霍尔多巴吉鹅源小鹅瘟病毒VP3基因的克隆及序列分析

采用聚合酶链式反应(PCR)方法对国内霍尔多巴吉鹅源小鹅瘟病毒分离株(GPV-H)的结构蛋白VP3基因进行扩增,将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序.结果表明,GPV-H株VP3的核苷酸序列全长1 605 bp,编码534个氨基酸,与GenBank发表的13株小鹅瘟病毒VP3相比,核苷酸同源性在92.5％～98.9％之间.通过基因进化树分析可以看出,GPV-H株与波兰和匈牙利分离到的5株病毒亲缘关系较近.     

小鹅瘟病毒H株VP3基因序列分析

试验利用PCR技术从自行分离的GPV基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段,并与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α感受态细胞,提取重组质粒经PCR和酶切鉴定后,对插入片段进行序列测定及分析。结果表明,VP3基因全长1605 bp,编码534个氨基酸;分子生物学分析表明所分离到的病毒为强毒株。     

鹅细小病毒国内分离株主要结构蛋白（VP2—VP3）基因的克隆和序列分析

根据国外已发表的鹅细小病毒（GPV）A株基因组核苷酸序列设计了一对引物，对国内两株鹅细小病毒毒株（GPV CC株）和（GPV FS株）主要结构蛋白（VP2－VP3）基因进行PCR扩增，并克隆到pCR3.1T载体,分别获得正向，反向连接重组持粒PVPC1，PVPC2和PVPF1，PVPF2，经酶切鉴定选出阳性克隆质粒并进行核苷酸序列分析比较，序列分析结果表明：GPV CC株和GPV FS株VP2－VP3的核苷酸大小分别为1764bp和1763bp，其中GPV CC株与A株同源性达到98．9％，GPV FS株缺失一个碱基，与A株同源性为93．5％，与GPV CC株同源性为93％。     

鹅细小病毒安徽分离株NS和VP基因的克隆及序列分析

为研究安徽省鹅细小病毒（goose parvovirus,GPV）的遗传变异特征,本研究通过PCR扩增获得GPV基因AH,并与天鹅、番鸭、雁鹅等宿主的GPV相应基因序列进行了比对。序列分析可见,AH基因包括完整的NS和VP基因,长度分别为1 884和2 199 bp,分别编码2个非结构蛋白和3个结构蛋白。遗传进化分析显示,安徽分离株AH基因与重庆分离株毒株RC16及安徽分离的强毒株Y、E、Yan-2等基因序列的遗传距离较近;而与安徽分离的鸭源细小病毒株DS15和匈牙利分离株Virulent B,尤其是与疫苗株SYG61v遗传距离较远。同源性分析结果表明,AH-NS基因与毒株RC16核苷酸序列同源性最高,为99.6%;与疫苗株SYG61v同源性最低,为94.3%;AH-VP基因与毒株RC16的核苷酸序列一致,而与毒株DS15同源性仅为95.2%。安徽GPV AH基因序列与强毒株的基因位点一致,在VP3基因的第797、1 141、1 144、1 169和1 185 bp处分别为G、A、G、C、T,结合该毒株引发疾病的严重程度,符合高致病力毒株特点。本试验结果表明,GPV同源性普遍较高,宿主范围较广泛,对不同品种水禽均有较强的侵染力。     

小鹅瘟病毒VP3基因的原核表达

根据GenBank已发表的小鹅瘟病毒B株基因序列,设计并合成1对特异性引物,经PCR扩增得到了1 457 bp的目的片段,并将该片段克隆至pMD-18T simple载体中,再将其亚克隆至原核表达载体pGEX-4T-1中,构建重组表达质粒pGEX-VP3.经0.1 mmol/L IPTG诱导,目的蛋白在大肠杆菌中得到表达.Western-blot分析表明,该蛋白具有良好的反应原性.为开发相应的基因工程疫苗奠定了理论基础.     

