双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落结构分析

为探明双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落多样性和组成的演变,获得相关优势菌落的信息,本研究利用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同季节不同发酵阶段样品的的细菌进行特异性扩增,并选取主要DNA条带进行克隆、测序和生物信息学分析。结果显示,不同发酵时期带谱差异明显。发酵过程中,培养料中主要有芽孢杆菌属、黄杆菌属、杆菌属、假单胞菌属、Solibacillus、嗜热裂孢菌属、高温双歧菌属和未知分类地位的不可培养细菌。不同季节(春季、冬季)的培养料一次发酵过程中细菌多样性变化趋势相似,且发酵结束时细菌菌落结构相似。双孢蘑菇培养料在发酵过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即建堆初期、一次发酵阶段和二次发酵阶段。双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌种群丰富,并随着发酵的不同阶段发生演替,种群多样性受环境温度的影响。双孢蘑菇培养料发酵过程中一直存在的细菌群落与具有木质纤维素降解特性细菌的序列相似度较高,有利于培养料转化为双孢蘑菇栽培基质。     

双孢蘑菇堆肥过程中细菌群落结构分析（英文）

分别以玉米秸、牛粪和稻草、牛粪为主要原料,设计两种双孢蘑菇(Agaricus bisporus)堆肥配方并进行堆肥发酵,研究二者堆肥过程中细菌群落多样性。在建堆、一次发酵结束和二次发酵结束3个时期分别采集堆肥样品,提取总DNA,以大肠杆菌16S r DNA序列设计通用引物,进行PCR-DGGE扩增和序列分析。结果获得56条特异条带16S r DNA基因信息(Gen Bank登录号为KF630598-KF630653),分属于细菌的7个门、42个属。两种配方堆肥过程中主要类群属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),主要的优势种属包括Bacillus属、Paenibacillus属、Thermomonospora属、Thermasporomyces属、Pseudomonas属和Cellvibrio属。多样性指数分析显示,在堆肥过程中,稻草配方微生物多样性变化呈连续上升趋势,而玉米秸配方堆肥微生物多样性呈先升高、再降低的趋势。主成分分析(PCA)显示,玉米秸配方一次发酵结束的样品与二次发酵结束的样品聚为一类,说明玉米秸配方堆肥比预期提前腐熟。本研究表明,稻草配方微生物多样性高,所需腐熟时间长;玉米秸配方微生物多样性略低,但所需腐熟时间大大缩短。     

上海地区果树根际细菌群落结构的分析

通过PCR-DGGE技术分析上海不同地区六个果园在根瘤病不同发病程度情况下不同树种根际土壤中的细菌群落结构,为根瘤病的防治确定理论依据。样品包括梨树和桃树共计五个品种两种树龄。分析结果表明,不同园区之间果树根际土壤中细菌群落结构差异明显,在DGGE图谱75%相似性上划分,相同园区样品全部聚在同一簇。通过PCA主成分分析可以看出在同一园区中,发病程度不同的土壤样品细菌群落结构差异不显著,而树种对于根际细菌微生态的影响较大,树龄的影响相对较小。     

南美白对虾养殖系统内细菌群落结构的研究

为研究对虾养殖体系中进水与菌剂对细菌群落结构的持续影响,采用PCR-DGGE技术对上海奉贤某南美白对虾养殖场的细菌群落进行了研究.结果表明,在养殖系统中占优势地位的细菌一直在变化.受到周边河流影响的中池细菌多样性较低;在7-8月养殖季节中,几个养殖池内的细菌相似性变化较大.表明,养殖系统内细菌的变化规律较复杂,而投撒的商用菌剂有可能无法占到优势地位,会被其他细菌所替代.测序结果显示,微球菌、芽孢杆菌、放线菌等均为交替占据优势,并无绝对优势菌群.     

饵料对蚯蚓粪细菌群落结构多样性的影响

以牛粪、猪粪和污泥等有机废弃物作为蚯蚓饵料,利用细菌16S rDNA V3区特异扩增及变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,比较了不同饵料及饵料改变对蚯蚓粪细菌群落结构多样性的影响.结果表明:(1)与所取食的饵料相比,蚯蚓粪细菌群落结构多样性均有不同程度的下降,蚯蚓粪与对应饵料之间细菌群落结构相似性范围为15.3％～37.7％;(2)来自不同饵料的蚯蚓粪细菌群落结构相似性范围为17.2％～39.1％,其中以牛粪和猪粪为饵料时,蚯蚓粪细菌群落结构相似性最高,与对应的饵料细菌群落结构相似性相比,提高了近1倍;(3)当饵料由猪粪改为牛粪后,随着时间延长,蚯蚓粪细菌群落结构多样性逐渐下降并趋于稳定,并且蚯蚓粪与饵料牛粪的细菌群落结构相似性由0d的33.2％逐渐下降到21d的14.8％并趋于稳定.由此可知,饵料的种类及转换可以影响蚯蚓粪细菌群落结构多样性.     

