不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1～A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1～B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox1基因的Gst、Fs...     

湖南湘西地区鸡蛔虫遗传多样性及种系发育关系研究

为研究湖南省湘西地区鸡蛔虫的遗传多样性及种系发育关系,试验以采集于湖南省湘西自治州20条鸡蛔虫为研究对象,采用PCR扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ(Cytochrome c oxidase subunit Ⅲ,cox3)和核糖体18S rRNA的部分序列。结果显示:PCR扩增获得的鸡蛔虫cox3、18S rRNA基因序列的长度分别为399 bp、637 bp,种内差异分别为0～1.5%、0～1.6%,种间差异分别为13.0%～40.1%、5.18%～61.38%;构建了基于cox3、18S rRNA基因序列的种系发育树,来自于湖南省湘西地区的鸡蛔虫均处于发育树的同一分支上。研究表明来自于湖南湘西地区的鸡蛔虫间尽管存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近。     

怀化地区犬瘟热病毒H、F基因遗传多样性及其遗传进化分析

【目的】探究怀化地区犬瘟热病毒的基因变异与遗传多样性情况,阐明其遗传进化关系。【方法】从怀化地区收集30株犬源犬瘟热病毒样本,用PCR法扩增其H、F基因序列。利用DNAStar软件分析H、F基因序列碱基组成;利用Clustal X、MegAlign软件进行变异位点和遗传多样性分析;运用Clustal X、PhyML 3.0软件,采用最大似然法(ML)对怀化地区犬瘟热病毒进行遗传进化分析,并用FigTree v 1.3.1软件构建遗传进化树。【结果】30株怀化地区犬瘟热病毒均为Asia-Ⅰ型,其H、F基因序列长度分别为1 778和1 850 bp,其AT含量分别为56.8%～57.9%和54.9%～56.1%,GC含量分别为42.2%～43.0%和44.1%～44.9%。H基因的种内差异为0～3.1%,种间差异为51.36%～60.15%;F基因的种内差异为0～2.4%,种间差异为39.60%～53.09%。基于H、F基因序列所构建的遗传进化树发现,来源于怀化地区的30株犬源犬瘟热病毒全部位于遗传进化树的同一分支上。【结论】来源于怀化地区犬瘟热病毒之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性...     

陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系分析

为了调查陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况，并研究其基因变异、遗传多样性及种系发育关系，试验采用饱和盐水漂浮法对采自该地区的402份犬粪便进行虫卵检查，利用IBM SPSS Statistics 22软件对虫卵检测数据进行统计和分析，并采用χ²检验分析各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的差异性；PCR扩增犬弓首蛔虫的cox1、18S rRNA基因序列并测序；运用Clustal X与DNAStar软件分析2个基因的碱基组成与遗传多样性；运用Clustal X及PhyML 3.0软件分析犬弓首蛔虫的种系发育关系。结果表明：陕西省榆林地区犬对弓首蛔虫的总感染率为20.65%,其中宠物犬的感染率为8.42%,而流浪犬的感染率为33.00%,各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的情况存在一定差异；cox1基因序列长度为1 044 bp, A+T含量为61.5%～62.2%,G+C含量为37.8%～38.5%,种内差异为0～1.3%,种间差异为9.87%～14.37%;18S rRNA基因序列长度为598 bp, A+T含量为50.0%～50.5%,G+C含量为49.5%～50.0%,...     

陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA与ITS-2序列分析及种系发育关系研究

为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系，试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品，PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列，测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析，计算A、T、G和C的含量，并对这两个基因的遗传多样性进行分析，比较其种内、种间差异，构建种系发育树。结果表明：测序所获得的鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的长度分别为637,350 bp;其中18S rRNA基因序列的A、T、G和C的含量分别为24.5%～25.2%、26.1%～26.4%、28.3%～28.7%和20.3%～20.9%,A+T含量为50.6%～51.6%,G+C含量为48.6%～49.6%,种内差异为0～1.6%;与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为5.18%～61.38%;ITS-2基因序列中的A、T、G和C的含量分别为28.9%～29.1%、38.0%～38.6%、19.1%～19.7%与12.9%～13....     