鸭瘟病毒GD株TK、dUTPase和PK基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸭瘟病毒(DPV)TK、dUTPase、PK基因序列,设计合成了3对特异性引物,对DPV GD株的3个基因进行PCR扩增,产物克隆至PTA2载体并进行测序。结果表明,TK基因ORF全长为1 077 bp,编码358个氨基酸;dUTPase基因ORF全长为1 344 bp,编码447个氨基酸;PK基因ORF全长为1 158 bp,编码385个氨基酸。与GenBank上其他DPV毒株的同源基因进行比较,TK基因核苷酸的同源性为99.5%～100%,氨基酸同源性为98.9%～100%;dUTPase基因核苷酸的同源性为99.9%,氨基酸同源性为99.8%;PK基因核苷酸的同源性为99.8%～100%,氨基酸同源性为99.7%～100%。这表明TK、dUTPase、PK基因在DPV基因组中高度保守,为构建DPV基因缺失转移载体奠定了基础。     

鹅细小病毒H1株VP2基因的克隆和序列分析

参考GenBank发表的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列，设计并合成一对引物，采用PCR方法对国内鹅细小病毒分离株H1(GPV-H1)株的结构蛋白VP2基因进行扩增，将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序。结果表明：H1株VP2的核苷酸序列全长1764bp，编码587个氨基酸，与GenBarrk发表的GPV-B株、GPV-SHM株、GPV-YG株、番鸭细小病毒(MDPV)FRANCE株、FM株的VP2相比，核苷酸同源率分别为98．6％、96．2％、93．2％、80．3％、80．0％，推导氨基酸序列同源率分别为98．3％、97．5％、96．1％、88．2％、87．4％。     

鹅细小病毒主要结构蛋白VP3基因的克隆与序列分析

将GPV H2分离株接种于13日龄非免疫鸭胚，收集接毒后3－7日死亡鸭胚的尿囊液。纯化病毒，通过PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，经酶切鉴定后直接与pMD 18-T质粒载体连接，转化感受态大肠杆菌TG1。提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。结果表明；鹅细小病毒H1分离株VP3基因全长1605bp,编码534个氨基酸，与国外已发表的鹅细小病毒B株核苷酸序列同源性为98．5％，氨基酸序列同源性为98．3％，表明这二个毒株亲缘关系相近。     

1株小鹅瘟病毒的分离与鉴定

自山东省某鹅场病死鹅组织病料中分离到1株小鹅瘟病毒,命名为SD株。对其进行了PCR检测、电镜观察、回归动物试验和特异性鉴定。结果表明,该分离株的VP3基因扩增片段为436 bp,与小鹅瘟病毒基因序列同源性达到95%以上;病毒形态与小鹅瘟病毒基本一致;鹅胚尿囊液毒肌肉接种4日龄雏鹅10日内80%死亡,死亡雏鹅剖检主要病变为肿大,表面有坏死斑,十二指肠肠腔膨大,肠道黏膜脱落。该分离株的确定为小鹅瘟的精准防控提供了依据。     

猪伪狂犬病病毒NP株gE、gI基因的克隆及序列分析

根据GenBank中已发表的猪伪狂犬病病毒(PRV) gE、gI基因的序列设计了2对引物,对PRV NP株的gE、gI基因进行了PCR扩增、回收、克隆、测序,测序结果与预期的PRV gE、gI基因片段相符。同源性比对分析结果显示,PRV NP株gE、gI基因推导的氨基酸序列与国内分离的PRV毒株的同源性分别为95.7%~99.8%、89.9%~99.5%。遗传进化树分析和氨基酸序列比对结果发现PRV NP株的gE氨基酸序列发生变化的位点与2012年国内分离到的PRV流行株相同,从而推测NP株为PRV变异毒株,本研究为PRV的流行病学调查分析奠定了基础,也为开发科学、有效的新型猪伪狂犬病(PR)疫苗提供科学依据。     

Cloning and Sequence Analysis of gE and gI Genes of Pseudorabies Virus NP Isolate

According to published gE and gI gene sequences of pseudorabies virus (PRV) in GenBank, we designed two pairs of primers for PCR amplification of gE and gI genes of PRV NP isolate, after PCR products recycling, cloning and sequencing, the sequencing results were consistent with expectations of PRV gE and gI genes.Homology comparison analysis results revealed that compared with the domestic PRV strains, the homologies of gE and gI amino acids of PRV NP isolate were 95.7% to 99.8% and 89.9% to 99.5%, respectively.Phyogenetic tree analysis and amino acid sequence alignment results found that the gE amino acid sequence site changes of PRV NP isolate were the same with the PRV strains which were isolated from domestic in 2012, thus we could speculate that PRV NP isolate had mutanted.This study had laid the foundation for the epidemiological investigation and analysis of PRV, also provided the scientific basis for the development of scientific, effective and new pseudorabies vaccine.     

