葡萄炭疽病菌SRAP遗传多样性分析

探讨葡萄炭疽病菌的变异和群体结构,为进一步深入研究葡萄炭疽病的发生、流行及防控技术提供理论依据。采用SRAP分子标记技术对不同地区的25个葡萄炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)菌株进行遗传多样性分析。利用4个菌株从100对引物组合中筛选出6对扩增条带多样性丰富、稳定性较好的引物组合;对供试的25个菌株进行SRAP扩增,共得到164条清晰可辨的条带,其中多态性条带为156条,多态性比率为95.12%;利用NTSYS-2.1软件进行病原菌的聚类分析,其相似性系数在0.61~0.95之间。不同地区葡萄炭疽菌的亲缘关系较近,遗传多样性丰富,但各菌株间存在遗传差异,且菌株之间的差异与地理来源无明显相关性。     

基于ISSR揭示草莓种子不同剂量γ辐射效果及遗传多样性

为研究丰香草莓种子辐射诱变后培育的植株性状遗传变异程度,本研究用3种剂量梯度的γ射线(~(60)Co)对丰香草莓的种子进行辐射诱变处理,并筛选合适的ISSR引物进行辐射效果及辐射后群体的遗传多样性分析。结果表明:(1)筛选出的4个ISSR引物可用于草莓辐照选育后的遗传变异分析;4条引物共扩增出31条条带,其中24条为多态性条带,多态性比例达79.14%。(2)3个辐照群体的遗传相似均在96%以上,高于与未辐射处理对照的平均遗传相似系数,辐照群体间的基因多样度、分化指数以及分子方差变异分析结果均表明遗传变异主要是由辐照引起的。(3)对遗传相似系数进行聚类分析表明辐照群体产生了较大的遗传变异;Shannon's信息指数及Nei's遗传多样性指数分析结果显示高剂量辐照的遗传多样性也相对高。     

新疆薰衣草种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究应用ISSR标记对19份薰衣草种质的遗传多样性进行分析。结果显示:从100条引物中筛选出9条多态性明显的引物,19份材料DNA共扩增出94条谱带,其中多态性谱带40条,多态性比率为42.6%,平均每个引物扩增条带数为10.4条;9条ISSR引物可将所有样品完全分开,当遗传相似阈值为0.69时,可将样品分为3个类群:第Ⅰ类群13个品种(系)可分为2个亚类,第Ⅱ类群5个品种(系)可分为2个亚类,第Ⅲ类群1个品种(系)。样品间的遗传相似性系数为0.325~0.975(平均0.737)。群体的有效等位基因数、基因多样度、Shannon信息指数分别为1.454 0、0.280 5和0.435 4。研究结果表明,19个新疆薰衣草种质资源遗传多样性水平处于较高。     

云南马铃薯地方品种‘转心乌’实生群体遗传多样性的ISSR分析

本研究采用ISSR标记技术,从公开发表的文献中选取多态性丰富,稳定性好,重复性高的12条IS-SR引物对马铃薯品种‘转心乌’及其100个实生个体的遗传变异性进行研究。研究结果表明,12条引物共检测到77条带,其中每条引物检测到5～7条带,平均每个位点的等位基因变异数为6.4条;多态性条带数为43条,多态性比例为55.84%。供试材料间的遗传相似系数的变异范围介于0.78～0.96之间,在0.785处可将所有供试材料划分为3大类。UPGMA聚类分析结果表明,100个材料与母株相比,虽然遗传相似性很高,亲缘关系较近,但均有不同程度的变异,没有1个材料与母株在基因型上表现完全相同;实生群体内在分子水平上也没有检测到完全一致的两个个体,这表明要利用实生群体获得完全一致的群体有相当的难度。该结果也表明利用实生种子保存种质,不失为保存马铃薯遗传多样性的有效方法。     

