基于叶绿体rRNA ITS序列的兰科植物系统发育关系分析

叶绿体DNA(Chloroplast DNA,cpDNA)中的反向重复序列中的非编码区对于陆生植物的进化研究非常有指导意义,被越来越广泛的应用在不同的分类阶元的系统研究中.该研究在叶绿体rRNA ITS 序列的保守区设计引物,PCR扩增得到450 bp左右的叶绿体rRNA从4.5 S到5 S的片段,扩增产物直接测序,进而依据叶绿体rRNA ITS基因序列分析了兰科植物(Orchidaceae)的33个品种材料(12个兰属品种,14个兜兰属品种,7个石斛属品种)间的亲缘关系.通过最简约性分析产生的叶绿体rRNA ITS系统树表明,石斛属和兜兰属为两个自然类群,兰属可能为一多源组.兰属的碧玉兰位于系统树的基部,构成其余各种的姐妹支.兜兰属的白花兜兰、麻栗坡兜兰独立于属内其他种而自成一支.由于兰科植物叶绿体rRNA ITS序列变异率较低,最简约分析产生的分支得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属之间的关系也不明确.对兰科植物系统发育关系的研究尚需要更多的证据.     

基于ndhF序列的中国悬钩子属植物系统发育研究

悬钩子属植物种类繁多,属内系统演化规律一直存在争议。以近缘的同为蔷薇科蔷薇亚科的蔷薇属黄刺玫（Rosa xanthina）和草莓属野草莓（Fragaria vesca）为外类群,基于ndhF序列利用最大简约法和贝叶斯推论法构建了中国悬钩子属下3组17亚组的53个种（变种）的系统发育树。结果表明：ndhF序列在本研究涉及到的分类群中较保守,序列比对后长度为1 182 bp,其中变异位点88个（占7.44%）,信息位点47个（占3.97%）。空心莓组（section Idaeobatus）的序列变异速率较木莓组（sect. Malachobatus）和刺毛莓组（sect. Dalibardastrum）快。木莓组需要结合其他进化速率相对较快的序列进一步研究。系统树分析表明,木莓组和刺毛莓组聚为一支,空心莓组则被划分为4支（BI）,呈多系进化现象。中国悬钩子属植物的系统演化路线为复叶类群到单叶类群,空心莓组较木莓组原始,支持陆玲娣等对悬钩子属的系统演化观点。本研究结果有助于优良树莓种质的鉴定和分类,也为悬钩子属系统进化积累了分子依据。     

基于ITS序列分析鉴定灵芝属菌种

针对11个本所保藏灵芝属菌株及9个灵芝属野生菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载2条赤芝(Ganoderma luncidum)、1条黑紫灵芝(Ganoderma japonicum)和1条无柄紫灵芝(Ganoderma mastoporum)的ITS序列,以猴头菇(Hericium erinaceum)为外类群,用NJ(Neighbor-Joining)法构建系统发育树,结果表明,20个灵芝属菌株聚为4个簇,其中赤芝组和树舌亚属的菌株各自聚为1组,其组内同源性均达99.7%以上,紫灵芝组的菌株分成2组:无柄紫灵芝和黑紫灵芝。系统发育分析也表明仅根据形态学特征难以将灵芝属菌株进行有效的分类,利用分子生物学的技术手段对灵芝菌株进行分类是一种更有效的方法,ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值。     

基于叶绿体DNA序列trnL-F分析李亚属植物的系统发育关系

【目的】探索李亚属内物种间的系统发育关系,明确最近新命名物种的起源与植物学分类地位。【方法】在克隆测序trnL-F序列的基础上,分析李亚属各种级分类群的分子特征,并进行李亚属的分子系统发育学分析。【结果】在李亚属供试材料中检测到的叶绿体DNA trnL-F序列长度变化为945~956 bp,所有序列的AT含量明显高于GC含量。李亚属内各种间的序列存在着不同的差异,部分种具有显著的分子序列特征,可用于物种鉴定。共检测到21个变异位点和20个单倍型。根据邻接法构建系统发育树,将所有种共分为6个不同的组群。【结论】仅通过trnL-F序列片段无法完全将李亚属的所有种级分类群分开,但是部分种间具有显著的分子特征;中国李(P.salicina)和樱桃李(P.cerasifera)分别是种间杂交种李梅杏(P.limeixing)和紫杏(P.dasycarpa)的母系亲本提供者。     

