副猪嗜血杆菌OMP5 基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank 上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5 基因的核苷酸序列,设计1 对特异性引物,对贵州省HPS 分离株OMP5 基因进行扩增。结果表明所扩增的OMP5 基因的长度为1116 bp,与SH0165 株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为100%。生物信息学分析结果表明,OMP5 基因所编码的外膜蛋白P5 的理论等电点pI为9.34,不稳定系数为20.44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83.94,总体平均亲水性为-0.172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21 个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21～22 个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。     

副猪嗜血杆菌OMP5基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5基因的核苷酸序列,设计1对特异性引物,对贵州省HPS分离株OMP5基因进行扩增。结果表明所扩增的OIvIP5基因的长度为1116bp,与SH0165株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为lOO％。生物信息学分析结果表明,OMP5基因所编码的外膜蛋白P5的理论等电点pl为9．34不稳定系数为20．44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83．94,总体平均亲水性为-0．172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21～22个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。     

副猪嗜血杆菌丝氨酸蛋白酶基因的克隆及生物信息学分析

为研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)丝氨酸蛋白酶(espP)作为疫苗候选抗原的可能性,根据GenBank中Hps espP基因(登录号:HAPS_1381)设计引物,以Hps血清11型(H456)菌株的DNA为模板,PCR扩增目的基因并测序。将该基因核苷酸序列翻译成氨基酸序列后,对Hps espP蛋白的信号肽、亲水性区域和B细胞抗原表位进行预测,并预测了该蛋白C端的3D结构。结果显示,Hps espP基因序列全长2 343 bp,共可编码781个氨基酸,其中氨基酸序列的1—23位预测为信号肽。Hps espP蛋白含有12个亲水性区域,并预测含有12个B淋巴细胞抗原表位。构建Hps espP蛋白3D结构显示,该蛋白C端是由12个β折叠层围成的桶状结构。本试验为进一步研制新型副猪嗜血杆菌Hps espP蛋白多肽疫苗奠定基础。     

副猪嗜血杆菌OMP2基因的克隆及蛋白结构预测

根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌（HPS）全基因组序列中的外膜蛋白OMP2基因的核苷酸序列,利用Premier Primer5.0和Oligo6.0软件设计1对特异性引物,对从贵州省分离的HPS的OMP2基因进行扩增、克隆、测序和生物信息学分析。测序结果比表明,扩增的HPS分离菌株目的基因长度为1092bp,共编码363个氨基酸,与GenBank上公布的SH0165株（NC₀11852）中对应的核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸同源性100%。生物信息学分析结果表明,OMP2外膜蛋白的分子质量为39087.45Daltons,理论等电点pI为9.21,不稳定系数为16.73,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为70.63,总体平均亲水性为-0.494,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈散在分布,有8个主要的抗原表位;OMP2外膜蛋白序列最前端的19个N-末端氨基酸残基为信号肽序列,最佳切割位点在19～20个氨基酸,且信号肽区域主要为疏水性氨基酸;该蛋白无跨膜区;预测OMP2外膜蛋白可能含有4个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、8个蛋白激酶C磷酸化位点、7个酪蛋白激酶II磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、9个N-肉豆蔻酰化位点。     

副猪嗜血杆菌病

副猪嗜血杆菌病是由副猪嗜血杆菌引起的一种以纤维素性浆膜炎、多发性关节炎、胸膜炎和脑膜炎为特征的猪呼吸道传染病,严重危害各年龄段的猪群,病死率较高。近年来,该病成为危害全球养猪业的典型细菌性痰病,给养猪业造成了巨大的经济损失。为了全面地了解副猪嗜血杆菌病,就该病的病原学、流行病学、致病机理、诊断和防治等方面做以下综述。     

副猪嗜血杆菌OmpP2基因的克隆及生物学信息分析

为了研究副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中HPS OmpP2基因的DNA序列设计引物,以HPS血清13型江西分离株的基因组为DNA模板,利用PCR扩增OmpP2基因,并将其克隆到pMD18-T载体,进行测序及生物信息学分析。结果表明,此序列编码364个氨基酸,与GenBank上登录的OmpP2序列核苷酸同源性为98.7%~100%,其中与湖北F641株的同源性最高,达到100%;蛋白质的分子理论值为39.14ku,理论等电点为9.14;第1位~第20位氨基酸残基组成信号肽,属于分泌型蛋白;所编码的蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。研究获得了HPS OmpP2基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

副猪嗜血杆菌研究进展

副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)是一种存在于上呼吸道的共栖菌,可以引起猪的传染性多关节炎、多浆膜炎,近十年来给养猪业造成了严重的经济损失。本文就有关副猪嗜血杆菌的病原学、诊断防治等方面的情况做进一步介绍。     