基于cox3基因分析蛇源裂头蚴种系发育关系

为分析野生蛇源裂头蚴与其它绦虫的种群遗传关系,本研究采集湖南省8个地区野生蛇肌肉中的裂头蚴,采用PCR方法对其线粒体cox3基因序列进行扩增、测序及分析。结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株cox3基因核苷酸部分序列长度均为342 bp,其cox3基因核苷酸同源性为98.2%～100.0%,种内遗传差异性为0～1.8%,与其它科绦虫cox3基因核苷酸同源性为63.4%～73.9%,种间遗传差异较大,为26.1%～36.6%。cox3基因的系统进化分析结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,与其它绦虫所属分支相隔较远。上述结果表明,蛇源裂头蚴线粒体cox3基因序列种内差异远低于种间差异,可以作为研究蛇源裂头蚴种系遗传变异的分子标记。本研究为蛇源裂头蚴的分子流行病学及其群体遗传研究奠定了基础。     

不同地区褐黄血蜱的基因变异及遗传进化分析

为探究不同区域褐黄血蜱的基因变异情况及其遗传进化关系，试验以采集自湖南、河南省的20只褐黄血蜱为研究对象，通过PCR扩增其内转录间隔区Ⅱ（ITS-2）和烟酰胺脱氢酶亚基Ⅰ（nad1）基因序列，并对所获序列进行基因变异分析；在所获ITS-2和nad1基因序列的基础上，对不同地区褐黄血蜱的遗传进化关系进行分析，并利用ITS-2和nad1基因序列分别构建褐黄血蜱的系统进化树。结果显示，褐黄血蜱ITS-2基因序列长度均为1 160 bp，nad1基因序列长度均为285 bp；两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种内差异分别为0~1.9%和0~0.4%；湖南省褐黄血蜱的种内差异分别为0~1.4%和0~0.4%，而河南省的种内差异分别为0~1.2%和0~0.4%；两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种间差异分别为37.0%~52.0%和13.6%~24.8%。系统进化树结果显示，所有来自于两省的褐黄血蜱共处于同一分支上。结果表明，来自于两省的褐黄血蜱之间均存在基因变异的现象，但湖南省褐黄血蜱的基因变异程度和遗传多样性均高于河南省；两省褐黄血蜱之间的亲缘关系较近，暗示两省褐黄血蜱之间有基因交流，未出现遗传分化。     

牛泰勒虫18S rRNA基因序列比较研究

作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株(包括4株环.形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫)的18S rRNA基因序列进行了测定,并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种泰勒虫18S rRNA基因序列构建了系统发生树.结果显示;牛的3种泰勒虫18S rRNA基因大小在1 740～1890 bp,并有规律地分布于3个不同的进化枝上,且种内地方分离株之间的同源性明显大于种间同源性,说明采用18S rRNA基因序列测定方法对牛的泰勒虫进行分类与传统分类方法具有较好的符合性.该研究也可为建立针对18S rRNA基因为靶标的牛的泰勒虫病PCR检测方法奠定基础.     

多头带绦虫湖南分离株核糖体18S基因系统进化分析

为阐明多头带绦虫湖南分离株核糖体小亚基(18S rRNA)基因序列的遗传变异情况,并用18S序列构建多头带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。利用PCR技术扩增多头带绦虫的18S基因,应用Clustal X1.81程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示:所获得的18S基因序列长度一致,均为1 080 bp,基因序列存在一定的遗传差异。种系发育分析结果显示,所有的多头带绦虫分离株与已知多头带绦虫位于同一分支。多头带绦虫18S基因序列种内相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为多头带绦虫的群体遗传研究奠定基础。     

湖南省珍稀雉类组织滴虫核糖体18S rRNA系统进化分析

为分析珍稀雉类组织滴虫核糖体18S rRNA序列遗传变异情况,并利用18S rRNA序列分析组织滴虫与其他原虫的种群遗传关系,应用PCR技术扩增珍稀雉类异刺线虫体内组织滴虫核糖体18S rRNA基因序列,并进行测序与分析。结果表明:异刺线虫雄虫与异刺线虫雌虫体内均含有火鸡组织滴虫,且9个组织滴虫分离株核糖体18S rRNA序列片段大小基本一致,约为590 bp,各分离株之间核糖体18S rRNA序列同源性均高于99.4%,与Gen Bank中收录其他原虫相应序列同源性均低于66.8%;通过建立NJ系统发育树,9个组织滴虫分离株与Gen Bank收录的火鸡组织滴虫位于同一分支,得到明显的鉴定。核糖体18S rRNA序列种内相对保守,但种间差异明显,可作为火鸡组织滴虫的种间遗传变异研究的分子遗传标记。     

