不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

基于Cytb和D-Loop的日本囊对虾遗传多样性分析

2018年8月至2019年3月,在浙江舟山、福建福州、福建厦门、广西北海和广东湛江5个近海水域,各采集约20尾日本囊对虾,取其腹部第六腹节肌肉,利用线粒体细胞色素b基因和DNA控制区分析方法,研究日本囊对虾这5个地理群体的种群遗传结构及变异情况,探明我国日本囊对虾种质资源现状。Cytb和D-Loop序列分析发现,5个群体中A+T含量分别为60.65%和82.54%,明显高于C+G含量(39.35%和17.46%)。在Cytb和D-Loop序列中分别检测到了76和75个简约信息位点,55和78个单倍型。Cytb和D-Loop单倍型多态性分别为0.969和0.995,核苷酸多态性分别为0.033和0.036,群体内遗传距离分别为0.004～0.022和0.005～0.017,群体间遗传距离分别为0.007～0.068和0.012～0.075。分子方差分析显示,群体间变异是变异的主要来源,占总变异的70.01%和74.39%。单倍型系统发育树显示,北海和湛江群体聚为一支,其他3个群体聚为另外一支,同一单系间又有不同程度的分化。种群历史动态显示种群相对稳定,近期未曾经历过瓶颈效应和明显扩张。综上所述,5个日本囊对虾群体区域分化较为明显,具有较高的遗传多样性,呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。     

用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性

选用9个多态性微卫星分子标记,分析我国近海浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来(HLQ及HLB)、海南陵水(LS)及广西北海(BH)日本囊对虾6个群体2种形态变异类型群体间的遗传变异,探讨了日本囊对虾的种质资源状况。结果显示,9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC>0.5),共检测出235个等位基因;6个群体平均等位基因数在13.2～17.7;PIC平均值在0.851 2～0.903 5;平均观测杂合度(Ho)在0.729 6～0.788 9,平均期望杂合度(He)在0.880 5～0.925 1;表明群体遗传多样性水平较高。Hardy-Weinberg平衡检测显示,6个群体普遍存在杂合子缺失现象。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异6.94%来自群体间,93.06%来自群体内。由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型Ⅰ与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst均大于0.05,发生了中等程度的遗传分化;相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05,遗传分化不明显。日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.178 5～0.621 8;UPGMA聚类分析表明,聚类关系符合距离隔离模式,BH群体和LS群体遗传距离最小,亲缘关系最近,它们首先聚在一起,然后与HLB群体聚为一支;XM群体和HLQ群体先聚在一起,再与ZS群体聚为另一支。     

60 Co-γ射线对日本囊对虾诱变子代遗传多样性和生长的影响

为研究日本囊对虾新品种的选育新技术,试验设置50、100、1 000、1 500 cGy 60Co-γ射线四种照射剂量,对即将产卵的日本囊对虾进行照射;在照射强度为3.4 cGy/sec的条件下,采用AFLP分子标记技术从分子水平对各组诱变子代的遗传相似系数、遗传距离以及遗传多样性影响等差异进行分析;统计了 日本囊对虾...     

日本囊对虾早期生长性状遗传参数估计

基于68个日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)全同胞家系,采用混合线性模型和约束极大似然法对日本囊对虾生长性状进行遗传参数的估计。结果表明:1)45日龄、75日龄体长性状的遗传力估计值分别为0.1545±0.0505、0.1933±0.0475,腹节长性状的遗传力估计值分别为0.1672±0.0473、0.1937±0.0468,体重性状的遗传力估计值分别为0.1934±0.0439、0.1992±0.037,均为中等遗传力;2)不同日龄下日本囊对虾生长性状间的表型相关与遗传相关均为高度正相关,45日龄体长–腹节长、体长–体重、腹节长–体重的表型相关为0.7121±0.0188、0.5147±0.0277、0.5052±0.0280,遗传相关为0.9896±0.00340、0.9304±0.0321、0.9429±0.0301,75日龄体长–腹节长、体长–体重、腹节长–体重的表型相关为0.6710±0.0236、0.6555±0.0181、0.6534±0.0160,遗传相关为0.7637±0.0161,0.7479±0.0148,0.7177±0.0131。本研究表明对日本囊对虾生长性状进行选择是有效的,以体长、腹节长、体重任一性状作为指标进行选育均可达到生长改良的目的,本研究结果可为日本囊对虾的早期选择育种和多性状选择提供数据参考。     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

为了分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系,实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示,两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%~95.00%,氨基酸序列的相似度为96.15%~100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%,分歧度为15.40%,呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属,但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现,基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍;基于cox1基因的种间遗传距离分别为类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1,表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树,结果显示能有效区分各属对虾,其中日本囊对虾的两种类型首先聚类,再与宽沟对虾聚类。研究表明,日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平,有必要进一步评估更多的性状差异,以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。     

大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较

基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap₃、 Hap₇和Hap₁7为共享单倍型,占总单倍型数目的 2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1～0.006 7和0.005 8～0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7～0.949 9和0.883 1～0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(Na)分别为13～44和13～27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化...     

