鹅生长激素受体基因克隆及其个体发育性表达研究

以籽鹅为实验材料,根据鸡生长激素受体(GHR)基因mRNA序列设计并合成引物,通过PCR技术克隆了鹅GHR基因,并利用TaqMan实时荧光定量PCR方法检测籽鹅出壳到90日龄GHRmRNA在部分组织中的表达量变化。结果表明:鹅与鸡和鸭的GHR基因核苷酸序列同源性为97.1%和99.1%,氨基酸同源性均为99.1%。籽鹅肝组织中GHRmRNA表达水平在10到90日龄都较高,显著高于1日龄,以30日龄的表达量最高。30日龄GHRmRNA在肝脏等检测的组织中都有表达,但在肝脏和骨骼肌中的表达量高。肝组织中GHRmRNA表达量与日增重呈显著正相关(r=0.9116)。本实验结果揭示了生长期籽鹅组织中GHRmRNA表达水平的差异,为进一步研究生长轴相关基因对鹅生长及繁殖的调控作用奠定基础。     

高邮鸭极低密度脂蛋白受体基因的克隆与序列分析

根据Gen Bank中的鸭极低密度脂蛋白受体(VLDLR)序列(登录号:XM_005011641.1)设计并合成引物,采用RT-PCR技术从高邮鸭肌肉组织中克隆出鸭VLDLR基因,并进行克隆和序列测定。结果表明,所获得的高邮鸭VLDLR基因长2 244 bp,编码747个氨基酸,含一个37个氨基酸信号肽。序列比较发现,VLDLR基因与Gen Bank登录的连城白鸭与白改鸭杂交二代VLDLR基因核苷酸同源性为90.9%,与斑马鱼、人、原鸡等其它动物的VLDLR氨基酸同源性为63.2%~84.5%,表明VLDLR基因存在种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。鸭VLDLR蛋白质是一个亲水性跨膜蛋白,其二级结构由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲构成,在其胞外区有3个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点。信号肽分析表明,VLDLR蛋白为分泌性蛋白,最有可能的切割位点位于第36位和37位氨基酸之间。高邮鸭VLDLR基因的成功克隆为进一步研究鸭VLDLR基因表达、生物学活性等奠定基础。     

鸭毛囊中ASIP基因片段的克隆及组织表达分析

根据GenBank发表的鸡刺鼠信号蛋白(ASIP)基因序列的同源保守区域,设计了1对特异性引物。以番鸭、高邮鸭和英系北京鸭(即樱桃谷鸭)毛囊RNA为模板,经扩增、测序及拼接得到的部分mRNA序列均为编码序列,共308bp,对应编码102个氨基酸。与已发表的原鸡和鹌鹑的ASIP对应的mRNA核苷酸序列进行比对,番鸭、高邮鸭和英系北京鸭的同源性均在92.53%以上,相应编码的氨基酸序列同源性均高于92.16%。高邮鸭与英系北京鸭核苷酸,氨基酸序列一致,同源性为100%。半定量PCR结果显示,番鸭ASIP基因表达具有较高的普遍性,在皮肤组织(毛囊和皮肤)和中枢神经系统(下丘脑)及其他非皮肤中均有表达。皮肤和毛囊的表达差异不显著(P>0.05),下丘脑中的ASIP基因相对表达量最高,极显著高于皮肤中ASIP基因的表达量(P<0.01),而与毛囊中的差异不显著(P>0.05)。     

雏鸭肝炎病毒侵染下肝脏消减cDNA文库的构建及差异基因筛选

本研究通过构建雏鸭肝脏消减cDNA文库,旨在筛选并鉴定与雏鸭病毒性肝炎相关的基因,对相关基因进行功能聚类分析进而探究其作用机理。利用抑制性消减杂交(Suppression subtraction hybridization,SSH)技术构建3日龄健康全同胞金定鸭人工感染雏鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)与同期注射等量生理盐水差异表达基因的SSH-cDNA文库。对其中563个阳性克隆进行测序,共获得299条差异表达序列标签(Expres sedsequence tags,ESTs)。去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后,进行核酸和蛋白质同源性的比较和功能聚类分析。结果表明:有70个不同的基因与ESTs具有高度的同源性(E值150bp,匹配度>80%),且多数基因与细胞组分合成、信号转导以及病理状态下的生物学调控过程相关。I型雏鸭病毒性肝炎的发生和发展是多基因多步骤的复杂过程,该结果为深入研究雏鸭肝炎病的分子调控机制提供基础。     

