新疆早熟陆地棉种质资源遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记对北疆早熟陆地棉部分种质资源材料进行基因组分子检测并进行遗传多样性研究,从分子水平上揭示遗传性关系.[方法]从39个SSR核心引物中筛选多态性好且稳定的24对引物在43份北疆早熟陆地棉种质材料进行分子检测,利用NTSYS-pc 2.11软件进行遗传相似性及聚类分析.[结果]共扩增出71个多态性条带,平均每个引物为2.84个条带,扩增98个等位基因.变异的多态信息含量(PIC)在0.12 ～0.80.43份资源材料成对遗传相似系数变化范围在0.458～0.944,其中63.75;的材料遗传相似系数在0.500 ～0.696,35.71;的材料遗传相似系数在0.700～0.944.根据UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.58时,可将43份材料聚类为2类群.[结论]43份资源材料中大部分材料成对间相似度较高,遗传性差异较小,遗传基础较狭窄.     

我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析.从已公布的40对水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段.据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0...     

向日葵DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

以12份向日葵杂交种和18份向日葵亲本为材料,利用SSR分子标记,从502对SSR引物中筛选了34对核心引物。34对引物在30份研究材料中共检测到81个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为2.38个。基于34个SSR标记的扩增结果,利用NTsys 2.10e软件计算遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:30份材料之间的遗传相似系数变化范围为0.432 0~0.901 2,在遗传相似系数0.62处可以将30份材料分为两大类,一定程度上反映了材料间的亲缘关系。同时SSR标记指纹图谱的建立为向日葵品种纯度和真伪鉴定提供了科学数据。     

贵州马铃薯推广品种SSR分子标记及遗传多样性分析

为了鉴定马铃薯品种的亲缘关系,采用10对SSR分子标记引物,对19份贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物中5对获得60条清晰条带,其中49条为多态性条带,多态性比率为81.67%,平均每个引物的多态性条带数为9.80条。19份马铃薯品种的遗传相似性系数为0.43~1.00。经聚类分析,在遗传相似系数为0.56处全部参试材料聚在一起,在遗传相似系数为0.63处可明显聚为3个类群。第Ⅰ类群包括11份材料,第Ⅱ类群包括7份材料,第Ⅲ类群只有1个材料。在相似性系数0.65处,57.89%的参加品种聚在一起,表明参试品种的遗传背景较为狭窄。     

淮安地区主栽小麦品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析

利用分布在小麦42条染色体上的86对SSR引物,对24份淮安地区主栽小麦品种(系)基因组DNA进行PCR扩增,结果发现,86对SSR引物中有26对引物在24份材料之间具有稳定的多态性。利用这26对SSR引物所检测出的124个等位基因对24份淮安地区小麦主栽品种(系)进行遗传相似性分析,并在26对引物中选择其中6对多态性好、扩增带型清晰的SSR引物构建24份小麦品种(系)的指纹图谱。6对SSR引物构建的指纹图谱可以将24份小麦品种(系)逐一区分开来。24份小麦品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.54～0.92。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数064处,可将24份小麦品种(系)分为4大类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系。     

太湖地区24 份杂交粳稻DNA指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用SSR标记对24份太湖地区杂交粳稻品种初步建立了DNA指纹图谱和进行遗传相似性分析.结果表明:24对引物在研究材料中共检测到105个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为4.38个.筛选出5对核心引物(RM336、RM72、RM1195、RM19和RM267)建立了24份材料的DNA指纹图谱.24份材料之间的相似系数变化范围为0.69～0.99,相似系数比较大,表明供试材料的遗传基础多样性相对狭窄.在遗传相似系数0.71水平处可以将24份材料分为3个类群.     

30份海南地区引种甘薯种质资源的SSR分析

为热带地区甘薯引种和新品种培育提供重要的理论依据,通过农艺性状比较筛选出在海南地区适应性较好的30份甘薯引种种质资源,利用SSR分子标记技术对30份甘薯种质资源进行遗传多样性分析,明确其在DNA分子水平上的遗传差异。结果表明:11对SSR引物可扩增出57条清晰的条带,其中多态性条带53条,多态性百分率93.0%,平均每对引物5.18条。经遗传相似性和聚类分析,30个甘薯品种遗传相似性系数在0.42~0.96,平均为0.62,甘薯品种间遗传多样性较丰富。以0.61的相似系数为阈值,30份材料聚成3大类。     

结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析

[目的]构建太湖稻区粳稻(Oryza sativa L.Subsp.Japonica)DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考.[方法]以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性.[结果]24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1～7个,平均为4.1个.筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物(RM190、RM18、RM297、RM5414),其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9.19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408～0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500～0.700的材料占81.87％.UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群.[结论]太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料.     

