黄条生长性状全基因组关联分析

利用2b-RAD技术对119尾黄条(Seriola lalandi)个体进行测序,共获得黄条SNP分子标记26665个,对黄条个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示,黄条体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点,找到17个可能的候选基因,全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点,找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析,得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程,可能是影响黄条生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因,结果可为今后黄条种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。     

黄条鰤生长性状全基因组关联分析

利用2b-RAD技术对119尾黄条鰤(Seriola lalandi)个体进行测序,共获得黄条鰤SNP分子标记26665个,对黄条鰤个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示,黄条鰤体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点,找到17个可能的候选基因,全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点,找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析,得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程,可能是影响黄条鰤生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因,结果可为今后黄条鰤种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。     

鲤神经球蛋白基因序列与低氧表达分析

为深入了解鲤珠蛋白家族的基因组成和表达模式,及其与低氧适应能力的相关性,本实验通过鲤基因组框架图比对和全长cDNA文库筛查,获得鲤神经球蛋白(neuroglobin,Ngb)基因完整序列,证实鲤不仅具有独特的脑组织特异表达的II型肌红蛋白(myoglobin-2,Mb-2)基因,也具有Ngb珠蛋白基因,实时荧光定量PCR实验显示,该基因在脑组织特异性表达,并呈现出低氧应答特征。基因结构和系统发生分析表明,鱼类Ngb基因高度保守,鲤Ngb蛋白可能与斑马鱼直系同源蛋白具有相似的结构及功能,而与鲤Mb-2存在明显差异。鲤Ngb基因表达量在两个品系间存在显著差异,耐低氧能力强的散鳞镜鲤Ngb基因表达量高于荷包红鲤抗寒品系。研究表明,鲤Ngb基因可能以与Mb-2基因分工协作的方式共同实现脑组织供氧,执行应对低氧胁迫的神经保护功能,在鲤低氧适应中具有重要作用。     

大黄鱼肌纤维性状的全基因组关联分析

大黄鱼是我国近海重要经济鱼类,因养殖条件限制,其肉质难以满足消费者的需求。肌纤维组织学特征是鱼类肉质评价中的常用指标,肌纤维平均直径和密度对鱼类肉质有重要影响。为定位肉质相关遗传位点,解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制,并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础,本研究首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本,通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤维直径及253尾的肌纤维密度数据。随后用双消化限制性酶切位点相关的DNA测序（ddRAD-seq）法进行基因分型,获得了25 520和25 309个高质量单核苷酸多态性（SNPs）位点用于全基因组关联分析（GWAS）。最终,在5条染色体上定位到了6个显著位点,并注释到了lpin2、adcyap1、btg1、tcp11l2、lifr、thbs4、gmeb1、slc2a1、myom1、myom2共10个候选基因。对这些候选基因的分析表明,大黄鱼的肉质与肌纤维组成和生长,以及能量代谢有关。lpin2、adcyap1、btg1等基因可能在决定大黄鱼肌肉的物理特性中发挥作用。本研究首次对大黄鱼肌纤维相关性状进行基因组定位,研究结果为大黄鱼分子标记辅助选育提供了重要的理论参考,并为后续开展针对养殖群体大黄鱼肉质性状的遗传改良提供了分子工具。     

黄条[鱼师]生长性状全基因组关联分析

利用2b-RAD技术对119尾黄条[鱼师](Seriola lalandi)个体进行测序,共获得黄条[鱼师]SNP分子标记26665个,对黄条[鱼师]个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示,黄条[鱼师]体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点,找到17个可能的候选基因,全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点,找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析,得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程,可能是影响黄条[鱼师]生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因,结果可为今后黄条[鱼师]种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。     