一株貉子源毛滴虫的分离鉴定

为进一步鉴定从河北秦皇岛地区腹泻貉子的盲肠中新分离得到的一株毛滴虫,本研究分别对其进行了分离与体外培养、形态学观察及18S rRNA和ITS1-5.8S rRNA-ITS2基因序列相似性分析。形态学观察结果表明从貉子体内分离的毛滴虫具有4根前鞭毛和一根独立鞭毛,为人五毛滴虫形态结构。18S rRNA和ITS1-5.8SrRNA-ITS2基因序列与GenBank中登录的人五毛滴虫基因序列的相似性均为99%。基于18S rRNA和ITS1-5.8SrRNA-ITS2两种基因构建系统进化树,结果显示本研究从貉体内分离的毛滴虫与人五毛滴虫处于同一进化分支,亲缘关系较近。综合以上鉴定结果表明本研究从秦皇岛地区貉子体内所分离的这株毛滴虫为人五毛滴虫。由此推断貉子毛滴虫病可能由人体内的毛滴虫感染所致。     

仔猪12种致病菌的16 S rRNA分析

研究仔猪12种致病菌的16 S rRNA基因序列,分析其亲缘关系,为设计其16 S rRNA基因的诊断探针提供理论依据.从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库中下载332条仔猪12种致病菌的16S rRNA基因序列,应用双序列比对和构建系统进化树的方法对这些序列进行种内分析,选出每种细菌的代表序列,再对代表序列用同法进行种间分析,并将种间分类结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类结果进行比较.从每种细菌的数据库中选出一条接近16 S rRNA基因序列全长,与同种其他序列的核苷酸替代率差异较小的序列为该种细菌的代表序列,进行种间16 S rRNA基因序列系统进化分析,结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类基本一致.该16 S rRNA基因的系统进化分析所提供的信息将用于下一步针对这12种致病菌的16 S rRNA基因诊断探针的设计.     

东北虎源蛔虫线粒体cox1基因序列进化分析研究

为了解东北虎源蛔虫与其他蛔虫的种群遗传关系,本研究对湖南省长沙生态动物园东北虎粪便中采集的蛔虫成虫的线粒体DNA中细胞色素I(cox1)基因序列进行扩增,将测序结果与GenB ank中登录的其他蛔虫cox1序列进行对比及种系发育树分析。结果显示,来自长沙生态动物园7个东北虎蛔虫样品cox1序列长度基本一致,为413 bp~414 bp,与猫弓首蛔虫同源性最高,达98.4%以上,而且系统进化分析显示所有样品均与猫弓首蛔虫位于同一分支。该结果表明,pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,因此可以作为猫科弓首蛔虫的种间遗传变异研究的分子遗传标记,从而为蛔虫的群体遗传研究奠定了基础。     

几种拟地新线虫种间及种内线粒体lsrRNA及cox1基因的多态性

对来自世界各地的拟地新线虫共6个种的线粒体基因lsrRNA及cox1序列进行了PCR-SSCP和序列分析。结果显示，lsrRNA基因序列在拟地新线虫种内、种间的变异都比较小，不能提供准确的遗传标记。但cox1基因序列种间变异为0．5％～12.2%，比种内变异（1％～1．7％）大，能提供准确的遗传标记，可用于拟地新线虫姊妹种的鉴定。这些发现有助于拟地新线虫的生活史、传播途径、流行病学、种群遗传学的研究和其相关疾病的诊断。     

猕猴源毛滴虫的鉴定

本试验旨在通过形态学观察及基于18S rRNA和5.8S rRNA基因序列分析鉴别导致猕猴腹泻的肠道内毛滴虫,收集腹泻猕猴的新鲜粪便样本,经直接涂片、碘液染色后镜检观察寄生虫虫体形态;提取粪便总DNA,针对三毛滴虫18S rRNA和五毛滴虫5.8S rRNA基因序列设计特异性引物进行PCR扩增,对测序结果进行序列比对与进化树构建。形态观察结果显示,毛滴虫呈梨形或近似卵圆形,滋养体前鞭毛2～5条,后鞭毛1条;三毛滴虫18S rRNA和五毛滴虫5.8S rRNA序列PCR扩增仅获得18S rRNA基因序列,18S rRNA测序结果与GenBank中公布的来自犬的胎儿三毛滴虫序列的相似度高达97.2%。利用形态观察和分子生物学分析确认来自猴源的毛滴虫为猕猴源三毛滴虫。本试验结果对猕猴肠道寄生虫的鉴定与分析具有重要的临床诊断意义。     

