伊犁马GHR基因多态性及其与泌乳性能的关联分析

马奶具有较高的营养价值,但目前关于马泌乳性能方面的研究很少。本实验对伊犁马生长激素受体(GHR)基因外显子和启动子设计13对引物,以DNA混合池为模板,采用PCR-RFLP法检测188匹伊犁马GHR基因多态基因型,并分析有产奶量记录的73匹伊犁马GHR基因多态性与泌乳性状之间的关系。结果表明:在伊犁马中检测到GHR基因启动子T-562C突变,CC、TC、TT 3种基因型,其基因型频率分别0.309、0.676、0.016;C为优势等位基因,频率为0.646,T基因频率为0.354;虽然各基因型间产奶量并没有显著差异(P0.05),但各基因型的产奶量依次为TTCCTC,基因C突变为T可使产奶量有上升趋势,研究结果可为我国乳用马的选育提供一定的参考。     

伊犁马催乳素受体基因的遗传多态性及其与产奶量的关联分析

试验旨在研究伊犁马催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因多态性及其与产奶量之间的关联性。以60匹伊犁马为研究对象,选取PRLR基因侧翼区的部分片段,采用PCR-SSCP技术检测其遗传多态性,并与伊犁马的日产奶量进行关联分析,研究PRLR基因的多态性与伊犁马产奶性能的关系。结果显示,PRLR基因侧翼区的2个片段均具有多态性,都存在3种基因型:AA、AB和BB,测序结果显示PRLR-P1的碱基突变位置为g.29764513 G>A,该突变为错义突变,导致其编码的氨基酸由组氨酸变成精氨酸,经关联分析发现,该突变对伊犁马日产奶量有显著影响(P<0.05);PRLR-P2的碱基突变位置为g.30106804 C>A,该突变为同义突变,未导致其编码的氨基酸发生改变,经关联分析发现,该突变对伊犁马日产奶量有显著影响(P<0.05)。伊犁马PRLR基因侧翼区的碱基突变与日产奶量之间存在关联性,且可能是影响伊犁马产奶性能的重要位点。     

伊犁马PRL、POU1F1基因多态性及其与产奶量的关联分析

为了研究伊犁马催乳素(PRL)基因、垂体转录因子(POU1F1)基因多态及其与产奶量之间的关系,试验以新疆伊犁昭苏牧场73头伊犁马母马为研究对象,利用PCR-RFLP技术分析了伊犁马PRL、POU1F1基因序列多态性,并与日均产奶量进行关联分析。结果显示,伊犁马PRL基因第二外显子上存在1个SNP:c.210CT;POU1F1基因CDS区上没有发现多态,但内含子区存在1个SNP:g.2758GA。POU1F1基因不同基因型间日均母马产奶量差异不显著(P0.05),但PRL基因c.210位点多态对伊犁马日均产奶量有显著影响(P0.05)。因此,PRL基因的多态位点有潜力用作伊犁马产奶量性状选育的分子标记。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

中国荷斯坦牛MT1和MT2基因多态性及其与泌乳性状关联性分析

探索MT1及MT2基因对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响,为中国荷斯坦牛泌乳性状的提升提供理论基础。本试验采用直接测序法,将测序结果运用生物信息分析软件进行对比分析,寻找突变位点;将检测到的SNP位点与中国荷斯坦牛泌乳性状进行关联性分析。通过扩增MT1的第2外显子区域,检测到1个SNP位点;扩增MT2基因内含子区域,检测到2个SNP位点。将其与中国荷斯坦牛泌乳性状关联分析,结果显示:MT1基因g.22354GA位点,GG基因型乳脂率、乳蛋白率、总蛋白、总乳脂均值均显著高于AA基因型均值(P0.05);MT2基因的g.13647TA与g.13810TA位点,各基因型的泌乳性状之间差异均不显著(P0.05)。MT1基因可以作为影响泌乳性状的候选基因,为中国荷斯坦牛辅助标记育种提供理论依据。     

伊犁马毛色性状的全基因组关联分析

实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)挖掘影响伊犁马毛色性状的关键基因,探究马毛色性状的遗传基础。本研究基于670K高密度芯片,利用卡方检验对129匹伊犁马的毛色性状进行关联分析,探索影响毛色性状的相关基因。利用Plink1.9软件对个体和SNP位点进行质控,质控后剩余119个个体和494 137个单苷酸多态性位点(SNP)用于后续关联分析。通过基因组水平的Bonferroni校正,发现位于3号染色体上的2个SNP与毛色性状显著关联(P5.19E-7),39个基因被注释出,经检索后发现MC1R基因与毛色性状有关。     

