云南特有茶树种质资源遗传多样性的BAPD研究

运用RAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物——金花茶等48份材料进行遗传多样性分析，从核基因组DNA的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用已筛选出的12个引物对48份供试材料进行RAPD扩增反应后，共检测到112条扩增片段，所有片段均为多态，其多态性程度高达100％．材料间的遗传距离为0．116～0．527，平均为0．202．对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析，研究结果表明：当以欧氏距离为6．0来划分时，可分为5个组，其中3个复合组，2个独立组，基本上与传统分类水平相吻合。     

应用形态学与RAPD标记对朝天椒遗传多样性的分析

为阐明朝天椒种质资源的遗传基础,结合运用形态标记与RAPD标记对7份朝天椒种质资源的遗传多样性进行分析。结果表明,形态标记以10.25的遗传距离将7个朝天椒辣椒种质材料分成了5类,RAPD分子标记以15的遗传距离将供试辣椒种质分成4类,扩增片段的多态性比例为24.4%,扩增多态性位点多,材料间遗传相似系数变幅不明显,对于亲缘关系较近的品种,从分子水平和传统形态学方法进行聚类分析的结果相似。     

云南特有茶组植物遗传多样性的ISSR研究*

 以云南茶组植物为材料,利用ISSR技术对云南茶组植物进行了遗传多样性分析。从所筛选出的12个引物对25份供试材料进行ISSR扩增反应后,共产生141条谱带,其中多态性谱带为139条,其多态条带比率(PPB)高达98.5%,表明25份材料具有丰富的多态性。并根据遗传距离利用UPGMA构建了云南茶组植物亲缘关系树状聚类图。25个材料可分为6个类群(取值水平GD=0.378 ),20个茶组植物分为2个类群。从DNA分子水平探讨了云南茶组植物的遗传多样性,突出了种间的遗传差异,种间的遗传距离为0.151~0.580,表明25份材料间遗传基础较宽。PCA分析与聚类分析结果基本一致。结果显示,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。     

乌头种质资源遗传多样性的RAPD分析

为了探讨乌头(Aconitum carmichaeli Debx.)种质资源的遗传多样性和亲缘关系,我们收集了来自于云南和四川的23份种质资源,采用2%CTAB法提取乌头总基因组DNA,用15个RAPD随机引物进行分析。15个引物共扩增出242个DNA片段,多态性片段202个,占总扩增片段比率为83.5%,平均每个引物可扩增出13.47个多态性DNA片段。供试材料的遗传相似系数在0.155~0.940之间,表明乌头种质资源具有丰富的遗传多样性。在遗传相似系数0.582处将23份供试材料划分为9个类群,其中15份聚为一个大类,其余8份各自聚为一类。RAPD分析可作为构建乌头DNA指纹图谱的有效方法。     

应用RAPD标记对桃品种间亲缘关系的分析

以普通桃的36个品种为试材，应用RAPD标记进行品种间亲缘关系的分析，探讨应用RAPD标记划分桃品种的可行性，试验结果表明，利用筛选的20个引物在36个桃品种中共扩增出111条带，其中多态性带86条，占标记总数的77．5％，可用于样品间亲缘关系的分析．利用这些多态性带构建二元数据矩阵，计算样本间的遗传距离，并用UPGMA法对36个样品进行聚类分析，以遗传距离0．14为接合线，将供试类型分为五类．若进一步在遗传距离0．13处划分，可明显将水蜜桃、黄肉桃、油桃区分开，认为RAPD标记可用于桃品种分类，以肉质类型划分桃品种是可行的。     

42个苜蓿品种间亲缘关系的RAPD分析

应用RAPD标记,对42个不同苜蓿品种的亲缘关系进行研究。采用CTAB改良法可快速提取到较高质量苜蓿基因组总DNA用于RAPD扩增,并从RAPD反应中筛选出19个10碱基随机引物,总共扩增出220条带,其中138条呈多态性,占62.7%,82条为单态性带,占37.3%;利用MEGA2.1软件计算42个苜蓿品种遗传距离,进行UPGMA聚类分析,遗传距离在0.174~0.500之间,说明供试苜蓿品种间遗传距离较大,亲缘关系较远。遗传距离为0.435时,42个苜蓿品种可分为五类,不同苜蓿品种间的亲缘关系有较大的差异,表明RAPD标记可作为苜蓿品种亲缘关系判定的依据。这为苜蓿品种遗传改良、杂交亲本选配提供可靠的科学依据。     