基于SSR标记的76份紫心甘薯品种的遗传多样性分析

为探明中国育成的紫心甘薯品种之间的遗传多样性和遗传差异,本研究利用124对SSR引物对搜集到的76个紫心甘薯品种进行遗传多样性分析。通过6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳获得76个品种的PCR扩增条带数据,构建0～1数据矩阵,利用NTSYS 2.10e软件计算Nei's遗传距离,将遗传距离系数矩阵导入MEGA 7.0.26,进行遗传距离分析和NJ聚类分析;利用Structure 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明:124对引物共扩增出750条条带,其中多态性条带为90.13%,每对引物检测出2～18个等位变异,平均6.05个;76个紫心甘薯品种的遗传距离在0.044 2～0.601 0之间,平均为0.292 1,进一步分析发现,中国各薯区品种间的遗传距离较近,外引品种绫紫与中国各薯区品种间的遗传距离较远,因此可以通过引进国外紫薯品种来扩大中国紫心甘薯的遗传背景;在遗传距离0.261 3处可分为3个族群,在0.225 3处可分为9个族群,在0.217 3处将第Ⅸ族群划分为4个亚群,来源地相近或拥有相同亲本的紫心甘薯材料有聚在一起的趋势;通过对群体结构K值分析,发现76份品种划分为3个稳定的群体,最大Q值分析发现,最大Q值越大群体的遗传背景就越简单,最大Q值0.6时,品种的遗传成分来源于不同群体,群体间存在明显的基因交流,76个紫心甘薯品种遗传成分有3个变异来源。     

同一病株西瓜枯萎病菌RAMS分析

利用RAMS (Random amplified microsatellites)分子标记技术对河北省不同地区的3个西瓜枯萎病病株分离物Fon1、Fon2、Fon3各10个单孢菌株进行了基因组多态性分析。10个RAMS引物进行扩增, Fon1共扩增出39条带,其中多态性条带9条;Fon2共扩增出40条带,多态性条带5条;Fon3共扩增出40条带,多态性条带4条。结果分析表明,同一病株分离物的不同单孢菌株之间在分子水平上存在遗传差异性。     

同一病株西瓜枯萎病菌RAMS分析

利用RAMS(Randomamplifiedmicrosatellites)分子标记技术对河北省不同地区的3个西瓜枯萎病病株分离物Fon1、Fon2、Fon3各10个单孢菌株进行了基因组多态性分析。10个RAMS引物进行扩增,Fon1共扩增出39条带,其中多态性条带9条;Fon2共扩增出40条带,多态性条带5条;Fon3共扩增出40条带,多态性条带4条。结果分析表明,同一病株分离物的不同单孢菌株之间在分子水平上存在遗传差异性。     

国内外陆地棉品种资源的亲缘关系和遗传多态性研究

 应用SSR分子标记对国内外74份棉花种质资源的遗传多样性进行分析,从2278条SSR引物中筛选出82条引物,这82条引物共扩增出个435条带,其中多态性带313个,多态率达83.70%,平均每条引物扩增出3.81个条带。UPGMA聚类分析结果表明,74份材料的相似性系数(GS)变化范围在0.371～0.958。其中国内品种遗传相似系数变化范围在0.684～0.916,平均遗传相似系数大小顺序为：长江流域棉区品种>特早熟棉区品种>短季棉品种>黄河流域棉区品种>新疆品种。国外品种遗传相似系数变化范围为0.661～0.958,平均遗传相似系数大小顺序为：乌兹别克斯坦品种>法国品种>墨西哥和前苏联品种>美国和巴基斯坦品种>乌干达品种>印度品种>澳大利亚品种。聚类图0.760阈值处可以把国内外品种聚为两类,26个国内品种和1个国外品种被聚为国内品种类,包括3个亚类。绝大多数国外品种为一类,包括4个亚类。本研究结果表明,SSR具有丰富遗传多样性和稳定性,是一种较好的遗传分子标记,适宜于棉花品种遗传多样性分析。     

基于SRAP标记的大蒜种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对18个大蒜群体的遗传多样性进行分析,用Popgene 32软件计算遗传多样性参数,并采用NTSYS pc 21-2软件进行种质间的UPGMA聚类分析和基于遗传一致度的群体间聚类分析。结果表明,22对引物扩增出161条多态性条带,引物的多态性信息指数(PIC)在0.635 7～0.889 7之间。种质间的平均Nei’s遗传多样性指数(H)为0.434 8,平均Shannon’s信息多样性指数(I)为0.623 3,基因分化系数(Gst)为0.360 4,基因流(Nm)为0.887 4。群体间的遗传一致度范围为0.633 5～0.974 4,遗传距离范围为0.025 9～0.456 4,Nei’s基因多样性(H)介于0.144 1～0.355 7之间,Shannon’s信息指数(I)在0.210 3～0.529 7之间。采用NTSYS-sp 2.1软件构建UPGMA聚类图,大蒜种质间和群体间分别在遗传相似系数为0.58和0.83时将供试材料分为五类,其中I类又可分为7个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小。     

