红鳍东方鲀养殖群体生化遗传变异初步研究

采用水平凝胶电泳技术对红鳍东方鲀养殖群体进行了同工酶分析。本实验采用肌肉和肝脏两种组织,分析了8种酶,检测到9个位点,在0.99水平上,PGM*和IDHP*表现为多态,MPI*、LDH*、AAT*、SOD*、MDH-1*、MDH-2*和G3PDH*均为单态,多态位点比例为0.2222,平均预期杂合度为0.0998,实际观测杂合度为0.0467,平均有效等位基因数目为1.1840,PGM*位点的遗传偏离指数为-0.0707,杂合子缺失,IDHP*位点无杂合子,遗传偏离指数为-1。     

红鳍东方纯养殖群体生化遗传变异初步研究

采用水平凝胶电泳技术对红鳍东方纯养殖群体进行了同工酶分析.本实验采用肌肉和肝脏两种组织,分析了8种酶,检测到9个位点,在0.99水平上,PGM*和IDHP*表现为多态,MPI*、LDH*、AAT*、SOD*、MDH-1*、MDH-2*和G3PDH*均为单态,多态位点比例为0.222 2,平均预期杂合度为0.099 8,实际观测杂合度为0.046 7,平均有效等位基因数目为1.184 0,PGM*位点的遗传偏离指数为-0.070 7,杂合子缺失,IDHP*位点无杂合子,遗传偏离指数为-1.     

黄、渤海半滑舌鳎种群遗传结构的同工酶分析

采用水平淀粉凝胶电泳技术检测黄海、渤海半滑舌鳎两个群体的同工酶组织特异性并分析和研究其群体遗传结构。结果表明,半滑舌鳎的眼、鳃、肌肉、心脏、肝脏、肾脏、脾脏、鳍条、脑等9种组织和器官对18种同工酶的表达呈现明显的组织特异性。对肌肉和肝脏两种组织的PGDH、MPI、IDHP、SOD、AAT、MDH、LDH、G3PDH、PGM、LAP、ADH、SDH和ALP共13种同工酶进行了遗传学分析,共记录16个基因座位。其中,黄海群体在4个基因位点(IDHP、PGM、G3PDH、SDH)、渤海群体在5个基因位点(IDHP、PGM、MDH2、SDH、ALP)表现为多态,黄海和渤海群体的多态位点比例分别为0.2500和0.3125;两个群体的平均观测杂合度分别为0.0143、0.0104,平均预期杂合度分别为0.0140、0.0102;平均有效等位基因数则分别为1.0151和1.0108。两群体间的遗传距离为0.00012。半滑舌鳎的两个群体遗传多样性水平较低,两群体间无明显的遗传分化。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

梭鱼养殖群体与自然群体等位基因酶的遗传变异

采用水平淀粉凝胶电泳技术研究了梭鱼 (L iza haematochelia)自然群体 (2 9尾 )与养殖群体(31尾 ) 10种酶 2 2个位点的等位基因酶遗传变异情况。自然群体和养殖群体的多态位点比例 (P95)分别为 0 .2 6 2和 0 .131。在养殖群体中的 G3PD- 3和 PGM位点观察到相当多的杂合子 ,导致这两个位点杂合度远大于自然群体 ,进而造成养殖群体平均杂合度 0 .0 92± 0 .0 5 1高于自然群体的平均杂合度0 .0 6 4± 0 .0 36。而养殖群体的平均杂合子缺失指数 - 0 .36 4± 0 .10 4和平均有效等位基因数 1.132±0 .0 5 9高于自然群体的相应各值 :- 0 .0 6 77± 0 .0 76和 1.10 1± 0 .0 36。对两个群体各位点等位基因分布以及杂合度进行相关性检验 ,其相关系数分别为 0 .9838和 0 .816 3,相关程度较高。与其他位点相比 ,G3PD- 3和 PGM位点属于多变异位点 ,养殖群体在这两个位点杂合度较高的原因 ,可能与养殖过程中环境因素造成的蛋白质表达的个体差异有关。两个群体的 Nei遗传距离很近 ,为 0 .0 0 9;遗传相似程度很高 ,遗传相似性系数达 0 .991     

花鲈冷冻精液受精鱼苗与鲜精受精鱼苗的同工酶比较分析

采用水平凝胶电泳技术对花鲈(Lateolabrax maculatus)冷冻精液受精鱼苗与鲜精受精鱼苗进行了同工酶分析。本实验选取肌肉和肝脏两种组织,检测了IDHP、PGM、LDH、GPI、MDH、G3PDH、ME、HK、SOD、G6PD和SDH等11种酶,得到13个位点:IDHP*、PGM-1*、PGM-2*、LDH*、GPI-1*、GPI-2*、MDH*、G3PDH*、ME*、HK*、SOD*、G6PD*和SDH*。结果显示在0.99水平,SDH*和PGM-2*位点在两种受精鱼苗中均表现为多态,多态位点比例均为0.1538;平均预期杂合度分别为0.0460和0.0407,但未观测到杂合子,观测杂合度均为0,遗传偏离指数均为-1;有效等位基因数分别为1.0720和1.0850,花鲈冷冻精液受精鱼苗与鲜精受精鱼苗的遗传相似度为0.9991,遗传距离为0.0010。由此可见,花鲈的冷冻精液受精鱼苗和鲜精受精鱼苗间未出现同工酶水平上的遗传差异,冷冻保存精液完全适用于花鲈育苗生产。     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

