致的原理,运用DNA条形码研究技术,获得了杨树萤叶甲成虫和三龄幼虫的CO Ⅰ基因序列,并进行了序列分析.结果显示相似性最高可达97.74;.获得的序列可以用于对杨树萤叶甲的禄步鉴定.[结论]DNA条形码技术可简单、快速、准确的鉴定不同龄期杨树萤叶甲的标本,为及时采取害虫防治措施提供基础数据.     

细胞色素B基因检测方法在物种鉴定中的应用

运用DNA分析方法进行物种的鉴定是近些年来形成的一种愈发成熟并且精确、可靠的技术手段,其中位于线粒体DNA中的细胞色素B基因因为在不同种属间有着明显的差异,可以用来作为物种分子鉴定中的标准基因,笔者通过对动物样品的实际检测研究,证明了在非法贸易动物物种鉴定以及动物肉质食品真假鉴定中,可以将细胞色素B基因检测方法作为一种非常有效的技术手段。     

基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析

以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性.结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核昔酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性.     

雷公山自然保护区摇蚊科的物种鉴定

基于DNA条形码和形态学对雷公山自然保护区的摇蚊类群进行物种鉴定。结果表明,自然保护区内的摇蚊类群共计4亚科12属18种,并对其中的12属特征进行补充描述,附18种摇蚊成虫的整体标本图;通过DNA条形码分析得到18个mOTU(Molecular operational taxonomic unit),与形态学结果一致。