绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析

本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的mature-microRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。     

北京油鸡与白莱航蛋鸡产蛋规律差异研究

试验旨在比较研究地方鸡与进口高产蛋鸡的产蛋规律,分析地方鸡产蛋性能低的原因.试验选用北京油鸡210只,白菜航纯系母鸡187R,观察两个品种各自在26周龄内的产蛋间隔时间和每天的产蛋高峰时间结果显示,在26周龄里,83.3%的白菜航蛋鸡的产蛋间隔分布在(25±1)h,而61.5%的北京油鸡分布在(26±1)h;74.1%的白莱航蛋鸡在每天9:30～13:30产蛋,48.4%的北京油鸡在8:30～12:30产蛋;6月龄白莱航血液中LH浓度极显著高于北京油鸡.研究表明,与进口蛋鸡相比,北京油鸡产蛋间隔时间长,产蛋时间分散,通过系统选育,有望显著提高地方鸡的产蛋性能.     

云南独龙鸡和白来航鸡卵巢组织转录组水平的比较分析

旨在利用RNA-seq技术筛选和分析云南独龙鸡和白来航鸡卵巢组织的差异表达基因,为独龙鸡后续基因功能、品种改良和种质特性等研究奠定基础。本研究采集了3只43周龄健康状况良好的独龙鸡卵巢组织进行转录组测序,并与相似饲养条件和周龄的白来航鸡卵巢组织进行比较。结果表明,与白来航鸡相比,独龙鸡中共有1 273个差异表达基因,其中上调基因522个,下调基因751个。GO和KEGG富集分析显示,差异表达基因主要参与蛋白水解、翻译、细胞外泌体、膜组分、结合和催化等过程,在蛋白合成、ECM-受体相互作用、氧化磷酸化、粘着斑等通路中起到重要作用。对显著性通路分析发现独龙鸡在蛋品质和免疫抗性上具有一定优势,但在产蛋性能上与白来航鸡还存在一定差距。本研究筛选到的RPL22、ATP5I、COX5A、JAKMIP1、CATH2基因主要富集在抗性、产蛋性能和蛋品质相关通路中,可作为重要候选基因进一步深入研究。     

莱航鸡rDNA重复基因家族的克隆

动物rDNA基因是一种GC含量较高、结构复杂的重复序列。通过结合生物信息学技术,经反复摸索后选用LAPCR法扩增莱航鸡rDNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了莱航鸡的3个rDNA基因及其2个间隔序列。研究对克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等进行了探索。     

70周龄长顺绿壳蛋鸡HO-1基因在不同组织中表达差异研究

为研究HO-1基因在70周龄长顺绿壳蛋鸡不同组织中的表达差异,选取70周龄长顺绿壳蛋鸡9只（每种基因型3只）,采集每只鸡的大脑、肝脏、肾脏、卵巢、输卵管和子宫组织,提取其总RNA进行反转录,利用实时荧光定量 PCR方法检测样品中HO-1基因的表达水平,比较同一组织不同基因型及同一基因型不同组织间HO-1基因mRNA 的表达差异。结果表明,在同一组织不同基因型及同一基因型不同组织间HO-1基因的表达存在差异;其中HO-1基因在肝脏中表达量最高,且3种基因型间肝脏表达量存在极显著差异（P< 0.01）;白壳蛋鸡子宫中HO-1基因表达量极显著高于其他两种（P< 0.01）,纯合绿壳蛋鸡与杂合绿壳蛋鸡无显著差异（P> 0.05）。     

