大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析

【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数（GS）变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。     

粳稻种质资源苗期耐盐相关性状的SSR标记关联分析

选用均匀分布于水稻12对染色体的38个SSR标记对160份粳稻种质资源进行检测,结合水稻种质资源苗期耐盐性评价,发掘耐盐相关性状的分子标记关联位点,以期为耐盐水稻品种的选育提供优良的中间材料和技术保障。结果表明,各耐盐相关性状间存在一定的相关性。耐盐级别与相对苗高、相对地上部鲜质量、相对根鲜质量均呈极显著正相关,与相对茎粗呈显著正相关,与叶片伤害百分率、相对根冠比均呈极显著负相关。利用38对SSR引物,共检测到192个等位基因,其中有效等位基因109.60个,平均有效等位基因数为2.88个,Shannon’s信息指数和Nei’s遗传多样性指数平均值分别为1.139 4和0.586 9。通过关联分析,共检测到11个与水稻苗期耐盐相关性状关联的SSR位点,分布于水稻1、3、4、7、8、9、10、11、12染色体上,表型贡献率介于4.10%～18.85%,其中,表型贡献率最高的等位变异是与相对地上部鲜质量相关联的RM286-7,增加耐盐级别表型效应最大的等位变异是RM7585-1,表型贡献率为6.80%,载体种质为Bertone。     

紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的11对多态性简单重复序列(SSR) 标记对99份紫斑牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL2.1软件的一般线性模型(GLM)进行标记与32个观赏性状的关联分析。结果表明:11个多态性SSR标记共检测到94个等位变异,平均每个位点检测到等位变异8.5个;引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.146~0.850,平均值为0.593;遗传多样性变幅为0.152~0.862,平均为0.630。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现5个标记位点与6个性状显著关联(P＜0.01),各标记位点对表型变异的解释率为30.4%~55.8%,其中FJ024285和FJ024294标记与株高相关联,FE528073与顶小叶长、柱头颜色和房衣颜色相关联,FJ024287与柄叶比相关联,EU678295与色斑大小相关联。研究表明:所选紫斑牡丹种质资源群体的群体结构简单、遗传变异较为丰富,适用于紫斑牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与紫斑牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。      

蚕豆农艺性状的SSR标记关联分析

[目的]寻找与蚕豆主要农艺性状紧密连锁的分子标记,挖掘农艺性状的优异等位变异与种质.[方法]以321份蚕豆种质为供试材料,调查其初荚高度、初荚节位、成荚节数、生殖节数、有效籽粒数、有效分枝、有效荚数、单荚粒数、荚长、荚宽、籽粒面积、籽粒厚、籽粒周长、籽粒长、籽粒宽、株高及百粒重.利用具有显著多态性的76对SSR标记进行...     

粳稻种质资源籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联分析

选用57对均匀分布在水稻全基因组的SSR标记对155份粳稻种质资源进行检测,研究粳稻籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联性,以期为改良水稻籽粒营养品质的优异亲本的选择、组配提供理论支持和材料保障。结果表明,锌含量与铁含量呈极显著正相关;在57个SSR标记位点中,共检测到257个等位基因,平均每个位点检测到4.51个等位基因,平均有效等位基因数为2.60个,Nei's遗传多样性指数和Shannon's信息指数的平均值分别为0.539 5和1.023 8。通过关联分析发现,与籽粒锌含量显著关联的位点有3个,分别为RM5461-4、RM5647-2、RM7356-1,表型贡献率分别为7.59%、5.89%、4.72%,增加表型效应最大的等位变异是RM5647-2,载体品种为长粒-5;与籽粒铁含量显著关联的位点有20个,表型贡献率介于2.56%～7.33%,表型贡献率最高的等位变异是RM3600-1,增加表型效应最大的等位变异是I2-3,载体品种是粮香5号。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

SSR标记与扁穗牛鞭草农艺性状关联分析

利用SSR引物对44份外部形态差异较大的扁穗牛鞭草基因组进行扫描,结合农艺性状,进行性状与标记间的关联分析.结果表明,①扁穗牛鞭草群体的农艺性状存在较大变异,其中分蘖数变异最大,变异系数达34.8%,其次是单株生物量、叶长和茎叶比,变异系数也迭20%以上.②扁穗牛鞭草农艺性状间存在显著的相关关系,单株生物量与叶宽、茎直...     