副猪嗜血杆菌病的诊断与治疗

副猪嗜血杆菌病是由副猪嗜血杆菌感染所致，目前已成为严重危害养猪业健康发展的主要细菌性传染病。临床自然感染病例的解剖病理学和微生物学检查，为迅速确诊副猪嗜血杆菌病，从而正确而有效地治疗本病提供了科学依据。通过加强饲养管理和科学用药的综合防制措施，迅速控制了病情，猪群转为正常饲养。     

副猪嗜血杆菌诊断治疗分析

副猪嗜血杆菌病是一种以多发性浆膜炎和关节炎为主的疾病,近两年来在各地越发严重,发病速度快、死亡率高,给养猪业带严重的危害和损失。副猪嗜血杆菌属于条件性致病菌,环境卫生较差、气候突变、密度过大、氨气超标等因素会增加发病,所以要改善饲养环境和加强饲养管理,才能最大限度地降低发病率。同时,该病多以继发感染形式存在,所以控制原发病是预防和治疗本病的关键。     

Cloning and Bioinformatics Analysis of espP Gene of Haemophilus parasuis

In order to evaluate whether Haemophilus parasuis espP gene could use as a vaccine candidate antigen or not,the espP gene was amplified by PCR using the specific primers that designed according to corresponding sequence getting form GenBank (accession No.:HAPS_1381) and then sent to sequence.After translating the DNA sequence into amino acid sequence,the signal peptide,hydrophilic region,linear B cell epitopes and 3D structure of Hps espP protein were predicted using multiple bioinformatics analysis.The results showed that the full length of Hps espP gene was 2 343 bp,encoding 781 aa.The first 23 aa were predicted as signal peptide.There were 12 hydrophilic regions and 12 B cell epitopes in the Hps espP protein.The 3D structure of C-terminal of the protein was consisted of a monomeric β-barrel containing 12 β-strands and a central pore.The study laid the foundation for further development of molecular vaccines based on espP protein against Hps infection.     

副猪嗜血杆菌thyA基因的序列分析

为探究副猪嗜血杆菌thyA基因的遗传特性,针对于分离的副猪嗜血杆菌辽宁分离株的thyA基因进行测序,并运用软件对基因序列及氨基酸序列的同源性等进行分析研究。结果显示,thyA基因在副猪嗜血杆菌辽宁株亲缘性较高,其中基因序列与已公布的参考菌株同源性为95.7%~100%,氨基酸序列同源性为97.2%~100%,预测thyA基因编码蛋白的三级结构,发现thyA毒力基因在副猪嗜血杆菌中保守存在,为揭示thyA基因在副猪嗜血杆菌中功能奠定了一定基础。     

副猪嗜血杆菌rfaD基因的克隆及原核表达

rfaD基因编码ADP-L-甘油-D-甘露庚糖-6-异构体酶,缺失该基因会导致LOS糖链缩短和疏水性增强,从而影响细菌的致病性。为进一步探索副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)ADP-L-甘油-D-甘露庚糖-6-异构体酶的功能,本研究对Hps SC096 株rfaD基因进行克隆及原核表达。根据GenBank上登录的NC_011852序列,设计引物扩增rfaD基因,获得927 bp目的片段,将其克隆至pMD19-T载体。经送样测序鉴定正确后,连接到pET-32a(+)上进行原核表达,并用IPTG诱导,将诱导产物进行SDS-PAGE和Western blotting分析。SDS-PAGE结果显示,H.parasuis rfaD基因能在E.coli BL21(DE3)中表达,重组蛋白分子质量约为50 ku,与预期分子质量大小一致。Western blotting分析结果表明,该蛋白质能与H.parasuis血清4型阳性高免血清产生特异性结合反应,具较好的反应原性。     

副猪嗜血杆菌外膜蛋白TbpB基因的克隆和表达

为了克隆和表达副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)外膜蛋白TbpB基因,试验采用基因工程的方法对已发布的HPS外膜蛋白P5序列进行相关序列分析,设计并合成引物,以HPS血清5型基因组为模板,通过PCR扩增HPS外膜蛋白P5编码基因,获得长为1 116 bp的预期基因片段。该基因编码372个氨基酸的蛋白质,预测分子质量约为41 ku,将该基因片段定向克隆至表达载体pGE X-6p-1中。结果表明:诱导表达后分子质量约为67 ku,与副猪嗜血杆菌阳性血清发生了特异性反应。说明该蛋白与抗体发生了反应,有一定免疫原性。     