阳澄湖湖区与围网养殖区浮游细菌群落结构变化研究

通过对江苏阳澄湖20个采样点不同季节的浮游细菌采样调查,并结合PCR-DGGE技术对群落结构变化进行了分析。结果显示,阳澄湖东湖、中湖、西湖3个湖之间的异养细菌数量均在103～104个/mL之间,差异不明显,围网养殖区与非养殖区也无显著差异。细菌多样性由西湖、东湖、中湖逐渐降低,3个湖区多样性差别不大,但围网养殖区细菌多样性显著降低。相似性分析表明各湖区的细菌群落结构相似性较高,而围网养殖区的群落结构同时受到周边湖水和养殖环境的影响。相似性与样点距离相关性分析表明,细菌群落相似性与样点距离具有明显的负相关。     

新疆断裂带含硫冷泉泉水细菌群落结构的动态变化

[目的]了解新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构的动态变化.[方法]采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,反映和分析10号冷泉泉水中细菌种群的16S rRNA基因V3区多样性及其种群基因组成随时间的变化.[结果]细菌种群的丰度(Shannon-Wiener指数(H'))和优势度(Simpson指数(D))随时间的变化均出现显著不规律的变化,且当细菌种群丰度较大时,优势度反而较小;由样品Sorenson相似距离系数形成的二维图谱中,不存在位置完全重合的样品.[结论]新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构表现出显著随机的动态变化.     

应用PCR-DGGE技术分析福州左海湖的细菌群落组成

应用PCR-DGGE技术对4个月份(2011年12月、2012年2月、4月、6月)的福州左海湖细菌群落组成和优势菌群进行分析,研究结果发现相同月份4个采样点的DGGE图谱差异性不大,细菌群落组成具有较高的相似性;而不同月份4个采样点的DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,细菌群落组成差异明显。对20条不同位置的DGGE条带进行切胶回收、扩增和测序后,进行系统进化分析,结果显示这20条带归属于4个细菌类群,即变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、放线菌门Actinobacteria、蓝细菌门Cyanobacteria。20条序列中有11条鉴定为变形细菌门Proteobacteria、5条鉴定为拟杆菌门Bacteroidetes、2条鉴定为放线菌门Actinobacteria、其余2条属于蓝细菌门Cyanobacteria。研究结果表明,左海湖细菌群落组成包括了Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Cyanobacteria,其中以Proteobacteria为优势菌群。     

三种杀菌剂对土壤细菌群落多样性影响

利用PCR-DGGE技术研究百菌清、代森锰锌和霜霉威对土壤细菌群落结构影响。运用16S rDNA特异引物,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,得到施加农药的土壤细菌群落遗传多样性变化情况。结果表明,土壤细菌在高浓度霜霉威的诱导下增加新种群,使细菌多样性增加,这些种群逐渐变为优势种群,低浓度霜霉威对土壤细菌微生物群落的影响很大,其他农药处理对于外来农药的污染敏感性较弱,影响不显著,尤其是低浓度处理的百菌清对土壤细菌群落无影响。     

切达奶酪成熟过程中微观结构变化及其对质构的影响

【目的】研究切达奶酪12个月成熟过程中的微观结构变化及其对质构以及功能特性的影响。【方法】利用扫描电子显微镜观察切达奶酪成熟过程中微观结构的变化,利用TPA（Texture Profile Analysis）分析奶酪质构特性,包括硬度、黏性、回复性、耐咀性和内聚性等功能特性的变化,并且利用SAS统计软件分析结果。【结果】随着成熟的进行,奶酪微观结构上的空穴变小,脂肪球变小,蛋白质长链结构变短,酪蛋白网络结构逐渐降解,表面粗糙变得不连续。硬度、黏性和耐咀性呈上升趋势,平均上升速度分别为22% 、17%和28%,差异显著（Ｐ＜0.05）;回复性呈下降趋势,下降速度为-12%,差异显著（Ｐ＜0.05）。【结论】切达奶酪成熟过程中微观结构变化是质地变化的主要影响因子。     

不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析

对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。     

土壤与基质栽培系统对生菜(Lactuca sativa)根际细菌群落的影响

以生菜（Lactuca sativa）“申选5号”与“罗莎红”为材料,采用PCR-DGGE 和Real-Time PCR 技术,分析了土壤栽培系统和基质栽培系统根际细菌群落的差异。Real-Time PCR 检测结果表明,基质栽培的两个生菜品种根际细菌数量均显著高于土壤（P<0.05）;PCR-DGGE图谱条带结果表明,根际细菌群落多样性基质高于土壤。栽培系统是造成多样性差异的主要原因,但也与品种有关：“申选5 号”基质的Shannon-Wiener 指数（H）,Simpson 指数（D）和均匀度（E）均显著高于土壤（P<0.05）;“罗莎红”基质的H 显著高于土壤,而D和E 无显著差异。结合土壤和基质理化性质的RDA 分析结果,土壤和基质具有不同的细菌群落,pH 值与硝态氮是塑造根际细菌群落的主要因子,含水量、碳氮比和有效磷与细菌群落的形成呈正相关。     

