荧光RT-PCR鉴别诊断O型与Asia I型口蹄疫病毒方法的建立

从GenBank中获取多个口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus,FMDV）基因组序列,进行多序列比对之后,设计对应于口蹄疫病毒的3D、VP3和3C区域的引物和探针,分别建立了FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR检测方法。三种FMDV实时荧光RT-PCR在Lightcycler荧光PCR仪上扩增均出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将FMDV与传染性牛鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus）、猪传染眭胃肠炎病毒（Swine transmissible gastroenteritis virus）、赤羽病病毒（Akabane virus）和猪呼吸系统冠状病毒（Porcine respiratory corona virus）区分。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR可以成功扩增O型（O1和O2毒株）和Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV;O型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增O型（O1和O2毒株）FMDV,Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV为阴性;Asia I型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV,O型（O1和O2毒株）FMDV为阴性。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR都可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限。检测时间短,从加样到反应结束只需要70min。该方法有潜力用于FMDV的实验室筛查与鉴别诊断。     

口蹄疫病毒O、A和AsiaⅠ型分型基因芯片的构建与评价

口蹄疫(Foot-and-mouth disease,FMD)是由口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)引起的一种高度接触传染性动物疫病。本研究拟建立一种能区分FMDV O/A/AsiaⅠ型的基因芯片。根据FMDV O/A/AsiaⅠ型的VP1基因序列设计3对特异性引物,用RT-PCR扩增获得248、206和239 bp的三个靶基因片段,并针对这三个片段分别设计了3种探针,以引物荧光标记法标记靶基因,建立了一种鉴别FMDV O/A/AsiaⅠ型的分型基因芯片并进行了敏感性、特异性、重复性和保存期评价。结果表明最佳反应条件为:水化温度37℃,封闭液为0.25%BH_4Na/25%乙醇,杂交温度为42℃。灵敏性实验表明,FMDV-O检测限为118 pg/mL,FMDV-A为18.4 pg/mL,FMDV-AsiaⅠ为129 pg/mL,芯片方法灵敏度比常规RT-PCR高10~100倍;特异性实验表明,O、A和AsiaⅠ三型之间无交叉杂交;该芯片可至少保存3个月仍能重复使用。本研究建立的FMDV分型基因芯片为O、A和AsiaⅠ型鉴别提供了新方法。     

禽流感病毒、新城疫病毒、猪瘟病毒和口蹄疫病毒多联RT-PCR诊断技术的建立

选择禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒（NDV)、猪瘟病毒(CSFV)和口蹄疫病毒(FMDV)基因组序列高保守区，按照多联PCR引物的设计要求，利用DNAsis计算机软件设计并合成了4对特异性扩增引物，扩增片段大小分别为470、320、200和140bp。以AIV、NDV、CSFV和FMDV的培养物提取RNA并反转录，进行RT-PCR特异性扩增。结果表明，各单项RT-PCR扩增产物与设计的4对引物之间的序列大小一致。在分别建立了各病毒单项RT-PCR及AIV与NDV、CSFV与FMDV二联RT-PCR的基础上，进一步优化各种多联PCR扩增条件，成功建立了上述4种病毒的四联RT-PCR技术。经特异性和灵敏度实验证明，本方法具有高度的特异性和灵敏性，其灵敏度为10pg总RNA。在3h内即可完成样品的检测。     

口蹄疫病毒持续感染的黄牛分离毒株VP1和3ABC基因变异特征分析

为明确口蹄疫病毒(Foot-and-mouthdisease virus,FMDV)持续感染与病毒基因变异潜在关系,研究FMDV持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化.实验用O/Akesu/58毒株以104ID50/mL剂量舌面穿刺接种5头黄牛,出现临床或亚临床症状后痊愈动物会成为可能的FMDV带毒牛.用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体(O/P液),接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株.RT-PCR扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序发现,所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,且没有碱基缺失或插入现象;但与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%.持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E);在所有FMDV持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换.非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,与宿主嗜性相关的3A基因也没有缺失.推测FMDV持续感染的形成与主要结构抗原基因VP1和宿主嗜性相关基因3ABC变异的关系不显著.     