甘蓝种和芥菜型油菜细胞质的遗传多样性

对36份供试材料（15份甘蓝种材料、12份芥菜型油菜、4份不同细胞质类型的甘蓝型油菜、2份白菜型油菜及黑芥、埃塞俄比亚芥、芸芥各1份）进行叶绿体和线粒体SSR分析。7对多态性叶绿体特异的SSR引物在参试材料中共检测到31条多态性条带,每个位点等位基因为3~8个,平均4.43个,PIC值为0.234~0.711,平均为0.550。 2对线粒体特异的SSR引物检测到多态性条带数分别为3和5,PIC值分别为0.409和0.558。将线粒体与叶绿体的SSR标记合并,36份材料的遗传相似系数为0.538~1.000,在遗传相似系数 0.700 处,36份材料可明显分为5类,分别为芥菜型油菜、甘蓝型油菜和白菜型油菜、埃塞俄比亚芥和黑芥、甘蓝、芸芥,结果与传统的分类一致。芥菜型油菜内存在4种单倍型,而甘蓝仅有一种单倍型,芥菜型油菜材料间的细胞质遗传多样性高于甘蓝种材料间的细胞质多样性。     

江苏扬中"杂草稻"的籼粳分类

随着直播稻、麦套稻技术的推广,“杂草稻”在江苏扬中的危害越来越大,已严重影响稻米的产量和质量。为此我们对江苏扬中“杂草稻”的形态特征进行了观察,并利用稻谷稃毛长、酚反应和幼苗对KC lO3抗性3项形态、生理指标和SSR标记对其进行了籼粳分类,结果表明:“杂草稻”的稻谷稃毛长与籼稻品种南京11号、南京16号的相近;“杂草稻”的稻谷酚反应、幼苗对KC lO3抗性以及SSR标记指纹特征与籼稻品种南京11号、南京16号一致,确定江苏扬中“杂草稻”为籼稻类型。     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

32份水稻抗稻瘟病材料的SSR遗传多样性分析

为了对抗稻瘟病品种的选育及种质资源保护利用提供依据,利用24对SSR引物对筛选出的32份抗稻瘟病地方种质资源(品种)进行了遗传多样性分析。结果表明:24个位点共扩增出177个等位变异,平均每个位点7.375个,平均Nei’s基因多样性指数为0.7194,平均多态信息含量为0.6735,供试材料整体遗传变异较丰富,粳稻材料稍高于籼稻,但差异不显著;全部供试材料的平均遗传相似系数为0.2799,基因库保存的抗稻瘟病材料间的遗传差异大于近几年收集的地方抗病品种;基于Nei’s遗传相似系数的聚类分析,在0.34水平上将这些材料划分为籼稻和粳稻两个类群,亲缘关系的远近与其地理来源有一定的相关性。     

Development of a Highly Informative Microsatellite （SSR） Marker Framework for Rice （Oryza sativa L.） Genotyping

To select highly informative microsatellite markers （SSRs） and establish a useful genetic SSR framework for rice genotyping, 15 rice （Oryza sativa L.） cultivars including six indica varieties and nine japonica varieties were used to analyze the polymorphism information content （PIC） value of 489 SSR markers. A total of 1 296 alleles were detected by 405 polymorphic markers with an average of 3.2 per locus. The PIC value of each chromosome was ranged from 0.4039 （chromosome 2） to 0.5840 （chromosome 11）. Among the two rice subspecies, indica （0.3685-0.4952） gave a higher PIC value than japonica （0.1326-0.3164） and displayed a higher genetic diversity. Genetic diversity of indica was high on chromosome 12 （0.4952） and low on chromosome 8 （0.3685）, while that for japonica was high on chromosome 11 （0.3164） and low on chromosome 2 （0.1326）. A SSR framework including 141 highly informative markers for genotyping was selected from 199 SSR markers （PIC〉0.50）. Ninety-three SSR markers distributed on 12 chromosomes were found to be related to indica-japonica differentiation. Of these 93 pairs of SSR primers, 17 pairs were considered as core primers （all the japonica varieties have the same specific alleles, while the indica varieties have another specific alleles）, 48 pairs as the second classic primers （all the japonica or indica varieties have the same specific alleles, while the indica or japanica varieties have two or more other specific alleles ） and 28 pairs as the third classic primers （all the japonica and indica varieties have two or more alleles, but the specific alleles are different between japonica and indica）. Thirty-two SSR markers were selected to be highly informative and useful for genetic diversity analysis of japonica varieties. This work provides a lot of useful information of SSR markers for rice breeding programs, especially for genotyping, diversity analysis and genetic mapping.     