大酸枣与酸枣、枣亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对大酸枣、酸枣及枣等11份种质材料进行了亲缘关系和遗传多样性检测,并采用离差平方和法进行聚类分析。结果表明,16条引物共获得115条谱带,其中多态性带84条,占总扩增谱带的73.04%。表明RAPD技术能较好地用于大酸枣、酸枣及枣亲缘关系的研究。从聚类分析图得,在等值线λ=15处,可将供试材料分为3类群:第1类包括无核小枣、金丝小枣、圆铃枣、冬枣4个枣品种;第2类包括大酸枣、s4、s5;第3类是由s1、s2s、3组成的酸枣群;表明大酸枣的分类地位处于供试酸枣和枣品种之间,推测大酸枣可能为供试酸枣与枣品种的中间类型。从欧氏距离上看出,大酸枣与供试酸枣的平均欧氏距离大于与枣品种间的平均欧氏距离,表明大酸枣与供试枣品种间亲缘关系较近。     

基于EST-SSR分子标记对香竹箐茶树王的遗传多样性分析

研究以树龄3200年的香竹箐茶树王为基础,应用27对引物对包括香竹箐茶树王在内的22份古茶树资源、44份野生茶树资源和18份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明,27对引物共扩增出190个基因型,91个等位基因,Shannon平均值为0.92。观测杂合度平均值0.52,期望杂合度平均值0.54,均大于0.50。PIC值在0.10~0.73,平均0.54,大于0.50。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于0.50的资源在每个群体分别占9.1%、29.6%和44.4%,说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较远。聚类分析表明,84份材料按亲缘关系和地理来源分成了17个组,亲缘关系树状图在分子水平上显示了香竹箐茶树王与其他供试茶树资源之间的亲缘关系,为今后对香竹箐茶树王等宝贵茶树资源的保护、研究和开发提供有效的理论依据。     

新疆引进扁桃品种与当地品种间种质资源的RAPD分析

利用7个多态性稳定的引物,对18个扁桃品种进行遗传多样性和亲缘关系RAPD分析.共扩增出54条DNA片段,其中多态性DNA带30条,占总扩增片段的55.6;.根据RAPD扩增结果,应用DPS(V3.01)软件进行Jaccard相似系数和遗传距离计算,并利用UPGMA法构建聚类树状图,结果表明,供试的18个扁桃品种可分为2个大类,聚类结果与种质分布结果基本一致.     

桃品种种质资源的RAPD分析

用筛选的20个随机引物对42个桃品种（种）进行RAPD扩增,用扩增产生的107条多态性带计算样品间的遗传距离,UPGMA法聚类分析,在遗传距离0．14处可将供试样品划分为四类,认为RAPD标记可用于分析桃种质资源间亲缘关系。在遗传距离0．11处可将水蜜桃、黄肉桃、油桃明显区分开,但存在一定交叉现象,若以肉质类型划分桃品种,还应考虑桃品种的遗传背景。供试样品中珲春桃是优先保存的种质,其次是Fireprince、上海水蜜桃等。根据聚类分析结果和遗传距离,认为珲春桃不是桃和山桃的杂交后代,应为桃的一个变种。     

茶树花药培养植株若干株系的RAPD分析

对茶树花药培养植株 6个株系 (含母树 )进行RAPD分析 ,用 6条 10聚体的随机引物共得到 190个扩增位点 ,其中多态位点有 76个 ,占扩增出的总位点的 4 0 % ;在检测到的 4 4条谱带中 ,2 5条具有多态性 ,多态性程度达 5 6 .8% ,表明茶树花药培养植株各株系之间在DNA序列上存在着差异。进行聚类分析 ,将 6个株系划分为两个类群 ,并在DNA分子水平上进一步证实株系 4为花粉植株。     

枇杷主要种类的RAPD分析

应用14个10聚体随机引物对解放钟、森尾早生、旱钟6号、贵州野生、台湾枇杷、栋叶枇杷、乌脐、白梨、洛阳青、俨糖枇杷、湖北六二等11个枇杷品种或种类的基因组DNA进行RAPD扩增，共得到130条扩增带，其中33条为非多态性条带，多态性程度为74．62％。进行聚类分析，以D1＝0．599进行划分时，可将枇杷的11个遗传资源分成栽培和非栽培两个类群。以D2＝0．649进行划分时，8个普通种可分为两个类群，即白肉类群和红肉类群，并在DNA分子水平上说明枇杷果肉色泽可作为分类的一个指标。运用RAPD技术为枇杷遗传资源的鉴定和分类提供了新的途径。     