大麦农艺性状与SSR标记的关联分析

大麦农艺性状研究方法主要使用实验法,通过选取部分大麦材料,再利用SSR标记来得出相应的数据.利用GLM和MLM等模型分析大麦农艺性状和SSR标记的关联.基于此,从研究大麦农艺性状与SSR标记的关联,分析大麦的农艺性状与SSR标记关联研究结果及评价与讨论展开分析.     

春季栽培下花椰菜产量及品质性状与SSR标记的关联分析

【目的】通过关联分析挖掘与春季栽培下花椰菜花球产量及品质性状关联的分子标记,为春季生态型花椰菜花球高产、优质标记辅助选择育种提供有益的参考。【方法】用多态性较好的26对SSR标记对80份花椰菜自交系进行群体结构分析,并采用Tassel 2.1的一般线性模型（GLM）对该群体2018和2019年春季花球的3个产量性状（花球重、花球纵径和横径）及4个品质性状（维生素C、可溶性糖、叶绿素及类胡萝卜素含量）与SSR标记进行关联分析。【结果】80份自交系的花球重、花球纵径和横径及维生素C、可溶性糖、叶绿素类和胡萝卜素含量的变异系数2年平均值分别为60.0%、20.7%、23.9%、27.3%、27.6%、64.1%和61.6%,表明80份自交系的花球产量及品质性状变异丰富。邻接法系统聚类和群体结构分析均可将80份自交系分为3个类群,不同分类结果与品种的地域来源、花球紧实度间均无直接关系。基于GLM关联分析,2年试验均能重复检测出与花球产量、品质性状显著相关的标记共6个（P<0.05）,对各性状变异解释率变幅为4.32%～13.96%。其中标记Ol10F07和BoGMS1042与花球重关联,...     

棉花纤维品质性状与SSR标记的关联分析

为了评价棉花资源的群体结构,利用65个SSR标记对81份栽培棉花材料进行扫描,分析了该资源的群体结构,并对8个棉纤维品质性状数据/基因型数据进行关联分析。结果表明,该群体分为两个亚群。关联分析发现,以两年表型平均值检测到18个位点与棉纤维品质性状相关,其中5个位点与两个以上（含两个）性状相关。在这18个位点中Satt8、Satt12、Satt35、Satt105和Satt109这5个位点同时与两年表型值显著关联。明确了由81份材料组成的自然群体的群体结构,并获得了18个与目标性状相关联的SSR位点,其中5个位点同时与两年表型值显著相关,为纤维品质性状的分子标记辅助选择提供依据。     

油料树种千年桐的SSR标记开发、遗传多样性与群体结构分析

  目的  千年桐是大戟科油桐属的一种重要的工业油料树种,较同属的油桐具有更强的抗枯萎病能力,近年来受到了广泛关注。然而,因千年桐栽培历史短及种质管理的不足,目前对其分子遗传方面的研究还非常有限。本研究旨在开发千年桐的基因组SSR标记,进而开展其种质的鉴定、遗传多样性与群体结构分析。  方法  采用RAD测序技术获得千年桐简化基因组以开发SSR标记,基于SSR标记利用分子变异分析（AMOVA）、非加权组平均法（UPGMA）聚类、主坐标（PCoA）与群体结构分析等方法对来自3个不同地理分布的共105份千年桐种质资源进行研究。  结果  17个多态性的三核苷酸基因组SSR标记被开发,并能够很好地鉴别所有收集的105份千年桐种质。在其中62份种质中检测到85个私有等位基因,涉及15个SSR位点。AMOVA分析发现,千年桐群体间呈现出中等程度的遗传分化,但群体内的遗传变异远高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示,3个来自不同地理分布的千年桐群体中存在4个不同的基因库,群体间既有进化独立性,又有较高程度的遗传混合,这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。  结论  新开发的17个SSR标记有效鉴定了105份千年桐种质,揭示了其遗传多样性和群体遗传结构,对千年桐种质保存和育种计划具有非常重要的参考价值。      

