健康犊牛直肠细菌的多样性

[目的]研究分析健康犊牛直肠细菌的多样性.[方法]通过建立直肠菌群16S rRNA基因克隆文库,分别用限制性内切酶MspⅠ和HhaⅠ对阳性克隆的PCR产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,通过测定16S rRNA基因序列,绘制进化树,确定健康犊牛直肠菌群的组成.[结果]克隆阳性率达96.45;(488/506),Msp Ⅰ得到64种分类操作单元(OTU,Operational Taxonomic Unit),HhaⅠ得到45种OTU,综合获得143种OTU.测序比对表明健康犊牛直肠优势菌群分属梭菌属(13;)、双歧杆菌属(8;)、拟杆菌属(3;)、真杆菌属(3;)、乳杆菌属(2;)、普氏菌属(2;)、埃希菌属(4;)、巨型球菌属(5;)和不可培养菌(8;).[结论]健康犊牛直肠菌群复杂多样,且多为专性厌氧菌,以梭菌属、双歧杆菌属和巨型球菌属为主要类群.此外,巨型球菌属在1～2周龄犊牛直肠中具有独特性.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

绿头鸭线粒体12SrRNA基因序列测定及分析

对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树,结果表明:绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切,三者共享1个单倍型,它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外,绿头鸭与绿翅鸭关系较近,与琵嘴鸭关系较远,罗纹鸭与赤颈鸭关系较近,河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。     

巨魾线粒体12SrRNA 和16SrRNA 基因克隆及多态性分析

运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似.     

6S rDNA-RFLP法快速鉴定蒙古国传统乳制品中的乳酸菌

以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图谱分析,将49株乳杆菌和2株片球菌准确鉴定到种,其他4株肠球菌鉴定到属。采用16S rDNA-RFLP方法鉴定乳酸菌具有准确性,可靠性和高效性。     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

基于线粒体16S rRNA基因序列的鳢属鱼类系统进化探讨

对4种鳢属(Channa)鱼类共108个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp(C.striata)和573bp(C.argus,C.maculata,C.asiatica)的基因片段,共检测到10个单倍型,4种鳢所有单倍型之间共存在1个插入/缺失;此外有63个变异位点,其中简约信息位点60个,序列表现出明显的A偏倚;多态位点比例为11.2%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.021[乌鳢(C.argus)与斑鳢(C.maculata)之间]到0.079[乌鳢(C.argus)与线鳢(C.striata)之间、斑鳢(C.maculata)与线鳢(C.striata)之间]。以非洲真副鳢(Parachanna insignis)为外群构建的NJ树和ML树中,线鳢位于进化树的基部,表明线鳢是最早分化出来的种;进化树显示乌鳢和斑鳢亲缘关系最近,表明2个种分化较晚。     

猪HSL基因PCR-RFLP多态性研究

激素敏感脂肪酶 (HSL)是动物体脂肪分解的关键酶。本研究采用PCR RFLP法研究了 5个不同品种猪HSL基因部分 5’端区域和第 6内含子至第 9外显子区域DNA多态性。结果在对应于基因第 7内含子的DNA扩增片段中发现一AluI酶切位点多态性 ,梅山猪和湖北白猪中表现 3种等位基因型 (PP、PQ和QQ) ,等位基因P和Q的频率分别为 0 .6 5、0 .35和 0 .1 5和 0 .85,而通城猪中全部表现为PP基因型 ,大白猪和长白猪中全部表现为QQ基因型     

基于12S rRNA和16S rRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

[目的]研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树.[结果]经比对后得到394 bp的12S rRNA-致序列和544 bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938 bp的联合序列.其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个.T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%.在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54.拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071~0.123,平均为0.105.分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支.[结论]应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科.     

大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列分析

【目的】研究大额牛(Bos frontalis）瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩余109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1%。系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门（57.1%）和噬纤维菌/屈扰杆菌/拟杆菌门（42.2%）,仅有一个序列位于螺旋体门。【结论】本试验获得了大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成及其与饲料消化之间的关系奠定了基础。     

10种单味中药对养殖鳗鲡主要致病菌的抑制作用

应用超微粉碎法将虎杖、石榴皮、马齿苋、苦楝皮、大黄、紫花地丁、黄芩、五倍子、金银花以及黄连10种中药进行加工处理至粒径为5~10μm后,作用于本实验室近年来从福建各地养殖场收集的患病鳗鲡中分离得到的18株常见致病菌,并利用琼脂稀释法测定其抑菌作用.结果表明：上述10种中药单用对除B12以外的17株养殖鳗鲡主要致病菌均有一定的抑制作用,其平均抑菌浓度（MIC）范围为0.165~128 mg/mL,平均杀菌浓度（MBC）范围为0.210~128 mg/mL.药效较好的5种中药对供试17株菌的MIC值均在2 mg/mL以内,MBC值均在3 mg/mL以内.     

萘降解菌NAP2-2的16S rRNA基因克隆和系统发育分析

筛选到1株萘降解菌NAP2-2,对其进行了表观及16S rRNA基因的系统发育研究。结果表明,NAP2-2能以萘作为唯一碳源和能源生长。16S rRNA基因同源性分析显示,该菌株为短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的一个成员。对萘降解菌16S rRNA基因序列的系统发育学分析表明,降解菌主要分布在变形菌门和厚壁菌门。因此对NAP2-2菌株的分析揭示了短芽孢杆菌属新的生物学特性,为以后利用此类细菌处理多环芳烃污染提供了重要依据。     

16S rRNA序列分析在猪肠道细菌鉴定中的应用

为建立16S rRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16S rRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析.序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性＞99％;B2序列与鼠乳杆菌同源性＞99％;C2序列与唾液乳酸杆菌同源性＞99％;F3序列与类肠膜魏斯氏菌同源性＞97％;F6和F7序列与融合魏斯氏菌同源性＞99％;M3和M8序列与洛菲氏不动杆菌同源性＞98％;M9和M11序列与粪肠球菌同源性＞99％.表明建立的16S rRNA基因序列分析方法可以应用于鉴定猪肠道细菌.     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系

[目的]基于16S rRNA基因序列探讨蜘蛛几个重要类群系统发生关系。[方法]采用贝叶斯法、最大简约法、最大似然法对蜘蛛目（Araneae）6科2亚科蜘蛛的16S rRNA基因序列进行系统发育分析。[结果]隙蛛亚科Coelotinae是漏斗蛛科Agelenidae的一个亚科,隙蛛亚科＋漏斗蛛亚科是暗蛛亚科的姐妹群;红螯蛛属Cheiracanthium与管巢蛛属Clubiona之间的关系远于管巢蛛属与近管蛛科Anyphaenidae之间的关系。[结论]16S rRNA基因系统发生结果证实了隙蛛亚科和红螯蛛属的分类地位。     

中药双联用复方对养殖鳗鲡主要致病菌的抑制作用研究

筛选单用抑菌作用较强的6种中药药材,依据棋盘法设计15种双联用复方,采用超微药粉琼脂稀释法测定各系列浓度组合的复方对养殖鳗鲡18株常见致病菌的抑制作用．实验结果表明,15种双联用复方对18株致病菌中绝大多数菌株的抑制作用比6种中药单用的抑菌作用强,呈现协同效应（FIE≤1）的比例占85．7％,其中显著协同（FIC≤0．5）占20．4％;复方抑菌作用未发生变化（1〈FIC〈2）的占11．1％;仅3．2％出现拮抗作用（FIE≥2）．说明,合理的中药联用可提高中药单用对致病菌的抑制作用,降低复方中单个中药的抑菌浓度．     

豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。