半番鸭POU1F1基因序列的克隆与生物信息学分析

根据GenBank中公布的鸭POU1F1基因序列,设计了6对引物,以半番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出POU1F1基因完整的cDNA序列,全长2209bp。对该序列进行生物信息学分析,结果表明该基因编码335个氨基酸,具有POU-specific(POUs)和Homeobox结构域,与鸡、猪、牛、人和小鼠的POU1F1基因氨基酸序列分别具有96.3%、89.5%、89.2%、90.6%和87.5%的同源性。     

家鸽及边鸡的MC1R基因片段的克隆及分析

为了研究黑素皮质素受体1(MC1R)基因与家鸡、家鸽羽色的相关关系,根据Gen Bank上原鸡MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3(V.0.4.0)在编码区设计1对引物PE,试验以家鸽和边鸡DNA为模板,PCR扩增,测序,分别获得长度为303 bp和335 bp的基因片段。结果表明:家鸽与原鸡MC1R基因核苷酸序列存在10处变异,边鸡与原鸡存在3处变异,其序列相似性分别为95.71%、99.10%。二级结构分析结果表明,家鸽和边鸡α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为47.92%、31.25%、20.83%,64.80%、21.90%、13.30%,均有2个跨膜区。针对2个物种氨基酸序列同源与变异预测其三级结构,结果表明,MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。     

无量山乌骨鸡HMOX1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

【目的】扩增无量山乌骨鸡血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因CDS区并进行生物信息学分析,检测其组织表达特征,为后续该基因的功能研究奠定基础。【方法】以无量山乌骨鸡皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增HMOX1基因,连接PESI-T载体后进行测序分析,使用DNAMAN软件对所获序列进行翻译并与原鸡进行序列比对;使用BLAST、Mega 7.0、SOPMA、ProtParam和ExPASy等在线软件进行相似性比对、系统进化树构建、编码蛋白的理化性质及蛋白结构预测;利用STRING软件预测HMOX1互作蛋白;通过实时荧光定量PCR检测HMOX1基因在无量山乌骨鸡不同组织中的表达水平。【结果】无量山乌骨鸡HMOX1基因CDS区长为891 bp,编码296个氨基酸,与原鸡HMOX1基因(登录号：NM＿205344.1)核苷酸序列相比存在3处突变,其中2处为同义突变,第217 bp处G>C为错义突变,导致第73位的天冬氨酸突变为甘氨酸。HMOX1基因与原鸡和日本鹌鹑的氨基酸序列相似性较高(99.6%和95.0%),与马的相似性最低(60.2%)。系统进化树分...     

牦牛谷胱甘肽过氧化酶1基因(GPX1)的克隆及系统发育分析

本研究克隆了牦牛谷胱甘肽过氧化酶1GPX1基因的CDS区序列,分析了其核苷酸序列,并进行了系统发育分析.结果表明,牦牛GPX1基因CDS区全长618 bp,编码205个氨基酸;经与GenBank中其他物种GPX1基因CDS区比对,牦牛GPX1基因CDS区与普通牛和瘤牛完全一致,与水牛、绵羊和猪的序列一致性较高,与其他哺...     

猪垂体特异性转录因子1基因cDNA的克隆及序列分析

本试验根据公开发表的猪POU1F1基因序列设计1对引物,提取猪垂体总RNA,通过RT-PCR方法扩增出POU1F1基因cDNA全序列,扩增产物用琼脂糖凝胶检测为预期的876 bp特异性条带。将扩增产物克隆入PTZ57R/T载体进行序列测定。经DNAStar软件分析序列与已发表序列同源性为99.7%,克隆获得的序列为进一步对猪POU1F1基因不同拼接形式功能性研究奠定了基础。     

