氨基糖苷类药物高水平耐药16S rRNA甲基化酶基因在动物源大肠杆菌中的检测

为了解郑州地区氨基糖苷类药物高水平耐药16S rRNA甲基化酶基因(armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD和npmA)在健康动物大肠杆菌中的流行情况,对2009年在郑州地区鸡、犬、猪的肛门拭子中分离保存的231株大肠杆菌进行了药敏试验,并分别设计特异性引物对其进行16S rRNA甲基化酶基因的聚合酶链式反应扩增。结果显示:在6种基因中,鸡、犬源大肠杆菌可检测到armA和rmtB,而猪源大肠杆菌仅检测出rmtB。鸡、犬源大肠杆菌armA的检测率分别为7.6%和3.3%;鸡、犬、猪源大肠杆菌rmtB的检出率分别为47.8%、20.0%和0.9%。其中,鸡、犬中分别有3.3%的大肠杆菌可同时检测到armA和rmtB。     

云南西盟蔗区发现检疫性病害甘蔗白叶病

研究旨在明确2018年在云南西盟蔗区发现的甘蔗病害是否为植原体引起的甘蔗白叶病。使用植原体16S rRNA基因序列通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对10份采自云南西盟蔗区的疑似甘蔗白叶病样品进行巢氏PCR检测,并将巢氏PCR 产物进行克隆测序和序列分析。巢氏PCR结果表明,所有10份样品均能扩增得到1240bp左右的片段。测序结果表明所有获得的10条16S rRNA基因序列大小均为1247bp,序列间的核苷酸一致性为100%。BLASTN分析表明从病株扩增到的所有核苷酸序列与先前云南临沧甘蔗白叶病植原体分离物LC7和LC9的16S rRNA基因序列(Genbank登陆号：KR020691和KR020692)的核苷酸序列一致性为100%。虚拟RFLP分析表明西盟分离物的16S rRNA基因序列的酶切图谱与16SrXI-B亚组植原体相同。本研究结果表明云南西盟蔗区发现的甘蔗病害为16SrXI-B亚组植原体引起的甘蔗白叶病。     

鸡源霉形体PCR检测方法的研究

据基因库中鸡源霉形体16SrRNA基因序列，设计了一对跨幅为1026bp的引物，用这对引物对致病性鸡源霉形体MG，MS的DNA进行PCR扩增，结果扩增片段大小与设计相一致，而其它细菌扩增结果则均为阴性。     

利用PCR和限制性酶切技术鉴别3种鳗鱼

根据日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗3种鳗鱼的16S rRNA基因序列,设计特异性引物,进行16SrRNA基因的PCR扩增,然后对PCR产物进行ApaI酶切反应.结果显示,日本鳗和欧洲鳗的PCR产物均出现211 bp的特异性扩增条带,美洲鳗的PCR产物出现两条DNA条带;日本鳗的PCR产物经ApaI酶切产生大小为135 bp和76 bp的两条条带,而欧洲鳗的PCR产物经ApaI酶切没有变化.因此,利用该方法可鉴别出日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗等3种鳗鱼.     

植物乳杆菌Lp基因表达时内参基因的选择

实验以植物乳杆菌Lp为实验材料,用荧光定量PCR技术分析16S rRNA、Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas、L-lactate dehydrogenase以及rec A protein四个候选内参基因的表达情况。应用两种软件ge Norm和Norm Finder程序对实验结果进行分析。实验结果显示在植物乳杆菌Lp中,稳定值最小的是16S ribosomal RNA,用Norm Finder软件分析,稳定值最小的也是16S ribosomal RNA。揭示16S ribosomal RNA适合做植物乳杆菌正常生长状态下的内参基因。     

猪附红细胞体特异性基因的克隆和序列分析

为分析吉林省流行的猪附红细胞体基因序列,根据发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列设计引物,扩增出长度约为541 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆到pGEM-T Easy载体.将经Not Ⅰ酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序,与发表的附红细胞体基因序列进行比较,试验所获得的核苷酸序列与猪附红细胞体16S rRNA基因序列非常相近,同源性为97.8%～100%,从而证明吉林省所流行的猪附红细胞体属于16S rRNA基因群.     

