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本研究旨在建立和优化橡胶草及其近缘种ISSR (Inter-simple sequence repeat)反应体系和扩增程序。以橡胶草及其近缘种叶片为供试材料,采用单因素试验方法,正交试验方法 L16(44)和极差分析方法,对橡胶草ISSR-PCR反应中4个主要影响因素(dNTP浓度, DNA浓度,引物浓度和Taq DNA聚合酶浓度)进行优化,并在最优反应体系的基础上进行引物和退火温度的筛选。结果表明:dNTP和DNA对PCR扩增结果有较为显著的影响,引物和Taq酶的浓度变化对扩增结果无显著影响。最后确定橡胶草及其近缘种ISSR-PCR反应体系(20.0μL)为:双蒸水14.2μL,10×Buffer (含Mg2+) 2.0μL,DNA模板50.0 ng,10 mmol/L引物1.2μL,2.5 mmol/L dNTP 1.6μL,5 U Taq DNA聚合酶0.1μL。PCR扩增程序为:94℃5 min,94℃45 s,退火1 min,72℃70 s,45个循环,72℃10 min,4℃保存。本研究为橡胶草及其近缘种的遗传多样性和交配系统等后续研究提供理论参考。 相似文献
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以丝瓜基因组DNA为模板,对ISSR反应中主要5个影响因素Mg~(2+)浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、引物浓度和DNA模板浓度,建立丝瓜ISSR-PCR反应的体系。根据实验确定的最佳反应体系为:25μL ISSR体系:50 ng DNA,0.2 mmol/L dNTP,1 U Taq酶,0.4μmol/L的单条引物,2.5μL 10×Buffer,2.0 mmol/L Mg~(2+)。在此基础上,对12个引物的退火温度进行优化。最终选用60份丝瓜品种对所确定的扩增体系及扩增程序进行验证,检测结果表现为扩增产物条带清晰明亮、亮度高和重复性好,表明本试验所确定的反应体系及反应程序适用于丝瓜的ISSR分子标记为丝瓜种质资源的鉴定、分类和丝瓜的杂交育种提供参考依据。 相似文献
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以CTAB法提取的马蹄金叶片DNA为模板,应用L16(45)正交表系统分析了DNA、Mg2+、dNTP、Taq酶、引物5种ISSR反应成分浓度变化对扩增结果的影响。量化分析结果表明:Taq酶、dNTP不同水平对PCR反应结果有显著影响,正交设计可以应用于ISSR-PCR反应体系的建立,用这种方法建立的马蹄金IS-SR优化反应体系为:1×buffer,25ng模板DNA,1.75mmol/LMg2+,225μmol/LdNTP,0.9μmol/L引物,1.25UTaqDNA聚合酶,总体积20μl。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术,研究马蹄金的地理变异提供一个标准化程序。 相似文献
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枣ISSR扩增体系的建立 总被引:5,自引:0,他引:5
以冬枣DNA为研究对象,利用单因素试验,分析了Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量、引物浓度、模板DNA含量以及退火温度对ISSR-PCR扩增的影响,经优化建立了枣属植物最适ISSR-PCR反应体系,25μL反应液中包含1×PCR Buffer、2.0 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTP、1.5 UTaq酶、1.25μmol/L引物和50 ng模板,最适退火温度为58℃。PCR反应体系的建立为应用ISSR标记技术开展枣种群遗传变异分析和构建遗传图谱奠定基础。 相似文献
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石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化 总被引:1,自引:1,他引:0
旨在建立并优化石斛属植物的ISSR-PCR反应体系。通过对ISSR-PCR反应体系中主要影响因子模板DNA、dNTP、10×PCR Buffer、引物以及Taq DNA聚合酶分别进行单因素优化,最终建立一套适用于石斛属植物的扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的ISSR最佳反应体系。20μL反应体系的适宜浓度及用量分别为:模板DNA 10 ng/μL 3μL,dNTP 2.5 mmol/L 1.5μL,10×PCR Buffer 3.0μL,引物4μmol/L 3.5μL,TaqDNA聚合酶5 U 0.2μL。这一优化体系适用于石斛ISSR分析,为今后遗传多样性与亲缘关系分析、连锁图谱构建、QTL定位、基因定位与克隆等方面的研究提供了技术支撑。 相似文献
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为了建立文冠果ISSR-PCR最佳反应体系,从而为文冠果遗传多样性研究提供理论依据,从定西巉口林场文冠果人工林内选取健康嫩叶为试验材料,通过单因子试验研究了影响ISSR-PCR反应各因素的浓度,分析因子包括模板DNA用量、退火温度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度及TaqDNA聚合酶用量等。通过研究,找出了各因子合适的条件,建立并优化了文冠果ISSR反应体系,即20μL总反应体系含模板DNA约30 ng,Mg2+2.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,dNTP 0.20 mmol/L,Taq聚合酶1 U。试验结果表明,在此反应体系下可得到多样性好、条带清晰的图谱。 相似文献