牦牛死亡结构域蛋白(FADD)基因克隆与生物信息学分析

死亡结构域蛋白(FADD)是在生物细胞里起到信号转导作用的一种蛋白,在胚胎发育、细胞凋亡过程中发挥重要的生物学活性。实验以成年母牦牛的卵巢RNA为模板,利用RT-PCR技术克隆牦牛FADD基因,并进行了生物信息学分析。结果表明:牦牛FADD基因CDS区长度630 bp,编码209个氨基酸,蛋白分子式C996H1632N300O307S7,整个蛋白质带负电荷,总共原子数量3 242;分子质量23.0 ku,半衰期30 h;理论等电点6.11;消光系数18 240;不稳定指数49.08,属于不稳定蛋白;脂肪系数104.64,平均亲水系数-0.168,预测FADD蛋白为亲水蛋白。系统进化树表明,牦牛与哺乳动物亲缘关系近,与鱼亲缘关系最远,符合物种进化规律。FADD蛋白质的二级结构α螺旋、自由卷曲、β-转角和延伸链,占靶蛋白的比例分别为71.29%、22.97%、3.83%和1.91%,与三级结构相符。牦牛FADD蛋白有13.0%位于细胞核、52.2%位于细胞质、8.7%位于细胞外、13.0%位于线粒体、4.3%位于高尔基体和8.7%位于细胞骨架。该研究成功克隆出牦牛FADD基因CDS区,为进一步研究其功能提供了一定理论依据。     

副猪嗜血杆菌aroA基因的克隆与序列分析及2种三重PCR检测方法的建立

本试验对分离的5株副猪嗜血杆菌进行了"卫星" 生长试验、生化鉴定和PCR检测。通过对aroA基因序列进行分析,发现这5株菌同标准菌株相比,其核苷酸序列相似性为96.3%~99.8%,氨基酸序列相似性为98.2%~99.5%。此外,还建立了分别针对副猪嗜血杆菌(Hps)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)及猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒的三重PCR检测方法;敏感性试验表明,三重PCR最低能检出Hps、PPV、PRV、PCV2的DNA分别为12、16、7.6和6.3 pg。     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆、表达及间接ELISA抗体检测方法的建立

用PCR方法扩增副猪嗜血杆菌的外膜蛋白ompP2基因,序列测定结果表明扩增片段全长1 188bp。将扩增片段插入表达载体pET-32a,转化BL21进行诱导表达,SDS-PAGE电泳结果证实重组融合蛋白约为60 000,West-ern-blot结果表明重组表达蛋白具有免疫反应性。以纯化的重组蛋白ompP2作为抗原,建立副猪嗜血杆菌的抗体间接ELISA检测方法。通过试验确定最佳反应条件为抗原包被质量浓度4.75mg/L,4℃包被过夜,待检血清的稀释浓度为1∶40,阳性判断标准为D630大于0.383。特异性和重复性试验表明,建立的间接ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,可用于副猪嗜血杆菌的检测。     

副猪嗜血杆菌菌影的制备

为研制副猪嗜血杆菌(H.parasuis)菌影疫苗,本实验通过PCR扩增噬菌体PhiX174的裂解基因E,将其连接到含有λPL/PR-cI857启动阻遏系统的pBV220载体中,使裂解基因E与λPL/PR-cI857串联成为温度敏感的裂解盒,构建重组质粒pBV-E。并将含有E基因的裂解盒插入pMD18-T载体中,构建H.parasuis打孔质粒(pMD-E)。采用电击穿孔法将其转入E.coliβ2155中,利用接合的方式将打孔质粒转入H.parasuis 5型菌株中。将含有打孔质粒的H.parasuis在28℃培养至对数生长期,升温到42℃诱导E基因表达,制备H.parasuis菌影。电镜观察菌影形态完整,内容物全部被释放到胞外。本实验为进一步研究菌影疫苗奠定了基础。     

副猪嗜血杆菌tbpB基因的PCR-RFLP分型

本研究应用生物学软件Vector NTI对副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)的转铁结合蛋白tbpB进行基因分型研究,通过选择AluⅠ、AvaⅡ和RsaⅠ3种限制性内切酶对15株Hps标准株和12株分离株的tbpB基因进行RFLP分析。经过生物学软件Vector NTI精确分型,标准株得到了11个基因型,其中基因型Ⅰ(AAA)包括血清型1、3和15,Ⅱ(BBB)包括血清型2、9和11;分离株的分型产生了10种基因型,其中6种为新的基因型。这一结果证实了Hps流行株的多样性,说明该方法对于猪革拉泽氏病流行病学规律的研究具有实用意义,同时,需要对更多的分离株做进一步的研究。