巴西橡胶树HbNAC1转录因子互作顺式作用元件的筛选

巴西橡胶树HbNAC1转录因子可能与脱水信号诱导的橡胶乳管分化相关,此外,HbNAC1能结合Hb SRPP的启动子并调控该基因的表达,因此可能是一个橡胶产排胶调控相关基因。笔者首先构建多个顺式作用元件的p Ab Ai酵母单杂载体,然后构建HbNAC1转录因子的p GADT7-Rec2-HbNAC1载体,2种载体共转化Y1H Gold酵母菌株,然后通过酵母单杂交筛选与HbNAC1互作的顺式作用元件。结果表明,HbNAC1可结合JRE,CACG和ABRE顺式作元件并激活报告基因AUR1-C的表达。本研究结果为鉴定HbNAC1转录因子的靶基因,研究其下游基因的表达调控提供重要的线索。     

猪羰基还原酶1（CBR1）基因克隆及组织表达谱分析

为了深入研究猪羰基还原酶1(CBR1)基因的表达调控,通过PCR获得包括猪CBR1基因启动子和外显子、内含子的序列,并进行蛋白结构分析和系统进化关系比较,通过RT-PCR方法检测了CBR1基因在不同组织的表达丰度。结果表明,猪CBR1基因启动子区长度为2 875 bp,具有潜在典型的NFκB等转录因子结合位点;CBR1基因由3个外显子和2个内含子组成,外显子长度分别为289、108和437 bp,其中5′UTR和3′UTR分别为107 bp和242 bp,内含子长度分别为572 bp和3 219 bp,编码区由289个氨基酸组成;该蛋白为亲水性蛋白,无明显的信号肽,有2个跨膜区域;蛋白二级结构和三级结构主要由7个α-螺旋、7个β-折叠以及loop环构成。猪CBR1基因氨基酸序列与人、绵羊氨基酸的相似性较高,为84.48%。q RT-PCR结果表明,怀孕12 d的二花脸子宫内膜中CBR1基因m RNA的表达量极显著高于长大二元母猪;在怀孕12 d母猪9个组织中,CBR1在肾脏中的表达量最高,其次是肝脏和小肠。     

多穗柯MYB转录因子的鉴定及适应光因子调控黄酮类合成成员的筛选

为了研究多穗柯(Lithocarpus polystachyus Rehd)MYB转录因子在光胁迫时调控多穗柯黄酮类物质合成的作用，以不同光处理条件的多穗柯为试验材料，通过转录组学测序和生物信息学分析方法，对多穗柯MYB转录因子和多穗柯黄酮类物质合成关键基因进行了分析。结果标明：在多穗柯的转录组学测序数据中，鉴定得到60个LpMYB转录因子，按照DNA结合结构域的特点，将这些转录因子分为4个亚族(1R-MYB,R2R3-MYB,3R-MYB,4R-MYB),其中R2R3-MYB数量最多，占总LpMYB转录因子的43.33%。多穗柯大部分MYB转录因子能够适应红光胁迫；长时间的光照、适当的光照度提高了LpMYB转录因子的表达。鉴定得到10个参与调控黄酮类物质生物合成的S4、S5、S6和S7亚族LpMYB转录因子。多穗柯黄酮类物质合成相关基因与LpMYB转录因子的相关性分析结果表明，LpMYB转录因子在调控黄酮化合物的合成中发挥着重要的作用，LpMYB转录因子能够正调控黄酮类物质合成基因PAL、C4H、CHS3、ANS的表达，从而提高多穗柯的品质。     

