中国金鱼遗传多样性研究中AFLP反应体系的优化

探讨了AFLP(Amplified fragment length polymolphism)标记技术在中国金鱼基因组DNA提取、模板浓度、酶切时间的一些优化改进,建立了一套稳定的实验体系,在49对引物组合中筛选出6对多态标记丰富、稳定性好的引物组合,并用这些引物对中国金鱼遗传多样性进行了研究.     

金鱼起源及遗传多样性研究进展

金鱼起源于中国,分布广泛,有着丰富的遗传多样性。其体型多样且色彩变化多端深受大众喜爱。本文从形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记四个方面对金鱼的遗传多样性研究进行了综述。     

黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体47个个体中,共扩增出461个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.0996,0.1643、0.1622;两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数G_st、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明,黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异,群体间有明显的基因交流。     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

AFLP技术及在动物遗传多样性研究中的应用

扩增片段长度多态性(AFLP)是一种新型分子标记。该技术原理简单,引物设计巧妙,既具有RFLP技术的可靠性又具有RAPD技术的高效性,被称为"最有力的分子标记"。近年来其在遗传多样性的研究中得到了广泛的应用。动物遗传多样性的研究对揭示生物群体的进化历史或对生物资源的有效利用与保护有着十分重要的现实意义。本文主要论述AFLP的技术原理、要求及特点,并介绍其在动物遗传多样性研究中的应用。     

基于AFLP分子标记的杂色杜父鱼遗传多样性分析

为了解吉林省杂色杜父鱼野生群体遗传多样性,应用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism, AFLP）标记技术,对漫江、三道松江河和鸭绿江上游采捕的3个杂色杜父鱼群体总计30个个体的遗传多样性、遗传变异及遗传相似性进行分析,并构建系统进化树。8组引物组合总计扩增出915个条带,其中多态性位点843个,占比92.1%。3个群体的观测等位基因数（N_a）分别为1.316 6、1.306 7、1.203 7,有效等位基因数（N_e）分别为1.151 7、1.134 2、1.111 9,Nei’s基因多样性指数（H）分别为0.091 2、0.081 6、0.067 0,Shannon’s信息指数（I）分别为0.141 0、0.127 3、0.102 0,其中漫江群体的遗传多样性水平最高,鸭绿江上游群体最低;3个群体的遗传分化系数(G_st)平均值为0.286 0,表明3个群体之间发生了一定程度的分化;30个个体的遗传相似性在0.809 0～0.945 6,表明所采集的30尾杂色杜父...     

基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析

应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。     

罗非鱼3个养殖群体的遗传多样性及特异性AFLP标记研究

对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼（New GIFT strain Oreochromis niloticus）、吉诺玛罗非鱼（GenoMar strain O．niloticus）和奥杂罗非鱼（0．niloticus♀×O．aureus♂）3个养殖群体具有重要的意义。笔者选取了5对AFLP（amplified fragment length polymorphism）引物组合对3个罗非鱼养殖群体共60尾个体进行比较分析,引物组合E—ACA／M—CAT表现出较好的区分能力,有7条标记的分布在群体间表现出“有和无”的差别,引物组合E—ACA／M—CAG的扩增图谱中有2条带表现出“有和无”的差别。遗传多样性方面,平均基因多样性在新吉富罗非鱼和吉诺玛罗非鱼分别为0．1605和0．1595,而在奥尼罗非鱼为0．2214,多态位点百分数和Shannnon多样性指数也表现出相近的变化趋势。分析表明新吉富罗非鱼群体在遗传上已较为稳定,吉诺玛罗非鱼遗传多样性偏低。     

光棘球海胆3个地理亚群的遗传多样性AFLP分析

应用AFLP技术对光棘球海胆的大连长海县群体、大连旅顺群体及日本青森县群体进行遗传多样性分析。试验结果表明,4对引物组合扩增得到231个扩增位点,其中168个多态位点,多态位点总比例为72.73%;3个群体的遗传多样性指数分别为0.3020±0.1925、0.2995±0.1977和0.2945±0.1935;Shannon多样性指数分别为0.4390±0.2767、0.4344±0.2820和0.4298±0.2766;群体内遗传变异系数为0.2987±0.0366,群体间遗传分化系数为0.0230,说明群体内的遗传多样性比较丰富。3个群体之间的遗传距离无显著差异,遗传相似度基本一致,用UPGMA方法对3个群体的143个个体的聚类分析显示,3个群体的个体交互混杂在一起,3个群体间没有因为地理隔离而产生明显的遗传分化。     

中国对虾家系水平遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对中国对虾的40个家系共200个样品进行了家系水平的遗传多样性分析。利用10对引物共产生307个表达清晰可用于分析的标记,其中189个标记表现为多态性,占总标记数的61.56%;中国对虾各个家系多态位点百分率在12.7%～34.2%之间;各个家系基因多样性指数在0.0494～0.122之间,Shannon指数的范围在0.0725～0.182之间(家系水平为0.1975)。对40个家系的AMOVA分析结果显示,家系间的基因分化系数Gst=0.4713,即总的遗传变异中有47.13%的变异存在于家系间,家系内的遗传变异占总遗传变异的52.87%。采用UPGMA法对中国对虾的40个家系进行了聚类分析,确定了各个家系之间的遗传亲缘关系;并且对200个个体进行了聚类分析。结果表明,90%同一家系的子代个体能完全聚类在一起。通过家系间的遗传分化系数Gst对中国对虾的40个家系间的基因流进行了估测,结果显示,Nm=0.5609,表明基因流处于较低水平。     