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苎麻ISSR-PCR体系的优化 总被引:10,自引:2,他引:10
ISSR分子标记是在SSR标记基础上发展起来的一种新技术,ISSR标记成孟德尔式遗传,在多数物种中是显性的,目前已经广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学当中。笔者以苎麻自交系品种为材料,研究了苎麻ISSR分析过程中的影响因素,包括10×PCRBuffer、模板浓度、Mg2 、dNTP、引物、Taq酶、循环次数、退火温度等,建立了适于苎麻ISSR分析的PCR反应体系:即在20ul反应体系中,引物浓度为1.0umol/L;模板DNA的用量为60~100ng;Mg2 浓度为2.0mmol/L;dNTP浓度为0.2mmol/L;Taq酶用量为1U。适宜的扩增程序为先94℃变性5min,再94℃变性30sec、56℃复性45sec、72℃延伸90sec共34个循环,最后72℃延伸7min,4℃保存。 相似文献
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利用公共数据库已有的ISSR序列信息,检验了29条ISSR引物在谷子等狗尾草属植物基因组的扩增性,其中14条在狗尾草属中有良好扩增,其余15条在狗尾草属中无任何扩增。能稳定扩增的14条引物全为3'-锚定引物,6条5'-锚定引物在狗尾草属中得不到扩增。研究发现AG,GA和CA重复的引物在狗尾草属植物有较好扩增,且多态性强。利用正交试验设计,从Mg2 、dNTP、引物、Taq酶4种因素、4个水平对狗尾草属谷子ISSR反应体系进行优化,确定了适合谷子的ISSR反应体系,在20μL体系中,含1×PCR buffer、Mg2 浓度2.0 mmol/L,dNTP浓度0.25 mmol/L,Taq酶0.4μL,引物浓度0.25μmol/L,50 ng模板,通过梯度PCR确定了引物的退火温度。本研究筛选的ISSR引物及建立的优化反应体系可用于谷子等狗尾草属植物遗传多样性和基因组研究,并对其他近缘作物有指导意义。 相似文献
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枇杷种子的萌发特性 总被引:3,自引:0,他引:3
枇杷(EriobotryajaponicaL.)种子成熟采收时含水量高达58.7%,其中子叶和胚轴的含水量分别为55.3%和73.2%。新鲜的种子具有轻度的休眠特性,可能主要是由于种皮的阻碍与抑制作用。低温(10℃以下)和高温(32℃以上)均会抑制种子正常萌发,25℃是其最适萌发温度。外加0.1~0.5mmol/L的GA3能提高种子的发芽率和活力指数,而ABA对种子的萌发有明显的抑制作用。轻度的脱水(含水量下降3%~5%)能较大幅度地提高机把种子的发芽率和活力指数,但随着脱水程度的不断加深,种子活力逐渐降低。当子叶胚轴的合水量分别降至35.5%和28.0%时,种子发芽力完全丧失. 相似文献
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正交设计优化黄瓜ISSR体系 总被引:28,自引:0,他引:28
黄瓜是一种重要的蔬菜作物,品种资源较为丰富,利用分子标记进行黄瓜资源鉴定和分类、构建分子遗传图谱和基因定位方面已取得一定进展,目前应用的分子标记主要包括RAPD、AFLP和SSR,尚未见有关于ISSR标记在黄瓜上的研究报道。ISSR主要是由单一引物且以重复序列为主要引物序列的PCR标记,其反应条件受模板DNA、TaqDNA聚合酶、Mg2 、dNTPs和引物等因素的影响。正交试验设计能明确各因素间的互作效应,建立最优化的反应体系。本研究利用这一方法,从Taq酶、dNTPs、引物、Mg2 4种因素各3个水平来优化黄瓜ISSR反应体系。通过实验,在25μl反应体系中初步确定各反应成分为:1×PCRbuffer,1.5mmol/LMg2 ,25ng黄瓜模板DNA,ddH2O,1UTaq酶,200μmol/LdNTPs,0.75μmol/L引物。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行黄瓜种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。 相似文献
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枇杷种质资源SSR标记指纹图谱的构建 总被引:1,自引:1,他引:0
为构建枇杷种质资源指纹图谱,采用SSR标记技术对国家枇杷种质资源圃33份品种进行多态性分析,从近缘属苹果属和梨属的51对SSR引物中筛选出能够稳定扩增,多态性好的7对引物,Hi01d05F、Hi12f04F、CH02B10F、Hi03a03、Hi03e04、Hi04a05和Hi02c07来构建指纹图谱。结果表明,应用这7对引物可100%区别33个枇杷种质。这种SSR标记构建的枇杷种质资源指纹图谱对于品种分类及鉴定具有重要的应用价值。 相似文献
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摘 要:为了从分子水平对款冬种质资源进行鉴定和遗传多样性分析,分别采用SDS法、CTAB法、改良SDS法和改良CTAB法提取款冬叶片基因组DNA,比较不同方法的提取效果,并用改良CTAB法提取的DNA进行ISSR-PCR扩增体系摸索,建立优化的ISSR-PCR反应体系。结果显示:改良SDS法和改良CTAB法都可以提取出高质量的DNA,最优的ISSR-PCR反应条件为: 20μl反应体系中含DNA模板约20ng,Taq 酶1.0 U,Mg2+ 2.00 mmol/L,dNTPs 0.20 mmol/L,引物0.6 μmol/L,1×PCR缓冲液。 相似文献