水牛STAT1基因多态与产奶性状关联分析

本研究旨在检测水牛STAT1基因的单核苷酸多态性(SNP),探究中国水牛多态性位点的群体遗传特征,寻找与产奶性状相关的分子标记。采用PCR和测序法筛选水牛STAT1基因序列的SNPs,以357头水牛为研究对象,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)对群体进行了基因型检测,运用SAS(9.3)软件一般线性模型(GLM)对STAT1基因型与产奶性状的关联程度进行统计分析。结果表明,在水牛STAT1基因中检测出3个突变位点,分别位于5′UTR(g.68GA)、外显子10(g.986GT)和3′UTR(g.2881CA)。关联分析结果显示,水牛STAT1基因g.986GT位点与305天产奶量和乳脂率显著关联(P0.05)。Bonferroni t检验多重比较结果显示,基因型TT和GG个体的305天产奶量显著高于GT基因型(P0.05),基因型TT个体的乳脂率显著高于GG和GT基因型(P0.05),且305天的产奶量随着胎次的增加呈现上升趋势,直到第3或4胎次时达到最大值,表明胎次是影响水牛产奶量的重要环境因素之一。本研究表明,水牛STAT1基因的g.986GT位点可能是影响其产奶性状的候选分子遗传标记,为今后建立中国水牛标记辅助选择育种研究奠定基础。     

疆岳驴催乳素受体基因多态性及其与泌乳性状间的相关性分析

试验旨在研究疆岳驴催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因多态性及其与泌乳性状间的关系,探寻可用于疆岳驴选育的分子遗传标记。随机选取120头疆岳驴,对疆岳驴的泌乳性能指标进行测定,并运用PCR-SSCP方法对疆岳驴PRLR基因侧翼区进行多态性分析。结果显示,PRLR基因在疆岳驴群体中存在2种基因型：AA和AB,A为优势等位基因;测序结果显示,PRLR基因的碱基突变位置为g.29764584 C>G,该突变为同义突变,没有导致编码的氨基酸发生改变;经关联分析,PRLR基因AB基因型个体平均日泌乳量显著高于AA基因型（P<0.05）,AA基因型个体乳蛋白率显著高于AB基因型（P<0.05）,在乳糖率上差异不显著（P>0.05）。疆岳驴PRLR基因突变与泌乳性状存在关联性,推测PRLR基因可以作为疆岳驴乳用型选育的分子遗传标记之一。     

伊犁马泌乳曲线的拟合研究

为探索伊犁马泌乳特性、构建伊犁马产奶量及乳成分变化规律的模型,本实验以新疆伊犁州昭苏马场核心群的15匹泌乳期、年龄、胎次相近的伊犁马为研究对象,利用Wood模型对伊犁马泌乳期30～120 d的105条泌乳记录进行拟合,预测其日产奶量及乳成分随泌乳天数的变化规律。结果表明:Wood模型对产奶量的拟合度为0.85,乳成分拟合度在0.75～0.95;乳蛋白产量的泌乳曲线拟合度最高为0.95,乳糖率泌乳曲线拟合度最低为0.75;15匹伊犁马全泌乳期平均日奶产量为9.20 kg,产奶高峰日出现在第55天,日产奶量为14.37kg/d,预测120d泌乳期的产奶量为1053kg。通过使用Wood模型对产奶量及乳成分进行拟合,拟合度较为理想,可作为预测伊犁马产奶量及乳成分变化的模型之一,为乳用马的培育提供数据参考。     

奶牛催乳素基因多态性及其与产奶性状的关联分析

催乳素(PRL)基因是影响奶牛泌乳性状的重要候选基因。通过PCR-RFLP结合测序方法检测了荷斯坦奶牛PRL基因5'侧翼区调控序列的多态性,并利用最小二乘法分析其与泌乳性状的关联性。结果显示:在PRL基因5'侧翼序列的906位点处发现A/G突变。共发现AA、AG和GG三种基因型,基因型频率分别为0.239 3、0.522 8和0.177 9,A和G的等位基因频率为0.530 7和0.469 3。多态信息含量检测结果显示该位点处于中度多态,卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,该位点多态对产奶量、乳脂率均有影响。     

河北地区中国荷斯坦牛DGAT1基因多态性与泌乳性状遗传效应分析

本研究以河北地区870头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-RFLP法对DGAT1基因K232A位点进行了遗传多态性分析,并利用混合动物模型分析了DGAT1基因K232A位点突变对乳脂率、乳脂量、乳蛋白率、乳蛋白量、305d产奶量5个泌乳性状的影响。结果共检测到KK、KA和AA 3种基因型,基因频率分别为0.0402、0.9276和0.0321;等位基因K和A的频率分别为0.5040和0.4960;该碱基突变对乳脂率的影响达到极显著水平(P<0.01),对30d产奶量的影响达到显著水平(P<0.05),对乳脂量、乳蛋白率和乳蛋白量的影响不显著(P>0.05);多重比较结果表明,KK基因型的乳脂率极显著高于KA和AA基因型(P<0.01);KA和AA基因型的305d产奶量显著高于KK基因型(P<0.05);AA和KA基因型的泌乳性状无显著差异(P>0.05)。结果显示,DGAT1基因突变对河北荷斯坦奶牛泌乳性状有较大的遗传效应,可用于泌乳性状的分子标记辅助选择。     

槐山羊PFOXic基因多态性与间性性状关联分析

间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>...     

