甘肃境内鼢鼠Eospalax亚属分子系统发育研究

为了筛选评价甘肃境内鼢鼠凸颅亚属母性遗传多样性分子标记,研究该亚属的分子系统发育。测定了分布于甘肃11个不同地方31只属于鼢鼠中凸颅亚属的不同鼢鼠,其中包括:9只高原鼢鼠、9只甘肃鼢鼠、9只斯氏鼢鼠、4只秦岭鼢鼠的细胞色素b基因全序列1 140 bp。从GenBank获得包括平颅亚属在内的21个细胞色素b全序列总共52条全序列,用MEGA软件分别绘制出本研究的31条全序列和总共52条全序列的2个系统发育树。运用测定序列,结合相关软件分析31条细胞色素b基因全序列的变化特征;分析和探讨本试验的Eospalax亚属4个种的分类及系统发育。本研究为鼢鼠的系统发育提供了分子理论依据。     

从Cyt b基因全序列探讨鼢鼠属Eospalax亚属的分子系统发育

测定了24只鼢鼠，其中包括：9只高原鼢鼠（Myospalax baileyi）、6只甘肃鼢鼠（M.cansus）、6只斯氏鼢鼠（M．smith）、3只秦岭鼢鼠（M．rufescens）的细胞色素b基因全序列，分析了鼢鼠属凸颅鼢鼠亚属的遗传多态性。从GenBank获得19条细胞色素b基因全序列，用最大简约化法绘制出43条序列的系统发育树，分析个体间的系统演化关系。研究认为，秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠遗传关系最近，并且与甘肃鼢鼠、高原鼢鼠关系接近；前4种鼢鼠与罗氏鼢鼠，中华鼢鼠和东北鼢鼠依次疏远；草原鼢鼠最早的分歧出来。     

从线粒体序列分异探讨鼢鼠凸颅亚属(Eospalax)种间差异的有效性

鼢鼠亚科动物中凸颅亚属鼢鼠的物种界限一直不清楚。研究测定了甘肃境内鼢鼠类线粒体DNA D-loop和ND4基因序列,获得了23条长度为414～424 bp的D-loop和17条长度为425～438 bp的ND4基因同源序列,通过其序列分异、遗传距离和系统发育分析,探讨该类群的分类学地位。结果表明:凸颅亚属鼢鼠序列间变异类型丰富,单倍型多样度高,其种间遗传距离大于种内遗传距离;基于邻接法(NJ)、贝叶斯推论法(BI)和最大似然法(ML)构建的分子系统树显示:甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、斯氏鼢鼠、秦岭鼢鼠均各自构成单系,并构成2个进化枝,其中甘肃鼢鼠最为原始,单独构成一枝;高原鼢鼠与斯氏鼢鼠为姐妹群,处于较进化的位置,后与秦岭鼢鼠聚在一起构成另一枝,支持4个种均为独立种的观点。     

3种鼢鼠线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR 产物直接测序法测定了3种鼢鼠Mospalax spp.18个个体的线粒体控制区(Control region)核苷酸全序列,并进行了结构分析。通过与仓鼠亚科其他啮齿动物的控制区序列进行比较,将鼢鼠的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域。同时识别了鼢鼠中一系列保守序列,并给出了它们的一般形式。选用普通田鼠Microtus rossiaemeridionalis、褐家鼠Rattus norvegicus、小家鼠Mus musculus、鼹鼠Nannospalax ehrenbergi为外类群,采用NJ和UPGMA法构建分子系统发育树。结果显示：鼢鼠中控制区基因适于系统发育分析,根据分子系统学、形态学的结果初步认为高原鼢鼠M.baileyi和甘肃鼢鼠M.cansus达到了种级地位。     

凸颅鼢鼠亚属5个种的主要形态性状变异及其聚类分析

对凸颅鼢鼠亚属的5种鼢鼠有代表性的12个性状变异及其规律加以分析,并对12个性状进行聚类分析。结果表明:(1)体重变异系数最大,达到32.37%,其次为眶间宽,变异系数为16.29%,颅基长的变异范围最小,变异系数仅7.56%;(2)在所测定的4个外部性状及8个头骨性状数据彼此之间都存在极显著正相关关系。(3)甘肃鼢鼠与其他4种鼢鼠关系较远,单独聚为一类,斯氏鼢鼠与罗氏鼢鼠亲缘关系最近。     