猪lincRNA-CXCL6调控LPS诱导炎症反应的机制研究

[目的]本研究旨在探究猪长链非编码RNA lincRNA-CXCL6调控脂多糖(LPS)诱导炎症反应的分子机制,为防御猪的细菌性疾病引起的炎症损伤提供新的思路。[方法]利用互补DNA(cDNA)末端快速扩增技术获得lincRNA-CXCL6的全长序列,利用荧光定量PCR(qPCR)检测lincRNA-CXCL6的表达模式。构建lincRNA-CXCL6稳转的小鼠单核巨噬细胞白血病细胞(RAW264.7细胞),利用转录组测序分析lincRNA-CXCL6对LPS刺激后的细胞信号通路影响;利用Western blot和qPCR验证lincRNA-CXCL6通过细胞外调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)通路来调控LPS诱导的炎症因子表达。[结果]lincRNA-CXCL6全长985 bp,包含2个外显子。lincRNA-CXCL6在LPS和二酰脂肽(Pam2CSK4)刺激下表达量升高,并且随着LPS刺激时间的增加其表达量也逐渐升高;lincRNA-CXCL6在猪成年组织中仅微弱表达于肺和小肠,且主要表达于细胞质中。lincRNA-CXCL6过表达抑制了LPS诱导的白细胞介素1β(IL-1β)和白细胞介素6(IL-6)mRNA的转录。转录组数据显示,与对照相比,LPS刺激后,lincRNA-CXCL6过表达组有104个基因上调和165个基因下调。基因本体分析(GO分析)显示:165个下调基因主要参与免疫相关的生物学过程。lincRNA-CXCL6通过ERK1/2通路负调控IL-1β和趋化因子17(CCL17)的转录表达。[结论]猪lincRNA-CXCL6通过ERK1/2信号途径抑制LPS诱导的炎症因子表达。     

植物DREB转录因子研究进展

DREB转录因子是重要的转录因子之一,在调控与逆境相关基因的表达、提高植物对逆境胁迫适应性中发挥重要作用.文章综述DREB转录因子的克隆、结构特点、表达、与植物逆境胁迫的关系、信号传导及在植物抗逆基因工程中的应用等的研究进展,指出该领域研究存在的问题如:其他多个逆境条件下DREB类转录因子的研究、受DREB直接调控的基因的特点及其调控机制、DREB自身和结构调控及其调控基因形成的表达调控网络,今后须针对这些问题进行深入研究,为提高作物抗逆性和选育抗逆作物品种奠定基础.     

转录因子在调控种子油脂生物合成及增加植物储脂含量中的重要作用(英文)

简要介绍了植物种子储脂积累的生物代谢途径,并着重阐述了转录因子,如B3结构域超级家族基因,lec1基因,wri1基因在调控油脂积累中扮演的重要角色。过表达转录因子作为一种增加油料作物种子油脂含量可行的基因操作方法,其将来应用前景十分乐观。     

猪TCAP基因转录因子的筛选与鉴定

克隆了猪TCAP基因1 662 bp的启动子序列,序列分析发现其启动子区域存在Myo D、Myo G、MEF2转录因子结合位点,并构建了3个转录因子超表达载体,分别与TCAP基因启动子载体共转染PK细胞。结果表明,3个转录因子使TCAP基因启动子活性升高,均正调控TCAP基因的表达。     

毛竹AUX1/LAX候选基因家族鉴定与表达分析

AUX1/LAX家族是一类生长素输入载体，在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。利用同源比对的方法从毛竹基因组中鉴定出8个PheAUX1/LAX候选基因，进行系统进化树、基因结构、基序分析。结果表明，PheAUX1/LAX候选基因分为Class Ⅰ和Class Ⅱ 2个亚组，其中classⅠ的候选基因包含6~7个外显子，而ClassⅡ的候选基因包含8~10个外显子。不同组织器官转录组数据分析表明多数Class Ⅰ候选成员在毛竹冬笋中高丰度表达，而Class Ⅱ中的PH02Gene38722.t在跳鞭中高丰度表达。通过qRT-PCR对AUX1/LAX候选基因在不同生长发育时期笋中的表达量分析表明，有6个候选基因与对照相比呈现出不同程度的上调表达，表明PheAUX1/LAX候选基因广泛参与毛竹笋的生长发育。本研究将为进一步研究毛竹AUX1/LAX基因的功能和调控机制奠定理论基础。     

茶树CsH1基因结构及其内含子信息分析

利用cDNA-AFLP方法对低温胁迫下茶树基因表达差异进行了分析,获得1个低温特异表达的cDNA片段。为了获取该片段所代表基因的结构信息,在成功克隆其基因全长cDNA序列(GenBank登录号:EU716314)的基础上,设计引物,从茶树品种‘龙井43’的叶片中克隆获得了该基因全长DNA序列,命名为茶树CsH1基因(JF836005)。基因结构分析表明:CsH1基因包含2个外显子和1个内含子,外显子和内含子的剪接符合GT-AG原则,其中2个外显子的碱基序列长度分别为236 bp和608 bp,内含子为388 bp。经序列分析发现该内含子具有启动子及激素调控元件,可能对CsH1基因的特异性表达有调控作用。茶树CsH1基因的结构及其内含子信息为茶树低温特异基因的表达和抗寒途径分子调控提供了序列信息。     