白来航鸡半乳糖凝集素-1基因克隆、生物信息学及组织表达特性分析

【目的】克隆白来航鸡半乳糖凝集素-1(galectin-1,Gal-1)基因,对其编码蛋白进行生物信息学分析,并检测其在不同组织中的表达情况,为进一步阐明其抗病毒功能提供科学依据。【方法】以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR扩增鸡Gal-1基因完整CDS区序列,并进行相似性比对及系统进化树构建;运用生物信息学软件对其编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、跨膜区、信号肽、修饰结构、保守结构域及高级结构进行预测。利用实时荧光定量PCR检测Gal-1基因在白来航鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、腺胃、肌胃、十二指肠、空肠、盲肠、直肠、胸肌和腿肌组织中的表达情况。【结果】白来航鸡Gal-1基因CDS区序列长度为408 bp,编码135个氨基酸。相似性比对结果表明,白来航鸡Gal-1基因核苷酸序列与火鸡、绿头鸭和珍珠鸟的相似性分别为97.1%、88.4%和82.2%;系统进化树结果表明,白来航鸡与火鸡亲缘关系最近。Gal-1蛋白分子质量为15.06 ku,理论等电点为6.57,不稳定系数为36.05,脂肪系数为74.30,平均亲水指数为-0.259。Gal-1蛋白无信号肽,不存在跨膜区;存在2个明显的...     

羊口疮病毒疫苗株和野毒株F1L基因的比较分析

羊口疮(Orf)是由羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)引起的人兽共患传染病,ORFV F1L基因编码肝素结合蛋白。为比较分析ORFV疫苗株和野毒株编码的F1L基因的特征,本试验对疫苗株和野毒株的F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学相关软件及方法,对两者的F1L基因在核酸水平和氨基酸水平的变异情况及其二、三级蛋白结构变化情况进行了比较分析。结果显示,此次测定的ORFV疫苗株与野毒株F1L基因核苷酸序列相似性为95.9%,氨基酸序列相似性为94.5%。本研究结果为揭示ORFV异源宿主致弱的机制积累了资料。     

鸡Cacnals基因部分序列的克隆及分析

利用PCR方法首次克隆了鸡Cacnals基因5'一部分调控区和exon1共1 863bp的序列,该序列已提交GenBank,登录号为GQ184725.同源性比对发现,鸡Cacnals基因exon1与哺乳动物同源性较高,其核苷酸相似性在72.4%～77.0%,氨基酸相似性在66.0%～2.0%.鸡Cacnals基因exon1较哺乳动物插入了9个碱基,分别编码1个高疏水性的缬氨酸和2个高亲水性的天冬氨酸和赖氨酸.Cacnals基因部分序列的克隆,可为下一步在鸡上开展此基因与肉质和屠体性状的关联性研究奠定基础.     

基于mtDNA ND1基因的家蚕进化分析

对中国青州野桑蚕mtDNA中ND1基因进行了克隆和序列分析。结果显示,野桑蚕ND1基因全长为933bp,编码310个氨基酸残基,A+T含量较高,达78.7%;同源性分析显示,不同来源的家蚕和野蚕ND1基因在核苷酸水平和氨基酸水平具有很高的相似性;以ND1基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。用mtDNA的ND1基因的核苷酸序列Blast家蚕的基因组序列,发现家蚕基因组中存在与ND1基因部分区域同源的序列,表明家蚕基因组中存在起源于线粒体的假基因。     

吐鲁番黑羊MC1R基因序列分析研究

为研究黑皮质素受体1（MC1R）基因对吐鲁番黑山羊毛色的影响,试验采用PCR扩增和测序技术,对吐鲁番黑羊MC1R基因编码区核苷酸序列及其与毛色的相关性进行了研究。结果表明：MC1R基因编码区核苷酸序列954 bp,编码317个氨基酸,编码区存在2个错义突变（c.218 T〉A,p.73 Met〉Lys;c.361 G〉A,p.121 Asp〉Asn）和3个同义突变（c.429 C〉T,p.143 Tyr〉Tyr;c.600 T〉G,p.200 Leu〉Leu;c.735 C〉T,p.245 Ile〉Ile）。SNPs分析表明,单倍型AATGT数量占62%。初步认为MC1R基因可以作为吐鲁番黑羊黑色被毛调控的候选基因。     

藏鸡NSTN基因克隆与mRNA组织表达谱分析

肌肉生长抑制素(MSTN)是骨骼肌发育的负性调控因子,本研究用RT-PCR方法克隆藏鸡MSTN编码基因,用半定量RT-PCR方法检测MSTN mRNA在藏鸡腿肌等10个组织的表达情况.结果显示,藏鸡MSTN DNA长1128 bp,编码375个氨基酸.藏鸡与原鸡氨基酸序列一致率为99.7％,有6个同义突变和1个非同义突变的氨基酸差异.MSTN mRNA在腿肌、胸肌、心脏、肾脏、睾丸、卵巢、胃中均检测到表达,脂肪、肝脏、肺中未检测到MSTN mRNA表达.MSTN mRNA表达水平由高到低的顺序为:腿肌、胸肌、心脏、肾脏、睾丸、卵巢和胃.     