O型口蹄疫病毒VP1基因的高效可溶表达及抗原性分析

将猪源Ｏ型口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus, FMDV)VP1基因克隆到原核表达载体pMBX上，成功地构建重组表达质粒pMBX-VP1。将其转化大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)感受态细胞中，经SDS-PAGE分析，融合蛋白分子量约为58 kD，表达产物占菌体总蛋白的35.5％。 经蛋白可溶性分析，目的蛋白在裂解沉淀中占6.8％，在裂解上清中占31.2％，融合蛋白绝大部分是以可溶形式表达的。经Western blot证实，可溶表达的融合蛋白与FMDV阳性血清具有良好的免疫反应性。将可溶表达的融合蛋白用50%Ni-NTA树脂纯化，用融合蛋白作包被抗原，通过ELISA方法，能特异性地检测出口蹄疫阳性血清。     

绵羊口蹄疫病毒整联蛋白受体αv亚基基因不同组织表达差异

为了建立检测绵羊口蹄疫病毒(Foot andmouth disease virus,FMDV)整联蛋白受体αv亚基基因mRNA相对表达量的荧光定量RT-PCR方法,本研究根据报道的绵羊FMDV整联蛋白受体αv亚基(integrin,alphaV,ITGAV)基因序列设计实时定量PCR引物,以β-αctin为内参基因,采用相对荧光定量RT-PCR方法,检测分析αv基因在绵羊体内不同组织器官中的mRNA表达谱.结果显示αv基因在绵羊19种组织中均有不同程度的转录表达,在乳腺组织中表达量最高,蹄组织次之,肌肉组织最少,卵巢、瘤胃、气管、小肠、肺等组织上也有不同程度的表达.本研究成功建立了检测FMDV整联蛋白受体αv亚基基因在绵羊不同器官组织中mRNA表达水平的相对荧光定量RT-PCR方法,并明确了αv基因在不同组织间的表达差异,为FMDV组织嗜性研究及分子生物学检测方法的建立提供了资料.     

口蹄疫病毒非结构蛋白3ABC基因的克隆与原核表达

以O型口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus，FMDV)为研究对象，通过RT-PCR扩增到非结构蛋白3ABC基因，定向克隆到原核表达载体pET-42a上。表达产物经SDS-PAGE和Western blot检测，证明重组载体pET-42a-3ABC成功地在大肠杆菌(Escherichia coli)中表达了3ABC蛋白，这一研究为建立以基因工程产品为抗原、鉴别诊断自然感染和免疫动物的方法提供了技术条件。     

多重连接探针扩增(MLPA)技术同时检测五种病毒的研究

现有的动物疫病诊断技术多是针对单一病原进行的,而动物疫病的流行却出现了多种病毒混合感染,现有诊断技术不能很好地满足国境口岸快速、高通量检疫的需求,动物疫病多重检测新技术的研究近来已经成为动物疫情监测、疫病控制领域关注的焦点。本研究利用多重连接探针扩增(MLPA)技术特异、敏感、高通量等技术优势,以猪流感病毒(SIV)、伪狂犬病病毒(PRV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪传染性胃肠炎(TGEV)和猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)为研究对象,分别设计了这5种病毒的MLPA探针,将这5种探针混合,建立了可以同时检测这5种病毒的MLPA扩增方法。方法特异性试验表明,针对每种病毒的探针都只能扩增出其对应的病毒模板,其余病毒模板的扩增都是阴性结果;而且,5种探针混合物都只能从单个目的病毒中扩增出单一的特异性条带,而猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的扩增均为阴性。敏感性试验结果表明,5重MLPA扩增的最低检测限可以达到单个病毒核酸3000~6000个拷贝。本研究建立的5种病毒MLPA检测方法在国内外首次实现一次采样,一次分析,检测5种猪病的目的,该技术特异性强,敏感性高,加之其多重性检测优势,有望成为未来疫病检测的新方向。     

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)S蛋白5'端基因重组腺病毒的构建及其免疫特性

RT-PCR扩增出猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus, TGEV）S蛋白基因5'端包含 B、C抗原位点的1.0 kb DNA片段,并与穿梭载体pShuttle-CMV连接;然后与腺病毒（Adenovirus）骨架载体pAdEasy-1共转化大肠杆菌（Escherichia coli）BJ5183,通过同源重组获得重组腺病毒质粒。该重组腺病毒质粒转染HEK293细胞并进行噬斑纯化,获得了1株含有TGEV S蛋白5'端基因的重组人复制缺陷型血清5型腺病毒rAd-TGEV-S。随后用RT-PCR和间接免疫荧光（indirect immunofluorescent assay, IFA）检测目的基因的转录与表达。重组腺病毒rAd-TGEV-S在HEK293细胞连续传代9次后,病毒效价稳定,滴度平均为107. 7TCID50/mL。动物免疫试验显示, rAd-TGEV-S可以诱导小鼠产生TGEV特异性IgG和IgA。     

猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）S蛋白5′端基因重组腺病毒的构建及其免疫特性

RT-PCR扩增出猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible gastroenteritis virus,TGEV）S蛋白基因5′端包含B、C抗原位点的1.0kb DNA片段,并与穿梭载体pShuttle-CMV连接;然后与腺病毒（Adenovirus）骨架载体pAdEasy-1共转化大肠杆菌（Es-chenchia coli）BJ5183,通过同源重组获得重组腺病毒质粒。该重组腺病毒质粒转染HEK293细胞并进行噬斑纯化,获得了1株含有TGEV S蛋白5′端基因的重组人复制缺陷型血清5型腺病毒rAd-TGEV-S。随后用RT-PCR和间接免疫荧光（indirect immunofluorescent assay,IFA）检测目的基因的转录与表达。重组腺病毒rAd-TGEV-S在HEK293细胞连续传代9次后,病毒效价稳定,滴度平均为10^7.7TCID50／mL。动物免疫试验显示,rAd-TGEV-S可以诱导小鼠产生TGEV特异性IgG和IgA。     

实时荧光定量PCR方法检测大肠杆菌O157:H7

针对大肠杆菌(Escherichia coli )O157:H7的致病基因eae设计了特异性引物，并用荧光染料SYBR GreenⅠ 进行了实时定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）。熔解曲线显示产物特异性较强，无非目的条带和二聚体产生。并对反应程序进行了优化，确定了最佳的反应程序，最终在合适的模板浓度内得出了标准曲线。结果显示Real-time PCR 比普通PCR灵敏1 000倍。     

RT-PCR检测猪瘟病毒初探

本研究建立了反转录聚合酶链反应 ( RT PCR)技术检测猪瘟病毒 ( Hog Cholera Virus,HCV)方法。合成的二对引物 HCV 1 / HCV 2和 HCV A1 / HCV A2成功地扩增兔化弱毒株、法国株和石门株的核酸 ,并对采自博白县 3个、贵港市 1个和武宣县 1个猪场共 1 3份病料进行检测。结果从博白县和贵港市的 1 1份材料中检测到 HCV的核酸。     

口蹄疫病毒持续感染黄牛分离毒株VP1和3ABC基因变异特征分析

摘要：为明确口蹄疫病毒持续感染黄牛期间病毒基因变异情况,本试验主要研究口蹄疫病毒持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化规律。用O/Akesu/58毒株以104ID50/ml剂量舌面穿刺接种5头中国黄牛,出现临床或亚临床症状之后痊愈动物会成为可能的口蹄疫病毒带毒牛。用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体（O/P液）,接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株。RT-PCR方法扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序后分析发现所有持续感染分离毒株的VP1基因有16个核苷酸位点发生一致的突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E),而持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换。非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,没有缺失或突变。推测口蹄疫病毒持续感染的形成与主要的抗原基因VP1变异没有显著关系,宿主嗜性相关的3ABC基因也没有明显变化。     

两株广西伪狂犬病病毒的分离鉴定

从广西不同地方的发病仔猪脑内分离到两株病毒,分别命名为Ｂ株和Ｗ株。用这两株病毒分别接种家兔,产生的症状和病变与伪狂犬病病毒强毒ＭｉｎＡ株相似。将两株病毒在乳兔肾细胞和ＣＥＲ细胞上连续传代,均稳定地出现与ＭｉｎＡ株相同的细胞病变（ＣＰＥ）。在ＣＥＲ细胞上进行微量血清和试验,ＭｉｎＡ株的抗血清能完全中和Ｂ株和Ｗ株对细胞的致病变作用,表明两个毒株与ＰｒＶ强毒具有相似的抗原性。电镜下观察Ｂ株和Ｗ株病毒粒子     

多重实时RT-PCR快速检测新型甲型H1N1流感病毒

从GenBank中获取新型甲型H1N1流感病毒(2009年流行株)HA和NA基因序列,通过多重序列比对之后,设计合成H1和N1基因特异性的引物和探针,用来建立新的甲型H1N1亚型流感病毒的多重实时RT-PCR检测方法.合成的两条荧光探针分别标记FAM和CY5荧光报告基团,荧光淬灭均使用BHQ基团.多重实时RT-PCR实验在ABl7500实时PCR仪上进行,经过40个循环的扩增之后,阳性对照出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将新的甲型H1N1与传统的甲型H1N1以及H3N2、H5N1、H6N2和H9N2等流感病毒区分.多重实时RT-PCR可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限.检测时间短,从加样到反应结束只需要90 min.在对243例发热病人临床样品检测过程中发现7例阳性,1351份猪临床样品检测中未发现阳性,该检测结果和采用中国检验检疫科学研究院研制的试剂盒获得的检测结果一致.本研究所建立的快速、准确和高敏感性的多重实时RT-PCR方法非常适用于新型甲型H1N1流感病毒的实验室筛查.     

