一例HP-PRRSV与NADC30-like毒株混合感染的实验室诊断

2022年10月中旬，湖南长沙某规模化猪场发生疑似猪繁殖障碍综合征疫情。为探究发病原因，采集病料样品进行细菌分离鉴定和常见病原荧光定量PCR（q PCR）鉴定。结果发现，病料样品中未分离得到细菌，q PCR检测结果显示组织病料为HP-PRRSV和NADC30-like毒株核酸阳性，其他病原核酸均为阴性。为进一步分析该猪场PRRSV流行株遗传变异情况，对PRRSV Nsp2基因序列进行逆转录PCR（RT-PCR）扩增、测序及分析。结果显示，HP-PRRSV株Nsp2基因序列与Hu N4-F112株（PRRSV弱毒疫苗株）同源性最高，类NADC30株Nsp2基因序列与已知NADC30株同源性最高。以上研究结果表明，该场疫情是HP-PRRSV和类NADC30株混合感染引起，其中HP-PRRSV可能为弱毒疫苗株。     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的全基因组序列分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。     

1株重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的基因组特征

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）不断发生变异,其防控难度也逐渐增加。为了及时监测PRRSV在自然感染背景下的遗传进化特点,本研究从上海某发病猪场的临床样品中分离获得1株PRRSV毒株,命名为SHpd1/2018株,并对其生物学特性和基因组序列进行分析。结果表明,该毒株基因组全长为15 018 bp（不含poly A）,不能被针对HP-PRRSV强毒HuN4株的Nsp2的单抗所识别,但其增殖特性与强毒HuN4株相似。序列分析表明,SHpd1/2018株与HP-PRRSV强毒株的相似性最高（与HuN4相似性为94.3%）。重组分析结果显示,SHpd1/2018株是以HP-PRRSV-like为主要亲本毒株,NADC30-like为次要亲本毒株的重组病毒,两个重组断点nt 2002和nt 3205均位于Nsp2基因的高变区。研究证实SHpd1/2018株是1株发生变异重组的PRRSV分离株,该毒株是上海某猪场保育猪发病的主要原因。     

河北省PRRSV流行毒株的分离鉴定

为了全面调查猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)在河北省的流行情况,本研究共收集河北省833份病死猪临床样品,利用RT-PCR方法对其进行PRRSV检测,共检出419份阳性病料,阳性率高达50.3%。其中NADC30-like PRRSV阳性率为49.1%;HP-PRRSV阳性率为3.1%;经典株PRRSV没有检出;HP-PRRSV和NADC30-like PRRSV共感染样品为16份,共感染率为1.9%。此外,本研究成功地分离到3株NADC30-like毒株,并测通其全基因组序列,与国内外流行毒株进行序列比对和基因重组分析发现,这3个毒株中的QHD1株为重组毒株,亲本可能为PRRSV NADC30毒株和疫苗株RespPRRS MLV,2处重组分别位于7 913～8 015nt和12 780～13 158nt处。本研究为河北省PRRSV的深入研究和防控奠定了基础。     

我国猪繁殖与呼吸障碍综合征类NADC30毒株流行现状

自2014年以来,猪繁殖与呼吸障碍综合征类NADC30毒株(NADC30-like PRRSV)在国内广泛流行,并成为某些局部区域猪场优势病毒株。NADC30毒株与其他亚群PRRSV易发生重组,产生新型病毒,受到国内学者广泛关注。本文详细地描述了类NADC30PRRSV流行病学、基因组特征、致病性以及商业疫苗的免疫效力。     

标记基因型猪繁殖与呼吸综合征重组病毒活疫苗的特点及应用关键技术施

蓝耳病是困扰全球养猪业的主要疾病之一。我国猪场蓝耳病病毒流行和毒株多样性更为复杂。市场上蓝耳疫苗的毒株多种多样,但是传统疫苗存在对不同毒株交叉保护力差,毒力返强等缺点。新型标记型基因工程蓝耳活疫苗(PC株),商品名为蓝立优,是通过反向遗传操作将蓝耳病毒经典毒株和高致病性毒株进行整合而成。试验室和田间试验证实,蓝立优对经典毒株和高致病性毒株均有保护力,同时可以改善由NADC30-like毒株造成的感染,提高生产成绩。另外,全国20余个猪场,7万多头猪只进行的田间应用显示,蓝立优有很好的安全性。科学的饲养管理有利于蓝耳病的防控。蓝立优是一个即安全又有效的新型标记基因型蓝耳活疫苗。     

