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通过自编程序建立了以中国马品种资源为主的马业科学网络数据库。并在建立数据库的基础上,初步实现了数据库应用,包括基于Web的文献数据库的网络化查询等。它将为建立马品种资源的科学研究平台打下基础。 相似文献
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近年来大量生物学实验数据的积累 ,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据 ,并提供相关的数据查询、数据处理服务。这些数据库大多可以通过网络来访问 ,或者通过网络下载。现就一些主要的、有特色的数据库作一介绍。1 基因和基因组数据库1.1 Genbank Genbank的数据来源于约 5 5 0 0 0个物种 ,包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列 ,以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心 (NCBI)建立和维护的 ,其数据直接来源于测序工作者提交的序列、由测序中心提交… 相似文献
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利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),以猪圆环病毒2型Cap基因的保守序列为靶序列设计并筛选出一组特异性的引物和探针,建立了快速检测猪圆环病毒2型核酸的RPA方法。试验结果表明,该方法特异性强,猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)核酸检测结果均为阴性,灵敏性高,最低可检出核酸浓度为0. 87×10-4ng/μL,简单快速,且重复性好。利用所建立的RPA方法对183份临床样品进行检测,结果与实时荧光PCR方法符合率为98. 9%。本研究为猪圆环病毒2型核酸的快速检测提供了一种新方法,尤其适合基层实验室或养猪场的快速检测。 相似文献
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《中国兽医杂志》2015,(10)
本研究根据GenBank中发表的猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因组序列,设计筛选出两对用于双重RT-PCR反应的特异性引物,通过对特异性、灵敏性和稳定性等试验,建立了检测猪流行性腹泻病毒和猪瘟病毒的双重RT-PCR核酸检测技术。利用建立的CSFV-PEDV双重RT-PCR核酸检测技术,对某规模化猪场病料进行检测,结果表明,扩增出大小约311 bp和501 bp大小的特异性条带,为猪瘟与猪流行性腹泻病毒混合感染。建立的CSFVPEDV双重RT-PCR核酸检测技术具有良好的特异性、灵敏性和稳定性,该方法的建立为CSFV和PEDV的快速诊断、疫情监测及流行病学研究奠定了基础。 相似文献
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《上海畜牧兽医通讯》2017,(6)
本实验建立猪博卡病毒(PBoV)PCR检测方法,并调查当前云南猪群中PBoV的感染情况。在GenBank数据库中对PBoV全基因组序列进行比对分析,找出保守序列,设计1对扩增PBoV非结构蛋白NP1基因片段的引物,基于该引物建立PBoVPCR检测方法;用所建立的方法检测发生腹泻猪的粪便,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;以提取的PCV2、大肠杆菌的DNA为模板验证引物的特异性;并用核酸蛋白定量仪定量PBoV阳性样本的DNA,经梯度稀释后取1μL为模板确定所建立的PBoVPCR方法的敏感性;应用建立的PCR方法调查140份2015年云南省部分猪群样品中PBoV的存在情况。本实验建立的PCR方法特异性强,仅能扩增出PBoV,对PCV2、大肠杆菌核酸无交叉扩增现象;灵敏度高,对PBoV的最低可检出DNA浓度为0.1ng/μL;应用建立的PCR方法检测了140份采集自云南省部分地区的粪便样品,结果显示样本中PBoV的检出率为20%(28/140)。实验成功建立了检测PBoV的PCR方法,对云南地区猪群PBoV的临床诊断和流行病学调查等具有参考价值。 相似文献
