猪水泡病病毒非结构蛋白编码区的克隆与序列分析

以猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus，SVDV)HK’70为材料，用特异性引物扩增出非结构蛋白编码区的4个重叠目的片段，连接于pMD 18-T载体，转化JMl09感受态细胞。经对重组质粒双酶切、PCR鉴定、序列分析表明，HK’70非结构蛋白编码区核苷酸长4002nt，氨基酸长1334aa；与J1’73、H／3’76、SVDV(Seechrn等测株)、NET／1／92的核苷酸同源性分别为98．6％、98．3％、98．3％、91．2％，推导氨基酸序列的同源性分别为98．9％、99．1％、99．2％和97．2％。     

猪水泡病病毒结构蛋白编码区核苷酸的序列测定与分析

以猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus，SVDV)HK’70为材料，用特异性引物扩增出P1区的2个重叠目的片段，连接于pMD18-T载体，转化JM109感受态细胞。经重组质粒的双酶切，PCR鉴定后测序。序列分析表明，HK’70P1区核苷酸组成中A含量较高，G C含量较低，且A-G、C-T转换率较高。P1序列同源性分析表明，SVDV HK’70与J1’73、H／3’76、SVDV(Seechurn等测株)、NET／1／92的核苷酸序列同源性分别为97．8％、98．1％、97．6％和89．3％；相应地，推导的氨基酸序列同源性分别为98．8％、98．7％、98．8％和96．5％。     

猪瘟病毒Thiverval株3'非编码区插入片段对病毒拯救的影响

猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3'-UTR含有一定长度的插入序列.本研究通过反向遗传学操作,构建了3'-UTR含有19 nt、32 nt以及插入片段完全缺失的CSFVThiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变病毒基因组进行体外转录,利用BHK-21细胞转染、PK-15细胞传代增殖的方式成功的从3种重组突变感染性克隆中拯救出活病毒粒子,表明CSFV疫苗株3'-UTR插入片段并不影响病毒的拯救.通过3'-UTR二级结构模拟,发现疫苗株的插入片段导致3'-UTR空间构型发生改变、自由能升高、影响二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一.     

猪乳糖酶基因5’非编码区多态性分析

研究检测国内外猪种乳糖酶基因5’非编码区多态性位点。采用PCR、TA克隆和直接测序的方法,分析大白猪、长白猪、杜洛克、荷包猪、民猪乳糖酶基因5’非编码区多态性。结果表明,在猪乳糖酶基因5’非编码区-630 bp处及增强子区-797 bp处出现G/A两种不同的等位基因,在-539 bp处出现C/T两种不同的等位基因,在-442 bp处出现C/A两种不同的等位基因。     

小RNA病毒基因组3'非编码区.结构与功能研究进展

小RNA病毒属于单股正链RNA病毒,包括肠道病毒属、鼻病毒属、心脏病毒属、口疮病毒属和肝病毒属等几个主要的属.口蹄疫病毒(FMDV)、脊髓灰质炎病毒(PV)、丙型肝炎病毒(HCV)、脑心肌炎病毒(EMCV)是该科病毒的典型代表.小RNA基因组的末端具有非编码区(UTR),是病毒基因组复制的主要调控位点,3'非编码(3'...     

小RNA病毒基因组3'非编码区.结构与功能研究进展

小RNA病毒属于单股正链RNA病毒,包括肠道病毒属、鼻病毒属、心脏病毒属、口疮病毒属和肝病毒属等几个主要的属.口蹄疫病毒(FMDV)、脊髓灰质炎病毒(PV)、丙型肝炎病毒(HCV)、脑心肌炎病毒(EMCV)是该科病毒的典型代表.小RNA基因组的末端具有非编码区(UTR),是病毒基因组复制的主要调控位点,3'非编码(3'UTR)区是复制酶的第一结合位点,其二级结构在病毒的翻译与复制过程中具有重要作用,该区是病毒复制酶识别并结合的位点,主要起始负链RNA的合成,3'UTR在病毒的翻译过程及感染性病毒粒子的形成过程中起着十分重要的作用.因此,研究小RNA基因组的3'端结构和功能可为确定复制与表达位点在非编码区的具体位置和主要特征,以及其他正链小RNA病毒基因组复制的研究奠定了理论基础.     