地高辛(DIG)和碱性磷酸酶标记cDNA探针检测PRSV

根据GenBank发表的PRSV(番木瓜环斑病毒)中国Sm株系的外壳蛋白基因序列,设计特异引物,以美中红(Caricapapaya L.cv.Meizhonghong)带病样品的RNA为模板进行RT-PCR扩增,将其目的cDNA片段克隆到pGEM-Teasy质粒载体上。以重组质粒作模板,用PCR-DIG标记方法制备cDNA探针,另一种非放射性探针是经凝胶电泳分离、纯化cDNA片段,用碱性磷酸酶直接进行标记。利用地高辛(DIG)标记和碱性磷酸酶直接标记的cDNA探针核酸分子杂交及RT-PCR方法对PRSV进行了检测。结果表明,(1)测序结果表明美中红No.2序列与中国优势株系Sm的同源性为94.7%;(2)DIG标记的3种cDNA探针(861,455和215bp)对样品的总RNA检测结果一致,且861bp的探针杂交斑点最为清晰,上述核酸杂交结果与RT-PCR检测结果相符,核酸分子杂交检测的灵敏度和特异性能满足常规检测的需要;(3)碱性磷酸酶直接标记861bp的cDNA探针可进行PRSV的斑点杂交检测,可获得有效的杂交结果;(4)DIG标记探针对叶脉进行了印迹杂交检测,结果与RT-PCR检测结果相符。     

新城疫病毒融合蛋白基因片段的构建与鉴定

本文重组和构建了新城疫病毒 ( NDV)融合蛋白基因 ,并对该基因进行了鉴定 :将新城疫病毒 F基因片段经 RT— PCR扩增 ,插入经 Eco R I/ Sal 酶切的克隆载体 p UC18及表达载体 p GEMEX,转化大肠杆菌 JM10 9株。用氨苄青霉素平板法初步筛选克隆 ,再用双酶切法、核酸探针、 PCR及核苷酸序列分析法鉴定 ,表明插入成功并且阅读框架正确     

马铃薯X、Y病毒的复合RT-PCR检测体系的建立

马铃薯Y病毒（PVY）、马铃薯X病毒（PVX）是侵染马铃薯的两种主要病毒,这两种病毒一般都是同时侵染马铃薯,导致减产60-80%以上。本文应用多重PCR技术建立了同时检测这两种病毒的复合RT-PCR技术体系。结果发现：当以Oligod(T)18引物反转录合成的cDNA经PCR扩增后,未扩出PVX带,究其原因是由于cDNA的特异性低造成的。为了提高cDNA的特异性,在反转录时加入PVX、PVY的3'端引物,合成的cDNA经PCR扩增后出现了两条特异性带,这两条带恰与PVX、PVY带位置相当。这说明在本实验的复合RT-PCR中,应用3'端引物进行反转录,可同时检测出PVX与PVY两种病毒。     

表达外源基因的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染性克隆的构建及病毒拯救

为建立表达标记基因的重组猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)反向遗传操作平台,本研究在PRRSV HuN4-F112疫苗株感染性分子克隆的基础上,采用突变PCR技术将新城疫病毒(NDV)NP蛋白末端优势抗原区插入PRRSV NSP2蛋白的复制非必须区,经基因片段的克隆、拼接,构建了含有外源标记基因的感染性的PRRSV cDNA克隆psk-HuN4-F112-Δ52+NP49。用限制性内切酶SwaΙ将psk-HuN4-F112-Δ52+NP49线性化后通过细胞外转录获得病毒RNA,用脂质体法将病毒RNA转染叙利亚仓鼠肾细胞(BHK-21)包装出病毒粒子,再转接到猴胚胎肾上皮细胞(MACR-145)传代拯救病毒。对拯救的病毒进行RT-PCR扩增、酶切和序列分析鉴定。结果表明,拯救病毒含有不同于亲本病毒的分子标记(病毒基因组14667位人工产生的MluⅠ酶切位点)和插入的标记基因序列。间接免疫荧光试验表明,外源基因NP49在拯救的PRRSV中表达,且能够在PRRSV传代过程中稳定遗传。病毒生长特性比较显示,拯救病毒与亲本病毒在MARC-145细胞上具有相似的增殖特性。本研究构建了含有标记基因PRRSV的感染性克隆并获得了拯救病毒,为进一步开发新型PRRS疫苗提供了有效的反向遗传操作平台。