The development of the 2, 4-dienoyl CoA reductase 1 gene （DECR 1） in pig

2,4-dienoyl CoA reductase gene(DECR 1)is mapped on pig 4 q 1.2,includes ten exons and nine introns of variable size that span 30 kb.DECR 1 gene participates in theβ-oxidation pathway,affects the content of intramuscular fatty acid,especially the percentage of linoleic acid.The expression of DECR 1 gene has important influence on IMF,the pH,and the meat colour of pork, further affects the meat quality.     

The Effects of Mx1 Locus on Immunity Tracts Components in Large White×Meishan F2 Offspring

The mouse Myxovirus resistance protein 1 (Mx1) is known to be sufficient to confer resistance to influenza viruses, and genes encoding Myxovirus resistance protein 1 (Mx1) is, therefore, an interesting candidate gene for disease resistance in farm animals. The porcine Mxl gene has already been identified and characterized based on its homology with mouse Mxl; the full-length coding region of the pig Mxl gene spans 2 545 bp (M65087) and is organized into 17 exons compared with the human ortholog mRNA. In this study, the exons 9, 10, 11 and introns 6, 9 of the porcine Mxl gene were cloned and sequenced; two SNPs were identified in exons 9, 10, 11 but none of the SNPs led to an amino acid exchange, and the other eleven variants were detected in introns 6 and 9, respectively. Differences in allele frequency among Meishan, Large White, Tibetan, Tongcheng, Huainan, and Duroc pigs were observed within intron 9, of which an A → G substitution at position 186 was detected as an Msp Ⅰ PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). The association analysis using the Large White×Meishan F2 offspring suggested that the Mxl genotype was associated with variation in several immunity traits that are of interest in pig breeding. However, further investigations in more populations are needed to confirm the above concept.     

紫色球海胆EXT1基因的生物信息学分析

海胆基因组测序计划的顺利完成填补了基因组测序的一个空白,在生命科学领域中具有重要意义。利用生物信息学方法寻找人类遗传多发性外生性骨疣EXT1基因在紫色球海胆中的同源基因,对该基因的序列、外显子信息、编码蛋白及其理化性质进行分析,并预测其编码蛋白的结构与功能,构建其同源基因的系统进化树,旨在为进一步研究人体EXT1基因提供一定的依据。     

紫色球海胆EXTl基因的生物信息学分析

海胆基因组测序计划的顺利完成填补了基因组测序的一个空白,在生命科学领域中具有重要意义.利用生物信息学方法寻找人类遗传多发性外生性骨疣EXT1基因在紫色球海胆中的同源基因,对该基因的序列、外显子信息、编码蛋白及其理化性质进行分析,并预测其编码蛋白的结构与功能,构建其同源基因的系统进化树,旨在为进一步研究人体EXT1基因提供一定的依据.     

GC含量丰富的人Ⅰ型原胶原蛋白基因片段克隆及其序列分析

鉴于做转基因牛羊乳腺生物反应器的需要,根据GenBank中所公布的人Ⅰ型原胶原蛋白基因序列设计引物,利用健康人的胎盘中提取的基因组DNA为模板,通过优化的长距离PCR,成功地克隆出GC含量丰富的人Ⅰ型原胶原基因组DNA片段,序列测定与分析的结果显示中国人Ⅰ型原胶原蛋白基因组DNA片段与GenBank中所公布出来的序列所对应的部分有99.5%的同源性,其中外显子部分与GenBank中的对应部分完全一致;而在内含子中,本研究克隆到的基因与GenBank中公布出来的序列有不少差异,尤其表现在内含子1和2中,其中内含子2要比GenBank中公布的基因内含子2多出14个碱基,这14个碱基具体有什么作用尚需要进一步阐明,内含子间的差异凸显了东西方人种之间基因序列的多态性.     