春秋两季不同地区猪源耐药大肠杆菌β-内酰胺酶及16SrRNA甲基化酶基因检测及分析

为了解新疆春秋两季不同地区耐药猪源大肠杆菌携带β-内酰胺酶和16S rRNA甲基化酶基因及其共存情况。通过PCR方法对克拉玛依地区142株春季猪源耐药菌、9株克拉玛依秋季猪源耐药菌、78株昌吉地区春季猪源耐药菌和52株昌吉地区秋季猪源耐药菌进行β-内酰胺酶(blaTEM、blaCMY-2、blaLAP-1、blaKPC、blaSHV和blaOXA)和16S rRNA甲基化酶(arm A和rmt B)基因检测,并对检出耐药基因的PCR产物进行测序。结果显示:克拉玛依春季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(142/142,100%)、blaOXA(16/142,11.3%)、blaCMY-2(7/142,4.9%)和blaLAP-1(1/142,0.7%);克拉玛依秋季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶为blaTEM(9/9,100%)和blaOXA(1/9,11.1%),克拉玛依春秋两季猪源耐药菌均未检测出16S rRNA甲基化酶基因;昌吉地区春季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(78/78,100%)、blaOXA(9/78,11.5%)、blaCMY-2(3/78,3.8%)和16S rRNA甲基化酶基因rmt B(1/78,1.3%);昌吉地区秋季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(52/52,100%)、blaOXA(4/52,7.7%)、blaCMY-2(3/52,5.8%)和blaSHV(1/52,1.9%),未检测出16S rRNA甲基化酶基因。上述结果表明春秋两季不同地区猪源大肠杆菌blaTEM检出率均为100%;其次不同地区春季猪源大肠杆菌对blaOXA检出率均高于秋季猪源大肠杆菌。产生β-内酰胺酶及16S rRNA甲基化酶基因是猪源菌对β-内酰胺类及氨基糖苷类抗菌药物耐药的主要原因之一,养殖场应合理使用抗菌药物,加强对产生β-内酰胺酶及16S rRNA甲基化酶基因的监控。     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

气单胞菌和嗜水气单胞菌双重PCR检测方法的建立

针对GenBank中登录的气单胞菌属(Aeromonas)的毒力基因甘油磷脂胆固醇酰基转移酶基因(GCA T)和嗜水气单胞菌(Aeromonash ydrophila)的16S rRNA基因的保守区设计2对特异性引物.通过进行双重PCR反应体系优化,PCR产物的测序鉴定和特异性试验,建立了一种能同时检测气单胞菌(Aer...     

Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of single cells

Rapid phylogenetic identification of single microbial cells was achieved with a new staining method. Formaldehyde-fixed, intact cells were hybridized with fluorescently labeled oligodeoxynucleotides complementary to 16S ribosomal RNA (rRNA) and viewed by fluorescence microscopy. Because of the abundance of rRNA in cells, the binding of the fluorescent probes to individual cells is readily visualized. Phylogenetic identification is achieved by the use of oligonucleotides (length 17 to 34 nucleotides) that are complementary to phylogenetic group-specific 16S rRNA sequences. Appropriate probes can be composed of oligonucleotide sequences that distinguish between the primary kingdoms (eukaryotes, eubacteria, archaebacteria) and between closely related organisms. The simultaneous use of multiple probes, labeled with different fluorescent dyes, allows the identification of different cell types in the same microscopic field. Quantitative microfluorimetry shows that the amount of an rRNA-specific probe that binds to Escherichia coli varies with the ribosome content and therefore reflects growth rate.     