大围山微型鸡与科宝肉鸡免疫球蛋白含量及CATH-2基因表达差异研究

试验以相同条件下饲养的4、8、12周龄的大围山微型鸡和科宝肉鸡为研究对象,分别测定其免疫球蛋白含量(IgA、IgG、IgM)及胸肌、肝脏、小肠中的CATH-2 mRNA表达量,比较二者之间的差异。结果显示:大围山微型鸡血液中免疫球蛋白含量总体上低于科宝肉鸡,两个鸡种随着日龄的增加IgA、IgG含量均呈现先下降后上升趋势,IgM含量呈现下降趋势,且两个试验鸡种在4周龄时IgA、IgM、IgG含量均不同程度的高于8、12周龄。CATH-2 mRNA表达量在两个鸡种间存在差异,大围山微型鸡胸肌和肝脏中CATH-2 mRNA表达量均低于科宝肉鸡,而小肠中CATH-2 mRNA表达量显著高于科宝肉鸡。结果表明:在相同饲养条件下,大围山微型鸡免疫机能强于科宝肉鸡,具有潜在的较强的抗感染能力。     

白来杭鸡IL-18和GM-CSF基因克隆与序列分析

根据GenBank中鸡白细胞介素18（inteleukin 18,IL-18）和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子（granulocyte-macrophage colony stimulating factor,GM-CSF）基因序列,克隆白来杭鸡IL-18和GM-CSF基因并进行序列分析。结果显示：白来杭鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸,所获得的白来杭鸡IL-18基因与GenBank鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%～99.8%,氨基酸同源性为97.5%～99.5%。白来杭鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸,所获得的白来杭鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%～100%,氨基酸同源性为99.3%-100%。IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性。IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点及3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点及4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。本研究结果为进一步研究鸡IL-18、GM-CSF基因表达、生物学活性和应用奠定了基础。     

盐津乌骨鸡MyoG和IGF-1基因表达及其与生长、屠宰性状的相关性分析

为研究肌细胞生成素（myogenin,MyoG）和胰岛素样生长因子1（insulin-like growth factor 1,IGF-1）基因表达量对家禽生长发育的影响,试验以体型差异较大的盐津乌骨鸡和大围山微型鸡为材料,分别测定300日龄鸡的体重、体尺和屠宰性状来进行比较分析,检测胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因mRNA的相对表达量,将生长、屠宰性状与基因的相对表达量进行两两相关性分析。结果显示,盐津乌骨鸡体重、体尺和屠宰性状等指标均高于大围山微型鸡,同时盐津乌骨鸡胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因的表达量也高于大围山微型鸡,表达量趋势为：胸肌 > 腿肌 > 肝脏;相关性分析结果显示,两个品种鸡胸肌、腿肌和肝脏中MyoG和IGF-1基因的表达量与体重、体尺和屠宰性状等指标呈显著正相关（P<0.05）,其中MyoG基因的相对表达量与除胸深外的所有性状均呈极显著相关（P<0.01）,而IGF-1基因的相对表达量与体重、体斜长、胸深、胸骨长均呈显著相关（P<0.05）。因此,MyoG、IGF-1基因可作为盐津乌骨鸡和大围山微型鸡的生长性状候选基因来进行选育。     

两品种鹌鹑IGF-1基因的克隆测序及序列分析

根据GenBank中鸡胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因序列设计1对引物,对北京白羽蛋用鹌鹑和法国沙维玛特肉用鹌鹑IGF-1基因部分序列进行PCR扩增及克隆测序,获得的序列长度分别为806和804 bp。结果表明,所测的两段序列经GenBank中的BLAST分析与鸡(Gallus gallus)IGF-1基因同源性均为93%;在IGF-1基因核苷酸水平上,北京白羽蛋用鹌鹑与法国沙维玛特肉用鹌鹑的同源性为99.38%。     