用3''RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3''末端序列

应用3’RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒(FMDV)0H99株基因组3’端真实序列。测序结果表明,所扩增的目的基因片段长1500nt,包括3D基因部分序列、3’端非编码区(Non—Coding Region,NCR)和Poly(A)尾巴,其中3’NCR位于终止密码子TAA之后,长93nt,Poly(A)尾序列至少含有56个A。与参考毒株进行序列比较,结果显示,OH99株与0TY TW／97株的核苷酸同源性较高,为91．4％,而与O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低,其同源性分别为68．1％、71．0％、70．2％。3’NCR的末端存在保守性较高的基序：CCCTCAGATG,TTTTCCC—CGCTTCCT。本研究为进一步研究FMDV基因组的功能、构建OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒5'非编码区前导转录调控序列及其侧翼序列的结构与功能解析

为解析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)5'非翻译区(5'UTR)的高级结构与功能,以北美株PRRSV感染性克隆为平台,通过定点突变PCR技术将其5'UTR中一特殊高级调控元件的一级序列进行突变,以改变其二级茎环结构,从而解析该结构的基因调控水平。将突变DNA克隆转染入BHK-21细胞后利用免疫荧光及RT-PCR试验来研究拯救后突变病毒的转录、翻译特性,及通过空斑形态学及病毒生长曲线分析突变病毒的生长特性。结果表明,PRRSV 5'UTR中该高级调控元件的顶端环结构为病毒复制所必需,其只可耐受2个核苷酸的突变;同时发现该调控元件中一保守的茎结构为病毒复制非必需。由此证实了PRRSV 5'UTR中调控病毒复制过程的必需高级结构,为进一步解析PRRSV复制调控元件奠定基础。     

两株传染性法氏囊病病毒5‘和3’非编码区结构分析

采用快速扩增cDNA末端（RACE）方法测定了我国超强毒株Harbin-1和经典弱毒株CJ801的非编码区。在两株病毒基因组A节段中，Harbin-1的5‘非编码区包括100个核苷酸，CJ801包括96个核苷酸；两个毒株B节段的5‘非编码区均含有111个核苷酸。Harbin-1毒株A节段的3‘非编码区含95个核苷酸，CJ801含94个核苷酸。Harbin-1毒株B片段的3‘非编码区含79个核苷酸，CJ801含82个核苷酸。结构分析表明：超强毒株Harbin-1与细胞适应株CJ801的5‘和3‘端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin-1与欧洲超强毒株的关系最近，CJ801与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能，阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。     

3个黄牛品种的myostatin 5''调控区多态与生长性状的相关分析

用PCR-RFLPs方法对南阳牛、秦川牛、郏县红牛3个品种共411个个体的myostatin 5'调控区的单核苷酸多态性(SNPs)进行分析.结果表明,3个品种在myostatin 5'调控区T→A突变以等位基因T为主,仅在郏县红牛中发现1个AA型纯合体,郏县红牛品种显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),其它品种处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).对黄牛myostatin 5'调控区T→A突变与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状进行相关分析,结果显示,TT型南阳牛6月龄的胸围和胸围指数显著低于TA型个体,TT型南阳牛18月龄的体高显著高于TA型个体(P＜0.05),但基因型对秦川牛和郏县红牛生长性状的效应不显著(P＞0.05).提示在南阳牛的育种实践中应该综合考虑南阳牛生长阶段和所要选择的性状.     