某规模化猪场类NADC30、HP-PRRSV、PRRSV与大肠杆菌混合感染的诊断与防治

某一规模化猪场出现一定量的母猪流产死胎,流产死胎大小相差不大,无木乃伊胎,7日龄内仔猪死亡率增高。针对类NADC30、 HP-PRRSV、 PRRSV设计可以同时检测3种类型PRRSV的引物,经PCR检测和细菌分离鉴定确诊为该猪场存在类NADC30、HP-PRRSV、PRRSV与大肠杆菌混合感染。该猪场类NADC30 NSP2突变区序列与NADC30(JN654459.1)具有94%的符合率。猪场进行PRRSV检测和细菌分离鉴定相关研究,以期为PRRSV病毒的鉴定和细菌的分离鉴定提供参考,为猪场疾病防治提供参考。     

2022年鄂西地区PRRSV ORF5基因遗传进化分析

为掌握鄂西地区PRRSV的流行及遗传变异情况,对2022年采自该地区8个县（市、区）的疑似感染发病猪血液、肺脏组织等样品共672份,进行PRRSV实时荧光RT-PCR检测,并对部分阳性样品的ORF5基因序列进行遗传进化分析。结果显示：检出PRRSV阳性样品33份,阳性检出率为5%;通过进一步分型鉴定,23份为HP-PRRSV阳性,占69.7%,10份为类NADC30（NADC30-like PRRSV）阳性,占30.3%;采用DNAstar软件分析4份阳性样品的GP5蛋白氨基酸序列,显示存在多个氨基酸突变,在诱骗表位（27~30 aa）出现29G→29C,在中和表位,HP-PRRSV毒株出现39A→39T,类NADC30毒株出现38A→38T。结果表明,鄂西地区存在高致病性和类NADC30两种PRRSV毒株流行,其GP5蛋白氨基酸序列已发生了多个变异。结果提示,应持续加强PRRSV分子流行病学监测,选择与流行毒株匹配的疫苗进行免疫。     

猪繁殖与呼吸综合征 病毒类NADC30毒株的新近流行

猪繁殖与呼吸综合征是严重危害养猪生产的病毒性传染病.自20世纪90年代中期在我国发生和流行以来,已经20余载.据田间流行优势毒株的不同,可大致分为三个阶段:经典毒株流行阶段(1995—2006年)、 高致病性变异株流行阶段(2006—2013年)和新近的类NADC30毒株流行阶段(2013年至今).2013—2014年间与美国分离株NADC30亲缘性较高的一类PRRSV毒株开始在我国暴发流行,其具有与NADC30和MN184等谱系1(lineage 1)毒株相同的nsp2编码区缺失模式.致病性分析及疫苗保护试验结果表明,其致病性介于高致病性毒株与经典株之间,目前商用疫苗对其保护效果不佳.且类NADC30毒株易与其他PRRSV毒株发生重组,产生新的变异株.类NADC30毒株的广泛流行,以及相关重组毒株的叠现,进一步增加了PRRS疫病防控的难度.     