狐狸体表犬啮毛虱的形态特征观察和分子鉴定

本研究旨在利用全证据法对采自湖南省长沙生态动物园狐狸体表的2只寄生虱进行准确鉴定。首先通过显微镜观察寄生虱的形态特征，初步鉴定为毛虱。然后分别提取2只寄生虱的DNA样本，再以PCR扩增寄生虱线粒体细胞色素c氧化酶I亚基（cox1）基因的部分序列，进行序列分析，并利用Mega 11程序最大似然法（ML）构建系统发育树，从分子水平进一步对寄生虱进行鉴定。PCR扩增结果显示，两个样本条带大小与预期一致，均约400 bp；序列分析显示两个样本cox1序列与GenBank收录的犬啮毛虱（Trichodectes canis，基因登录号MH001214）相似性均为99.0%；系统发育分析显示，两个样本均与犬啮毛虱位于同一分支。结果表明，采自狐狸体表的寄生虱为犬啮毛虱。本研究为湖南省不同宿主犬啮毛虱流行病学调查提供了新的分子学证据。     

野牦牛mtDNA Cytb基因全序列测定及系统进化关系

为从分子水平探究牦牛的分类地位和遗传多样性,试验测定了野牦牛细胞色素b基因全序列,并以绵羊为外群,构建野牦牛、家牦牛、大额牛、普通牛、瘤牛、水牛、非洲野牛、欧洲野牛、美洲野牛、非洲水牛等牛亚科种间系统进化树.结果表明:野牦牛细胞色素b基因全序列长1 140bp,序列间共有13个SNP多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,表明野牦牛具有较丰富的遗传多样性.研究结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(即牦牛属)的观点.     

基于线粒体ND4基因的鼢鼠系统进化关系

为探讨甘肃境内鼢鼠的系统进化关系,采用PCR技术对采集的4种鼢鼠线粒体DNA ND4序列进行扩增,经序列测定后用Clustal X1.83对比,获得了17条长度为425~438 bp不等的同源序列。通过DAN SP4.0比较分析,共检出160个多态信息位点,定义了15种单倍型,单倍型多样度为(Hd):0.980±0.024。采用MEGA4.0中的NJ法、MP法构建的分子进化树表明:高原鼢鼠两群体聚在一起后再与斯氏鼢鼠聚在一起,处于较进化的位置,后与秦岭鼢鼠聚在一起形成一进化枝,再与甘肃鼢鼠群体聚在一起,甘肃鼢鼠最先分化出来,且单独成一进化枝。     

家鹅细胞色素b基因系统发育研究

本研究测定了中国家鹅15个品种、欧洲鹅2个品种共44个个体的细胞色素b基因全序列(1143 bp),与Genbank库中白额雁细胞色素b基因序列合并进行比对分析,结果表明各序列同义替换速率(dS)和非同义替换速率(dN)分别为0.0787和0.0011,dS与dN值间的差异极显著(Z=4.713,P＜0.01),dS＜0.5,可使用dS值来构建分子系统发育关系树,构建的最大简约树与邻接树拓扑结构一致,支持中国家鹅的双起源学说,即除伊犁鹅外的其它中国鹅品种起源于鸿雁,伊犁鹅和欧洲的郎德鹅、莱茵鹅起源于灰雁.     

家蚕细胞色素P450基因CYP6AE2的分子克隆与序列分析

为了在分子水平上研究家蚕(Bom byx mori)细胞色素P450基因的特性,更好地探讨该基因与家蚕抗性的相关机制,依据已有的家蚕基因组数据,通过BLASTP比对,选择与抗性相关的6家族中含有预测基因数量最多的CYP6AE亚家族的1条序列,并设计1对引物,用RT-PCR方法克隆了家蚕细胞色素P450家族基因CYP6AE2(Gen-Bank登陆号:EF415296)。该基因的ORF为1 572 bp,编码523个氨基酸,推定的蛋白质分子质量为60.2 kD,等电点为8.50。将该基因的cDNA和家蚕基因组序列比对,结果表明该基因只有1个内含子;与已知的同亚家族基因CYP6AE1(欧洲防风草结网毛虫Depressaria pastinacella)、CYP6AE12(棉铃虫Helicoverpa armigera)编码的氨基酸序列比对,同源性同为53%。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析