青海湖裸鲤研究现状与资源保护对策

为探究青海湖裸鲤 (Gymnocypris przewalskii) 的种质资源现状,为该物种保护措施的制定提供参考依据。首次利用基因分型技术 (Genotyping-by-sequencing, GBS),对青海湖水域的6个地理群体共72尾青海湖裸鲤进行单核苷酸多态性 (Single nucleotide polymorphism, SNP) 标记开发和遗传特征分析。共检测出1 600 061个SNP位点,质控后筛选出45 266个高质量的SNP位点用于遗传分析,发现核苷酸多样性 (P_i) 为0.317 0~0.327 4,观测杂合度 (H_o) 和期望杂合度 (H_e) 分别为0.459 4~0.482 3和0.336 7~0.344 4。6个地理群体的遗传距离 (D) 为0.018 4~0.023 3,两两群体的遗传分化系数 (F_st) 均不显著 (P>0.05)。分子方差分析 (Analysis of molecular variances, AMOVA) 显示102.37%的遗传变异来自群体内;群体遗传结构和系统发育进化树分析均显示6个群体属于一个集群,具有遗传同质性;而主成分判别分析 (Discriminant analysis of principal components, DAPC) 表明哈尔盖河、黑马河和沙柳河群体相互交叉聚类,其余3个地理群体分别聚类。综上,6个青海湖裸鲤群体的H_o均大于H_e,种群结构单一。     

鳜pep和gh基因SNP标记与驯食性状的关联分析

以鳜(Siniperca chuatsi)选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因(pepsinoge, pep)和生长激素基因(growth hormone, gh)均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸(SNP)多态性位点,有效等位基因(N_e)在1.1959～1.7001,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量(PIC)为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P0.05),组合得到的3种基因型Genotype1(CT,CC/CT/TT,AA,AA,TT)、Genotype2(TT,CC/CT/TT, AA, AA, TT)和Genotype3(TT, CC, AA, AA, TT)也与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P0.05),显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育。本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。     

黄河鲤全基因组选择信号分析

黄河鲤是我国重要的水产养殖鱼类,该类群经过长期的遗传改良后,其基因组上可能存在特定的选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。笔者对2个黄河鲤遗传改良群体(豫选黄河鲤新品系和福瑞鲤2号养殖群体)和1个未选育群体进行了全基因组重测序,共获得8 665 728个高质量的单核苷酸多态性(SNP)位点的分型数据,并采用群体间遗传分化指数、核苷酸多态性比值和跨群体复合似然比检验检测受到选择的基因组区域。取前5%的位点作为受选择位点,选择在多种方法中检测到重叠的区域作为候选区域,并对其进行基因注释。结果显示,在黄河鲤基因组上广泛存在选择信号,与未选育群体相比,两个遗传改良群体分别有1434和1333个基因受到选择,豫选黄河鲤新品系群体中受选择的基因富集到了细胞发育、心肌收缩、细胞分化、蛋白质糖基化等相关通路上,福瑞鲤2号养殖群体的受选择基因则与胚胎骨关节发育、细胞膜融合、神经递质分泌有关。将两个遗传改良群体混合,与未选育群体相比,检测到2037个基因受到选择,包括Fabp2、Acaca、Acsl、Cpt1基因等,这些基因显著富集在脂肪合成代谢相关的通路上,如甘油磷脂代谢、脂肪酸合成、...     

鲤蛋白酶体激活因子PA28α亚单位基因组DNA的克隆及序列分析

近年来PA28基因的功能研究一直是蛋白酶体功能研究中的一个热点。蛋白酶体(proteasome)是依赖ATP的蛋白水解酶复合体,它分布于细胞质和细胞核内,有些与内质网和细胞骨架相结合,是真核生物细胞中分解内源蛋白质的主要酶系统。它可占细胞蛋白质的1%,在真核生物进化中,蛋白酶体高度保守,其简单形式甚至存在于古细菌和真细菌中。目前对蛋白酶体系统的研究表明,蛋白酶体能够依赖于ATP选择性地降解胞内的短命蛋白(包括细胞周期蛋白,细胞周期抑制蛋白,致癌基因的产物等)和大量的长命蛋白,产生适合于MHCI类分子结合的抗原肽[1]。其次它还可以调…     

RAPD技术分析荷包红鲤抗寒品系与亲本的基因组变化

用４０个随机引物对荷包红鲤、荷包红鲤抗寒品系和黑龙江野鲤三个品系鱼进行ＲＡＰＤ反应,共扩增出３６６条带,获得多态性的ＤＮＡ片段６０条。荷包红鲤抗寒品系与荷包红鲤、荷包红鲤抗寒品系与黑龙江野鲤的基因组变异指数分别为０．７７和０．９０。说明荷包红鲤抗寒品系的基因组与其亲本黑龙江野鲤的基因组较荷包红鲤具有更大的变异。     