鹅细小病毒河北流行株HBZF07 NS1基因的克隆与序列分析

鹅细小病毒HBZF07株经13日龄鹅胚增殖后收集尿囊液,提取病毒基因组总DNA,采用PCR方法,一次性扩增出与预期大小相符的特异性条带.将扩增产物提纯回收后克隆入pMD18-T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,对阳性克隆进行了序列测定和序列分析.测序后拼接的基因长1 892 bp,包含完整的NS1开放阅读框(1 884 bp),编码623个氨基酸.与GenBank中其它毒株的NS1基因核苷酸序列相比,同源性分别为DY(EF515837)98.4%,与B(GPU25749)为99.2%,与HG5/82(AY506546)为93.9%,与YG(AF416726)为93.9%,与SHM319(GPU34761)为97.0%.     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N、M基因的克隆与序列分析

为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。     

小鹅瘟病毒的分离鉴定与临床病变观察

从患病雏鹅的病料样本中分离鉴定出一株小鹅瘟野毒。采用鹅胚扩增病毒。以琼脂扩散试验从感染鹅胚尿囊液中检出小鹅瘟病毒抗原,用感染鹅胚尿囊液人工接种8日龄健康雏鹅,雏鹅表现出典型的小鹅瘟临床症状和剖检特征。     

Cloning and Sequence Analysis of N and M Genes of Avian Infectious Bronchitis Virus Guangxi Strain

To investigate genetic variation of avian infectious bronchitis virus (IBV) in Guangxi province,one strain of IBV was isolated from chicken.Two pairs of primers for amplifying the N and M genes of IBV were designed according to the sequences in GenBank.The N and M genes of the strain were amplified by RT-PCR,and they were proved to be the N and M genes of IBV by cloning,sequencing and compared with reference IBV strains published in GenBank.The results showed that the N gene from the IBV isolate consisted of 1 230 bp,coding 409 amino acids.The M gene from the IBV isolate consisted of 678 bp,coding 225 amino acids.The sequence analysis of N gene showed that it shared 87.2% to 93.3% nucleotide homologies and 90.0% to 94.4% deduced amino acid sequence homologies with IBV strains from GenBank.The M gene sequence analysis showed that it shared 83.6% to 91.0% nucleotide homologies and 82.7% to 92.9% deduced amino acid sequence homologies.The phylogenetic tree analysis showed that it was closely related to BJ and LX4 strains,and were clustered into one group;But with the distant relatives from other strains of IBV.These results suggested that the isolate was a new variant of IBV.     

鹅细小病毒VP1与VP3非重叠序列的克隆与原核表达

根据鹅细小病毒GPVH1株基因组核苷酸序列设计了一对引物，对其结构蛋白VP1与VP3非重叠核苷酸序列进行PCR扩增，并克隆到表达性载体pGEX-6p-1，经酶切鉴定筛选出阳性克隆，并转化到大肠杆菌BL21(ED3)plysS进行原核表达，并用SDS—PAGE鉴定，结果表明融合蛋白在表达性细菌BL21中重获得了高效表达。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

动物蓝舌病毒L2基因克隆及序列分析比较

对 15株中国动物蓝舌病毒血清 1型 (BTV- 1)野毒株及 1株弱毒疫苗株 L 2基因进行了克隆和测序 ,并进行了系统进化分析。中国 BTV- 1型毒株分为 2个组 :分离年代最早的 Y86 3毒株 (1979年 )为 组 ;1996年以后分离的 14株毒株为 组。 2组之间的同源性是 91.6 %。 组又分为 4个谱系 ,疫苗株 Vac F45与原始株 V6 5 8分别属于 组的第 1和第 3谱系 ,核苷酸同源性 98.6 %。由此表明 ,中国 BTV- 1型毒株在自然进化及鸡胚传代驯化过程中 ,L2基因发生了遗传变异。