保定地区奶牛源隐孢子虫的分离与基因鉴定

为了解保定地区奶牛源隐孢子虫感染情况,从当地3个奶牛场随机采集145份奶牛粪便经饱和蔗糖溶液漂浮后直接镜检和抗酸染色后镜检,阳性样品采用PCR方法扩增18S rRNA基因,同时将扩增出的目的片段进行克隆和序列分析,并将分离株与其他11个隐孢子虫参考株的18S rRNA序列进行比对和遗传距离比较。结果表明:有10份粪便样本为隐孢子虫阳性,感染率为6.9%(10/145),不同奶牛场、年龄段奶牛隐孢子虫感染率有显著性差异(P0.05)。10份粪便样品采用PCR方法扩增后有7份为18S rRNA基因阳性,扩增出的18S rRNA部分基因片段长528 bp。保定地区隐孢子虫分离株扩增的基因序列与牛源隐孢子虫18S rRNA基因序列(Gen Bank登录号为HQ179571)同源性最高,确定保定地区分离到的奶牛源隐孢子虫为牛隐孢子虫。     

金丝猴毛首线虫线粒体cox1基因序列分析

为阐明金丝猴毛首线虫线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基（cox1）基因部分（pcox1）序列的遗传变异情况,以长沙生态动物园金丝猴体内分离的毛首线虫作为研究对象,根据cox1序列构建其与其他毛首线虫的进化发育关系。使用PCR方法扩增金丝猴毛首线虫线粒体cox1,然后将所测得的序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,最后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。结果显示,本实验扩增获得的6条毛首线虫分离株cox1序列长度一致,均为411 bp,种内变异为0。种系发育分析结果表明,这6条毛首线虫分离株位于同一分支。鉴于金丝猴毛首线虫的cox1基因种内保守,而种间差异大（24.0%~34.1%）,因此可以作为种间鉴定检测研究的遗传标记。本研究结果为进一步研究金丝猴毛首线虫的群体遗传结构奠定了基础。     

应用16S rRNA基因序列鉴定柞蚕空胴病病原菌

20世纪70年代末,采用形态分类学方法,将引起柞蚕空胴病的致病菌鉴定为柞蚕链球菌(Streptococcus pernyi sp.nov)。分别提取已分离柞蚕空胴病的5株病原菌株的基因组DNA,PCR扩增16S rRNA基因片段,经克隆、测序后,与GenBank中登录的相关肠球菌、链球菌菌株的16S rRNA基因序列进行同源性比对并构建系统进化树。结果表明,供试的5株菌株的16S rRNA基因序列相似性在99.5%～99.9%之间,相互之间存在着10个可变位点,推测5株菌株属于同一个菌种;5株菌株的16S rRNA基因序列与肠球菌属(Enterococcus)16S rRNA基因序列的相似性较高,在92.4%～99.8%之间,而与链球菌属(Streptococcus)16S rRNA基因序列的相似性相对较低,在87.3%～87.8%之间;5株菌株与肠球菌属在系统进化树上聚为一类。基于菌株的16S rRNA基因序列分析,鉴定柞蚕空胴病的病原菌应归属于肠球菌属。     

新疆部分地区羊泰勒虫病的流行情况调查

为了解新疆地区羊泰勒虫的感染情况,本研究在新疆阿勒泰地区、巴州地区和哈密地区随机采集山羊和绵羊血样(679份),对其进行18S rRNA PCR检测及其基因序列比对分析。结果显示,新疆阿勒泰地区、巴州地区和哈密地区羊泰勒虫病阳性率分别为23.3%(63/270)、7.63%(12/163)和5%(12/246),且均为绵羊泰勒虫病;基于18S rRNA基因序列比对分析,显示分离的虫株与新疆喀什、土耳其分离的虫株同源性为99.8%;系统发育进化树分析显示,分离株同喀什株、土耳其株、伊拉克株进化关系一致,与坦桑尼亚株、苏丹株、法国株、西班牙株进化关系相差较远。本试验结果表明,新疆阿勒泰地区、巴州地区及哈密地区均存在绵羊泰勒虫的感染情况,本研究结果为新疆羊泰勒虫病综合防控奠定基础。     

长沙市黑斑蛙蛔虫pcox1基因的扩增及序列分析

为研究长沙市黑斑蛙蛔虫分离株的线粒体DNA pcox1序列的遗传变异情况,并分析黑斑蛙蛔虫cox1部分序列与其它蛔虫的种群遗传关系。利用PCR扩增黑斑蛙蛔虫mtDNA的pcox1片段,将PCR扩增出的片段纯化后测序,并对其序列进行分析。结果显示所获得的4株cox1序列长度存在一定差异,为400～410 bp。由于黑斑蛙蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的分子标记。本研究报道的黑斑蛙蛔虫cox1序列,为黑斑蛙蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。