核果类果树ITS 序列分子进化及系统发育关系研究

 为研究核果类果树的进化和系统发育,选择桃、李、梅、杏、樱桃各2 ~ 4 个主要种或变种共16 个基因型测定其ITS 序列,与从GenBank 下载的6 个核果类果树ITS 序列形成了较为全面的数据矩阵。采用二次置根法用樱桃置根,用PAUP 软件计算数据集在56 个进化模型的得分,Modeltest 筛选最佳模型和参数,计算遗传距离、变异,用最大简约法构建了桃、李、梅、杏、樱桃的系统发育树。结果表明：1. 核果类果树各组ITS1 和ITS2 的分子进化速率不同,信息量也不同;2. 核果类果树演化顺序为：共同的原始材料分化成樱桃、李、杏,再由李进化产生桃,杏进化产生梅;3. 辽杏较普通杏和西伯利亚杏原始,桃演化顺序是：巴旦杏—山桃—普通桃、新疆桃;4. 本结果支持将核果类果树分成4 个亚属。     

杜鹃红山茶

杜鹃红山茶（Camellia changii Ye）又名张氏红山茶、四季杜鹃茶等,为茶科山茶属常绿灌木至小乔木。仅原产广东阳春等地,是我国特有的一个山茶原种。现在南方地区多嫁接后盆栽观赏。     

基于rDNA-ITS序列对金针菇系统发育分析

以吉林地区三种金针菇以及河南产地的金针菇为材料,测定、分析了金针菇rDNA-ITS序列,并通过与GenBank上已登录的金针菇ITS序列比对,采用邻接法(Neighbor Joining,NJ)构建系统发育树。结果表明,所有供试材料ITS全长在712 bp~719 bp范围内,G+C含量在49.4%-49.9%之间,各样品间有35个变异位点,13个信息位点,遗传距离在0~0.014之间,其中吉林地区3种金针菇样品部分位点发生突变,均没有同步进化。9个金针菇样品的ITS序列被分成了两大组,其余样品之间又出现很多分支,表明ITS可作为金针菇亲缘关系鉴定的分子标记。     

松乳菇ITS序列比较及其在乳菇属中的系统发育分析

提取江苏、云南、江西、湖南、广西、安徽、湖北地区的松乳菇(Lactarius deliciosus)、红汁乳菇(L.hatsudake)、橙色乳菇(L.akahatsu)和鲑色乳菇(L.salmonicolor)共25个子实体样本的基因组DNA,扩增ITS序列,对GenBank下载和本次及以前测序的松乳菇ITS序列的碱基组成、变异位点及碱基替换类型进行分析,从GenBank下载乳菇属其它8个种,构建乳菇系统发育树。结果显示:松乳菇ITS序列共有20 bp长度的变化,碱基C、T含量大于G、A含量。变异位点ITS共有99个(ITS1 58个、5.8S 4个、ITS2 37个),其中主要是T与C的转换,转换与颠换位点数分别为8和5。ITS1、5.8S、ITS2中转换与颠换的比值R分别为2.34、1.95、1.12。基于ITS序列计算不同地区松乳菇间的遗传距离,江西与意大利、西班牙,法国与西班牙序列间的遗传距离最大为0.012,云南和法国序列间遗传距离为0,是同源序列。系统发育树显示:松乳菇和红汁乳菇、橙色乳菇亲缘关系较近。     

应用核DNA ITS序列探讨广义花楸属（Sorbus L.）属下系统关系

 花楸属属内杂交和多倍化现象比较普遍,分类处理一直存在争议。选取核基因的ITS序列对花楸属（Sorbus L.）的46个种进行测序,并选取栒子属（Cotoneaster multiforus,Cotoneaster horizontalis）、白鹃梅属（Exochorda racemosa）、蔷薇属（Rosa hugonis）和樱属（Cerasus glandulosa）作为外类群,基于最大简约分析（Maximum parsimony analysis,MP）,最大似然分析（Maximum likelihood analysis,ML）和贝叶斯推断（Bayesian inference,BI）对花楸属进行分子系统发育重建。结果表明：花楸属为自然的单系类群,并且得到很高的支持率;Aria、Micromeles和Sorbus,3个亚属各自不能形成单系,甚至单叶类群和复叶类群的分类学界限都不是很清楚,这说明目前的分子系统发育证据与花楸属属内的分类划分并不十分吻合。     

四个红菇科菌株的rDNA ITS序列分析和系统发育研究

Internal transcribed spacer (ITS) sequences of four edible and medicinal fungi belonging to the Russulaceae, collected from the Lishui mountainous area of Zhejiang Province, were cloned and sequenced. Comparisons with sequence data in GenBank were undertaken using BLAST, and the four ITS sequences, together with 15 reference sequences obtained from GenBank, were used to construct a phylogenetic tree. rDNA ITS sequences of the four strains ranged from 673 to 766 bp in length and between 47.4% and 49.48% in GC content. Phylogenetic data indicated strain R57 to be Russula cyanoxantha. Differences in the size and GC content of ITS sequences from strains R32 and R57 (R. cyanoxantha) and strain L37 (Lactarius sanguifluus) were significant, whereas the corresponding differences between strains R32 and R57 were relatively small. A close kinship, with only small detectable differences in their respective ITS sequences, existed between R. mustelina, R. virescens and R. parazurea. A similar situation applied to strains of L. sanguifluus and L. salmonicolor.     