京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释

本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。     

中国北京油鸡和引进白来航蛋鸡免疫性状的比较

选取同期孵化出雏的中国地方鸡种北京油鸡(Beijng-You Chicken,BYC)和引进蛋鸡品种白来航鸡(White Leghorn,WL)各250只母雏,在相同饲养条件和免疫程序下饲养,测定和对比异嗜性粒细胞(Heterophil)数量、淋巴细胞(Lymphocyte)数量和异嗜性粒细胞/淋巴细胞比率(Heterophil/Lymphocyte,H/L)、白细胞总数(Blood white cell count,BWCC)、绵羊红细胞(Sheep blood red cell,SRBC)免疫抗体滴度和不同日龄的禽流感(Avian Influenze,AI)、新城疫(Newcastle disease,ND)的免疫抗体滴度等免疫性状的差异.试验结果表明①北京油鸡的H/L值为0.36±0.21,白来航蛋鸡为0.52±0.51,二者呈极显著差异(P＜0.001);北京油鸡的白细胞总数明显高于白来航蛋鸡(P＜0.001);②SRBC抗体滴度在两品种之间差异不显著(P＞0.05);③14、28日龄两次免疫禽流感疫苗(H5N1毒株)后,在免疫后21、41、71、105天的4个测定日中,两个品种的禽流感免疫抗体滴度值均呈现先升高后降低的变化趋势,北京油鸡在4个测定日龄的AI免疫滴度值都均高于白来航蛋鸡,差异均达到极显著水平(P＜0.001);④同期免疫新城疫疫苗(LaSota毒株),在免疫后21、41、71和105天测定ND抗体滴度,北京油鸡在免疫后21天时达到最高,之后随日龄的增长而呈逐渐降低趋势;白来航蛋鸡在免疫后41天时抗体滴度水平达到最高,以后随日龄增长而下降.4个测定日龄的ND滴度水平北京油鸡均高于白来航蛋鸡.该研究结果初步显示,中国地方鸡种北京油鸡和引进白来航蛋鸡品种的免疫性状具有明显的遗传差异,北京油鸡的综合免疫性能和抗应激能力优于白来航蛋鸡.     

牦牛miR-101的靶基因预测及生物信息学分析

本研究利用相关生物信息学软件和数据库对牦牛miR-101进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过高通量测序获取牦牛miR-101的序列,并分析其序列保守性;选取TargetScan、miRanda、PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用BINGO和DAVID数据库获得靶基因集合的本体注释,进行GO功能富集及Pathway信号通路富集分析。结果显示,miR-101序列在各物种间高度保守,miR-101调控的靶基因GO功能富集主要包括多细胞生物体发育、发育过程、系统发育、解剖结构发育、器官发育等基本生物学过程和蛋白连接、转录因子活性等分子功能;靶基因存在于细胞各个组分中,包括细胞质、细胞核、细胞器中;信号转导通路显著富集于MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、黏着斑（focal adhesion）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、Wnt信号通路（Wnt signaling pathway）、TGF-beta信号通路（TGF-beta signaling pathway）和mTOR信号通路（mTOR signaling pathway）中（P<0.05）。通过对牦牛miR-101靶基因的生物信息学分析,为进一步研究miR-101在牦牛肌肉发育中的作用奠定基础。     

GNRHR、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性状的遗传效应分析

以控制文昌鸡繁殖性状的促性腺激素释放激素受体基因（GNRHR）和胰岛素样生长因子-1基因（IGF-1）为候选基因，采用PCR—RFLP技术检测GNRHR基因和IGF-1基因在文昌鸡中的单核苷酸多态性（SNP），同时对这2个基因与文昌鸡繁殖性状的相关性进行了研究。结果表明，GNRHR基因内含子1的537bp位置有C→T碱基的变异，在文昌鸡中检测到AA、Aa、aa3种基因型，A等位基因的频率为0．69，a等位基因的频率为0．31；在IGF-1基因5′非翻译区（5′UTR）发现C→T碱基的变异，改变了限制性内切酶PstⅠ识别位点，经PCR-RFLP分析，在文昌鸡中检测到BB、Bb、bb3种基因型，B等位基因的频率为0．53，b等位基因的频率为0．47。对其基因型与所检测个体相应的繁殖性状采用GLM分析进行遗传效应研究，结果表明，GNRHR基因对300日龄产蛋数、400日龄产蛋数有显著影响（显性作用），IGF-1基因对300日龄产蛋数有显著影响（加性作用）。因此，推测GNRHR基因和IGF-1基因可能是影响鸡繁殖性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因，并且能够在分子标记辅助选择中用于对鸡繁殖性状的遗传改良和固定。     

Modulatory effects of two levels of dietary Alliums on immune response and certain immunological variables,following immunization,in White Leghorn chickens

This study aimed at investigating the effects of dietary Allium sativum (garlic, G) and Allium cepa (onion, O) on immune functions in White Leghorn chicken. One‐week‐old chicks, were fed diets without (control) or with Alliums (GL and OL, 10 g or GH and OH, 30 g/kg diet). Chickens were immunized with Newcastle disease virus (NDV), sheep red blood cells (SRBC) and Brucella abortus (BA). Antibodies, lymphocyte proliferation, and ratios of CD4⁺, CD8⁺ and CD4^‐CD8^‐ lymphocytes were investigated. Histology and weights of the spleen, thymus and bursa (BF), and white blood cell (WBC) counts were studied as well. Alliums at 10 g/kg diet enhanced anti‐NDV, anti‐SRBC and anti‐BA antibody productions, whereas 30 g/kg diet had less stimulatory effects. Histology of the lymphoid organs and proliferation of peripheral blood lymphocytes (PBL) were not influenced. However, splenocyte and thymocyte proliferations were augmented with garlic. Flow cytometry analysis showed reduction in CD4⁺ and increase in CD4^‐CD8^‐ lymphocyte ratios in GH and OH groups. Garlic‐supplemented chickens had heavier spleen and thymus, and higher WBC counts, whereas BF weight increased with both Alliums at 30 g/kg diet. These results suggest that dietary Alliums have a potential to enhance the immune functions in White Leghorn chickens.     