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根据Gen Bank报道的N基因高度保守核苷酸序列,设计并合成一对引物。上下游引物与Gen Bank中登录的153株猪流行性腹泻病毒(PEDV)N基因全长序列匹配度分别是100%和97%。以本实验室分离流行毒株为模板,利用SYBR Green I荧光染料法进行RT-PCR扩增,获得扩增产物构建重组质粒作为阳性对照,建立检测猪流行性腹泻病毒核酸的方法。同一样品进行3次重复试验,变异系数0.9%。通过对临床样品进行检测和测序验证,核酸检测结果中的阳性样品准确率为100%。本研究所建立的荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏、准确等优点,可用于临床PEDV的检测及分子流行病学调查。 相似文献
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利用馆藏资源和现代化技术建立《猪常见病图谱数据库》,通过该数据库在相关教学活动中的应用,不仅使教学内容更加生动形象,还在加强学生的自主学习和教学互动方面起到了不可替代的作用。 相似文献
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根据GenBank收录的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCCVR-2332株ORF6和ORF7基因序列,用O1igo软件设计并合成大小为37bp的寡核苷酸探针,经生物素标记后,成功建立了原住检测石蜡组织切片中PRRSV核酸的方法。该探针能检测到56PgPRRSV核酸的RT—PCR产物DNA,能特异检测出PRRSV核酸及其PCR产物,而对猪瘟病毒(HCV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪乙脑病毒(JEV)的核酸呈阴性反应。应用该方法检测PRRSVSC-1株人工感染的28日龄仔猪,在感染后7d即可在肺脏、肾脏、扁桃体、胸腺、肺门淋巴结、十二指肠和大脑检测到PRRSV核酸。该法可用于仔猪PRRSV感染的诊断和组织中核酸的定位及分布研究,也可用于甲醛固定组织的回顾性诊断。 相似文献
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采用RT-PCR方法对银黑狐内皮素受体B基困(EDNRB)进行了克隆,序列分析表明所克隆的cDNA序列全长为1 636bp,包含整个开放阅读框1 332bp,编码443个氨基酸残基。银黑狐EDNRB基因编码序列与GenBank数据库中的犬、猪、人、牛、兔和小鼠的EDNRB基因核酸序列高度同源,同源性分别为99.0%,90.7%,89.5%,89.1%,86.9%和82.8%。银黑狐EDNRB基因编码氨基酸序列中包含1个信号肽序列和7个跨膜区域,跨膜区氨基酸序列在不同物种中高度保守。EDNRB基因组织表达谱分析表明该基因在银黑狐肺、脑和肝脏组织中表达量较高,而在肌肉、脾和心脏中表达量较低,在胃组织中没检测到该基因的表达。本研究结果为下一步探讨ED-NRB基因核酸序列多态性与银黑狐不同毛色表型的相关性奠定了基础。 相似文献
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印第安纳型水疱性口炎病毒一步法RT-PCR检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据印第安纳型水疱性口炎病毒(VSV)L蛋白的序列,设计了一套特异性引物,建立了检测VSV核酸的一步法RT-PCR方法,并用该法检测了不同的组织样品。结果显示,人工感染VSV小鼠组织检测为阳性,而口蹄疫、猪水疱病、猪瘟、猪生殖与呼吸综合征等病料检测均为阴性,表明该方法具有较好的特异性。 相似文献
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猪圆环病毒2型环介导等温扩增(LAMP)检测方法的研究 总被引:2,自引:0,他引:2
本研究介绍了一种便捷、灵敏而又特异的环介导逆转录等温扩增(LAMP)基因检测技术,该技术分别使用特异对应于靶序列中2对特殊引物,并在Bst DNA聚合酶的作用下对靶序列进行等温核酸扩增反应.本研究对LAMP反应体系和反应条件的优化,结果表明PCV-2 LAMP在63℃1 h内能够成功的检测猪圆环病毒2型基因;敏感性和特异性试验表明,本研究能够特异的检测PCV-2并且其敏感度可以达到10个拷贝的DNA分子,初步研究LAMP的阳性检出率与PCR的阳性检出率比较结果为94%符合.以上结果证明,LAMP扩增技术是一种检测程序简便、灵敏度和特异性较高的基因检测手段,在猪圆环病毒2型的快速检测方面具有一定的开发潜力. 相似文献
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通过对云贵高原草地畜牧业优化生产模式试验区数据库的建立和研究,初步探讨了支持数据库的软、硬件环境、建库规范、库结构、库信息共享性能,模型方法库、成果库和地面观测数据信息库之间的关系以及进一步研究的方向。 相似文献