镉胁迫下鲤血液免疫指标的变化

水体中镉含量超标会引起鱼体免疫反应,影响鱼类免疫相关酶的活性以及免疫因子的表达。通过对鲤(Cyprinus carpio)幼鱼进行镉(Cd)暴露,检测了血液中非特异性免疫相关指标。结果显示,0.05 mg/L和0.5 mg/L的镉可以引起血清溶菌酶活性的显著升高;0.5 mg/L的镉导致血液白细胞吞噬百分比的显著降低;0.005 mg/L、0.05 mg/L和0.5 mg/L镉均导致鲤血清中酸性磷酸酶活性的显著升高;0.05 mg/L和0.5 mg/L镉引起血清中碱性磷酸酶活性的显著降低;0.005 mg/L、0.05 mg/L和0.5 mg/L镉暴露组的血细胞呼吸爆发活性与对照组相比极显著降低。研究发现镉对鲤幼鱼具有免疫毒性,酸性磷酸酶和血细胞呼吸爆发活性发生了显著变化,说明酸性磷酸酶和血细胞呼吸爆发活性对镉较为敏感,可以作为水环境中低浓度镉的标志物。镉暴露组的血细胞爆发活性的显著降低,证明镉的免疫毒性与体内氧化应激相关。     

Development of Quality Index Method Scheme for Common Carp (Cyprinus carpio) Stored in Ice: Shelf-Life Assessment by Physicochemical,Microbiological, and Sensory Quality Indices

ABSTRACT

Sensory methods are the most interesting methods to estimate fish quality. Among these, the recently developed quality index method (QIM) has gained popularity, as shown by the multiple publications of QIM schemes in the last years. The objective of this study was to create a new QIM scheme (QIM sensory table and corresponding point system) for the common carp (Cyprinus carpio), basing the definition of the rejection point on sensory, physicochemical (thiobarbituric acid reactive substances, total volatile basic nitrogen, pH, and color measurements), and microbiological criteria (counts of mesophiles, psychrotrophs, and Pseudomonas spp.). A new QIM scheme was developed and is proposed for use in the future; it will be useful for practical evaluations of carp freshness in all steps of the production chain, and it will contribute to a more effective use of the species as an alternative for human food supply.     

蓝色鳞（Cyprinus carpio blue vat）的细胞遗传学分析

采用体内注射PHA和秋水仙素,肾细胞短期培养,常规空气干燥法制备蓝色鳞鲤染色体,对100个中期分裂相记数统计,确定蓝色鳞鲤（Cyprinus carpio blue var）的染色体数为2n=100。测得核型参数按Levan等的染色体划分标准得出：蓝色鳞鲤有15对中部着丝点染色体（m）;13对亚中部着丝点染色体（sin...     

蓝色鳞（Cyprinus carpio blue vat）的细胞遗传学分析

采用体内注射PHA和秋水仙素,肾细胞短期培养,常规空气干燥法制备蓝色鳞鲤染色体,对100个中期分裂相记数统计,确定蓝色鳞鲤（Cyprinus carpio blue var）的染色体数为2n=100。测得核型参数按Levan等的染色体划分标准得出：蓝色鳞鲤有15对中部着丝点染色体（m）;13对亚中部着丝点染色体（sin）;22对端部和亚端部着丝点染色体（st,t）,其染色体总臂数（NF）为156,蓝色鳞鲤核型公式为2n=30m＋26sm＋44st,t。采用流式细胞分析仪测定了蓝色鳞鲤的DNA含量,与鸡血细胞标准对照相比为1．73±0．10,以鸡红细胞DNA含量2．3Pg．N^-1计,则蓝色鳞鲤的体细胞DNA含量为3．99Pg．N^-1。     

油酸诱导建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)肝细胞脂肪变性模型的建立

通过对油酸诱导时间及有效作用浓度的研究,建立油酸致建鲤肝细胞脂肪变性模型.本研究以胰蛋白酶消化法获得的原代肝细胞作为实验材料,加入不同浓度油酸(0、0.05、0.1、0.2、0.4、0.8 mmol/L)与肝细胞共培养24-48 h,诱导肝细胞脂肪变性,分别收集不同时段的肝细胞及上清液,采用试剂盒测定肝细胞中甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)的含量,同时测定上清培养液中谷丙转氨酶(GPT)、谷草转氨酶(GOT)、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)、乳酸脱氢酶(LDH)和超氧化物歧化酶(SOD)的活性,MTT法测定肝细胞的存活情况,确定油酸最佳诱导浓度,油红O染色法观察细胞内脂肪滴的形成情况.研究结果显示,0.4 mmol/L油酸与肝细胞共培养48 h,可以显著提高肝细胞内TG、TC含量(P＜ 0.05或P＜ 0.01),极显著提高上清培养液中GOT、GPT、LDH、γ-GT的活性,显著降低上清培养液中SOD的活性,但与24 h相比有升高趋势,0.4 mmol/L油酸与肝细胞共培养24 h,光镜下可见细胞内有脂肪滴形成,以48 h最明显.综上所述,油酸浓度0.4 mmol/L、诱导时间48 h成功构建了肝细胞脂肪变性模型,为研究鱼类脂肪肝类疾病奠定了基础.     