鸭IgG的研究进展及Fc段的遗传进化分析

IgG(IgY)是鸭卵黄中的唯一免疫球蛋白。根据GenBank发表的鸭的IgG Fc段的核苷酸序列、氨基酸序列,和多种动物进行遗传进化分析。得出鸭与鸡的核苷酸同源性分别为67.9%,与其他所列哺乳动物的核苷酸同源性集中在40%～52%之间。鸭与鸡的氨基酸同源性57.5%,与其他所列哺乳动物的氨基酸同源性集中在34%～43%之间。进化树结果显示鸭的IgG Fc段基因与鸡此段基因具有较近的亲缘关系。     

家鸭×番鸭杂种下调表达新基因r-MHD2的克隆

以北京鸭、法国番鸭及其正反交F1代杂种为试验材料,采用mRNA差异显示(DDRT-PCR)方法分析不同试验组肌肉组织基因表达差异,结合抑制性消减杂交(SSH)加以验证,发现一个杂种下调表达基因r-MHD2,对鸭r-MHD2基因698 bp片段BLASTING结果表明,该基因与鸡(Gallus gallus)、非洲爪蟾Xenopus laevis和Xenopus tropicalis同源性分别为91%、78%和77%。r-MHD2基因的具体分子功能尚属未知。     

家鸭×番鸭杂种下调表达新基因r-MHD2的克隆

以北京鸭、法国番鸭及其正反交F1代杂种为试验材料,采用mRNA差异显示(DDRT-PCR)方法分析不同试验组肌肉组织基因表达差异,结合抑制性消减杂交(SSH)加以验证,发现一个杂种下调表达基因r-MHD2,对鸭r-MHD2基因698 bp片段BLASTING结果表明,该基因与鸡(Gallus gallus)、非洲爪蟾Xenopus laevis和Xenopus tropicalis同源性分别为91%、78%和77%.r-MHD2基因的具体分子功能尚属未知.     

鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因的克隆与分子进化分析

根据GenBank中登录(登录号:AB115244)的鸭MHC-Ⅰα链序列设计并合成1对引物,采用RT-PCR技术从鸳鸯鸭脾脏组织中克隆出鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因,并进行T-A克隆和序列测定.结果表明,所获得的鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基凶长909bp,编码303个氨基酸的多肽,含一个完整的鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因.序列比较发现.鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链基因与GenBank登录的其它品种的鸭MHC-Ⅰα链核苷酸同源性为89.4%～91.0%,与人和其他动物的MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因的氨基酸同源性为11.1%～79.3%,表明MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高.鸳鸯鸭MHC-Ⅰα链胞外区成熟肽基因的成功克隆为进一步研究鸭MHC-Ⅰ基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

鸭α、γ-干扰素研究进展及遗传进化分析

本文对目前鸭干扰素α、γ干扰素基因的研究进展做了总结,并且利用DNAstar软件对鸭α、γ干扰素基因进行了序列和遗传进化分析。结果表明,不同序列的鸭α-干扰素核苷酸序列同源性在99.5%-100%之间,禽类间α-干扰素核苷酸序列同源性在71.4%-96.7%之间,不同序列的鸭γ-干扰素核苷酸序列同源性在99.6%-100.0%之间,禽类间γ-干扰素核苷酸序列同源性在81.8%-94.9%之间。     

鸭新城疫病毒分离株抗原表位和遗传演化分析

从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。     

Cloning of the growth hormone receptor and its muscle-specific mRNA expression in black Muscovy duck (Cairina moschata)

1. The cDNA sequence of the growth hormone receptor (GHR) from the black Muscovy duck was obtained and compared to the mRNA expression of growth hormone (GH) in the breast and leg muscles during 2–13 weeks of age using quantitative RT-PCR.

2. The cDNA sequence of the Muscovy duck GHR gene is 1903 bp in length, with an 1830 bp coding region that encodes 609 amino acids. It exhibits > 92.9% homology with the poultry GHR cDNA and amino acid sequences.

3. Overall, GHR mRNA expression was the highest at 2 weeks and the lowest at 13 weeks of age, exhibiting different profiles in different muscles. In the breast muscles, the GHR mRNA level declined sharply at 2–4 weeks, maintained at a plateau at 4–10 weeks and decreased slightly at 10–13 weeks. In the leg muscles, a gradual and slow decrease was observed during the whole period of 2–13 weeks.

4. Robust extra-pituitary GH mRNA expression was detected in the muscles and the expression profile was highly correlated with that of GHR mRNA, in contrast to the inverse correlation between the pituitary GH and tissue GHR levels shown previously.

