双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落结构分析

为探明双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落多样性和组成的演变,获得相关优势菌落的信息,本研究利用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同季节不同发酵阶段样品的的细菌进行特异性扩增,并选取主要DNA条带进行克隆、测序和生物信息学分析。结果显示,不同发酵时期带谱差异明显。发酵过程中,培养料中主要有芽孢杆菌属、黄杆菌属、杆菌属、假单胞菌属、Solibacillus、嗜热裂孢菌属、高温双歧菌属和未知分类地位的不可培养细菌。不同季节(春季、冬季)的培养料一次发酵过程中细菌多样性变化趋势相似,且发酵结束时细菌菌落结构相似。双孢蘑菇培养料在发酵过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即建堆初期、一次发酵阶段和二次发酵阶段。双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌种群丰富,并随着发酵的不同阶段发生演替,种群多样性受环境温度的影响。双孢蘑菇培养料发酵过程中一直存在的细菌群落与具有木质纤维素降解特性细菌的序列相似度较高,有利于培养料转化为双孢蘑菇栽培基质。     

双孢蘑菇堆肥过程中细菌群落结构分析（英文）

分别以玉米秸、牛粪和稻草、牛粪为主要原料,设计两种双孢蘑菇(Agaricus bisporus)堆肥配方并进行堆肥发酵,研究二者堆肥过程中细菌群落多样性。在建堆、一次发酵结束和二次发酵结束3个时期分别采集堆肥样品,提取总DNA,以大肠杆菌16S r DNA序列设计通用引物,进行PCR-DGGE扩增和序列分析。结果获得56条特异条带16S r DNA基因信息(Gen Bank登录号为KF630598-KF630653),分属于细菌的7个门、42个属。两种配方堆肥过程中主要类群属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),主要的优势种属包括Bacillus属、Paenibacillus属、Thermomonospora属、Thermasporomyces属、Pseudomonas属和Cellvibrio属。多样性指数分析显示,在堆肥过程中,稻草配方微生物多样性变化呈连续上升趋势,而玉米秸配方堆肥微生物多样性呈先升高、再降低的趋势。主成分分析(PCA)显示,玉米秸配方一次发酵结束的样品与二次发酵结束的样品聚为一类,说明玉米秸配方堆肥比预期提前腐熟。本研究表明,稻草配方微生物多样性高,所需腐熟时间长;玉米秸配方微生物多样性略低,但所需腐熟时间大大缩短。     

上海地区果树根际细菌群落结构的分析

通过PCR-DGGE技术分析上海不同地区六个果园在根瘤病不同发病程度情况下不同树种根际土壤中的细菌群落结构,为根瘤病的防治确定理论依据。样品包括梨树和桃树共计五个品种两种树龄。分析结果表明,不同园区之间果树根际土壤中细菌群落结构差异明显,在DGGE图谱75%相似性上划分,相同园区样品全部聚在同一簇。通过PCA主成分分析可以看出在同一园区中,发病程度不同的土壤样品细菌群落结构差异不显著,而树种对于根际细菌微生态的影响较大,树龄的影响相对较小。     

南美白对虾养殖系统内细菌群落结构的研究

为研究对虾养殖体系中进水与菌剂对细菌群落结构的持续影响,采用PCR-DGGE技术对上海奉贤某南美白对虾养殖场的细菌群落进行了研究.结果表明,在养殖系统中占优势地位的细菌一直在变化.受到周边河流影响的中池细菌多样性较低;在7-8月养殖季节中,几个养殖池内的细菌相似性变化较大.表明,养殖系统内细菌的变化规律较复杂,而投撒的商用菌剂有可能无法占到优势地位,会被其他细菌所替代.测序结果显示,微球菌、芽孢杆菌、放线菌等均为交替占据优势,并无绝对优势菌群.     

饵料对蚯蚓粪细菌群落结构多样性的影响

以牛粪、猪粪和污泥等有机废弃物作为蚯蚓饵料,利用细菌16S rDNA V3区特异扩增及变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,比较了不同饵料及饵料改变对蚯蚓粪细菌群落结构多样性的影响.结果表明:(1)与所取食的饵料相比,蚯蚓粪细菌群落结构多样性均有不同程度的下降,蚯蚓粪与对应饵料之间细菌群落结构相似性范围为15.3％～37.7％;(2)来自不同饵料的蚯蚓粪细菌群落结构相似性范围为17.2％～39.1％,其中以牛粪和猪粪为饵料时,蚯蚓粪细菌群落结构相似性最高,与对应的饵料细菌群落结构相似性相比,提高了近1倍;(3)当饵料由猪粪改为牛粪后,随着时间延长,蚯蚓粪细菌群落结构多样性逐渐下降并趋于稳定,并且蚯蚓粪与饵料牛粪的细菌群落结构相似性由0d的33.2％逐渐下降到21d的14.8％并趋于稳定.由此可知,饵料的种类及转换可以影响蚯蚓粪细菌群落结构多样性.     

