坛紫菜DNA提取的初步研究

对几种常见的紫菜DNA提取方法———SDS裂解法、CTAB法、LiCl法及试剂盒法提取坛紫菜叶状体DNA效果进行了全面的比较。提取的DNA量LiCl法>CTAB法>试剂盒法>SDS裂解法,纯度试剂盒法>CTAB法>LiCl法>SDS裂解法。同时利用2种试剂盒对坛紫菜丝状体进行了DNA提取,发现其提取效果要远远好于叶状体。     

刺参组织总RNA提取的研究

利用Trizol法和两种RNA提取试剂盒对刺参的肠、呼吸树、纵肌、体壁等不同组织总RNA进行了提取。综合分析结果表明,F试剂盒提取刺参组织总RNA的效果较其他两种方法而言方法最适宜,能获得纯度高、污染少,而且无降解的高质量总RNA。刺参的肠组织富含RNA,且质地较软容易研磨彻底,是提取总RNA的最佳组织,可获得量大、质优的总RNA。     

草鱼肠系膜脂肪组织高质量总RNA提取方法的研究

基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80～150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法.试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题.探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升R...     

“一种鱼类卵母细胞总RNA的提取方法”获国家发明专利授权

<正>2017年11月,由中国水产科学研究院黄海水产研究所史宝博士等发明的"一种鱼类卵母细胞总RNA的提取方法"获国家发明专利授权,专利号:ZL 201610202508.9。该发明提供了一种快速简便,总RNA纯度高、杂质少、得率大、易于操作、便于掌握的微量鱼类卵母细胞总RNA提取的方法。利用化学法和超声波破碎、延长离心时间等方法相结合,有效去除微     

黄河鲶不同组织中RNA提取纯化方法研究

从组织提取RNA的完整性对于分子生物学研究是至关重要的。RNA提取方法有多种。采取异硫氰酸胍法从黄河鲶肌肉、血液、全鱼、肾脏、肝脏、卵巢中提取出完整RNA,结果表明,通过该方法所提取RNA质量高,效果好,可以用于进一步的分子生物学研究。     

大型海藻DNA与RNA同步抽提技术比较

海藻含有的多糖、多酚等物质容易与核酸(DNA与RNA)结合形成不溶于水的复合物,干扰了后续的酶反应,制约了海藻核酸抽提。但抽提高质量核酸却是海藻分子生物学研究的第一步,因此比较了2种同步抽提技术对大型海藻DNA与RNA同步抽提的效果。应用TRIZOL法和CTAB+LiCl法同步抽提了3种海藻的DNA与RNA,接着应用紫外吸收、电泳、PCR、RT-PCR和荧光定量RT-PCR等检测核酸质量。结果显示2种方法均能获得较高纯度的总RNA,总RNA质量完全适合后续的反转录等反应;但在DNA抽提方面CTAB+LiCl法能获得更高质量的DNA。CTAB+LiCl法是一项适用于大型海藻的DNA与RNA同步抽提技术。     

鱼类基因组DNA提取方法的优化及PCR扩增

以海水鱼军曹鱼为材料,分别采用4种不同处理方法———经典蛋白酶K法、CTAB法、改良SDS法及优化的一步法(ROSE)等提取基因组DNA,通过紫外分光光度计测定OD260/280值、琼脂糖凝胶电泳检测,结果显示这4种方法均可以获得较高质量的基因组DNA,该基因组DNA用于目的基因的PCR扩增,均能得到PCR扩增的特异条带。改良SDS法及优化的一步法更加方便、快捷,而且成本低廉。     

装甲RNA在牡蛎中诺如病毒4种RNA提取方法比较研究中的应用

RNA提取是诺如病毒检测的关键步骤,而目前贝类中诺如病毒RNA提取、检测方法的比较与评价常囿于缺乏量值明确、无生物安全隐患的标准样品作为参考依据。本研究将前期制备的 GⅡ型诺如病毒装甲RNA (3.0×1010拷贝)作为标准样品,人工污染牡蛎(Ostrea gigas tnunb)消化腺匀浆物,用4种常见RNA提取方法：TRIzol试剂、Viral RNA Kit、High Pure Viral Nucleic Acid Kit、柱式病毒RNAOUT试剂盒,分别提取RNA,经实时荧光RT-PCR检测后,利用标准曲线进行定量分析,分别计算4种方法对装甲RNA的回收率。结果显示,对于匀浆样本,TRIzol法对装甲RNA的回收率最高(6.80±0.89)%,显著高于Viral RNA Kit (4.51±2.28)%,二者的回收率又显著高于High Pure Viral Nucleic Acid Kit (0.24±0.05)%与柱式病毒RNAOUT试剂盒(0.11±0.02)% (P?0.05);对于冻干样本,Viral RNA Kit对装甲RNA的回收率最高(8.71±0.17)%,显著高于TRIzol试剂(7.12±0.64)%,二者的回收率又显著高于High Pure Viral Nucleic Acid Kit (0.33±0.12)%与柱式病毒RNAOUT试剂盒(0.06±0.01)% (P?0.05)。研究表明,TRIzol试剂与Viral RNA Kit对牡蛎消化腺样本中人工添加的装甲RNA均有良好的回收效果,同时也提示装甲RNA可作为一种良好的标准样品用于不同RNA提取试剂盒方法的评价与比较研究。     