5. These data suggest that the locally synthesised GH in the muscles, rather than the pituitary GH, is more closely associated with GHR and may be more critical for the regulation of muscle growth and contribute to the tissue-specific effects of GH.

     

固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭IL-18cDNA基因序列设计、合成一对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如PHA等刺激脾淋巴细胞,直接提取脾淋巴细胞总RNA,扩增固始鸭IL-18基因,并克隆、测序。测序结果表明固始鸭IL-18基因全序列为610bp,包含1个完整阅读框,编码1条由200个氨基酸残基组成的多肽。序列分析发现,固始鸭IL-18基因与GenBank中两条鸭IL-18基因(AF336122和DQ490137)核苷酸同源性分别为98.8%、99.8%,与AF336122有5个碱基发生非同义变异,2个碱基为同义变异,氨基酸同源性为97.5%,与DQ490137有一个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%。固始鸭IL-18前体蛋白第30位谷氨酸处有一个IL-1β转换酶的caspase-1切割位点及在人和其他动物中已证实的IL-1标签序列,推测鸭IL-18成熟蛋白由170个氨基酸组成。固始鸭与人和其他动物的IL-18基因进化分析表明,IL-18基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。     

Characterization of the sigmaB-encoding genes of muscovy duck reovirus: sigmaC-sigmaB-ELISA for antibodies against duck reovirus in ducks

The sigmaB/sigmaC-encoding genes of muscovy duck reovirus (DRV) S12 strain were cloned, sequenced, and expressed in Escherichia coli. The sigmaC-encoding gene of DRV showed only 21-22% identity to that of avian reovirus (ARV) at both nucleotide and amino acid level. The sigmaB-encoding gene of DRV comprised 1163bp with one open reading frame (ORF). The ORF comprised 1104bp and encoded 367 amino acids with a predicted molecular mass of 40.44 kDa. A zinc-binding motif and a basic amino acid motif were found within the predicted amino acid sequence of sigmaB. The identities between the S12 and ARV were 59.3-64.0% and 60.9-62.5%, respectively, at the nucleotide and deduced amino acid levels. Phylogenetic analysis of the sigmaB-encoding gene sequence indicated that S12 separated as a distinct virus relative to other avian strains. The expressed sigmaB/sigmaC fusion proteins in E. coli could be detected, approximately 45 and 50kDa, respectively, by duck anti-reovirus polyclonal serum. In addition, an ELISA (sigmaB-sigmaC-ELISA) using the expressed sigmaB-sigmaC proteins as coating antigen for detection of antibodies to DRV in ducks was developed. In comparison with the virus neutralization test and agar gel immuno-diffusion test (AGID), the sigmaB-sigmaC-ELISA showed perfect specificity and sensitivity. The sigmaB-sigmaC-ELISA did not react with the antisera to other duck pathogens, implying that these two proteins were specific in recognition of DRV antibodies. Taken together, the results demonstrated that sigmaB-sigmaC-ELISA was a sensitive and accurate method for detecting antibodies to DRV.     

半番鸭POU1F1基因序列的克隆与生物信息学分析

根据GenBank中公布的鸭POU1F1基因序列,设计了6对引物,以半番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出POU1F1基因完整的cDNA序列,全长2209bp。对该序列进行生物信息学分析,结果表明该基因编码335个氨基酸,具有POU-specific(POUs)和Homeobox结构域,与鸡、猪、牛、人和小鼠的POU1F1基因氨基酸序列分别具有96.3%、89.5%、89.2%、90.6%和87.5%的同源性。     

鸭呼肠孤病毒TaqMan与SYBR Green荧光定量检测方法的建立及比较

本研究旨在针对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)建立两种快速、敏感、特异的荧光定量PCR诊断方法并对其临床实用性进行比较。试验根据呼肠孤病毒S1基因序列设计合成1对特异性引物和1条MGB探针,分别建立TaqMan和SYBR GreenⅠ两种荧光定量PCR检测方法,并对两种方法的特异性、灵敏性、重复性进行比较。结果显示,两种检测方法标准曲线的相关系数均为0.999,对鸭细小病毒(DPV)、A型鸭甲肝病毒(DHV-1)、C型鸭甲肝病毒(DHV-3)、鸭传染性支气管炎(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鹅星状病毒(JSHV)的检测结果均为阴性,特异性良好。SYBR GreenⅠ法的最低检测限度为10⁰拷贝/μL,TaqMan法的最低检测限度为10¹拷贝/μL,前者的灵敏度比后者高10倍。SYBR GreenⅠ法和TaqMan法重复性试验的组内和组间变异系数均分别小于2.1%和1.8%。利用这两种方法对临床30份疑似病料进行检测,其中TaqMan法检出29份,SYBR GreenⅠ法检出30份,符合率为97%。综上,两种荧光定量方法均可用于临床NDRV...     