利用荧光SSR分析中国糜子的遗传多样性和群体遗传结构

【目的】利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。【方法】用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。【结果】从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.3572—0.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.2934—0.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.5427—1.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.0764—0.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.4843—0.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。【结论】北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多样性比较丰富,东北春糜子区的育成品种主要以农家种为遗传背景选育而来,黄土高原春夏糜子区在育种过程中引种资源广泛,与其他生态区存在基因交流。     

寒地粳稻低温发芽力和芽期耐冷性与SSR标记的关联分析

以220份寒地粳稻品种资源进行低温发芽力和芽期耐冷性鉴定,利用118对SSR标记对低温发芽力和芽期耐冷性进行SSR标记关联分析。结果表明,品种间低温发芽力和芽期耐冷性存在明显差异。与相对发芽势、相对发芽率、相对发芽指数和成苗率相关联的SSR位点分别有4、2、3和4个。其中RM1220同时与低温发芽力的3个性状相关联,RM109和RM453同时与两个性状相关联,通过优异等位基因挖掘,筛选出一系列优异等位变异及相应载体材料,这些分子标记、优异等位变异和载体材料可为寒地粳稻耐冷育种提供有价值的信息和材料。     

江苏省糯玉米籽粒淀粉黏度性状与SSR标记的关联分析

以53份糯玉米自交系和30份单交种为试验材料,测定其籽粒淀粉黏度,并使用91对SSR标记对这些材料进行基因组扫描。在检测群体结构的基础上使用TASSEL软件的GLM方法进行关联分析。结果表明:①供试材料在7个淀粉黏度性状上均呈极显著差异。②自交系中共扩增出433个差异片段,平均每对引物扩增出5个;引物PIC值在0～0.841之间,平均为0.573。单交种中扩增出403个差异片段,平均每对引物扩增出4个,引物PIC值在0～0.841之间,平均为0.562。③表型数据聚类结果与分子标记聚类结果存在一定的相似性。④经线性整合的SSR位点组合间存在一定的连锁不平衡,不平衡程度D′大于0.5的组合数占总组合数的10.31%。⑤遗传结构分析将供试群体分为9个亚群体,共发现26个SSR标记与籽粒淀粉黏度性状相关联。⑥有11个SSR标记同时与2个或2个以上性状相关联,可能与这些性状高度正相关或一因多效有关。⑦关联标记对表型变异的总解释率较高,部分性状的解释率总和超过100%。     

不同类型小豆种质SSR标记遗传多样性及性状关联分析

 【目的】研究野生、半野生、栽培型小豆的遗传多样性,进一步阐明小豆的起源进化与传播,提高小豆种质的利用效率。【方法】从69对小豆和黑吉豆SSR引物中,筛选出11对多态性好的SSR标记,并结合植株形态性状特征鉴定,对558份来自中国、日本、韩国、不丹、缅甸的野生、半野生和栽培小豆种质资源进行遗传多样性分析和性状关联分析。【结果】共检测到86个等位变异,平均每个位点等位变异数为7.82个,变幅6—10个。野生、半野生、栽培型小豆都有其特征带,栽培小豆的特征带绝大多数来源于中国;野生小豆的特征带仅出现在中国西南、不丹和日本南部地区的种质中。遗传离散度是野生型＞半野生型＞栽培型,半野生型小豆更接近野生型小豆。聚类分析把558个小豆种质分为5大类,归类有较明显的地理相关性和遗传类型的趋同性。日本栽培小豆与韩国和日本野生及半野生小豆亲缘关系近,中国西南野生小豆与东南亚野生材料遗传关系近,与江苏地方品种遗传关系较近。关联分析表明,位于小豆第7连锁群的黑吉豆BG111标记分别解释野生和半野生小豆的主茎节数、茎粗、顶蔓、主茎分枝数性状的49%、44%、31%和18%;栽培小豆中,第1连锁群的黑吉豆BG48、第5连锁群的BG20和第9连锁群的小豆AZ24标记分别解释生育期、株高和单荚粒数、主茎分枝数性状的9%、7%、5%和6%。【结论】野生小豆遗传多样性丰富、变异背景广泛;中国栽培小豆起源于中国,具有丰富的遗传变异。黑吉豆BG111标记与野生和半野生小豆的茎粗、顶蔓、主茎分枝数、主茎节数性状相关联;黑吉豆BG48和BG20、小豆AZ24标记分别与栽培小豆的生育期、株高和单荚粒数、主茎分枝数相关联。     