紫菜基因组DNA提取及酶切

利用两种市售的DNA提取试剂盒对几种紫菜进行基因组DNA提取，该方法需要的组织量少，需要时间短，获得的基因组DNA纯度高，可被AFLP内切酶，特别是EcoR I完全酶切，完全满足AFLP研究的需要，不同的DNA提取方法及提取出的基因组DNA的质量对酶切效果以及后的实验结果有影响。     

几种经济红藻中茉莉酸合成途径的关键物质

为研究几种经济红藻中茉莉酸合成途径的关键物质,实验采用液相色谱—质谱联用技术(LC-MS)对茉莉酸生物合成途径相关物质建立检测方法,并对龙须菜、坛紫菜受到机械损伤时各物质的变化情况进行检测。以100%甲醇提取茉莉酸(JA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、12-氧-植物二烯酸(12-OPDA)和13-氢过氧化亚麻酸(13-HpOTE),利用XBridge TM C18色谱柱,以甲醇/水为流动相分离4种物质。优化条件下4种物质得到良好分离,加标回收率为81.23%～90.25%,检测限为0.04～0.56 ng/mL,灵敏度高。坛紫菜、龙须菜和真江蓠3种红藻中,坛紫菜中未检测到JA和13-HpOTE,4种物质均在另外2种藻中检测到。龙须菜受机械损伤胁迫后,4种物质在短时间内得到积累,其中13-HpOTE响应迅速。研究表明,红藻中可能存在类似于植物的茉莉酸合成途径,并参与对损伤的胁迫响应。     

尼罗罗非鱼外周血白细胞总RNA的分离及反转录验证

应用Trizol一步法对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)外周血白细胞总RNA提取方法进行优化,通过β-ac-tin基因反转录对所分离到的总RNA进行质量验证,并对mRNA的冻干浓缩进行了探讨,确定了一套快速、高效的尼罗罗非鱼外周血白细胞总RNA分离和mRNA浓缩体系。结果显示:获得的总RNA纯度较高,OD260/OD280均在1.9~2.0之间;甲醛变性电泳显示,总RNA完整性良好,28S与18S比值为2∶1;总RNA的分离量与起始白细胞量成正比,每毫升Trizol最大裂解量为1×108个白细胞,可得到总RNA量约为90μg;总RNA的分离量在前四个小时随着沉淀时间的增长而增加,并成功进行了β-actin基因的反转录。mRNA的分离率为1.08%,通过冻干浓缩成功使其浓度提高9倍。结果表明:分离到的总RNA质量可充分满足下游分子生物学实验要求,所建立的mRNA浓缩方法简单易行,可完全解决mRNA起始浓度低的难题。     

以栉孔扇贝闭壳肌为例的几种DNA提取方法的比较研究

以栉孔扇贝(Chlamys farreri)闭壳肌为试验材料，采用浓盐法、酚抽提法、LiCl法及改进的浓盐法和酚抽提法等提取其DNA，通过紫外吸收值测定及琼脂糖凝胶电泳法对提取的DNA质量进行分析比较。结果表明，这5种方法都能提到DNA，但改进的浓盐法和酚抽提法可将其中的蛋白质及RNA较为有效地除去，得到比较纯净的DNA。     

Estimating microbial production and growth rates in aquaculture ponds using rates of RNA and DNA synthesis

Measurement of total microbial productivity in aquaculture ponds is currently constrained by lack of methodology. In this study, rates of RNA and DNA synthesis were used to quantify water-column total microbial (algal, bacterial) production. Rates of primary (algal) production were simultaneously measured to quantify autotrophic processes in a survey of aquaculture ponds with and without polyculture and receiving conventional feed or manure. Total microbial production based on DNA synthesis rates ranged from 218 to 6620 μg Cl⁻¹ h⁻¹ while heterotrophic production ranged from 35 to 3518 μg Cl⁻¹ h⁻¹. Primary production based on ¹⁴C-bicarbonate uptake ranged from 4 to 336 μg Cl⁻¹ h⁻¹. Heterotrophic production was greater than 50% of total microbial production on seven of the eight dates surveyed. Rates of RNA and DNA synthesis and total microbial production were highly correlated (P<0.01) with ATP biomass. Autotrophic production was not significantly correlated with chlorophyll-a or ATP biomass. Total microbial productivities measured in this study by use of DNA synthesis methods indicate much higher rates of total production are occurring than previously estimated by conventional methods.     

中华绒螯蟹眼柄视上神经节和肌肉总RNA提取的比较

用Trizol法抽提出中华绒螯蟹眼柄视上神经节的总RNA和肌肉的总RNA,紫外分光光度计检测2种总RNA的纯度,1.0%琼脂糖凝胶电泳检测分析RNA的质量。实验结果表明,眼柄视上神经节和肌肉的总RNA纯度均较高,完整性较好,RNA基本无降解,总RNA的含量和纯度均可以用于后续的抑制消减杂交实验,为构建中华绒螯蟹眼柄视上神经节特异性表达的cDNA文库打下了良好的基础。