鸭髓样分化因子MyD88部分cDNA克隆及组织表达图谱分析

本试验采用RT-PCR技术克隆出鸭MyD88部分cDNA序列,克隆到的序列长为195 bp;同源性分析结果显示,鸭MyD88与鸡、火鸡、珍珠鸟的同源性最高,为97％～100％;与人、鼠、牛、猪、狗、马、兔、鲤鱼的同源性为83％～84％;与绵羊的同源性为79％;系统进化树分析表明,鸭MyD88与鸡的亲缘关系最近,与火鸡、珍珠鸟的较为接近,与狗、鼠、兔、人、猪、马、绵羊、牛的亲缘关系依次渐远,与鲤鱼的亲缘关系最远.检测MyD88在鸭7种组织中的分布情况,结果表明,在鸭的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、腔上囊中均检测出MyD88 mRNA的转录产物,而在肾脏、脑中未见.提示MyD88在不同种属及不同组织中具有生物多样性.     

PCR用于鸭瘟病毒诊断的研究

根据鸭瘟病毒UL6和UL7基因序列,设计合成了一对引物,以2株疫苗株、1株强毒株和1株山东分离株DNA为模板,进行PCR扩增,得到预期690bp的目的片段.将扩增的目的片段克隆到pMD18-T载体,经Amp平板筛选,HindⅢ、BamHⅠ双酶切鉴定,获得阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,与参考序列比较,山东分离株与参考序列的同源性为99.7%,其余3株DPV与参考序列的同源性均为100%.应用PCR可检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织中的鸭瘟病毒,表明PCR检测鸭瘟病毒具有很高的特异性、敏感性,该法能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断.     

猪、鼠、鸭补体C3d基因克隆与序列分析

为了比较猪、鼠、鸭C3d基因的不同,以便为下一步研究不同动物C3d作为分子佐剂核酸疫苗的效果,试验对3种基因进行克隆和序列分析。首先提取猪、鼠、鸭的肝脏总RNA,以RNA为模板,通过RT-PCR方法,分别扩增C3d分子的cDNA,再将3种动物的cDNA分别克隆到pMDl8-T载体中,然后转化BL21大肠杆菌,经酶切鉴定后进行序列测定,根据测序结果利用生物信息学工具软件对3种C3d进行生物学性质分析。结果发现,猪与鼠和鸭的C3d基因的同源性分别为81.9%和65.6%,鼠与鸭C3d基因的同源性为65.8%;鼠、猪的补体C3d分子与受体CR2结合的功能区有28个氨基酸,鸭有29个氨基酸。     

检测鸭呼肠孤病毒抗体间接ELISA方法的建立

RT—PCR扩增鸭呼肠孤病毒（Duckreovirus,DRV）的dB基因,克隆到pET-32a（＋）表达载体,再转化大肠杆菌Transetta（DE3）;含有重组质粒pET—σB的大肠杆菌经IPTG诱导,获得大小为55000的以包涵体形式表达的σB重组蛋白。Westernblotting显示,σB重组蛋白能够与兔抗DRV多抗血清特异性结合。以高亲和NI—NTA树脂在变性条件下纯化、梯度尿素复性的σB重组蛋白为包被抗原,建立了检测DRV抗体的间接ELSIA方法。分别以间接ELSIA方法和血清中和试验对DRV感染鸭血清和SPF鸭血清进行检测,两者的符合率为100％。该间接ELSIA方法对鸭瘟病毒、鸭病毒性肝炎病毒和禽流感病毒阳性血清均无交叉反应。     

天府肉鸭IFN-α基因的密码子使用法特征分析

密码子简并性特征造成了不同物种密码子使用的偏好性不同,这对外源基因的表达强度有着较大的影响。运用软件对选取的16种IFN-α和天府肉鸭IFN-α基因（EU925650）进行了密码子偏爱性分析。通过进化树的构建结果显示天府肉鸭IFN-α,与北京鸭、河南肉鸭以及绍兴鸭IFN-α的亲缘关系最为接近。通过CAI,ENC,GC3S等数据分析进行了密码子偏爱性特征的分析。结果显示,天府肉鸭IFN-α系统保守基因,与禽类IFN-α基因的密码子使用类似。