中国东海日本鳗鲡居群遗传结构的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术,以中国东海日本鳗鲡两个群体（闽江流域玻璃鳗养成的成鳗和长江口捕获的玻璃鳗）为材料研究其遗传多样性水平及群体的遗传结构。结果表明：6对选择性扩增引物共检测到363个位点其中闽江流域群体和长江口群体的多态位点数、多态位点频率、Nei’s基因多样性系数、Shannon’s信息指数分别为228和269、 62.81%和74.10%、 0.2781和0.3077、0.4092和0.4493,日本鳗鲡这两个群体均具有较丰富的遗传变异,但闽江流域群体的明显低于长江口群体。两群体的遗传相似度为0.814,遗传距离为0.2103,在用Nei’s遗传距离构建的遗传聚类图上,两群体明显分为两支,显示了群体分化现象,不同地理群到达产卵地的时间不同可能是造成这种现象的主要原因。     

中国东海日本鳗鲡种群遗传结构的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术,以中国东海日本鳗鲡2个群体(闽江流域玻璃鳗养成的成鳗和长江口捕获的玻璃鳗)为材料,研究其遗传多样性水平及群体的遗传结构。结果表明,6对选择性扩增引物共检测到363个位点,其中闽江流域群体和长江口群体的多态位点数、多态位点频率、Nei′s基因多样性系数、Shannon′s信息指数分别为228和269、62.81%和74.10%、0.2781和0.3077、0.4092和0.4493,日本鳗鲡这2个群体均具有较丰富的遗传变异,但闽江流域群体明显低于长江口群体。2群体的遗传相似度为0.8140,遗传距离为0.2103,在用Nei′s遗传距离构建的遗传聚类图上,2群体明显分为2支,显示了群体分化现象,不同地理群到达产卵地的时间不同可能是造成这种现象的主要原因。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.     

Genetic structure of yellowback sea bream Dentex tumifrons in China inferred from AFLP data

ABSTRACT:   The resource of yellowback sea bream Dentex tumifrons has declined very quickly in China due to overfishing since the 1970s. In this study, a total of 122 wild samples of the yellowback sea bream from marine waters of Qingdao (QD), Zhoushan (ZS), Shenzhen (SZ), and Beihai (BH) were analyzed using amplified fragment length polymorphism (AFLP). A total of 265 putative loci were detected by five AFLP primer sets, 116 of which were polymorphic (43.8%). The locality with the highest proportion of polymorphic loci (PPL, 29.4%) and number of polymorphic loci (PL, 78) was ZS, whereas that with the lowest was BH, in which a PL of 64 and a PPL of 24.2% were detected. The locality with the highest Nei's gene diversity was also ZS with a value of 0.2237, whereas the locality with the lowest was BH with a value of 0.1905. Analysis of Wright's F _st indicated that there existed distinct genetic differentiation among four localities ( P  ≤ 0.001). It is speculated that there exist at least four distinct geographic subpopulations of the sea bream in Chinese waters. This research provides some of the first published AFLP data in the species.     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

合浦珠母贝3个家系的AFLP标记分离与遗传多样性研究

对AFLP标记在合浦珠母贝(Pinctada fucata)印度家系(印度贝♀×印度贝♂,PII)、杂交家系(三亚贝♀×印度贝♂,PSI)和三亚家系(三亚贝♀×三亚贝♂,PSS)的遗传分离及3个家系的遗传多样性进行了分析。3对引物共产生57个位点,分离位点比例为57.4%~87.7%,符合孟德尔规律的分离位点为70.0%~71.0%;1:1分离位点占总分离位点的24.0%~45.2%,其中杂交家系的比例最高。3个家系的多态位点比例为93.0%~100.0%,总基因多样性为0.460。家系内的基因多样性为PII0.434,PSI0.331,PSS0.366,平均为0.377±0.030。家系间的遗传分化显著(GST=0.180)。遗传距离分析表明,PSI与PSS之间的遗传距离最大(0.157),PII与PSS之间的遗传距离最小(0.121)。UPGMA系统树表明,PII和PSS的亲缘关系较近,而PSI与这2个家系较远。上述结果表明,第一代家系的遗传多样性仍很高,但家系之间的遗传分化较大。该研究结果对育种过程中遗传资源管理具有一定指导作用。     

新疆地方绵羊遗传多样性AFLP检测方法的建立

研究以新疆地方绵羊为试验材料,为建立适合绵羊AFLP多态性分析体系,对其分析过程中DNA提取、酶切连接扩增、电泳及银染效果等相关环节进行了一定改进和检测。本试验通过筛选出的8对引物组合分析了新疆6个地方绵羊的遗传多样性。结果表明经优化后的AFLP体系条带清晰可辨,扩增信号较强,带型稳定,AFLP适合绵羊遗传多样性分析。     

鲢中国土著群体与海外移居群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术从长江群体内(邗江、老河)、中国长江、珠江、黑龙江群体间以及中国土著群体和海外移居群体(多瑙河、密西西比河)间3个层面分析了鲢自然群体在世界范围内的遗传格局。结果表明,邗江、老河、珠江、黑龙江群体的Nei氏基因多样性(H)分别为0.0481±0.1151、0.0659±0.1333、0.0510±0.1155和0.0661±0.1364,多瑙河、密西西比河群体分别为0.0576±0.1250和0.0540±0.1221;中国土著鲢总的遗传多样性(0.0729±0.1295)高于海外移居群体。AMOVA分析表明,群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为8.14%,而群体内差异的贡献率为91.86%。长江石首与邗江群体间的遗传分化FST值为0.0701(P<0.01),长江、珠江、黑龙江群体间的FST值为0.0704(P<0.01),中国土著群体与海外移居群体间的FST值为0.0424(P<0.01),鲢中国土著群体内、土著群体与海外移居群体间均表现分化显著。研究结果为进一步监测海内、外鲢自然群体的遗传变化趋势积累基础资料。