野大麦盐胁迫rbcS基因的克隆及序列分析(摘要)(英文)

[目的]研究野大麦盐胁迫rbcS基因的克隆及序列分析。[方法]以盐胁迫下的野大麦幼嫩叶片为试材,根据GenBank中小麦和大麦rbcS基因核酸序列的同源性设计引物,对野大麦基因组DNA进行PCR扩增、回收、连接、转化及测序。[结果]在野大麦的基因组中克隆了2个大小不同的rbcS基因序列rbcS1和rbcS2,长度分别为1252和908bp。rbcS1和rbcS2均由2个外显子和1个内含子组成,外显子长度相等,编码序列为525bp,同源性为96%,编码174个氨基酸;rbcS1和rbcS2内含子大小不同,分别为448和107bp。[结论]该研究为进一步探讨rbcS基因在野大麦耐盐机制中的分子机制奠定了基础。     

一个水稻DEAD盒RNA解旋酶基因OsBIRH1的克隆鉴定及其蛋白纯化

克隆鉴定了一个水稻DEAD盒RNA解旋酶基因OsBIRH1。OsBIRH1基因全长cDNA由2 167个核苷酸组成,包含1个长1 926个核苷酸的开放阅读框,编码1个由641个氨基酸组成的蛋白,预测分子量为70.8kD。OsBIRH1基因位于水稻第3号染色体上,由8个外显子和7个内含子组成。预测的OsBIRH1蛋白包含DEAD盒解旋酶所特有的保守DEAD和HELICc结构域以及保守模体结构。系统进化树分析表明,OsBIRH1与拟南芥和人DEAD盒解旋酶有较高的同源性,氨基酸序列同一性为47%~54%。原核表达了OsBIRH1基因,纯化获得重组OsBIRH1融合蛋白,为OsBIRH1生化与生物学功能研究提供科学依据。     

GC含量丰富的人I型原胶原蛋白基因片段克隆及其序列分析

鉴于做转基因牛羊乳腺生物反应器的需要,根据GenBank中所公布的人I型原胶原蛋白基因序列设计引物,利用健康人的胎盘中提取的基因组DNA为模板,通过优化的长距离PCR,成功地克隆出GC含量丰富的人I型原胶原基因组DNA片段,序列测定与分析的结果显示中国人I型原胶原蛋白基因组DNA片段与GenBank中所公布出来的序列所对应的部分有99.5%的同源性,其中外显子部分与GenBank中的对应部分完全一致;而在内含子中,本研究克隆到的基因与GenBank中公布出来的序列有不少差异,尤其表现在内含子1和2中,其中内含子2要比GenBank中公布的基因内含子2多出14个碱基,这14个碱基具体有什么作用尚需要进一步阐明,内含子间的差异凸显了东西方人种之间基因序列的多态性。     

The Effects of Mx1 Locus on Immunity Tracts Components in Large White×Meishan F2 Offspring

The mouse Myxovirus resistance protein 1 (Mx1) is known to be sufficient to confer resistance to influenza viruses, and genes encoding Myxovirus resistance protein 1 (Mx1) is, therefore, an interesting candidate gene for disease resistance in farm animals. The porcine Mxl gene has already been identified and characterized based on its homology with mouse Mxl; the full-length coding region of the pig Mxl gene spans 2 545 bp (M65087) and is organized into 17 exons compared with the human ortholog mRNA. In this study, the exons 9, 10, 11 and introns 6, 9 of the porcine Mxl gene were cloned and sequenced; two SNPs were identified in exons 9, 10, 11 but none of the SNPs led to an amino acid exchange, and the other eleven variants were detected in introns 6 and 9, respectively. Differences in allele frequency among Meishan, Large White, Tibetan, Tongcheng, Huainan, and Duroc pigs were observed within intron 9, of which an A → G substitution at position 186 was detected as an Msp Ⅰ PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). The association analysis using the Large White×Meishan F2 offspring suggested that the Mxl genotype was associated with variation in several immunity traits that are of interest in pig breeding. However, further investigations in more populations are needed to confirm the above concept.     

毛叶枣APETALA1同源基因的克隆

分析在植物花分子生组织及花器密形成过程中起重要作用的APETALA1（AP1）基因的保守区序列，设计1对长度为23pb的PCR引物，以毛叶枣基因组DNA为模板，采用PCR方法扩增出长为648bp的DNA片段，克隆人pUCm-T载体，测序和序列分析结果 表明获得了毛叶枣AP1同源基因中部的1个片段，该片段有2个内含子，长度分别为152bp和386pb，编码区共编码36个氨基酸，其序列已在GenBank中登记（登记号为AF356541）,在GenBank中进行同源性检索，结果表明其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源性高达66％－88％，推测它们在功能上也是相似的。