辣椒种质资源ITS 与系统进化分析

 以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer，rDNA ITS 区）作为DNA 条形码 对辣椒进行系统进化分析。利用收集的17 份辣椒资源，提取总DNA，进行PCR 扩增和测序，并从GenBank 下载辣椒属的主要栽培种浆果状椒（Capsicum baccatum）、茸毛椒（C. pubescens）、灌木状辣椒（C. frutescens）和野生种（C. eximium）、野生种（C. lycianthoides）的ITS 序列，进行系统进化与亲缘关系分 析。结果表明，以野生种（C. eximium）的ITS 序列为参考序列，利用Clustalx 2.1 软件进行比对，发现3 个中华辣椒、茸毛椒和灌木状辣椒在ITS1 区有15 个碱基缺失。以茄科番茄属（lycopersicon）栽培种‘上 海906’作为外类群，在进化树标尺约0.11 处，22 个辣椒属ITS 序列可分为6 个分支。全部一年生辣椒 （14 个）聚在一支。中华辣椒（3 个）和灌木状辣椒聚在一支，表明中华辣椒与灌木状辣椒亲缘关系相 对较近。野生种（C. eximium）、浆果状椒、茸毛椒和野生种（C. lycianthoides）分别单独为一支。     

基于ITS序列对林芝市售七种野生大型食用真菌的鉴定

以西藏林芝市售7种野生大型真菌(分别编号为XZQGJ、XZDJG、NCSBJ、NCNGJ、NCTLJ、NCSR、NCWZNGJ)为试材,采用分子生物学的方法对其进行鉴定,为进一步开发利用林芝地区大型真菌资源提供了参考依据。结果表明:XZQGJ属于腊伞属的Hygrophorus russula(红菇腊伞);XZDJG属于肉齿菌的Sarcodon cf.leucopus(裂盖肉齿菌);NCSBJ属于枝瑚菌属,与Ramaria sp.(小刺枝瑚菌)(KY774253.1)亲缘性最近,但林芝扫把菌与其它相似种均有一定的遗传距离,因此林芝扫把菌是一个独立的种;NCNGJ属于牛肝菌属,与Boletus recapitulatus(KP938967.1)亲缘性最近;NCTLJ属于钉菇属,与Gomphus clavatus(棒状钉菇)(KX008988.1)亲缘性最近;NCSR属于口蘑属,与Tricholoma matsutake(松口蘑)(MF521899.1)亲缘性最近,但林芝松茸与其它相似种均有一定的遗传距离,因此林芝松茸是一个独立的种;NCWZNGJ属于牛肝菌科的uncultured Bole...     

基于ITS序列的胭脂萝卜亲缘关系分析

以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。     

基于ITS序列分析黑龙江东部地区市售黑木耳品种遗传多样性

黑木耳(Auric ularia auric ula-judae)是一类栽培广泛的食药兼用菌,为调查黑龙江省东部地区市售黑木耳的种质资源,收集了东宁县黑木耳批发市场黑木耳干品11个和牡丹江市售黑木耳试管菌种6株.采用组织分离方法获得菌丝体,提取菌丝体DNA,扩增ITS片段并测序.测序结果发现,经比对,17株供试黑木耳菌株ITS序列同源性均在99%~100%,其中16株的ITS序列长度为559 bp;系统发育分析表明,供试17种黑木耳菌株可分为7种不同类型,表明市售黑木耳菌种存在商品名不同但实际为同一品种的情况.以上结果为黑木耳种质资源调查及当地黑木耳品种引进提供理论指导.     

DNA序列分析在植物分子系统学研究中的应用现状——-以蔷薇科为例

 近20年来, DNA序列已被广泛应用于植物各分类阶元的系统学研究中, 为解决长期有争议 的和亟待解决的系统进化问题提供了有力的证据。现以蔷薇科为例, 概述了应用DNA片段进行植物分子系统研究的现状, 详细剖析了应用DNA序列进行植物系统发育研究时常见的问题及其原因, 提出了对存在多倍化、杂交起源和快速分化等复杂进化史的植物类群进行系统学分析时选用DNA序列的策略和注意事项。     

基于nrDNA ITS测序鉴定枸杞航天突变体的初步研究

利用nrDNA ITS(核核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法,对经过空间诱变在鲜果千粒重发生性状变异的3个枸杞材料进行碱基序列测定,结果表明:基于ITS可以明确05-12-29,05-12-02两个突变体在DNA水平发生了突变,而05-14-01在ITS序列上变异较小,是否是航天突变体有待进一步的研究.