基于SRAP标记的花椒种质资源遗传多样性及群体结构分析

为探讨花椒种质资源的遗传多样性和群体结构特征,用SRAP分子标记技术对采自陕西、山西、云南、四川、甘肃5个种源地的269份花椒属样品的遗传多样性进行了研究。结果表明:从120对引物组合中筛选出了16对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合;269份花椒属样品用这些引物组合共扩增出169条清晰可重复的条带,其中多态性条带151条,多态性比率为93.8%;通过UPGMA分子系统聚类法,将269份花椒属种质划分为2个类群,即竹叶椒类群和花椒类群;在所研究的5个种源中,陕西花椒的遗传多样性水平最高,陕西和甘肃花椒的遗传距离最小,陕西和云南花椒的遗传距离最大;AMOVA分子变异分析显示,在花椒总的遗传变异中,种源内占74%,而种源间仅占26%;Structure群体遗传结构和UPGMA聚类结果一致,且种源间存在明显的基因交流现象。结果为花椒资源的收集、分类和鉴定工作以及育种工作提供了理论依据。     

我国棉花黄萎病菌基于SSR的遗传多样性分析

为了对棉花黄萎病菌群体的遗传多样性进行研究,以棉花黄萎病菌基因组DNA为模板,用双因素和单因素水平优化的方法对SSR反应体系的重要参数进行摸索和优化,建立了最适反应体系.从300对引物中筛选出13对多态性较高的引物,并对来自我国12个省96个县(市)的170个棉花黄萎病菌株进行SSR分析.SSR图谱的聚类分析结果将供试...     

Pathogenicity Differentiation and Pathotype Distribution of Verticillium dahliae from Cotton in Hunan Province

[Objective] The study of pathogenicity differentiation of Verticillium dahliae in the cotton growing areas in Hunan province could provide theories for breeding and promoting resistant varieties as well as integrated control of Verticillium wilt of cotton. [Method] Seventy seven strains of V. dahliae from major cotton growing areas in Hunan province were evaluated their cultural characteristics. The growth rate, sporulation quantity and pathogenicity of 31 strains among them were tested and SAS 9.1.3 statistical analysis software was used to cluster the pathogenicity of the tested strains. The special primer (D-1/D-2 and ND-1/ND-2) for polymerase chain reaction assay was used to test pathotype of 24 strains. [Result] According to their colony morphology on potato dextrose agar media and culture characteristics, the strains were classified into the sclerotium type, the hyphal type and the intermediate type accounted for 14.28%, 42.86% and 42.86%, respectively. The growth rate and sporulation quantity of the strains were 1.22–2.54 mm·d^－1 and 5.3×106–40.6×106 spore·mL^－1, which showed significant difference. In addition, based on the clustering results of average disease index,the strains were clustered into three groups which showed high (Type Ⅰ), low (Type Ⅱ) and moderate (Type Ⅲ) virulence to cotton with the proportion of 3.2%, 12.9% and 83.9%, respectively. [Conclusion] It is conclude that the main culture types of V. dahliae in Hunan province are the hyphal type and the intermediate type, and the strains showed pathogenicity differentiation. The result showed that defoliating pathotype of V. dahliae was dominant in the cotton growing areas of Hunan province．     

新疆棉花黄萎菌不同致病类型的RAPD指纹分析

用 RAPD- PCR技术 ,对采自新疆各地的 2 7个棉花黄萎菌株的遗传分化及致病性进行了研究。从 1 2 0个随机引物中筛选出 1 1个随机引物 ,共在 2 0 4个位点上扩增出 RAPD谱带 ,其中 1 88个为多态性位点 ,占 92 .1 6%。RAPD电泳条带差异表明 ,新疆棉花黄萎病菌种群内部存在着显著的遗传分化。对 RAPD谱带进行聚类分析 ,将 2 7个菌株划分成 3大类群 ,这 3大类群与根据鉴别寄主反应划分的不同致病类型有一定的相关性 ,RAPD谱带差异与菌株的地理分布也有一定的联系     