阳澄湖湖区与围网养殖区浮游细菌群落结构变化研究

通过对江苏阳澄湖20个采样点不同季节的浮游细菌采样调查,并结合PCR-DGGE技术对群落结构变化进行了分析。结果显示,阳澄湖东湖、中湖、西湖3个湖之间的异养细菌数量均在103～104个/mL之间,差异不明显,围网养殖区与非养殖区也无显著差异。细菌多样性由西湖、东湖、中湖逐渐降低,3个湖区多样性差别不大,但围网养殖区细菌多样性显著降低。相似性分析表明各湖区的细菌群落结构相似性较高,而围网养殖区的群落结构同时受到周边湖水和养殖环境的影响。相似性与样点距离相关性分析表明,细菌群落相似性与样点距离具有明显的负相关。     

新疆断裂带含硫冷泉泉水细菌群落结构的动态变化

[目的]了解新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构的动态变化.[方法]采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,反映和分析10号冷泉泉水中细菌种群的16S rRNA基因V3区多样性及其种群基因组成随时间的变化.[结果]细菌种群的丰度(Shannon-Wiener指数(H'))和优势度(Simpson指数(D))随时间的变化均出现显著不规律的变化,且当细菌种群丰度较大时,优势度反而较小;由样品Sorenson相似距离系数形成的二维图谱中,不存在位置完全重合的样品.[结论]新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构表现出显著随机的动态变化.     

应用PCR-DGGE技术分析福州左海湖的细菌群落组成

应用PCR-DGGE技术对4个月份(2011年12月、2012年2月、4月、6月)的福州左海湖细菌群落组成和优势菌群进行分析,研究结果发现相同月份4个采样点的DGGE图谱差异性不大,细菌群落组成具有较高的相似性;而不同月份4个采样点的DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,细菌群落组成差异明显。对20条不同位置的DGGE条带进行切胶回收、扩增和测序后,进行系统进化分析,结果显示这20条带归属于4个细菌类群,即变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、放线菌门Actinobacteria、蓝细菌门Cyanobacteria。20条序列中有11条鉴定为变形细菌门Proteobacteria、5条鉴定为拟杆菌门Bacteroidetes、2条鉴定为放线菌门Actinobacteria、其余2条属于蓝细菌门Cyanobacteria。研究结果表明,左海湖细菌群落组成包括了Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Cyanobacteria,其中以Proteobacteria为优势菌群。     

三种杀菌剂对土壤细菌群落多样性影响

利用PCR-DGGE技术研究百菌清、代森锰锌和霜霉威对土壤细菌群落结构影响。运用16S rDNA特异引物,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,得到施加农药的土壤细菌群落遗传多样性变化情况。结果表明,土壤细菌在高浓度霜霉威的诱导下增加新种群,使细菌多样性增加,这些种群逐渐变为优势种群,低浓度霜霉威对土壤细菌微生物群落的影响很大,其他农药处理对于外来农药的污染敏感性较弱,影响不显著,尤其是低浓度处理的百菌清对土壤细菌群落无影响。     

切达奶酪成熟过程中微观结构变化及其对质构的影响

【目的】研究切达奶酪12个月成熟过程中的微观结构变化及其对质构以及功能特性的影响。【方法】利用扫描电子显微镜观察切达奶酪成熟过程中微观结构的变化,利用TPA（Texture Profile Analysis）分析奶酪质构特性,包括硬度、黏性、回复性、耐咀性和内聚性等功能特性的变化,并且利用SAS统计软件分析结果。【结果】随着成熟的进行,奶酪微观结构上的空穴变小,脂肪球变小,蛋白质长链结构变短,酪蛋白网络结构逐渐降解,表面粗糙变得不连续。硬度、黏性和耐咀性呈上升趋势,平均上升速度分别为22% 、17%和28%,差异显著（Ｐ＜0.05）;回复性呈下降趋势,下降速度为-12%,差异显著（Ｐ＜0.05）。【结论】切达奶酪成熟过程中微观结构变化是质地变化的主要影响因子。     

红曲黄酒传统酿造过程中的细菌菌群结构及其动态变化

采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等相结合的方法,探究了红曲黄酒传统酿造过程中的细菌菌群结构及其动态变化。变性梯度凝胶电泳(DGGE)试验结果表明,在传统酿造过程中的初期阶段的优势菌株包括植物乳杆菌Lactobacillus plantarum、戊糖片球菌Pediococcus pentosaceus和短乳杆菌Lactobacillus brevis,随着酿造时间的增加,植物乳杆菌将逐渐占据绝对优势;利用限制酶切片段长度多态性(RFLP)技术对16SrDNA文库中的克隆子进行酶切分型,共得到19种RFLP图谱类型,测序鉴定结果与变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果相似,但16SrDNA克隆文库分析检测到了戊糖片球菌Pediococcus pentosaceus,该菌未见于变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果中。变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等多种方法相结合,有助于更为全面、客观地研究红曲黄酒传统酿造体系中的细菌群落结构及多样性。     