鲤脂肪酸合成酶基因的克隆与表达分析

脂肪酸合成酶(FASN)是动物体内脂肪酸合成的关键酶。本研究利用逆转录PCR和RACE技术获得鲤Cyprinus carpio FASN全长cDNA序列为8 927bp,开放阅读框7 533bp,编码2 511个氨基酸。FASN蛋白质相对分子量274 145.67D,理论等电点(PI)为6.10。氨基酸同源性分析结果显示:鲤FASN基因与其他鱼类同源性为75.13%~95.34%,与人同源性为61.81%。系统进化树结果显示:鲤FASN氨基酸序列与金线鲃Sinocyclocheilus grahamia聚为一支,同源性最高。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测结果表明:FASN基因鲤脑组织中表达量最高,肝脏次之,血液中最低。鲤FASN基因的获得为进一步深入研究鲤脂肪酸的合成途径及脂肪发育分子调控机制奠定了基础。     

Seasonal Differences in Growth Performance of Four Strains of Common Carp,Cyprinus carpio in India

To assess strain related differences in growth performance and growth patterns under the same culture environment, four strains of common carp, two each of the scale carp, Cyprinus carpio var. communis (Chinese big-belly carp and long bodied carp) and mirror carp, C. carpio var. specularis (scattered carp and linear carp) were communally stocked in three fertilized earthen ponds of 0.14 ha each at 5,000 fish ha^?1 in the ratio of 1:1:1:1 during an 11-month (February to December) culture cycle. Chinese big-belly carp grew larger than other groups, among which there were no significant differences. Scale carp strains performed relatively better than mirror carp at higher temperatures and then essentially stopped growing as temperatures declined into winter. The strains of mirror carp, on the other hand continued growing well later into the cold season.     

烟酸诺氟沙星和乳酸诺氟沙星在松浦镜鲤体内的药动学比较

应用高效液相色谱(HPLC)技术研究以相同浓度(30mg/kg)烟酸诺氟沙星和乳酸诺氟沙星对松浦镜鲤Cyprinus carpio specularis口灌给药后,药物在试验鱼血液、肝胰脏、肾脏中的药动学特征。相同给药剂量下,烟酸诺氟沙星和乳酸诺氟沙星在松浦镜鲤血浆中的血药浓度和时间关系均为一级吸收二室开放模型,吸收半衰期(t_(1/2ka))分别为0.061h、0.043h,消除半衰期(t_(1/2β))分别为29.969h、14.972h,达峰时间(T_(max))分别为0.327h、0.272h,达峰浓度(C_(max))分别为6.247mg/L、13.423mg/L,药时曲线下面积(AUC)分别为53.015mg·h/L、89.907mg·h/L,表观分布容积(V_d)分别为4.347L/kg、2.084L/kg。结果表明:在相同给药剂量下,乳酸诺氟沙星的吸收和消除速率均快于烟酸诺氟沙星,药物种类显著影响药动学特征。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度（He）0.5602,平均多态信息含量（PIC）0.5292,表明该繁育群体处于较高的遗传多样性水平。用χ2检验和遗传偏离指数估计Hardy-Weinberg平衡,表明群体处于平衡状态,但在多个位点表现出杂合子缺失严重,显示出人工选择的痕迹。用PHYLIP3.6软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,依据亲本个体间的遗传差异,以避免近亲交配为原则,建立最佳亲本配组体系,繁育获得2个选育群体,以常规群体繁育子代群体作为对照组,对子代群体的遗传结构及数量性状分析显示,选育群体保持了较高的遗传多样性水平,群体平均期望杂合度在0.5414~0.5449之间,其生长速度较对照群体快14.81%~63.71%。连续2年的生长实验证实,微卫星标记指导群体选育技术在保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退,快速建立优良种群方面具有一定的优势。