福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒多样性分析

为了解福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和基因变异情况,从该猪场采集9份疑似感染PRRSV的猪病料进行病毒分离及分离毒株ORF5、ORF7基因扩增。结果显示,所测9个PRRSV中仅W9-2和W9-3等2株的ORF5、ORF7的核苷酸序列同源性均为100%,其他7个毒株(C1-3、C4-6、C7-9、C10-13、W7-2、W7-4和W10-1)的ORF5、ORF7核苷酸序列同源性分别为83.3%~99.2%和88.4%~100%,与参考毒株核苷酸同源性分别为78.3%~96.2%和87.9%~99.7%,表明规模化猪场至少存在8种毒株。基于ORF5和ORF7序列构建的遗传进化树显示,C1-3、C4-6、C7-9和C10-13等4个毒株为来源于NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV的重组毒株,而W7-2、W7-4、W9-2、W9-3和W10-1等5个毒株属于NADC30-like PRRSV。说明该规模化猪场存在多种PRSSV毒株,给该猪场防控PRRS带来严峻挑战,研究结果可为PRRS的防控和新型疫苗的研究提供参考。     

1株NADC30-like重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及遗传变异分析

为研究山东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行病毒株的遗传变异情况,本研究从山东省威海市某疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场采集的猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,命名为SDwh,并对其进行了全基因组序列测定、遗传演化分析和重组分析.结果显示:该病毒株在Marc-145细胞上生长良好,可见明显细胞病变;全基因组演化分析和同源性比对分析结果显示,SDwh株与美国病毒株NADC30和中国的NADC30-like位于同一分支;与北美病毒株NADC30的同源性最高,为93.1%;与我国分离的NADC30-like病毒株CHsx1401、JL580的同源性分别为91.1%和88.4%;与北美经典病毒株VR2332、中国HP-PRRSV JXA1和HuN4的同源性均为85.3%;与欧洲型病毒株Lelystad-virus(LV)同源性最低,为60.6%.与VR2332相比,Nsp2氨基酸序列比对结果显示,SDwh株存在NADC30-like病毒株典型的131个不连续氨基酸的缺失,同时在584~585位缺失2个氨基酸;GP5氨基酸序列比对结果显示,SDwh在GP5抗原表位上有氨基酸的突变.全基因组重组分析结果显示,SDwh株是一株重组病毒株,为NADC30与JXA1-P80的重组病毒,潜在的重组位点位于Nsp2中(2066 nt).本研究结果为PRRSV流行株的重组、演化分析和防控提供借鉴意义.     

1株重组类NADC34猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定与基因组特征分析

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释后进行间接免疫荧光鉴定,利用RT-PCR扩增分离纯化株全基因组序列并进行同源性及遗传进化分析,并对分离株进行重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,分离获得1株PRRSV毒株(命名为TJbc2021),分离毒株不能感染Marc-145细胞;该毒株全基因组长为15 111 bp,与NADC34的核苷酸同源性最高,为95.2%,属于目前流行于中国的类NADC34 PRRSV,其Nsp2存在100个氨基酸缺失的分子特征;重组分析显示该毒株以谱系1.5毒株(NADC34-like)为主要亲本,以谱系1.8毒株(NADC30-like)为次要亲本,在14 082～14 635 nt(ORF6～ORF7)发生了基因重组。结果表明,分离并鉴定了1株重组类NADC34 PRRSV,可为该地区...     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗(HuN4-F112株)对类NADC30 PRRSV免疫保护效果的评价

类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)已成为我国PRRSV的主要流行株,为了评价当前商品化疫苗对类NADC30 PRRSV的免疫保护效果,本研究将12头6周龄仔猪随机分为3组,免疫组和攻毒对照组各5头、空白对照组2头,免疫组肌注高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗(HuN4-F112株)105.0 TCID50...     

广西猪繁殖与呼吸综合征病毒流行株的分子流行病学调查及防控策略

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况和发展趋势,通过RT-PCR方法,对2015年1-8月份采自广西省各规模猪场的疑似样品进行PRRSV检测,并对阳性病料进行基因测序分析。结果显示:84份疑似样品中有40份检测为阳性,阳性率为47.6%,通过完整的ORF5基因序列遗传进化分析表明,广西地区流行毒株主要为美洲型PRRSV,且均与高致病性PRRSV高度同源。广西省各规模猪场毒株与2015年7月份采自广东肇庆某规模猪场的PRRSV分离毒株间的同源性均较低,经序列对比发现,广东肇庆分离毒株与美洲流行毒株NADC 30高度同源。结果表明,广西地区主要流行毒株为美洲型高致病性PRRSV毒株,且与美洲流行毒株NADC30同源性较低,但广东地区已出现美洲流行毒株NADC30,提示广西地区需加强对PRRSV流行及变异的监测,以及采取有效防控策略的必要性。     

