藏绵羊孕酮受体基因第4外显子多态性分析

以391只藏绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析孕酮受体(PGR)基因第4外显子在藏绵羊中单核苷酸多态性(SNPs),探讨PGR的生理功能及其对藏绵羊繁殖力的影响。结果表明:PGR基因扩增片段在藏绵羊品种中存在PCR-SSCP多态性,序列比对分析发现2个SNPs位点,全为颠换。在该群体中发现3种基因型,分别为AA、BB和AB,其中AA为优势基因型,A为优势等位基因。χ2独立性检验表明,PGR基因扩增片段上各基因型呈极显著差异。     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

绵羊生长激素基因第4外显子的多态性分析

采用PCR-SSCP技术检测包括蒙古羊、小尾寒羊、德国美利奴羊以及德美寒杂交一代在内的绵羊生长激素(GH)基因第4外显子的多态性.结果表明:在1188~1502 bp片段上,德国美利奴羊及杂交后代中,AA型个体占多数,而小尾寒羊则以BB型个体为主.对这个片段的纯合型(AA,BB)分别进行克隆测序发现:1188~1502 bp片段上,AA型在第1406位发生了T→C的突变.实验结果证实绵羊生长激素基因第4外显子存在序列多态性.     

7个绵羊品种PGR基因第4外显子多态性分析

为探索绵羊PGR基因第4外显子的多态性,采用PCR-SSCP技术,对‘德克塞尔羊’、‘无角陶赛特羊’、‘小尾寒羊’、‘蒙古羊’、‘德国美利奴羊’、‘滩羊’和‘藏羊’7个绵羊品种共计414个个体的PGR基因第4外显子进行了遗传多态性检测分析.结果表明:绵羊PGR基因第4外显子存在多态性,发现了AA、BB和AB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果显示,该多态的产生是由于PGR基因第4外显子扩增序列的第227bp处发生了C→T的碱基突变.基因型和基因频率统计结果表明,‘小尾寒羊’同时存在AA、BB和AB 3种基因型,‘无角陶赛特羊’和‘德国美利奴羊’只存在AA基因型,而其他品种存在AA和AB 2种基因型;在所检测的品种中,AA基因型为优势基因型,A等位基因均为优势等位基因.χ2适合性检验结果表明,7个绵羊品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).不同基因型在7个绵羊品种间分布的独立性检验结果表明,在该位点,‘无角陶赛特羊’与‘藏羊’之间表现为差异极显著(P<0.01);‘无角陶赛特羊’与‘蒙古羊’和‘滩羊’之间,‘德国美利奴羊’与‘滩羊’和‘藏羊’之间均表现为差异显著(P<0.05);‘无角陶赛特羊’与‘德国美利奴羊’只发现同一种基因型,不存在差异;其他绵羊品种之间均表现为差异不显著(P>0.05).多态信息含量(PIC)分析结果表明,‘无角陶赛特羊’和‘德国美利奴羊’在该位点没有多态,其他属低度多态.     

贵州小香羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性分析

为寻找与贵州小香羊繁殖力相关的分子标记提供基础数据,采用单链构象多态(SSCP)方法对在生殖中起重要作用的FSHβ基因外显子2的序列进行多态性检测,并对具有SSCP多态性的DNA片段进行测序分析。结果表明,在该特异性扩增产物中存在基因多态性,在94bp处检测到1个多态位点,该位点发生了G→A突变,出现3种基因型(AA、AB和BB)并导致编码的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸,A等位基因频率为62.3%,B等位基因频率为37.7%。     

马MxA基因第13外显子的多态性研究

[目的]研究4个品种马MxA基因第13外显子的多态性。[方法]根据GenBank中已公布的MxA基因序列设计引物,利用PCR技术从三河马、锡尼河马、乌审马和巴尔虎马血液基因组DNA中扩增MxA第13外显子基因片段,利用PCR-SSCP方法检测该基因片段多态性并进行测序。[结果]只有乌审马MxA基因第13外显子存在多态性,第2 018位点发生了突变,鸟嘌呤（G）→腺嘌呤（A）,由此导致氨基酸发生改变,由谷氨酸（G lu）→丙氨酸（A la）。[结论]该研究为探讨马MxA蛋白基因抗病毒作用奠定了基础。     