不同碳氮有机物料对有机菜田土壤细菌多样性的影响

通过模拟试验,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE),研究了施入不同碳氮有机物料(秸秆、苜蓿、有机肥、尿素)56d后,有机生产系统菜田土壤细菌群落结构的特征。结果表明,常规和有机生产系统土壤的细菌群落结构有明显差异。由DGGE图谱ShannonWiener多样性指数分析得知,有机背景处理的细菌多样性整体高于常规背景处理,且有机生产系统土壤加秸秆处理(OS)多样性最高,加入尿素后细菌多样性降低,相反,加入苜蓿后细菌多样性升高。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析将常规和有机背景土壤分为两大族群。DGGE条带测序和系统进化树表明,30个条带归属为Proteobacteria、Acidobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、Verrucomicrobia。常规土壤加苜蓿(CA)处理出现的特征性条带B13与有机背景处理的共有条带B28分别与Bacillus属和Pseudomonas假单胞菌属同源性最高。     

红曲黄酒传统酿造过程中的细菌菌群结构及其动态变化

采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等相结合的方法,探究了红曲黄酒传统酿造过程中的细菌菌群结构及其动态变化。变性梯度凝胶电泳(DGGE)试验结果表明,在传统酿造过程中的初期阶段的优势菌株包括植物乳杆菌Lactobacillus plantarum、戊糖片球菌Pediococcus pentosaceus和短乳杆菌Lactobacillus brevis,随着酿造时间的增加,植物乳杆菌将逐渐占据绝对优势;利用限制酶切片段长度多态性(RFLP)技术对16SrDNA文库中的克隆子进行酶切分型,共得到19种RFLP图谱类型,测序鉴定结果与变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果相似,但16SrDNA克隆文库分析检测到了戊糖片球菌Pediococcus pentosaceus,该菌未见于变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果中。变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等多种方法相结合,有助于更为全面、客观地研究红曲黄酒传统酿造体系中的细菌群落结构及多样性。     

不同盐碱胁迫对土壤细菌群落结构的影响

【目的】 研究盐碱胁迫对土壤细菌群落多样性及群落组成的影响。【方法】试验设置(NaCl、Na₂SO₄和Na₂CO₃+NaHCO₃)三种盐碱胁迫类型和盐(碱)度。【结果】不同盐碱胁迫对土壤细菌群落α-多样性Shannon和Simpson指数影响不大,Na₂SO₄和Na₂CO₃+NaHCO₃胁迫土壤Chao1和Ace丰富度指数显著降低。NaCl轻度盐化土壤细菌群落β-多样性与对照无明显差异,其它盐碱胁迫土壤细菌群落结构变化显著。各处理土壤细菌优势门类均为变形菌门、芽单胞菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门。盐碱胁迫土壤细菌的拟杆菌门、浮霉菌门增加;而放线菌门、硝化螺旋菌门减少。NaCl胁迫土壤绿弯菌门、厚壁菌门相对丰度增加,Na₂SO₄胁迫土壤芽单胞菌门、热微菌门增加,Na₂CO₃+NaHCO₃碱胁迫土壤酸杆菌门、疣微菌门增加。【结论】土壤细菌群落通过调节物种组成来适应盐碱胁迫,不同盐碱类型和盐碱度胁迫下,土壤细菌群落会形成显著差异的物种。     

非抗虫转基因棉花对土壤细菌群落多样性的影响

田间试验条件下,为了探究非抗虫转基因棉花对土壤细菌群落多样性的影响,应用PCR-DGGE技术对转RRM2基因高产棉、转GAFP基因抗病棉、转ACO2基因优质棉及非转基因常规棉(中棉所12)种植后在吐絮期的土壤细菌群落多样性进行分析。结果表明,与常规棉相比,3种转基因棉的种植均未对土壤细菌香农-威纳指数(H)、均匀度(EH)和丰富度(S)造成显著影响,且两类棉花土壤细菌群落结构相似性较高。可见,短期内,非抗虫转基因棉花的种植对土壤细菌群落多样性无显著影响。对DGGE的优势条带序列分析发现,同源性最高的微生物分别属于拟杆菌门(Bacteroidetes)的黄杆菌纲(Flavobacteria)、噬弧菌属(Bacteriovorax)、Segetibacter,变形菌门(Proteobacteria)的α-变形菌纲(alpha proteobacterium)、地杆菌属(Geobacter),厚壁菌门(Firmicutes)的Paenisporosarcina,酸杆菌门(Acidobacterias)的酸杆菌属(Acidobacterium),它们均为不可培养微生物。     

羊奶干酪成熟期间蛋白质降解的研究

通过对羊奶干酪成熟９０ｄ内蛋白质降解的研究发现：水溶性氮（ＷＳＮ）和非蛋白氮（ＮＰＮ）在干酷成熟初期变化较大。游离氨基酸（ＦＡＡ）主要由丙氨酸（Ａｌａ）、蛋氨酸（Ｍｅｔ）、赖氨酸（Ｌｙｓ）、组氨酸（Ｈｉｓ）、谷氨酸（Ｇｌｕ）和亮氨酸（ｌｅｕ）等６种氨基酸构成。在蛋白质降解产物中，成熟初期主要是可溶性多肽类，后期寡肽含量较高。