太湖稻区32个水稻品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄.     

中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱.[结果]36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每...     

基于SSR标记辣椒品种DNA指纹图谱的构建

基于辣椒全基因组开发的SSR标记,对青海地区主栽的26份主栽辣椒品种进行遗传多样性分析并构建分子指纹图谱.结果从117对SSR标记中筛选出6对扩增稳定,多态性较好的引物,6对标记共扩增到36个基因位点,多态性比例为97％;26份青海地区主栽辣椒品种之间遗传相似系数为0.42～1.00,在GS 0.5处可将26份辣椒材料...     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

金银花SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以金银花及其常见变种为材料,利用SSR标记技术构建分子指纹图谱,并用于遗传多样性分析。选择25个SSR位点用于多态性分析,其中3个位点具有较强多态性,并构建基于Excel格式的金银花SSR指纹图谱,包括3对引物在6个供试材料中扩增到的18条多态性条带信息。应用该指纹图谱对金银花及其变种的遗传多样性进行分析,结果表明,金银花与山银花之间遗传距离较远,仅0.28。应用该指纹图谱对87个市售金银花进行分析,能够区分出河北、山东、河南等地的金银花品种。SSR标记技术具有快速、稳定的优点,具备金银花种质资源标准化分析及中药材市场化检测应用的价值。     

基于SSR标记的葡萄品种(系)遗传多样性分析与指纹图谱构建

[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱.     

基于SSR标记的东北杏遗传多样性分析及指纹图谱构建

东北杏(Armeniaca mandshurica)是东北地区极具经济开发前景的树种,具有重要的生态、经济、社会价值,应用SSR分子标记技术,采用101对扩增条带清晰、多态性高的引物,对61份东北杏野生种质进行PCR扩增,以分析东北杏的遗传多样性,并采用引物组合法构建东北杏的SSR指纹图谱,旨在为东北杏种质资源的鉴定评价、保育研究及合理开发利用提供科学依据。结果表明:101个位点的平均观测等位基因(Na)和有效等位基因所占比值分别为9.6436和55.13%;平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.2155和0.7711;Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为1.7533和0.7316,表明东北杏种质资源具有丰富的遗传多样性。10个种源的遗传多样性差异显著,其中,辽宁省沈阳市的遗传多样性最高,而辽宁省丹东市的遗传多样性最低。聚类结果表明,在遗传相似系数0.842处可以将东北杏种质分为4类(A类、B类、C类、D类);在遗传距离0.250处可以将东北杏的不同种源分为3类(P1类、P2类、P3类),均反映了地理种源对东北杏的分类结果占据主导地位。地理距离...     

江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究利用12对水稻SSR引物,构建江西省2009年度区域试验品种的DNA指纹图谱。通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。     

浙江省46个粳稻新品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用农业部推荐的12对水稻SSR引物(NY/T 1433—2007),对2008年以来由浙江省主要育种单位育成的46个常规粳稻品种构建DNA指纹图谱,并分析其亲缘关系。结果显示,12对SSR引物共检测出84个等位基因,平均多态性频率(FP)值为0.192。46个品种的相似系数在0.735~1.000之间,平均相似系数为0.879,表明近年来浙江省粳稻品种亲缘较近,遗传背景较狭窄。该研究结果可为浙江省水稻新品种选育、鉴别和保护提供参考。     

37个新引进的薄壳山核桃品种遗传多样性SSR分析

对37个新引进的薄壳山核桃品种生物学性状进行分析,采用已开发的薄壳山核桃引物和山核桃引物,通过SSR(simple sequence repeat)技术对这37个品种进行遗传多样性分析。结果表明,引进的37个品种遗传多样性不明显,筛选获得的14对SSR引物共扩增出112个等位基因位点,平均每对引物获得8个等位基因位点,最多是20个,最少是3个,多态性最高为100%;通过Ntsys2.10软件对37个薄壳山核桃品种进行聚类分析,得出遗传相似系数为0.607～0.955,平均0.781,Eliott和Schley关系最近,Van Daman与Disirable,Van Daman和Eliott,Barton与Owens,Owens与Stuat,Disirable与Dependable间的遗传关系最远。这表明美国薄壳山核桃品种间遗传多样性较低。     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

利用37对SSR引物分析了72个不同生态类型粳稻品种的遗传多样性，共检测出了186个等位基因，平均每对SSR引物可检测出2～11个等位基因变异，平均为5．1个。UPGMA聚类分析结果表明，利用SSR分子标记将72个材料分成7大类群，说明SSR标记在区分水稻品种生态类型和品种的遗传多样性方面具有重要作用，也证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段。     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括格拉卡和美人指2个品种;第2类包括玫瑰香、红旗特早、达米娜、红玫瑰等30个品种;第3类包括京云、奥古斯特、无核早红、巨峰等7个品种。     

利用SSR技术分析混栽净栽水稻田间稻瘟病菌的遗传多样性

通过对2006年四川部分地区杂糯间栽与净栽田间稻瘟病菌种群结构的SSR(微卫星DNA标记)分析,结果表明:在0.76的相似水平,来自间栽田间的45个菌株被划分为7个遗传宗谱(第Ⅰ、Ⅱ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ和Ⅹ),其优势宗谱为第Ⅷ宗谱,所占比例为40.00%。来自净栽田间的45个稻瘟病菌株同样也被划分为7个遗传宗谱(第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅹ),其优势宗谱也为第Ⅷ宗谱,所占比例为71.11%。表明尽管稻瘟病菌优势宗谱在间栽田和净栽田中没有变化,但其田间遗传组成比例发生了明显的变化。     

基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析

[目的]构建太湖稻区粳稻(Oryza sativa L.Subsp.Japonica)DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考.[方法]以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性.[结果]24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1～7个,平均为4.1个.筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物(RM190、RM18、RM297、RM5414),其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9.19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408～0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500～0.700的材料占81.87％.UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群.[结论]太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料.     

苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

中国小麦地方品种的SSR遗传多样性分析

【目的】揭示我国主要麦区小麦地方品种的遗传多样性。【方法】选用分布于小麦各染色体臂上的42对SSR引物,对我国10个麦区81个小麦地方品种的遗传变异情况进行分析。【结果】共检测到316个等位变异,单个引物扩增的等位变异为1～17个,平均为7.5个。参试小麦地方品种的多态信息含量PIC值为0～0.90,平均为0.63。平均等位变异数A基因组D基因组B基因组,平均PIC值各基因组间差异不大。遗传多样性最丰富的麦区是黄淮冬麦区和西南冬麦区。聚类分析结果表明,来自同一生态区的全部材料没有完全聚在一起,但冬麦区和春麦区材料间差异较明显。【结论】我国小麦地方品种具有较高的遗传变异,不同麦区间遗传多样性差异较大。     

基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析

利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。