Cloning and Sequence Analysis of PTTG1 Gene in Luchuan Pig

This experiment was aimed to clone PTTG1 gene CDS sequence of Luchuan pig,and was analyzed by bioinformatics methods.A pair of special primers was designed according to predicted sequence of porcine PTTG1 in GenBank.The coding sequence of PTTG1 in Luchuan pig was amplified by RT-PCR,its gene sequence characteristics and protein structure was systemically analyzed by bioinformatics techniques.The results showed that the cloned PTTG1 fragment included a 609 bp CDS (coding 202 amino acids).The sequence multi-aligned results showed that Luchuan pig shared 90.15%,87.85%,87.52%,87.03%,76.03%,74.38%,55.74% and 44.48% of similar nucleotide sequence with that of Bos,Pan troglodytes,Homos,Macaca,Rattus,Mus,Gallus and Danio retio,respectively.The protein structure analysis results showed that the protein attributed hydrophilic protein without signal peptide,localized in cell cytoplasm and had 16 phosphorylation sites.The phylogentic tree of amino acid indicated that PTTG1 was highly conserved in the process of evolution of different species.The cloning and analysis of PTTG1 gene provided an important foundation for further study biological function of porcine PTTG1 during early embryonic development.     

陆川猪PTTG1基因克隆及序列分析

试验旨在克隆陆川猪PTTG1基因全长CDS序列并对其进行生物信息学分析。利用GenBank公布的猪PTTG1预测序列设计引物,用RT-PCR扩增得到目的基因片段,并用生物信息学软件分析和预测了陆川猪PTTG1基因的理化性质与二级结构。结果表明,陆川猪PTTG1基因全长CDS序列为609 bp,编码202个氨基酸;其核苷酸序列与牛、黑猩猩、人、猕猴、大鼠、小鼠、原鸡和斑马鱼相对应序列同源性分别为90.15%、87.85%、87.52%、87.03%、76.03%、74.38%、55.74%和44.48%;PTTG1基因编码的蛋白无信号肽,属于亲水性蛋白,主要存在于细胞质中,存在16个磷酸化位点。氨基酸系统进化树分析表明,不同物种PTTG1基因在进化过程中具有高度保守性。本研究成功克隆了陆川猪PTTG1基因,为今后研究PTTG1基因在猪早期胚胎发育过程中的作用奠定理论基础。     

白洗猪PID1基因克隆及序列分析

本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1 (phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654 bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。     

Cloning and Sequence Analysis of PID1 Gene in Baixi Pig

In order to study phosphotyrosine interaction domain containing (PID1) gene of Baixi pig, it was amplified and sequenced by Nest PCR and T clone technology.Then the functions and the genetic evolutionary relationships of the gene and its predicted protein were analyzed by bioinformatics software.The results showed that the whole CDS region of PID1 gene was 654 bp, which encoded 217 amino acids.The results of sequence alignments showed that Baixi pig shared 98.2% and 97.7% similarities of amino acid with which of Shandong Laiwu pig and Guangxi Luchuan pig.The phylogenetic tree indicated that Baixi pig kept away from these two pigs.The results of sequence alignments among species showed that Baixi pig shared 96.6%, 96.6%, 96.3%, 95.0%, 93.9%, 91.7%, 90.8%, 88.2%, 69.7% and 67.3% similarities of amino acid with which of Bos taurus, Bos grunniens, Macaca mulatta, Mus musculus, Ophiophagus hannah, Homo sapiens, Gallus gallus, Xenopus laevis, Rattus norvegicus and Danio rerio.Phylogenetic analysis indicated that PID1 gene was highly conserved in the process of evolution of different species.The protein structure analysis results showed that the mainly function region of PID1 gene was PTB structural domain, which was located in the C-terminal sequence of the PID1 protein.In this study, we successfully cloned PID1 gene of Baixi pig, which laid the foundation for further study in intramuscular fat deposition and development of resources.