Immunomodulatory effects of Alliums and Ipomoea batata extracts on lymphocytes and macrophages functions in White Leghorn chickens: In vitro study

We previously described that supplementary garlic, onion and purple sweet potato (PSP) enhance humoral immune response in White Leghorn chickens. In the present in vitro study, we investigated the effects of garlic (GE), onion (OE) and PSP (PSPE) extracts on proliferation, interleukin (IL)‐2 and interferon (INF)‐γ gene expression of stimulated lymphocytes. The effects on microbicidal activity, reactive oxygen species (ROS) and nitric oxide (NO) productions of stimulated peritoneal macrophages were studied as well. The results showed that GE augmented Concanavalin A (ConA)‐induced splenocytes (4, 8 and 16 µg/mL) and thymocytes (2, 4 and 8 µg/mL) proliferations, and gene expression of IL‐2 (8 and 16 µg/mL) and INF‐γ (16 µg/mL). None of the examined extracts had mitogenic effect nor stimulated bursacytes response to phorbol 12‐myristate 13‐acetate (PMA). Macrophages exhibited superior microbicidal activity and ROS production with GE at 4 and 8 µg/mL and with OE at 25.6 µg/mL. None of the extracts showed stimulatory effects on NO production. The extracts showed concentration‐dependent inhibitory effects on all measured parameters at higher concentrations. Taken together, it is likely that garlic has direct stimulatory effects on immune cell functions, whereas the in vitro inhibitory effects of onion and PSP were likely attributed to high flavonoid contents.     

miR-18a-5p在鸡不同生长时期的表达及其生物信息学分析与靶基因预测

为探究miR-18a-5p在鸡不同生长时期组织表达变化规律及其生物信息学特点,本研究以苏禽3号鸡为试验动物,利用实时荧光定量PCR技术检测不同生长时期鸡miR-18a-5p的组织表达变化。通过文献和miRBase检索脊椎动物的miR-18a-5p序列,利用Ensembl数据库确定miR-18a-5p在基因组中的位置,根据成熟序列构建系统进化树;使用miRmap、microT、miRanda和TargetScan网站预测miR-18a-5p靶基因,并进行GO和KEGG分析。组织表达分析结果显示,miR-18a-5p序列在鸡心脏、脾脏、肾脏和下丘脑中的表达量显著高于除大脑以外的其他组织(P<0.05)。与3日龄雏鸡相比,90日龄鸡心脏、脾脏、肾脏、腿肌和下丘脑中miR-18a-5p的表达量均显著上升(P<0.05)。在50种脊椎动物中共发现52条miR-18a-5p序列,几乎所有物种都只有1条成熟序列;基因定位分析发现,鸡miR-18a-5p位于1号染色体上的基因间隔区。多序列比对分析表明,不同物种miR-18a-5p的成熟序列同源性较高,物种间较为保守。系统进化树分析发现,鸡miR-18a-5p与原鸽、斑胸草雀等其他鸟类聚为一类,这表明miR-18a-5p进化过程中是保守的。靶基因预测和功能分析发现,miR-18a-5p共有121个靶基因。GO分析结果显示,靶基因主要富集到蛋白质泛素化、细胞周期阻滞、白细胞介素-6产生的负调控等功能。KEGG 通路分析表明,靶基因主要富集到细胞周期及Wnt和FoxO信号通路等。多个与肌肉生长及细胞增殖等相关的基因富集到相关通路之上。综上,鸡miR-18a-5p是组织广泛表达的miRNA,其可能通过Wnt及FoxO信号通路调控肌肉生长及细胞增殖分化。本研究为miR-18a-5p功能及调控机制的深入研究提供参考依据。     