籼粳稻亚种间分子标记差异分析

[目的]为籼粳稻亚种的分子标记鉴定提供依据。[方法]以13份籼稻、5份粳稻为亲本,采取SDS法提取水稻叶片总DNA,进行扩增反应,利用321对SSR引物对亲本的多态性进行筛选,分析籼粳亚种之间的SSR标记差异。[结果]18个亲本中共筛选到168对引物具有明显的标记带和较好的多态性。SAR水稻血缘的412、407、421、992、950之间及长药野生稻血缘的84-15与84-23之间的多态性明显少于稳定亲本与栽培稻之间的多态性,也低于籼稻品种间和粳稻品种间的多态性。籼稻与粳稻之间的多态性频率最高,籼稻品种之间的多态性高于粳稻品种之间的多态性。供试材料籼粳稻之间存在31个SSR标记差异,SSR标记可较为准确地鉴定材料的亚种属性。[结论]籼粳亚种之间有明显的SSR标记差异。     

用微卫星标记评估中国水稻主栽品种的遗传多样性

【目的】为正确评估中国水稻(Oryza sativa L.)主栽品种的遗传多样性提供依据。【方法】应用位于水稻)12条染色体上已筛选的24个微卫星(simple sequence repeats, SSR)标记组合（每条染色体2个），分析63个主栽常规稻品种和杂交稻组合亲本(2002年推广面积达6.67×104 ha（100万亩）)的遗传变异。【结果】共检测到135个等位基因，平均每个标记5.6个；多态性频率（frequency of polymorphisms, FP）变动范围为0.486～0.840，平均0.682。水稻恢复系比保持系/不育系遗传差异大；与常规籼稻品种相比，常规粳稻品种的遗传多样性较低。聚类分析表明，中国籼稻品种主要来自华南稻区和长江流域稻区，粳稻品种则分布于北方稻区和太湖流域(江苏和浙江省)，表现出明显的地域分布特点。【结论】作者认为，应用微卫星标记所作的中国水稻品种聚类分析与传统系谱分析趋势一致，结果更为精确。     

云南同名地方稻种资源主要表型性状及遗传变异的比较分析

【目的】比较分析云南同名地方稻种资源主要表型性状及遗传变异,为云南地方稻种质资源的保存、研究及利用提供科学依据。【方法】以133份云南同名地方稻种资源为材料,将同名或相似名资源划为1组,共分为11组,调查其13个表型性状,计算各组同名地方稻种资源的欧式距离,利用非加权配对平均法（UPGMA）对供试资源进行聚类分析,并结...     

普通野生稻遗传多样性分析

为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择、改变目前遗传基础狭窄的状况,试验选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的20份普通野生稻进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物均具有多态性,多态性位点百分率为100%;这些多态性引物在20份材料中共扩增出220条多态性带,平均每对SSR引物可检测到3～11个等位基因,平均每个位点7.3条。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,在Nei遗传距离为1.3处可将20份材料分为3个类群,即2个国外群体和1个国内群体;同一生态型的稻种基本聚为一类,个别不同生态型的稻种由于品种间的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。说明SSR是一种进行遗传多样性研究切实有效的方法;育种亲本的选择不能仅仅依据生态型。     

江苏省杂草稻的颖果显微结构观察

通过观察江苏省杂草稻不同成熟时期颖果颜色的变化,发现其颖果在未完全成熟前,与籼稻9311颖果的颜色是一致的,都表现为绿色;一旦成熟后,9311颖果表现为黄白色,而江苏省杂草稻颖果表现为红色,且随着颖果的不断成熟红色素不断积累.同时,采用徒手切片和石蜡切片方法,进行了江苏省杂草稻受精7 d后颖果和成熟后颖果,以及9311成熟颖果的解剖结构对比观察,阐明了其红色素的沉积部位,结果表明江苏省杂草稻红色素主要沉积在果皮中,但种皮中也有少量沉积.     

中国不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性研究

【目的】通过对中国旱稻地方品种的遗传多样性检测,分析不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性和遗传差异,为旱稻地方品种在水稻遗传育种中的有效利用提供理论依据。【方法】利用39对SSR引物对来自中国17个省份或地区的158份旱稻地方品种以及20份巴西旱稻种质进行SSR标记多态性、遗传相似性和聚类分析。【结果】在中国旱稻地方品种中共检测到等位基因308个,每对引物等位基因数变异在2—21个,平均等位基因数为7.8974个,其中RM72、RM241、RM232和RM412的等位基因数较多,分别为21、17、16和15个。Nei’s基因多样性指数变异在0.0435—0.8989,平均基因多样性指数为0.6153,其中RM232、RM72和RM241的基因多样性指数较高,分别为0.8989、0.8914和0.8883。籼型旱稻地方品种的平均等位基因数和平均基因多样性指数分别为6.4359和0.6227,而粳型旱稻地方品种分别为6.9744和0.5087。籼型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.4007—0.8959,平均为0.7168,而粳型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.5803—0.9581,平均为0.7643。【结论】籼型旱稻地方品种的基因多样性显著高于粳型旱稻地方品种;各省份或地区间粳型旱稻地方品种的遗传一致性高于籼型旱稻地方品种;各省份或地区粳型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置密切相关,而籼型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置未见相关。