云南茶树种质的RAPD研究

 利用RAPD技术对云南省主要产茶区具有代表性的茶树种质的遗传多样性进行研究。从 40个随机引物中 ,筛选出 8个扩增效果良好的引物 ,用其共扩增出 95条DNA带 ,其中 90条为多态性带 ,占 94.7% ,平均每个引物扩增的DNA带数为 11.50条。对 45个茶树种质间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析 ,结果表明 ,当以欧氏距离为 5.0来划分时 ,试验材料可分为 7个组 ,其中 5个复合组、2个独立组 ,基本上与茶系分类水平相吻合。在 5个复合组内 ,与种级分类水平相吻合 ,而 2个独立组具有独特的种质特性     

Use RAPD Analysis to Classify Tea Trees in Yunnan

RAPD assessment on genetic variations of 45 tea trees in Yunnan was carried out. Eight primers selected from 40 random primers were used to amplify 45 tea samples, and a total of 95 DNA bands were amplified, of which 90 (94.7 %) were polymorphism. The average number of DNA bands amplified by each primer was 11.5. Based on the results of UPGMA cluster analysis of 95 DNA bands amplified by 8 primers,all the tested materials could be classified into 7 groups including 5 complex groups and 2 simple groups, which was basically identical with morphological classification. In addition, there were some speciations in 2 simple groups.     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

云南番茄地方主栽品种及野生种的遗传多样性研究

 用RAPD技术检测了27份番茄材料的遗传多样性,并对其进行了聚类分析。结果表明,番茄各栽培品种之间的遗传背景十分狭窄,在使用的11条随机引物对番茄基因组DNA进行的RAPD检测中,共产生125条DNA谱带,其中9条带为特征带,14条为27个品种（其中1个为野生种）的共显带,多态带为86条,多态率为68.8%. 供试品种被划分为6大类群,其分类与形态学上的分类基本一致。     

24个荸荠品种遗传多样性RAPD分析

[目的]从分子水平上了解不同地区荸荠地方品种的亲缘关系及遗传多样性,为荸荠品种资源研究和选育提供理论依据.[方法]利用RAPD分子标记技术,对24个不同地区荸荠地方品种进行遗传多样性及聚类分析.[结果]从100条RAPD引物筛选出条带清晰、多态性理想的引物15条,共扩增出83条清晰带,其中多态性带为61条,多态性比例为73.5%.24个荸荠地方品种间的遗传距离为0.0976~0.6757,平均为0 3048;UPGMA聚类分析可将24份荸荠品种分为5组,其中第4组又可分为两个亚组,野生荸荠单独归为一亚组.[结论]24份荸荠品种的遗传基础相对较狭窄,亲缘关系较近,但部分不同地区栽培品种之间仍存在一定的遗传差异性.     

RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究

应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48～0.98和0.33～0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。     

RAPD Analysis of Germplasm Resources of Kudingcha Species in Oleaceae

The random amplified polymorphic DNA marker （RAPD） was applied to detect the genetic relationships and diversity among 21 germplasm materials of Kudingcha species in Oleaceae, which involved 8 species, i.e., Ligustrum robustum （Roxb.） Blume, L. henryi Hemsl., L. japonicum Thunb, L. japonicum Thunb. var. pubscens Koidz, L. lucidum Ait., L. pedunculare Rehd, Osmanthus masumuranus Hayata, and L. delavayanm Hariot. 20 RAPD primers selected were applied for the amplification on the 21 germplasm materials mentioned above. 427 bands were obtained, and the percentage of polymorphic bands （PPB） was 97.7%. The genetic similarity coefficients （GS） ranged from 0.1522 to 0.8322 with an average of 0.5466. There was a significant genetic difference among germplasm materials of Kudingcha species in Oleaceae, and UPGMA cluster based on the GS of RAPD could distinguish all test germplasm materials clearly and indicated the relationship of the 8 species mentioned above, all of which indicated that RAPD markers could be used for the studies of genetic diversity and relationship and classification of germplasm resources of Kudingcha species in Oleaceae. Analysis results of RAPD showed that L. japonicum Thunb. var. pubscens Koidz has closer genetic relationship with L. pedunculare Rehd and further genetic relationship with L. japonicum Thunb. among all tested species. The authors suggest that further research is needed to study whether L. japonicum Thunb. var. pubscens Koidz should be classified into a variata of L. japonicum Thunb, or should be considered as an independent species. The analysis results supported that L. pururascens Y. C. Yang should be combined into L. robustum （Roxb.） Blume.     

石斛种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对10种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行了分析。从100条10bp的RAPD引物中筛选获得17条多态性引物,对石斛属的10个种的基因组DNA进行扩增。共获得200条多态性带,平均每个引物产生11.8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0.356～0.676。根据RAPD标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,将石斛属的10个种区分开来,划分为4类。结果表明:RAPD标记技术较好地从分子水平上揭示石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。