油用牡丹主要相关性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的16对多态性简单重复序列(SSR)标记对36份产油量较好、观赏性较佳的牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL软件的一般线性模型(GLM)进行标记与25个性状的关联分析。结果表明:16对多态性引物共检测到65条条带,每对引物所扩增出的条带变幅为2.00到8.00不等,平均每一个标记条带数为4.06;多态性信息含量(P_(I,C))为0.19～0.73,平均值为0.50;群体结构分析将供试材料划分为3个亚群,分别包含9、15和12份试验材料;通过关联分析,发现3个SSR位点与单株种子产量、聚合蓇葖果数等9个性状极显著关联(P0.01)。研究表明:所选的36份牡丹种质资源群体的群体结构简单、具有较高的遗传多样性,适用于牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与油用牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。     

利用SSR标记分析27个玉米群体的遗传关系

本研究采用SSR标记技术，通过混合取样法分别从每个群体中随机提取4个样本，每个样本由10个单株混合而成，分析了国内外27个玉米群体的遗传多样性。结果表明：71对引物在27 个群体中共扩增出389个等位位点，每个SSR位点的等位基因数为2～19个，平均为5.48个；平均多态性信息量为0.66, 变化范围0.27～0.92。来自CIMMYT的群体多态性位点总数比国内适应群体的略高，但其多态性位点比例基本相同。根据27个群体的108个样本的遗传相似系数矩阵做出树型图，把27个群体大体分成了国内和国外两大群。     

利用SSR标记研究96个玉米自交系的遗传多样性及其群体遗传结构

分析玉米自交系的遗传多样性,研究其种质群体的遗传结构,为配制优势杂交种提供理论依据。利用108对SSR标记引物,对96份玉米自交系进行遗传多样性分析。针对目标群体,使用STRUCTURE软件,进行群体遗传结构评估。设定亚群数目(K)为1～9,并假定标记位点都是独立的,利用△K(k)确定最适合的K值,进而生成Q-matrix。SSR分析表明,108对SSR引物共检测到472个等位片段。每对引物可以稳定检测到2～9个等位片段,平均每对引物检测到4.37个等位片段。群体结构评估表明,最合适的K=2,即目标群体中存在2个亚群。     

高粱种质资源出苗相关性状与SSR标记的关联分析

选用54对均匀分布在高粱全基因组的SSR标记对110份高粱种质资源进行检测,研究高粱中胚轴长、胚芽鞘长、根长和百粒重4个出苗相关性状与SSR标记的关联性,以期为选育耐深播的优异高粱资源提供理论支持和材料保障.结果表明,高粱中胚轴长与根长呈显著(P≤0.05)负相关,与胚芽鞘长呈极显著(P≤0.01)正相关.胚芽鞘长、根...     

基于表型性状和SSR标记的山西省青狗尾草资源遗传多样性分析

利用表型性状和SSR标记对山西省41份青狗尾草资源进行遗传多样性分析。在表型水平,通过分析每份资源的株型、穗型、叶型等14个表型性状指标的测定结果,发现山西青狗尾草资源具有较为丰富的表型多样性,其中叶片绿色的深浅即叶绿素含量遗传多样性指数最高,为2.76,其余性状遗传多样性指数也大多保持在2.0左右;大多数青狗尾草的穗型为纺锤形,籽粒颜色和形状分别是青色和纺锤形。通过表型聚类可将山西青狗尾草资源划分为3个类群:第1类主要表现为株高、穗数等整体指标居中;第2类主要表现为植株小,穗数少,单株干重低等;第3类主要表现为植株高大,穗数多,穗重等。聚类分析发现表型多样性与山西特定生态地理区划有一定相关性。在分子水平,利用20对SSR引物共检测到102个等位变异,平均每个位点5个,基因多样性与PIC的平均值分别为0.66和0.61。虽然聚类分析、群体结构分析和主成分分析均将41份青狗尾草资源分为了3类,但3种方法对狗尾草资源的划分结果并不完全一致,且划分出的3个类群与山西的生态地理区划也不完全一致,表明不同表型和遗传背景的青狗尾草资源在山西混合分布,区域之间没有明显界限。