小尾寒羊KAP6.4基因PCR-SSCP分析

KAP6.4是角蛋白关联蛋白KAP基因家族中的一员。为探究小尾寒羊中KAP6.4基因是否存在多态性,试验通过提取小尾寒羊血液样品DNA,利用PCR-SSCP技术检测KAP6.4基因的SNP多态。试验检测到2种基因型,其中AA(基因型频率为0.778)为优势基因型,A(等位基因频率为0.889)为优势等位基因。测序结果显示,AA型基因和Gen Bank登陆序列相一致,AB型基因在编码区发生了7处碱基突变和增添36 bp片段。分析表明,AB型变异造成了3个氨基酸残基的变化。以上结果表明,KAP6.4基因在小尾寒羊群体中存在多态性,这为进一步在小尾寒羊群体中开展绒毛性状与KAP6.4基因多态性的关联分析提供依据。     

巴什拜羊H-FABP基因遗传多态性及其与生长性状的相关分析

旨在运用分子生物学手段研究H-FABP基因遗传多态性与巴什拜羊生长性状的关系,为今后用分子标记辅助育种方法提高巴什拜羊生长性状提供科学依据。以300只巴什拜周岁母羊为研究对象,选取H-FABP基因外显子2和外显子3的部分片段,采用PCR-SSCP和DNA测序等技术检测其遗传多态性,并与体重、体长、体高等性状进行关联分析,研究H-FABP基因的多态性与巴什拜羊生长性状的关系。结果表明,H-FABP-P_2基因座外显子3无多态性;H-FABP-P_1基因座外显子2存在AA和AG2种基因型,测序结果显示在H-FABP基因外显子2的938bp处发生了A→G碱基突变,为同义突变。经关联分析发现,AG基因型个体的胸围和体重显著高于AA基因型个体(P0.05)。因此,巴什拜羊H-FABP基因外显子2上的点突变可能是影响巴什拜羊生长性状的重要位点。     

中国荷斯坦牛乳铁蛋白基因外显子1多态性与泌乳性状及体细胞评分的关联分析

利用PCR-SSCP技术对中国荷斯坦牛的乳铁蛋白(lactoferrin,LF)基因外显子1的遗传多态性进行了检测,利用最小二乘均数对LF基因外显子1多态位点与测定日产奶量、测定日乳脂率、测定日乳蛋白率和305 d校正产奶量及测定日体细胞评分5个性状进行了关联分析。结果显示:外显子1存在133 G>C突变,共检测到了3种基因型GG、GC和CC,频率分别为0.571、0.129和0.300。该突变位点对测定日产奶量影响达到极显著水平(P<0.01),对体细胞评分(SCS)的影响达到显著水平(P<0.05)。多重比较发现,GG型测定日产奶量极显著高于CC型(P<0.01),SCS显著高于GG型和CC型(P<0.05)。因此,LF基因的133 G>C位点的GG基因型为乳房炎抗性的优良基因型,可作为分子标记应用于中国荷斯坦牛乳房炎抗性筛选。     

德宏奶水牛DGAT1基因多态性及其与产奶性状的相关性分析

探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。     

早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状相关性分析

为研究早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状及肉用性状的关系,采用PCR-SSCP技术和DNA混合池测序的方法对300头早胜牛CD36基因第4外显子的遗传多态性进行检测,并分析多态位点不同基因型与生长性状及肉用性状的关联性。结果显示:早胜牛CD36基因第4外显子存在1个多态位点,70 037 bp处发生了G/A突变,为同义突变,多态性检测存在2种基因型,分别为EE和EF;对2种基因型的生长性状及肉用性状进行关联分析,发现EF基因型个体体重显著高于EE基因型个体(P0.05),EF基因型个体肌内脂肪含量显著高于EE基因型个体(P0.05)。说明早胜牛CD36基因第4外显子存在多态性,EF基因型个体生长性状及肉用性状优于EE基因型个体,可将其作为早胜牛生长性状和肉质性状相关指标的辅助选择分子标记。     

中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与泌乳性状的关联分析

本研究旨在探索中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与产奶性状的相关性.以上海某奶牛场610头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP法对SCD1基因A293V位点遗传多态性进行分析,利用一般线性模型分析SCD1基因A293V位点突变对测定日产奶量、乳脂率、乳蛋白率、305天校正产奶量、乳脂量、乳蛋白量及体细胞评分7个泌乳性状的影响.共检测到AA、AV和VV 3种基因型,频率分别为0.634、0.323和0.043,等位基因A和V的频率分别为0.796和0.204.该位点突变对乳脂率、乳蛋白率的影响达到显著水平(P＜0.05),对测定日产奶量、305天校正产奶量、305天乳蛋白量和305天乳脂量以及体细胞评分影响不显著(P＞0.05).多重比较表明,VV基因型个体的乳蛋白率、乳脂率极显著高于AA、AV型个体(P＜0.01).SCD1基因A293V位点突变对中国荷斯坦牛泌乳性状的遗传效应有一定程度的影响,但影响机理需要进一步的研究.     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。