山羊级进杂交后代GH基因第4和第5外显子的多态性与体重性状的相关分析

【目的】研究波尔山羊级进杂交后代GH基因第4、5外显子的遗传多态性及其与体重性状的相关性。【方法】采集波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交F1、F2和F3代羊的血样,利用PCR-SSCP技术分析其GH基因第4、5外显子的多态性,并用最小二乘法研究了第5外显子多态性与体重性状的关系。【结果】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性(有AA,AB,AC,AD 4种基因型);第5外显子发生了2处突变,AB基因型在237 bp位发生了C→T突变,AD基因型在第289 bp位发生了C→A突变,但突变均没有导致氨基酸的变化。波尔山羊及其F1代群体中AD型个体的初生重极显著高于AC型(P<0.01);在F2代群体中,AB型个体的初生重和1月龄体重显著高于AA型(P<0.05);不同基因型个体的3月龄体重均差异不显著(P>0.05)。【结论】第4外显子在山羊群体中不存在多态性,而第5外显子在该群体存在多态性。GH基因第5外显子可能对波尔山羊级进杂交后代体重性状有影响。     

绵羊肌肉生长抑制素基因外显子Ⅰ单核苷酸多态性分析

利用PCR-SSCP和DNA测序法,检测了德国肉用美利奴、特克塞尔、多浪羊和陶塞特等4个绵羊品种肌肉生长抑制素基因外显子Ⅰ的单核苷酸多态性。研究结果表明:在德国肉用美利奴肌肉生长抑制素基因外显子Ⅰ第 84位(相对翻译起始位点ATG)发现G→A的突变,但仅存在两种基因型,即GG和GA,基因型频率分别为0.6944和0.3056。该突变位点编码的氨基酸序列不发生改变,在其余样品均未检测到多态。     

合作猪SLA-DQB基因第3外显子多态性分析

以合作猪为试验材料,采用PCR-SSCP检测442只合作猪SLA-DQB基因第3外显子的多态性,克隆测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确合作猪SLA-DQB基因等位基因之间的遗传关系.结果表明:合作猪SLA-DQB基因第3外显子中表现了7个基因型,其中有4个新等位基因,分别命名为B、C、D、E,序列分析中发现了11个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换9个(占81.82%),颠换2个(占18.18%).表明合作猪SLA-DQB基因第3外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源.     

欧拉型藏绵羊血红蛋白多态性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对河南县77只欧拉型藏绵羊的血红蛋白多态性进行了研究.结果发现,藏绵羊的血红蛋白位点上有HBA和HBB两个等位基因控制的HBAA、HBAB和HBBB三种基因型.其中HBAA和HBA分别为优势基因型和优势等位基因,其频率分别为0.6104和0.799.经χ2适合性检验,欧拉型藏绵羊HB基因型处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).HB位点的基因杂合度为0.321 2.     

湖羊GnRH受体基因的单核苷酸多态性研究

对高繁殖力绵羊品种(湖羊)和低繁殖力绵羊品种(陶赛特、特克赛尔和哈萨克)促性腺激素释放激素受体(GnRH-R)基因的5′非翻译区、外显子1和外显子2部分序列进行了PCR-SSCP分析,结果发现在5′非翻译区发生3处碱基突变(552T→G、653C→G、654G→A);在第二外显子区发生1处碱基突变(230G→C),该突变导致了第66位氨基酸的改变(精氨酸→丝氨酸)。并对这4个位点在4个绵羊品种间的基因频率进行了初步分析:对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、陶赛特羊和特克塞尔羊中,仅在哈萨克羊中检测到CC基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到DD基因型;DE基因型只出现在湖羊和哈萨克羊中;仅在湖羊中检测到EE基因型。     

藏猪肌肉生长抑制素基因外显子1的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了藏猪肌肉生长抑制素(MSTN)基因的单核苷酸多态性.根据GeneBank上猪MSTN基因全序列设计的两对引物,扩增了MSTN基因完整的外显子1,经SSCP分析,只有P1扩增产物存在多态性,表现为3种基因型(AA、AC和CC),A和C两种等位基因的频率分别为46.88%和53.12%.测序分析发现,CC型与AA型相比在MSTN基因编码区的第71bp处有一个A→C的单碱基突变,该突变导致编码的第24位氨基酸由天冬酰胺改变为苏氨酸.     