利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。     

4种鼢鼠线粒体DNA D-loop区全序列分析

采用PCR测序技术对采自甘肃境内的4种鼢鼠22个个体的线粒体DAND-loop区全序列进行了测定。结果表明：鼢鼠线粒体DNAD-loop序列长度为893、894、895、896或899bp,核苷酸位点突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存。碱基转换以T〈=〉C形式为主。其中T、C、A、G4种核苷酸的平均比例分别为34．1％、24．3％、30．1％、11．5％,A＋T含量（64．2％）明显高于G＋C含量（35．8％）。这4种鼢鼠22条线粒体DNAD-loop区发现20种单倍型,单倍型比例为81．82％,说明中国鼢鼠mtDNA遗传多态性很丰富。从系统发育树分析,4种鼢鼠明显聚为两类,推测鼢鼠可能有两个起源。     

鸱鸮科27种鸟类COⅠ序列变异及系统发育分析

鸱鸮科鸟类的种属分类仍存在一些争议。例如:渔鸮属和雪鸮属是否应并入雕鸮属,四川林鸮是一独立种还是长尾林鸮的一个亚种?线粒体DNA中细胞色素C氧化酶亚基I(CO I)基因是DNA条形编码的主要基因,被广泛应用于鸟类的物种鉴定和系统发育研究。通过测定中国产红角鸮、雕鸮和长尾林鸮C0 I基因的序列,并结合GenBank中鸱鸮科鸟类的同源序列,本文对27种鸟类进行了序列变异和系统发育分析。结果显示,鸱鸮科鸟类多数是种间变异大于种内变异,该科鸟类几乎都是同属的优先聚类。序列分歧和系统发育分析结果支持将渔鸮属和雪鸮属置于雕鸮属下。同时,相对于欧亚大陆长尾林鸮种群,日本的长尾林鸮较四川林鸮分歧更大。系统发育分析结果也支持四川林鸮是长尾林鸮的一个亚种的观点。研究为进一步明晰鸱鸮科鸟类的系统发育和分类提供了新的分子证据。     

江苏地方山羊品种细胞色素b基因全序列的比较研究

对江苏2个地方山羊品种细胞色素b基因全序列进行测定,并引用国外10个山羊品种Cyt b基因序列构建山羊分子系统树。结果表明,长江三角洲白山羊和黄淮山羊Cyt b基因全序列均为1140 bp,而且碱基组成也相似,序列间的差异百分数较小,仅为0.09%;构建的分子系统树提示2个品种的亲缘关系较近,可能在较早的世代具有共同的祖先。     

青藏高原5种害鼠vkorc1基因的测序分析

维生素K环氧化物还原酶复合物1基因(vkorc1)的变异是导致鼠类对抗凝血杀鼠剂产生抗性的主要原因。本研究利用转录组测序的方法,分析青藏高原地区5种主要害鼠——高原鼢鼠(Eospalax baileyi)、高原鼠兔(Ochotona curzoniae)、长尾仓鼠(Cricetulus longicaudatus)、青海田鼠(Lasiopodomys fuscus)和喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的vkorc1基因序列信息。同时,采集5个种群共54只高原鼢鼠,对vkorc1基因全序列进行测序分析。结果显示,从转录组组装结果中成功获得5种动物的vkorc1基因编码区全序列,其中青海田鼠、长尾仓鼠、高原鼢鼠vkorc1基因编码区长度为486bp,喜马拉雅旱獭和高原鼠兔为492bp;在DNA序列水平上,5种高原动物存在143个变异位点,与大鼠的序列相似性为80.1%~90.7%,而与小鼠的序列相似性为79.7%~89.8%。在氨基酸序列水平上,5种高原动物存在37个变异位点,大鼠的序列相似性为84.0%~92.0%,而与小鼠的序列相似性为85.9%~92.0%;未发现与已知抗凝血杀鼠剂抗性相关的氨基酸位点。对5个种群54只高原鼢鼠vkorc1基因全序列的测序分析显示,比对后的全长为1 808bp,共检测到8个变异位点,其中两个为插入缺失位点,全部变异都发生在内含子区。本研究首次以基因序列为分析对象,可以为青藏高原地区的鼠害防治提供关键基础资料。     