长臀遗传多样性的微卫星标记分析

利用55对微卫星引物对珠江和海南长臀基因组DNA进行了扩增,有23对能扩增出清晰条带,其中有11对在珠江长臀中表现多态性,9对在海南长臀中表现多态。这些多态性位点的等位基因数在2~4之间,平均等位基因数2.91个。结果显示:珠江长臀的平均观测杂合度(Ho)是0.45,平均期望杂合度(He)是0.46,平均多态信息含量(PIC)为0.377;海南长臀的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别是0.58、0.53,平均多态信息含量(PIC)为0.426。两群体间的遗传相似度为0.875、遗传距离为0.133。     

黄姑鱼群体遗传结构的同工酶分析

采用水平淀粉凝胶电泳技术对黄姑鱼青岛、舟山和厦门3个群体的遗传结构和遗传分化进行了研究。在G3PDH、IDHP、LDH、MDH、PGDH、PGM、SDH和SOD等8种酶中,共检测到11个基因位点。3个黄姑鱼群体在G3PDH^＊和PGM^＊位点上均呈多态,其多态位点比例均为0.2。3个群体的平均杂合度观测值和预期值分别在0.0101～0.0379和0.0234～0.0399之间,平均每个位点的有效等位基因数在1.0290～1.0528之间。3个群体间遗传距离和遗传一致度分别为0.0004～0.0008和0.9992～0.9996。研究结果表明,3个黄姑鱼群体之间无明显的遗传分化。     

山东近海石鲽的同工酶分析

采用水平淀粉凝胶电泳技术研究山东半岛南岸海阳近海石鲽同工酶的组织特异性及群体遗传结构。结果表明，石鲽的眼、鳃、肌肉、心脏、肝脏、肾脏、脾脏和鳍条共8种组织的17种同工酶表达有明显的组织特异性。对肝脏和肌肉两种组织的AAT、ADH、EST、GPI、G3PDH、IDHP、LAP、LDH、MDH、MPI、PGDH、PGM、SDH和SOD等14种同工酶进行了遗传学分析，共记录了21个基因座位，其中，GPI-2^*、JDHP-2^*、MDH-1^*、MPI-1^*、PGM-3^*、SDH^*共6个基因座位呈多态，其多态座位比例为0．2857(P0.99)，平均观测杂合度和预期杂合度分别为0．0321和0．0283，平均有效等位基因数为1．3650，遗传偏离指数均大于零。石鲽和圆斑星鲽同工酶比较分析表明，二者在AAT^*、ADH^*、GPI-1^*、IDHP^*、LDH^*、MDH-1^*、MDH-2^*、MDH-3^*、MPI-1^*、PGM-1^*、PGM-2^*、SOD^*和SDH^*存在基因置换或近于基因置换，两种间的遗传距离为1．3117。     

Aspects of the population genetics of herring,Clupea harengus,around the British Isles and in the Baltic Sea

Electrophoretic variation within and among Clupea harengus L. samples taken from 10 locations in the northwest region of the British Isles and from a spawning site in the Baltic Sea and Thames Estuary were studied. Sixteen enzyme systems, coded by a putative 30 loci, were examined. Twelve loci were found to be polymorphic and were considered usable for population surveys. The proportion of polymorphic loci varied between 0.115 and 0.230 (0.95 criterion) and between 0.308 and 0.461 (0.99 criterion); average heterozygosity was 0.045 ± 0.02. Differentiation among samples was found to be low, even between samples from the west of Ireland and the Baltic Sea. The average Nei's genetic distance was 0.0004 and F_ST value was 0.002. The magnitude of genetic differentiation between stocks, as indicated from genetic distance values, is within a much narrower range than found between geographically isolated populations of other fish species. Temporal stability over three different development stages and eight overlapping year classes of North Irish Sea herring was demonstrated.     

