中国斗鸡mtDNA遗传多样性及起源研究

本研究旨在探究中国斗鸡的遗传多样性和起源.运用DNA测序的方法测定了河南斗鸡、鲁西斗鸡、吐鲁番斗鸡、西双版纳斗鸡和漳州斗鸡5个斗鸡品种40个个体的mtDNA细胞色素b(Cytb)的部分碱基序列(535 bp).结果表明,这5个斗鸡品种共有6种单倍型;单倍型多样度为0.428 57～0.785 71;核苷酸多样度为0.000 80～0.006 54;漳州斗鸡与其它斗鸡的遗传距离均较远;基于单倍型构建的系统发生树分析表明中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.结论,漳州斗鸡的遗传多样性最丰富,而西双版纳斗鸡和吐鲁番斗鸡最贫乏;中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.     

中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7．86％,没有观测到插入／缺失,颠换和转换之比为0．13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0．964,单倍型变异度总体为0．909±0．014,整体的平均核苷酸差异数为7．276,核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种,一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。     

坝上长尾鸡线粒体DNA D-loop序列变异与起源分化研究

为了更好地保护和利用坝上长尾鸡的品种资源,且从母系遗传的角度探明坝上长尾鸡的遗传多样性与起源分化,试验采用PCR直接测序法,测定了30只坝上长尾鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop区1 491bp片段序列。结果显示:在所测定的mt DNA D-loop序列中,A、G、T和C碱基的平均含量分别为28.02%、13.91%、30.97%、27.10%。共检测到1个插入/缺失和32个变异位点,组成17个单倍型。单倍型多样度为0.945±0.025,群体内序列间核苷酸平均差异数为8.536,核苷酸多样度为0.00573,平均遗传距离为0.006。由最大似然法构建的NJ系统进化树将坝上长尾鸡聚为3大支,划分为与A、B、C 3个类群。与其它家鸡品种类比,显示其独特性。与原鸡亚种类比,发现A类群起源于原鸡海南亚种,B类群起源于原鸡印度亚种,C类群起源于原鸡滇南亚种。结果表明:坝上长尾鸡遗传多样性丰富,并具有独特性;坝上长尾鸡存在3个区分明显的母系来源。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

基于STR分型检测技术的新疆九个家鸡资源遗传多样性分析

利用18个微卫星标记对新疆南疆地区吐鲁番斗鸡、喀什斗鸡、安集延鸡、塔什库尔干家鸡、和田黑鸡、阿合奇家鸡、拜城油鸡、和田麻鸡、和静家鸡9个家鸡群体进行检测分析。结果表明:18个位点均为高度多态性位点(多态信息含量PIC在0.745~0.929之间);9个家鸡群体显示出较高的多态性水平(观测杂合度Ho=0.775~0.932,期望杂合度He=0.777~0.934),其中安集延鸡的多态性水平最高,和田麻鸡的多态性最低;Nei氏遗传距离系统聚类分析显示,吐鲁番斗鸡与喀什斗鸡属于同一分支,阿合奇家鸡与拜城油鸡的遗传距离最近,安集延鸡由于其历史原因与南疆本地品种不在同一分支,属于一个新的品种。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控镀区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D—loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13．6％、43．2％、4．3％和38．9％,A＋T含量高于G＋C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0．13,没有观测到插入／缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0．250和0．695,平均核苷酸差异数分别为3．750和10．833,核苷酸多样度分别为0．954％和2．757％。泰国红色原鸡中性检验的Tajima＇s D值为-1．800（P〈O．05）,不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度（Dxy）为2．847％,核苷酸净遗传距离（Da）为0．991％。序列群体间的方差组分（Va）占总变异的47．31％,Fst=0．473,差异极显著（P〈0．01）;群体间mtDNAD—loop Rf值也差异显著（P=0．035）。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

鸡mtDNA D-loop区单倍型簇频率与中国家鸡多母系起源研究

本研究旨在通过分析家鸡和原鸡D-loop区单倍型簇的区域性分布和频率揭示中国家鸡多母系起源的区域和传播途径。通过对1 347条鸡D-loop序列进行完全对比排序,共发现198种单倍型,聚成12个单倍型簇。分析结果显示,海岛型红色原鸡与家鸡和大陆型红色原鸡有明显差异;苏门答腊大陆型红色原鸡作为独立分支,也体现出与东南亚大陆型红色原鸡的区别。单倍型簇频率分析显示,Clade C代表的母系可能更早在东南亚及云南等地驯化并对我国南方家鸡形成产生影响,但并非直接由云南引入我国,应该另有途径;Clade D代表的母系可能更早在山东及河南一带驯化繁衍,后引入四川,并在四川开始大规模繁育饲养,此后向周边区域传播扩散,成为中国家鸡重要母系来源。本研究结果进一步支持了我国家鸡多母系起源的论断,并指出东南亚是我国南方家鸡重要的母系来源;同时,河南和山东一带也可能是我国家鸡起源的区域之一。     