紫茎泽兰处理鸡柔嫩艾美耳球虫后差异基因筛选和分析

为获得紫茎泽兰处理鸡柔嫩艾美耳球虫后差异基因,将0.5%紫茎泽兰提取液作用于鸡柔嫩艾美耳球虫卵囊孢子化过程,采用抑制消减杂交技术（SSH）筛选处理后卵囊的差异表达基因,通过GO和COG功能预测分析,并采用实时荧光定量PCR验证差异表达的基因。结果显示,采用SSH成功构建了紫茎泽兰处理前后鸡柔嫩艾美耳球虫卵囊的cDNA消减文库,获得86条ESTs序列,经拼接和聚类后得到31条独立基因（Unigenes）,其中有23个基因有功能注释,8个基因没有功能注释,另外有4个基因没有同源性匹配。为进一步验证文库的特异性,从中随机选取3个差异表达基因,运用实时荧光定量PCR技术验证表面抗原13、3-羟酰辅酶A脱氢酶和细胞色素P450基因在紫茎泽兰处理前后的表达差异,结果显示,3个基因在经紫茎泽兰处理的鸡球虫孢子化卵囊中的表达量明显低于未处理组,说明紫茎泽兰对柔嫩艾美耳球虫卵囊具有一定的活性抑制作用。本试验获取了紫茎泽兰作用柔嫩艾美耳球虫卵囊的主要调控基因,为将紫茎泽兰研发成环境杀虫剂奠定了良好的理论基础,也可为球虫致弱疫苗或基因缺失疫苗的靶标筛选研究提供参考。     

白羽番鸭脂联素基因SNP与肌内脂肪和血清总胆固醇的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因全编码区和内含子进行多态性检测,并分析其多态对肌内脂肪(IMF)和血清总胆固醇(TC)的遗传效应,为番鸭分子标记辅助选择提供参考.结果表明:3个SNP分别在外显予1和外显子2的编码区发生A167G和G711A突变,为沉默突变,在内含子发生C290T突变;3个SNP位点均处于Ha...     

白三叶化感作用相关基因CHS的克隆及生物信息学分析

白三叶(Trifolum repens)化感物质中含有多种化学成份,主要含有酚类与萜类及黄酮类物质,而查尔酮合成酶(CHS)是类黄酮途径的第一限速步骤,对于黄酮类物质的合成至关重要。本试验从白三叶中克隆了CHS基因cDNA序列,并对白三叶CHS基因进行了生物信息学分析。结果表明克隆到的CHS基因全长cDNA序列1473bp,其中包含了1170bp的开放阅读框(ORF),起始密码子为ATG,终止密码子为TAA,103bp的5′UTR和200bp 3′UTR编码389氨基酸。且白三叶的CHS基因与同属于豆科的苜蓿CHS、大豆CHS、鹰嘴豆CHS和豌豆CHS亲缘关系最近,处于同一分支,这与植物分类相一致。     

Complete nucleotide sequence of mitochondrial DNA in White Leghorn and White Plymouth Rock chickens

Among the chicken breeds, White Leghorn (WL) and White Plymouth Rock (WR) are major breeds and have different history in their establishments. Whole mitochondrial DNA of the breeds were sequenced in order to elucidate the genetic relationship between the breeds. The lengths of the two WL and two WR mitochondrial DNA were found to be 16 788 and 16 785 base pairs, respectively. When the DNA sequences were compared, the similarity was found to be 99.96% (six nucleotide differences). In addition, the present study conformed the existence of an extra nucleotide ‘C’ in NADH dehydrogenase subunit 3 (ND3) of the chicken mitochondrial DNA, which has been consistently observed in Galliformes.     

我国地方鸡种TAP2基因SNP筛查及遗传结构分析

抗原处理相关转运体基因(TAP)位于主要组织相容性复合体区域,而由TAP1 和TAP2 组成的二聚体能够将抗原肽从细胞质转运入内质网腔,因此,其在免疫反应过程中发挥重要的呈递作用。[目的]检测26个鸡种TAP2基因全长的序列信息,分析TAP2基因单核苷酸多态性,并进一步研究TAP2不同SNPs位点对其蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异特点。[方法]采用目标捕获序列测序方法,检测26个鸡种的260个体的TAP2基因全长,利用DNAMAN软件对26个鸡品种的测序序列进行比对分析,筛选不同鸡种TAP2基因存在的SNP位置以及类型,并通过软件预测分析SNP对蛋白的影响,进一步构建系统进化树,探究不同鸡种同源性。[结果]TAP2基因总共有效测序长度为3 037 bp,在不同鸡种中一共发生了20个位点的突变,具有较为丰富的遗传多样性,其中9个SNP发生在外显子上,其余则存在于内含子,同时分析了对编码氨基酸产生影响的4个SNP(rs316795220、rs738706078、rs739725385、rs732937653)对蛋白结构的影响。[结论]鸡TAP2基因具有较高的多态性,这些丰富多态的基因的存在为进一步利用丰富的资源提供了原始材料。该研究为TAP2基因转运抗体功能关联研究候选SNPs的选择提供了科学依据。