河北省棉区黄萎病菌系基于RAPD的遗传分化研究

本研究对２３个棉花黄萎病菌系,其中１９个为河北省棉区不同致病群（ＶＧｓ）的代表性菌系,用２５个可揭示菌系遗传多态性的随机引物进行ＲＡＰＤ扩增,研究了病菌的遗传分化及与其来源和致病性的关系。结果表明,菌系间的遗传相似系数变化在０．４４２～１．０００之间,但大多数菌系间的同源程度较高。基于８９个ＲＡＰＤ标记的聚类分析表明,供试菌系被划分为２个ＲＡＰＤ群（ＲＧｓ）和８个ＲＡＰＤ亚群（ＲＳＧｓ）,其中河北省棉区黄萎病菌系的遗传分化程度较小,９５％的菌系归属于同一ＲＡＰＤ群（ＲＧ１）,仅１个菌系属于ＲＧ２。ＲＡＰＤ类群与病菌地理来源有一定相关性,但与病菌致病群（ＶＧｓ）相关性不大。进一步分析表明,ＲＡＰＤ亚群（ＲＳＧｓ）与ＶＧｓ间存在一定关系,其中ＲＳＧ１中的８个菌系全部为强致病力的ＶＧⅠ菌系;ＲＳＧ２中６６．７％的菌系为ＶＧⅡ菌系。ＲＧｓ和ＲＳＧｓ与菌系是否与落叶型无关。     

基于果实品质与EST-SSR标记的刺梨居群遗传多样性分析及核心种质构建

通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。     

江苏省棉花黄萎病菌的培养特性及致病力分化监测

 对2008年来自江苏的37个棉花黄萎病菌菌株进行了培养特性及致病性分化监测。根据在PDA培养基上生长时形成微菌核的多少,菌株可分为3种培养类型,其中菌核型占54.1%,菌丝型占24.3%,中间型占21.6%。菌核型上升成为主要的培养类型,并且出现了初分离培养时,菌落特征为完全黑色微菌核的菌膜菌核型菌株。采用特异性引物（D-1/D-2和ND-1/ND-2）PCR检测菌株的致病类型,结果落叶型菌株占83.8%,非落叶型菌株占16.2%,显示目前江苏省棉花黄萎病菌以落叶型菌株为主,并且在每个植棉市都有分布。苗期致病力测定表明江苏省棉花黄萎病菌存在明显的致病力分化,其中致病力强的菌株占27.0%,中等的占40.5%,弱的占32.4%,并且在落叶型和非落叶型群体中都存在致病力强、中、弱的菌株。     

The Monitoring of Cultural Characteristics,Pathotype, Pathogenicity Differentiation and ISSR Genetic Variation of Verticillium Dahliae Isolates from Cotton in Northern Xinjiang

[Objective] This research focused on determining the strains variation and pathogenic differentiation of Verticillium dahliae from cotton in north of Xinjiang. [Method] Seventeen Verticillium dahliae single spore strains were recovered from cotton in northern Xinjiang. Cultural characteristics, pathotype, pathogenicity and ISSR genetic variation of these strains were studied. [Result] The results indicated that all the examined strains were sclerotia type and the defoliating and non-defoliating strains accounted for 76.5% and 23.5%, respectively. The average disease index of defoliating strains (58.72) was slightly higher than non-defoliating strains (52.7). Comparing with nondefoliating strains, defoliating strains had higher disease index on Simian 3 cultivar and lower disease index on Ao 3503. Based on average disease index, the tested isolates could be divided into strong pathogenic type, middle pathogenic type and weak pathogenic type. No strains were weak pathogenicity, while the strong pathogenic strains and middle strains occupied for 94.12% and 5.88%, respectively. The genetic variation of these isolates was wide from ISSR fingerprint analysis and had certain correlation to pathotype. Most of the defoliating strains and non-defoliating strains were in different clades, respectively. The results also showed three defoliating strains xj13-3①, xj13-3② and xj13-3③ isolated from the same field were in different sub-clades. [Conclusion] These results indicate complicated genetic variation ofVerticillium dahliae in northern Xinjiang.     