拉伯高脚鸡线粒体DNA D-loop序列变异与起源分化研究

为从母系遗传角度探明云南拉伯高脚鸡的遗传多样性与起源分化,采用PCR产物直接测序技术对30只拉伯高脚鸡的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第一高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的mtDNA D-loop 527 bp序列中,共检测到17个变异位点,归结为5个单倍型。单倍型L1和L2属G世系,单倍型L3和L4属A世系,单倍型L5属B世系。G世系占整个群体的63.3%,A世系占33.3%。单倍型多样度为(0.763±0.049),群体内序列间核苷酸差异的平均数为7.205,核苷酸多样度为0.01315,平均遗传距离为0.016。由最大似然法构建的NJ系统进化树将拉伯高脚鸡聚为3大枝,分别与G、A、B 3个世系对应。与红原鸡及国内外鸡种聚类比较,拉伯高脚鸡在起源上具有其独特性。结果表明,拉伯高脚鸡存在较高的遗传多样性,起源上具有云南本地鸡特有的遗传特征。     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。     

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析

为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231～1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。     

两种分子标记对我国斗鸡遗传多样性的联合分析比较

为了准确评价我国斗鸡遗传多样性,以我国重要的5个斗鸡品种为研究素材,应用SSR标记和mtDNA细胞色素b基因标记联合分析5个斗鸡品种的遗传多样性并作相应的比较。微卫星标记分析结果显示:西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662;河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532。说明河南斗鸡基因型趋于一致。线粒体DNA细胞色素b基因分析结果:5个斗鸡品种共有6种单倍型,单倍型多样度为0.42857~0.78571;核苷酸多样度为0.00081~0.00659。研究表明,微卫星标记比较适合斗鸡群体遗传多样性分析,评价结果更符合品种的历史形成和实际状态。     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

中国家鸡多起源及相关分子生物学研究

中国家鸡起源和遗传分化的研究有助于了解我国家鸡品种资源种质特性,并开展其保存与发展工作。本文结合家鸡起源的考古学、古生态学及社会学依据,利用分子生物学方法对我国家鸡多起源、功能性分化及可能存在的遗传背景进行了阐述。认为红色原鸡不同亚群间的线粒体DNA多态性分析将有利于在家鸡群体中确定原始单倍型;同时,我国家鸡多起源研究时应注重对北方品种的分析,且分析方法上应注重以单倍型簇为单位的频率分析;我国山东和河南及周边地区可能是我国家鸡独立起源的区域及南方家鸡受到东南亚品种影响。     

寿光鸡遗传多样性及其起源进化的研究

为了更好地对寿光鸡种质资源进行保护和开发利用,以线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA) D-loop区为分子标记,检测了58只寿光鸡的遗传多样性,同时探讨了寿光鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示:寿光鸡mt DNA D-loop区全长1 231～1 232 bp,核苷酸多样性(Pi)为(0. 005 3±0. 001 35),单倍型多样性(Hd)为(0. 864±0. 018),平均核苷酸差异(K)为6. 525;群体共发现23处单核苷酸变异位点,并由此界定了8种单倍型;系统发育分析发现,寿光鸡主要分布在A、B、C和E 4个进化分支,构成比分别为43. 1%、36. 2%、12. 1%和8. 6%。结果表明:寿光鸡在线粒体水平上具有很高的遗传多样性,有4个母系来源,本研究为寿光鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。     

重庆地方品种鸡母系起源研究

为了研究重庆地方品种鸡母系起源,试验采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法,测定了重庆3个地方品种鸡线粒体DNA(mtDNA)控制区的部分序列,分析了其遗传变异。结果表明:共得到591 bp的mtDNA序列,腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.88%、29.54%、14.08%、29.50%;共发现16个变异位点,约占分析位点总数的2.71%,颠换和转换之比为0.067,没有观测到插入/缺失;共检测到6种单倍型,单倍型多样性为(0.762±0.141),核苷酸多样性为(0.005 5±0.003 5);与分布在老挝、云南等地的3个红色原鸡大陆亚种(原鸡亚种、原鸡海南亚种、原鸡滇南亚种)比较,共发现35个变异位点,17种单倍型;根据NJ无根系统发生树及MJ网络图分析,共划分为4个单倍型类群,重庆3个地方品种鸡的单倍型主要分布在分支Ⅰ和Ⅳ中,说明它们很可能起源于红色原鸡的大陆亚种。     

几个地方鸡种MHCB-G座位克隆与生物信息学分析

本研究利用PCR和克隆测序方法,克隆新狼山鸡和仙居鸡MHC B-G基因全序列,分析序列的多态性并预测其蛋白质的结构与功能,为更好地保护地方鸡种提供基础资料。结果表明:分别获得新狼山鸡和仙居鸡MHCB-G基因6 183 bp和6 415 bp全序列,与红色原鸡同源性达98%,3鸡种存在148个变异位点,为3个单倍型,单倍型多样度为0.07407,仙居鸡在4413-4661位置缺失249 bp;利用生物信息学预测新狼山鸡和仙居鸡MHCB-G蛋白,该蛋白具有丰富的B细胞抗原位点;新狼山鸡和仙居鸡有明显的跨膜螺旋结构,分别含有138个和98个磷酸化位点;MHC B-G基因具有丰富的遗传多样性,该MHC B-G蛋白可能是抗原位点的富集区,对其进化、抗原递呈作用以及疾病和生产性能的相关性发生重要影响。