IBV D41株主要结构基因及3′端非编码区序列分析

采用反转录及聚合酶链式反应 ( RT-PCR) ,成功地扩增出鸡传染性支气管炎病毒 ( IBV)人工致弱毒D41株 S1基因、M基因、N基因和基因组 3′端非编码区 ( U TR)的 c DNA。序列测定结果表明 :D41株的 S1基因全长 1611bp(从 ATG到 S前体蛋白裂解位点 ) ,编码一条由 53 7个氨基酸组成的多肽 ;M基因全长 678bp,编码一条由 2 2 6个氨基酸组成的多肽 ;N基因全长 12 3 0 bp,编码一条由 410个氨基酸残基组成的多肽 ,3′端 UTR长度为52 5bp,其中高变区 ( HVR)长度为 2 2 5bp。与国内外已报道的一些 IBV标准毒株的相应基因序列进行核苷酸序列同源性分析后发现 :D41株与麻省血清型的毒株同源性最高 ,尤其与国际常用的标准疫苗株 H52和 H12 0的亲缘关系最接近。但它与国内“腺胃型”毒株 QXIBV在系统发生进化树上却相隔较远     

一株H5N3亚型禽流感病毒全基因组序列分析及其对小鼠的感染性研究

为了解H5N3亚型流感病毒的生物学特性,本研究对2017年浙江省分离到的一株H5N3亚型禽流感病毒(AIV)[DK/ZJ/S1368/2017(H5N3)]进行了遗传演化分析及小鼠感染性实验。遗传演化分析结果显示,该株病毒的HA蛋白裂解位点处仅含一个碱性氨基酸,属于低致病性AIV。同时,该病毒的血凝素(HA)基因与H5N7亚型流感病毒亲缘关系较近;聚合酶碱性蛋白2(PB2)基因和核蛋白(NP)基因与H10N7亚型流感病毒亲缘关系较近;碱性聚合酶蛋白1(PB1)基因与H1N1亚型流感病毒亲缘关系较近;酸性聚合酶蛋白(PA)基因与H6N2亚型流感病毒亲缘关系较近;神经氨酸酶(NA)基因与H10N3亚型流感病毒亲缘关系较近;基质蛋白(M)基因与H3N8亚型流感病毒亲缘关系较近;非结构蛋白(NS)基因与H1N1亚型流感病毒亲缘关系较近。表明其基因来源复杂。小鼠感染实验结果显示,该分离株无需提前适应即可以在小鼠肺脏和鼻甲中复制,小鼠感染病毒后无明显临床症状,与对照组相比其体质量变化不明显,表明该病毒对小鼠呈低致病性。本研究通过对该H5N3亚型AIV的生物学特性的分析,发现该病毒基因来源复杂,无需提前适应就可以在小鼠体内复制,具有感染哺乳动物的潜在威胁,提示应当持续加强对H5N3亚型AIV的监测和相关生物学特性的研究工作。     

Sequence and phylogenetic analysis of the non-structural 3A and 3B protein-coding regions of foot-and-mouth disease virus subtype A Iran 05

The A Iran 05 foot-and-mouth disease virus (FMDV) subtype was detected in Iran during 2005 and has proven to be highly virulent. This study was undertaken to focus on molecular and phylogenetic analysis of 3A and 3B coding-regions in the A Iran 05 field isolate. To assess the genetic relatedness of A Iran 05 isolate the nucleotide and predicted amino acid sequences of the 3AB region of type A FMDV isolates were compared with twenty previously described type A FMDV isolates. The phylogenetic tree based on the 672 bp 3AB gene sequences of type A FMDV from thirteen different locations clustered them into five distinct lineages. The A Iran 05 isolate clustered in lineage A along with four type A variants and was closely matched with viruses isolated in Turkey and Pakistan during 2005~2006. The number of protein sequence differences exhibited by each of the isolates revealed that A Iran 05 isolate contains three amino acid substitutions at positions 47 and 119 of 3A and 27 of the 3B coding region. The nucleotide identity between A Iran 05 and the other four isolates of lineage A was estimated to be 98%.