16S rRNA在兽医病原菌分类鉴定中的应用

介绍16S rRNA基因的特点,阐述其用于病原菌分类鉴定的基本原理,综述其在兽医病原菌分类鉴定中的应用。     

不同肠球菌基因组DNA提取方法对PCR鉴定的影响

为研究肠球菌基因组DNA的不同提取方法对16SrRNA基因序列PCR、种属多重PCR、RAPDPCR等肠球菌鉴定结果的影响,分别采用6种基因组DNA提取方法(水煮法1、水煮法2、常规酚/氯仿抽提法、chelex-100法1、chelex-100法2和试剂盒法),对1株肠球菌标准菌株ATCC29212基因组DNA进行提取,以这些分别提取的DNA为模板在相同的扩增条件下进行PCR检测.结果表明,在16SrRNA基因序列PCR和种属多重PCR检测中以水煮法1进行肠球菌DNA的提取最适宜,而试剂盒法在RAPDPCR检测中效果最佳.     

植原体病害研究进展

植原体原称类菌原体,是一类重要的植物病原物,主要靠韧皮部取食的刺吸式昆虫介体传播。本文从4个方面综述了植原体的研究概况:(1)植原体的分类,包括了传统分类和16SrRNA分类系统;(2)植原体的分子检测方法,包括血清学法、核酸杂交法、PCR法和LAMP检测方法;(3)植原体的传播,包括媒介昆虫类群如叶蝉、蜡蝉和木虱及其传播过程;(4)植原体的综合治理,包括加强检疫、治理寄主植物和治理介体昆虫。此外,还对植原体的今后研究进行展望。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。     

柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析

 【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。     

新疆南部图兰扇头蜱及卵携带R.raoultii的分子检测

【目的】世界上蜱类3科18属899种,中国有2科10属117种,新疆至少有2科10属45种,占全国蜱种类的1/3之多,分布也极其广泛。蜱直接危害和传播多种病原,且一些病原可经卵垂直传播,给畜牧业造成巨大经济损失,还严重威胁公共卫生安全。图兰扇头蜱是新疆南部荒漠及半荒漠地区常见种和优势种。确定新疆南部图兰扇头蜱及其卵是否携带立克次体,对该蜱及其传播立克次体病的防控意义重大。【方法】对新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室在新疆南部阿拉尔市某羊场收集的饱血雌性扇头蜱,置于一定湿度和一定温度的环境中产卵,随机取5个独立的卵样品及其对应的5只雌蜱为研究对象。通过对雌蜱及其卵分别处理后提取基因组DNA,进行PCR扩增蜱12S r RNA基因和立克次体16S r RNA基因,并对扩增产物测序,利用BLAST在线平台和多个分子生物学软件进行序列分析。【结果】5只雌蜱12S r RNA基因PCR扩增全部阳性,测序获得的4段蜱12S r RNA基因序列完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中图兰扇头蜱12S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列均为图兰扇头蜱,其中包括来自新疆绵羊的图兰扇头蜱;本研究蜱12S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744514,与来自于Gen Bank数据库图兰扇头蜱、血红扇头蜱、微小牛蜱、边缘革蜱、草原革蜱、长角血蜱、小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱、残缘璃眼蜱、全沟硬蜱及外围群尘螨的22个12S r RNA基因序列的进化树显示,研究所获得的蜱12S r RNA基因序列与图兰扇头蜱进化关系最近,聚在同一个小分支;确定了该扇头蜱为图兰扇头蜱。5只产卵后的雌蜱和相应蜱所产的全部卵立克次体16S r RNA基因PCR扩增,有1只蜱和其产的卵样品阳性,蜱携带率为20%;雌蜱及其卵立克次体16S r RNA基因测序结果完全一致;Blast分析与Gen Bank数据库中Rickettsia raoultii 16S r RNA基因序列相似性高达99%以上,且高相似性前五基因序列为4个Rickettsia raoultii和1个Rickettsia sp.,其中包括来自新疆2011年的亚洲璃眼蜱和草原革蜱的立克次体;立克次体16S r RNA基因序列提交Gen Bank数据库获得登录号为MG744513,与来自于Gen Bank数据库的37个24种立克次体16S r RNA基因序列的进化树显示,研究获得的立克次体16S r RNA基因序列与Rickettsia raoultii进化关系最近,聚在同一个小分支,与其他15种立克次体同属于斑点热群立克次体;确定了本研究图兰扇头蜱及其卵均携带斑点热群立克次体R.raoultii。【结论】首次发现图兰扇头蜱及其卵携带R.raoultii。     

16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株

根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。