日本对虾人工选育种繁育试验

本文对虾人工育苗的各个阶段对抗病选育的日本对虾的人工繁育情况进行了试验。结果表明,抗病选育的日本对虾子3代可以正常产卵,产出的受精卵能正常孵化出无节幼体,并顺利发育到子虾。     

日本囊对虾亲虾人工繁育技术初步研究

2003年11月18日～2004年6月18日期间，采用人工养殖的日本囊对虾，经过越冬培养和室外培育（性腺促熟、交尾），人工控制光线、饵料、温度和培育密度等手段，亲虾性腺均可发育成熟。在越冬培养中光线为500～800lx之间、温度为9～10℃、饵料为沙蚕及杂色蛤，亲虾培育密度为12～30尾／m^2，越冬实验结果，亲虾体重增长率为10．9％，存活率为93．2％。在室外培育中温度为13．6℃、养殖密度为1．3尾／m^2，饵料以蜾赢蜚、藻钩虾和低值贝类为主。实验结果，亲虾体重增长率为5．1％、存活率为90．5％、交尾率为100％。2004年6月24日～7月10日利用人工繁育的日本囊对虾亲虾进行苗种生产实验。实验结果，每尾亲虾产卵量为20～25万粒／尾、孵化率为82．96％、出苗率为62．8％。实验表明，人工繁育的日本囊对虾亲虾可用于正常的苗种生产。     

Genetic variation of wild and cultured populations of the Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus (Bate 1888) using microsatellites

The microsatellite DNA technique was used to detect the genetic variations between wild and cultured populations of Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus Bate 1888. All the six microsatellite loci screened in this study showed high polymorphism for their PIC (0.6701–0.8989), which was much more than the standard value of 0.5. A total of 73 alleles were observed over six loci from 93 shrimps. The mean number of allele locus ranged from 9.83 (cultured) to 11.83 (wild). The number of effective alleles varied from 6.86 (cultured) to 8.58 (wild). The average of observed heterozygosity (H_o) of populations varied from 0.6935 (cultured) to 0.7370 (wild), and that of expected heterozygosity (He) was 0.8169 (wild) and 0.8209 (cultured). Tests of Hardy–Weinberg showed that these loci deviated significantly or highly significantly in one or both populations. Compared with the wild population, the cultured population showed little reduction in genetic variation. The total number of alleles (71, 59) was not significantly (P=0.296) different between wild and cultured populations. The paired‐samples t test of observed heterozygosity and expected heterozygosity implied that there was no significant difference (P=0.572 and 0.891 respectively) between wild and cultured populations. However, some rare allele loss might have occurred in the cultured population. A total of 14 unique alleles were found in the wild population, but only two unique alleles were observed in the cultured population. Therefore, there is a need to monitor genetic variability of cultured population, and to improve the hatchery program for the conservation of wild Kuruma prawn resources.     

日本囊对虾基因组小卫星的特征分析

为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400～1 000 bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711 bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12 bp重复单位的序列数量最多（8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少（R=-0.826, P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8 bp重复单位最广（3.1～47.6),其次是10 bp(2.5～44),再次是12 bp(2.2～28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8 bp重复单位（13.45),32 bp（9.32）和7 bp（9.28）。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2～48,集中分布在2～30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关（R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明,随着小卫星GC含量的升高,其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势（R=0.731, P<0.01),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系     

pH对日本囊对虾的急性毒性初步研究

采用静水试验方法,研究低pH对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的急性毒性。试验用日本囊对虾平均体长(48. 87±4. 81) mm,设定pH梯度为3. 8、4. 1、4. 4、4. 7、5. 0,对照组pH为8. 0±0. 1,统计日本囊对虾在低pH胁迫下的死亡率,分析pH对日本囊对虾的半致死摩尔浓度(LC50)和半致死时间(LT50)。结果显示:在相同pH下,日本囊对虾的死亡率随时间延长而增加;在相同的胁迫时间内,日本囊对虾死亡情况与水体pH呈负相关(R <0,P <0. 01); pH对日本囊对虾胁迫48 h、72 h、96 h的半致死摩尔浓度(LC50)分别为:7. 907×10^-5、5. 140×10^-5和3. 673×10^-5mol/L,安全摩尔浓度(SC)为3. 673×10-6mol/L,对应的pH分别为4. 102、4. 289、4. 435、5. 435;水体pH 4. 1、pH 4. 4、pH 4. 7胁迫日本囊对虾的半致死时间(LT50)分别为58. 821、93. 771和139. 549 h。本研究可为研究日本囊对虾的养殖、对低pH的耐受性及耐低pH品系选育提供参考。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中...     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。     

离子对高效液相色谱法测定日本囊对虾中喹诺酮类药物残留

采用离子对反相高效液相色谱法检测日本囊对虾中的喹诺酮类药物残留,使用Zorbax SB-C18柱(150mm×4.6mm,5μm)分离,流动相为乙腈∶水(0.01mol/L四丁基溴化铵溶液)=8∶92,流速为1.0ml/min,荧光检测器检测,激发波长为280nm,发射波长为480nm,柱温25℃。试验结果表明,每一种药物在一定的进样量范围内均有良好的线性关系,相关系数r均大于0.9998(n=6);氧氟沙星、环丙沙星和恩诺沙星的加标回收率均在80%以上,相对标准偏差小于10%。