山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子多态性研究

[目的]对青藏高原海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性进行研究。[方法]采用PCR-SSCP技术检测海东鸡CAPN3基因第1外显子的多态性。[结果]海东鸡CAPN3基因第1外显子存在c.223GA的错义突变,对应2种等位基因G和A,等位基因G为优势等位基因;该群体CAPN3基因检测区域0.25PIC≤0.5为中度多态,且偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。[结论]该研究为海东鸡功能基因的分子遗传研究提供了基础资料。     

CBG基因外显子Ⅱ SNPs对猪背膘厚和肌肉颜色的影响

本试验采用PCR-SSCP检测方法研究猪CBG基因外显子Ⅱ在金华×皮特兰F2资源家系猪群中的DNA多态性,发现了3 种基因型(GG CC、GG CG和AA GG).对纯合子个体测序检测,发现在CBG基因第二外显子内存在2个多态位点(G149A和G157C),其中G149A位点的单核苷酸替换导致CBG基因相应位置编码的氨基酸发生变化,由缬氨酸(Val)变为异亮氨酸(Ile).对金华×皮特兰F2资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌肉颜色的遗传效应,结果显示:GG CC基因型猪的6~7肋骨背膘厚以及a﹡值分别比AA GG基因型猪的高0.31 cm和0.73 cm,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的b﹡值分别比AA GG基因型和GG CG基因型猪的高0.66和0.93,差异显著(P＜0.05);GG CG基因型猪的c﹡值分别比GG CC基因型和AA GG基因型猪的高6.57和7.40,差异显著(P＜0.05);GG CC基因型猪的h﹡值比AA GG基因型猪的低4.58,差异显著(P＜0.05).     

绵羊BMP15基因FecXL突变的检测

【目的】旨在寻找与产羔数相关的遗传标记,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Lacaune绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bonemorphogenetic protein15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-SSCP方法在绵羊(Ovisaries)高繁殖力品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力品种(多赛特、特克塞尔、考力代、杜泊、南非肉用美利奴和中国美利奴绵羊)中检测BMP15基因的FecXL突变,同时研究该基因突变对小尾寒羊和湖羊高繁殖力的影响。【结果】这8个绵羊品种都没有发生与Lacaune绵羊相同的FecXL突变(C53Y)。【结论】BMP15基因中影响Lacaune绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力都没有显著影响。     

BMPR-IB基因作为多浪羊高繁殖力候选基因的研究

[目的]以骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因作为多浪羊的高繁殖力候选基因,研究该基因对多浪羊产羔性状的影响.[方法]采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测多浪羊BMPR-IB基因的单核苷酸多态性;用最小二乘法分析不同基因型与产羔数的相关性;并对基因型纯合个体进行测序.[结果]BMPR-IB基因在多浪羊中存在三种基因型即野生型++、突变杂合型B+和突变纯合型BB;基因型频率分别为0.741、0.254和0.005;B和+等位基因频率分别为0.132和0.868.BB基因型与++基因型相比在BMPR-IB基因编码区第746位碱基处发生了和Booroola绵羊相同的突变(A→G).B+基因型的平均产羔数比++基因型多0.51只(P<0.01),差异极显著.[结论]BMPR-IB基因是影响多浪羊多胎性状的一个主效基因,可作为一个分子标记用于多浪羊的选育.     

五种牛THRSP基因部分第一外显子序列PCR-SSCP多态性研究

THRSP基因是调节动物脂肪生成的重要基因.试验利用PCR-SSCP和DNA测序方法对秦川牛(QC)、夏南牛(XC)、南阳牛(NC)、郏县红牛(JRC)、鲁西牛(LC)共644头牛的THRSP基因部分第一外显子序列进行遗传多样性分析.结果发现存在两个突变位点:40bpC/T和78bpA/G;四种基因型:AA,AB,BB,AC;五种牛A,B,C基因的频率分布一致.从位点间杂合度来看:QC>XC>LC>NC>JRC;从位点间多态信息含量看:QC属于高度多态(PIC>0.5),XC,LC,NC,JRC属于中度多态(0.25相似文献