羊奶干酪成熟期间蛋白质降解的研究

通过对羊奶干酪成熟９０ｄ内蛋白质降解的研究发现：水溶性氮（ＷＳＮ）和非蛋白氮（ＮＰＮ）在干酷成熟初期变化较大。游离氨基酸（ＦＡＡ）主要由丙氨酸（Ａｌａ）、蛋氨酸（Ｍｅｔ）、赖氨酸（Ｌｙｓ）、组氨酸（Ｈｉｓ）、谷氨酸（Ｇｌｕ）和亮氨酸（ｌｅｕ）等６种氨基酸构成。在蛋白质降解产物中，成熟初期主要是可溶性多肽类，后期寡肽含量较高。     

乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成

[目的]了解乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成,以及嗜盐微生物的分离鉴定.[方法]梯度稀释乌鲁木齐10号冷泉水,采用TSA、2A、0.1 ×LB、HM等4种培养基进行分离纯化.其中采用0.1;、0.5;、1;、2;、5;和10; NaCl的HM培养基分离嗜盐微生物.CTAB法提取所得菌株DNA,用细菌通用引物27F/1492R扩增16SrRNA基因,构建系统发育树.[结果]分离得到33株不同基因型细菌,16SrRNA测序、BLAST比对及系统发育分析将其归为假单胞菌属、金黄杆菌属、红杆菌属、芽孢杆菌属等,其中假单胞菌属占优势.R2A培养基分离效果较好,HM培养基在NaCl 5;～20;区间分离到的菌株数较多.[结论]乌鲁木齐10号冷泉水可培养细菌多样性较低,而中度嗜盐菌数量较丰富.     

酸凝干酪成熟过程中游离氨基酸含量的变化

对酸凝干酪成熟10,30,50 d时的氨基酸含量进行分析,结果表明:成熟50 d时酸凝干酪中游离氨基酸的种类较齐全,几乎包含了构成蛋白质的所有氨基酸,包括人体所必需的7种氨基酸和10种半必需氨基酸;酸凝干酪整个成熟过程中总的游离氨基酸含量在不断增加,单个氨基酸的含量处于动态的变化中。     

基于高通量测序技术对三种太岁样品细菌组成的分析

利用Illumina公司Mi Seq技术,检测3种太岁样品细菌群落的差异性,分析太岁样品的细菌多样性和群落结构,揭示细菌在太岁构成中的作用和在不同太岁间的内在联系。结果表明,3种太岁样品的高通量测序分析共得到有效序列64 114条,归为4 033个OTU,属于35个门、61个纲、89个目、201个科及625个属,还有一些未有明确的分类学信息。变形菌门和厚壁菌门为优势门,在2、8、9号太岁样品中所占比例分别是63.95%、79.65%、76.82%。2、8、9号太岁中的最优势属及所占比例分别为Edaphobacter(23.84%)、梭菌属(12.94%)、芽孢杆菌属(17.60%)。3种太岁样品各自的优势属不尽相同,没有共有且占比均大的属。3种太岁样品的细菌群落的多样性丰富,且三者的细菌组成差异较大,不能建立起明显的内在联系。     

Camembert干酪成熟过程中的质构和流变学特性

【目的】研究Camembert干酪成熟过程中质构和流变学特性随成熟期的变化。【方法】利用TPA（Texture Profile Analysis）分析干酪不同部位的质构特性,包括硬度、黏着性、弹性、内聚性、咀嚼性和胶性等功能特性的变化,利用流变仪测定干酪成熟过程中的弹性模量G’、黏性模量G’’以及损失角δ的变化,利用SAS统计软件分析结果。【结果】 成熟时间对Camembert干酪的pH和水分活度影响显著（P＜0.05）,对水分含量影响不显著（P＞0.05）;在成熟期内,干酪表面和芯部的质构和流变学特性存在显著差异（P＜0.05）;随成熟期延长,干酪表面的硬度、胶性和咀嚼性呈现下降趋势,而黏着性则呈现增长趋势;干酪芯部的硬度呈先增加后降低的趋势,胶性和咀嚼性呈下降趋势,而黏着性则呈上升趋势;干酪不同位置的G’和G’’差异显著（P＜0.05）,干酪芯部的G’和G’’大于干酪表面;干酪芯部的G’和G’’在成熟过程中先增加后降低。【结论】干酪成熟过程中的质构和流变学特性变化与成熟时间密切相关。     

第二代高通量测序技术用于进口细菌型微生物肥料菌群分析

[目的]分析细菌型微生物肥料菌群结构。[方法]采用第二代高通量测序技术对细菌型微生物肥料菌群结构进行分析。[结果]产品中测序出的111个OUT具体分属于24个属的细菌,其中共有21个OUT鉴定到种;植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis)占菌群的主要位置,分别是96.29%和0.66%,其他菌占3.05%;该样品中含有假单胞菌属(Pseudomonas sp.),这提示样品中可能含有植物病原细菌。[结论]将第二代高通量测序技术用于微生物肥料菌群分析,为进出口微生物肥料产品的快速分析提供了一种方法。