5个绵羊品种Cytb基因序列多态性及系统进化研究

利用克隆测序方法对杜泊羊、藏羊、小尾寒羊、哈萨克羊和阿勒泰羊DNA细胞色素b基因全序列进行克隆和测序,并对基因特点和系统发育进行分析。结果表明:5个绵羊品种线粒体细胞色素b基因全长1 140 bp,基因特点显示A+T含量(58.6%)比G+C(41.4%)含量高,表现出一定的碱基偏好,转换多于颠换,表现较高的转换偏向;基于线粒体细胞色素b基因构建了5个绵羊品种的NJ树,表明阿勒泰羊与哈萨克羊亲缘关系最近,杜泊羊与阿勒泰羊亲缘关系最远。     

两个藏系绵羊类群细胞色素氧化酶Ⅰ基因序列多态性及系统进化分析

为了从分子水平研究藏系绵羊贾洛类群和红原类群的遗传多样性和系统进化,试验采用PCR和测序方法对贾洛类群、红原类群、新疆细毛羊共25个样品的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因全序列进行分析。结果表明:3个绵羊品种(类群)的COⅠ基因序列全长为1 545 bp,共定义11种单倍型,单倍型多样性为0.464~0.806,核苷酸多样性为0.002 27~0.004 61,红原类群的遗传多样性比贾洛类群和新疆细毛羊丰富。25只个体的系统发育树呈现3个明显分支,支持绵羊有3个独立母系起源的观点;红原类群和新疆细毛羊为3个支系,贾洛类群为2个支系。3个群体间的分子系统发育树显示,红原类群与贾洛类群聚在一起,新疆细毛羊为相对独立的一支。说明COⅠ基因可以用于分析绵羊品种间或不同类群间的系统进化。     

基于Cytb基因部分序列分析巴州牦牛遗传多样性及其系统地位

对20头巴州牦牛Cytb基因部分序列550 bp进行分析,共发现7个变异位点,定义了4种单倍型;结合GenBank中bos属普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛和爪洼野牛5个近缘种以及沼泽水牛的Cytb基因同源区序列进行分析,以绵羊作为外群,分别采用邻接(NJ)法和最大简约(MP)法构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构。结果表明:推测巴州牦牛的系统地位在牛亚科中介于属与种之间,将其定义为bos属或者Poephagus属均有其一定的依据,但是本研究认为将其归属为bos属中的一个亚属可能更为合理,巴州牦牛可能具有2种母系起源。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

家蚕微孢子虫孢子DNA的提取、克隆及部分DNA序列分析

报道家蚕微孢子虫（Ｎｏｓｅｍａｂｏｍｂｙｃｉｓ简称Ｎ．ｂ）孢子ＤＮＡ的提取、克隆及部分ＤＮＡ序列测定的结果。采用ＳＤＳ－蛋白酶Ｋ将孢子破碎，用苯酚一氯仿法提取孢子的ＤＮＡ。将Ｎ．ｂ孢子ＤＮＡ与ｐＴＺ１８Ｒ质粒重组，转化于大肠杆菌ＤＨ５，获得４个阳性克隆株：ｐＴＺ１８ＲＮ．ｂ１，插入片段为１ｋｂ；ｐＴＺ１８ＲＮ．ｂ２，为１．２ｋｂ；ｐＴＺ１８ＲＮ．ｂ３为１．８ｋｂ及ｐＴＺ１８ＲＮ．ｂ４为１．９ｋｂ，经Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交，证实插入的ＤＮＡ片段为家蚕Ｎ．ｂ孢子所特有。与ＭＧ１（Ｎｏｓｅｍａｓｐ．），蓖麻蚕微孢子虫、蓝萤叶甲微孢子虫及蚕卵的ＤＮＡ均无同源性。用双脱氧链终止法测定４个克隆株插入片段的部分ＤＮＡ的序列，经检索尚未发现同源性的基因序列。讨论了ＰＣＲ技术诊断家蚕微孢子虫孢子与近缘种的问题。