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。     

光棘球海胆3个地理亚群的遗传多样性AFLP分析

应用AFLP技术对光棘球海胆的大连长海县群体、大连旅顺群体及日本青森县群体进行遗传多样性分析。试验结果表明,4对引物组合扩增得到231个扩增位点,其中168个多态位点,多态位点总比例为72.73%;3个群体的遗传多样性指数分别为0.3020±0.1925、0.2995±0.1977和0.2945±0.1935;Shannon多样性指数分别为0.4390±0.2767、0.4344±0.2820和0.4298±0.2766;群体内遗传变异系数为0.2987±0.0366,群体间遗传分化系数为0.0230,说明群体内的遗传多样性比较丰富。3个群体之间的遗传距离无显著差异,遗传相似度基本一致,用UPGMA方法对3个群体的143个个体的聚类分析显示,3个群体的个体交互混杂在一起,3个群体间没有因为地理隔离而产生明显的遗传分化。     

基于微卫星标记对6个花鲈群体的遗传多样性分析

为了解中国不同地理群体花鲈(Lateolabrax maculatus)的遗传结构,从花鲈基因组序列中筛选出11个具有多态性的微卫星位点,对中国沿海地区(天津、长岛、青岛、上海、厦门和北海)6个花鲈野生群体的遗传多样性进行分析.11个微卫星位点共检测到57个等位基因,7个微卫星位点具有高度多态性.6个群体的等位基因数(...     

基于线粒体控制区的中国南海海域卵形鲳鲹遗传多样性

为探讨中国南海重要经济鱼类卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)的遗传多样性,测定了广东闸坡、乌石、安铺和广西东兴以及海南新盈等5个地理群体97 ind样品的线粒体控制区5'端359 bp序列,发现47个变异位点,32个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.951)和高核苷酸(π=0.020 9)多样性的特点。在邻接树和单倍型网络图中出现2个分化显著但不存在明显地理聚群的分支,推测二者的分化时间约为60~18万年前(中更新世),可能是中更新世冰期海平面下降形成边缘海而导致隔离,间冰期海平面上升后出现二次接触。不同地理群体间的遗传分化不显著(Fst=-0.022 4~0.045 3),AMOVA分析也显示97%以上的遗传变异来源于群体内个体间。卵形鲳鲹2个谱系及总体的核苷酸错配图呈现多峰,中性检验均为负值不显著(P0.05),表明都未经历过大规模的种群扩张,处于相对稳定的状态。     

Wild stock structure of <Emphasis Type="Italic">Girella punctata</Emphasis> in Japan revealed shallow genetic differentiation but subtle substructure in subsidiary distributions

Twelve populations of Girella punctata, from widespread locations of the species’ range in Japan and Korea, were screened for sequence variability within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (n = 128) and at five polymorphic microsatellite loci (n = 547) to determine the genetic structure maintaining population integrity. mtDNA variability of 132 variable sites within a 334-bp region reveals shallow genetic differentiation across populations. The weak differentiation of G. punctata was partly supported by the screening of five polymorphic microsatellite loci. However, hierarchical analysis of molecular variance and principal component analysis on the basis of allele frequencies in microsatellite loci extracted a subtle substructure in a subsidiary population and in near-subsidiary populations in the semi-enclosed Seto Inland Sea.     

漠斑牙鲆微卫星标记筛选及美国群体遗传结构分析

采用磁珠富集法筛选适合漠斑牙鲆遗传多样性分析的微卫星分子标记。筛选共获得43条序列,其中完美型26个,占60.5%;非完美型14个,占32.6%;复合型3个,占6.9%。选取其中14对特异性好且扩增效率高的微卫星引物,对采自美国北卡罗来纳州沿海的漠斑牙鲆野生群体和养殖群体进行遗传多样性及遗传结构比较分析。研究结果表明,12对引物的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC>0.5)。两个群体中共检测到90个等位基因。12个多态性微卫星位点在两个群体中的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.57。9个位点在整个群体中呈现出不同程度的偏离遗传平衡(P<0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合子缺失(Fis>0)。野生群体和养殖群体间的遗传距离为0.1115,群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0438)。     

Population genetic structure of sea cucumber, Stichopus japonicus in Korea using microsatellite markers

Sea cucumber ( Stichopus japonicus ) is a commercially valuable species in Korea. We examined the genetic characteristics of sea cucumber populations in Korea using microsatellite markers. A total of 144 sea cucumbers from five populations were typed for nine polymorphic microsatellite loci. A total of 139 different alleles were found over all loci and many alleles were unique. The average number of allele per locus ranged from 6 to 18.4. The average observed and expected heterozygosities ranged from 0.532 to 0.626 and from 0.719 to 0.789 respectively. All populations showed significant departure from Hardy–Weinberg equilibrium at almost all loci except one (Psj2409). This deviation was in the direction of heterozygote deficit. A phylogenetic tree revealed two distinct clusters. One cluster was formed by the eastern sea population. A second cluster consisted of the subpopulations of the western and southern sea populations. The eastern sea population showed genetic differences such as a larger number of alleles per locus, a larger number of unique alleles and a smaller number of the most common alleles, suggesting a higher genetic diversity in this population. These results provide basic information on natural population genetic structure of S. japonicus in Korea.     

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。