广西马尾松天然林古蓬和浪水种源群体遗传多样性ISSR分析

从100个ISSR引物中筛选出10个多态性引物,对广西古蓬和浪水两个种源区的马尾松天然林5个群体共85份样品进行遗传多样性分析,古蓬种源三个群体47份样品共检测到192个位点,其中多态位点数为177个,浪水两个群体共38个样品检测到168个多态位点.对两个种源区的马尾松群体ISSR分析数据采用POPgene 32软件进行分析,结果表明:古蓬马尾松天然林群体内,总的多态位点百分率(P)为94.35%.总的Shannon信息指数(I)为0.4278,Nei's基因多样度指数(h)为0.2765;浪水种源马尾松群体内,总的多态位点百分率(P)为94.38%,总的Shannon信息指数(I)为0.5190,Nei's基因多样度指数(h)为0.3510;这表明马尾松天然林群体内遗传多样性水平高,个体闻基因多样性变异大.古蓬马尾松群体间的基因分化系数(Gst)为0.0481,浪水的为0.0363,这表明分别有95.19%和96.37%的变异存在予群体内;古蓬3个群体的基因流为9.8877,浪水两个群体的基因流为13.2643,这表明本研究分析中的种源内群体间存在比较高的近亲交配现象,因此有必要加大对马尾松天然林的保护力度,扩大天然林的保护范围.     

侵染甘蔗的高粱花叶病毒遗传多样性分析

为探明甘蔗花叶病的病原病毒之一高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus, SrMV)在我国华南地区的发生情况,从广东省广州、翁源、博罗及广西南宁等地甘蔗产区采集表现花叶症状的甘蔗叶片样品,采用1对病毒CP基因引物(P1:5′-ACAGCAGAWGCAACRGCACAAGC-3′、P2:5′-CTCWCCGACATTCCCATCCAAGCC-3′,Y=C/T,W=T/A,K=G/T,R=A/G),进行一步法RT-PCR检测,结果表明48%的样品受到SrMV侵染。根据寄主类型和地理来源,选取10份代表性样品,对经P1、P2扩增获得的病毒CP基因片段进行直接测序,所得序列经Blast比对确认均为SrMV CP序列。为揭示SrMV种内的遗传多样性,采用Clustal W方法对本文鉴定的10个SrMV分离物与GenBank中已报道的全部18个SrMV株系或分离物的CP基因序列进行多序列联配,并计算核苷酸同一性,结果显示各个SrMV分离物之间的CP基因核苷酸同一性为76%~100%。基于病毒CP基因核苷酸同一性的遗传多样性分析,SrMV种内分化成2个遗传变异类群,即杂种甘蔗组(HS group)和高贵甘蔗组(NS group),它们的分离物大多分别来自杂种甘蔗(hybrid sugarcane)寄主和高贵甘蔗(noble sugarcane)寄主。分离物之间的平均CP基因核苷酸同一性,在两组组内分别为87%和90%,两组间为80%。说明两组SrMV之间存在较大的遗传差异,寄主隔离是导致该病毒种内分化的主要因素。因此,在甘蔗花叶病的防治和抗病毒育种工作中,除需注意病原的种类和寄主类型外,还应充分考虑病原种内的遗传多样性。     

麻竹居群遗传分化的RAPD分析(英文)

利用RAPD分子标记对麻竹自然分布区11个居群的遗传分化进行了分析。从250个随机引物中筛选23个引物,对供试材料的DNA进行扩增,共扩增出139个DNA片段,其中多态性片段有75个,占53.96%。这说明麻竹具有较丰富的遗传多样性。扩增出的DNA片段大小在200～2000bp之间,每个引物扩增得到平均片段数目为4。研究结果显示麻竹居群间的遗传分化较大,高达44%。11个麻竹居群间遗传距离变幅为0.0387～0.4374。根据Nei's遗传距离进行算术平均数的非加权成组配对法分析(UPGMA),聚类结果将麻竹划分为四个类群,其中广西和贵州的麻竹居群与广东省麻竹居群间亲缘关系较近,而云南弥勒居群与其它居群亲缘关系最远。