我国近5年类NADC30 PRRSV毒株序列的重组及限制性片段长度多态性分析

为了解我国类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的流行和遗传变异情况，本研究利用生物信息学软件对本实验室2016-2020年获得的64条类NADC30毒株序列进行分析。Nsp2氨基酸序列比对结果表明，64株毒株均表现出与NADC30毒株一致的131个不连续的氨基酸缺失。其中，9株在Nsp2区域除该缺失特征外，另含有额外的氨基酸缺失。基于全基因组遗传演化分析结果表明，61株分布在Sublineage 1.8(类NADC30),3株分布在Lineage 8(HP-PRRSV)。而基于ORF5序列的遗传演化分析结果则更分散，56株分布在SubLineage 1.8,5株分布在Lineage 8,2株分布在Lineage 5(类VR2332),1株分布在Sublineage 1.5(类NADC34)。经RFP4和Simplot生物学软件进行重组分析结果表明，64株毒株中可能有44株为重组毒株，共表现出5种重组模式，其中以NADC30提供骨架，HP-PRRSV提供重组片段为主要模式。重组热点分布在非结构蛋白区域5′UTR～1 500 nt(Nsp1)、5 374～8 177 nt...     

2018年四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的分子流行病学调查研究

为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF5基因序列分析结果显示,ORF5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒基因测序的临床应用

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)具有快速变异与演化的特性,近年来我国PRRSV流行多样性不断增加,主要以NADC30-like、QYYZ-like、疫苗演化毒株及不同谱系的重组毒株为主,给我国养猪生产带来了新的挑战。基因测序作为一种分子检测技术已广泛应用在未知病毒检测、病毒基因组研究、病毒遗传变异与演化等病毒学研究领域的众多方面。临床上明确猪群PRRSV的感染状态,了解猪群新传入或循环传播的PRRSV毒株,对PRRS的防控具有重要意义。论文对我国PRRSV主要流行毒株及基因测序在临床上的应用进行了简述,以期为PRRS流行病学调查和科学防控提供参考。     

疫苗毒株的数量控制是蓝耳病防控的关键

正一、猪蓝耳病流行情况猪蓝耳病病毒(PRRSV)主要分两类,高致病性毒株(变异毒株)和经典毒株,国内还是以高致病性毒株为主,据测算,其实验室检测到的90%以上的蓝耳病毒株都属于高致病性毒株。PRRSV目前的流行特点主要包括以下几个方面:病毒变异非常快,不断出现新的野毒,疫苗免疫效果不理想;NADC30-like在河北、河南、安徽、江苏等地的发病率较高,在广东     

2016—2018年广西猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查和PRRSV ORF5基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异情况,试验应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)的方法对2016—2018年广西14个地区规模化猪场的1 564份主要脏器进行了PRRSV检测,选取部分阳性样品进行ORF5基因的扩增并进行序列分析。结果表明:共检测出PRRSV阳性样品467份,阳性率为29.9%。在广西14个地区规模化猪场送检的样品中均能检测到PRRSV。从年份上看,2016年的PRRSV阳性率最高,为43.9%;2017年为26.9%;2018年最低,为23.7%。获得的25条PRRSV ORF5基因序列中有1株与NADC30株同源性较高,1株与GM2株同源性较高,其余23株均与高致病性PRRSV同源性较高。在25株PRRSV中有21株与TJM、JXA1、HuN等高致病毒株亲缘关系较近,并位于同1个分支;2株处于经典株和变异株之间,分别形成2个分支;1株与NADC30株亲缘关系较近,位于同1个分支;1株与GM2株亲缘关系较近,位于同1个分支。PRRSV ORF5基因编码氨基酸序列分析结果表明,25个毒株均为毒力较强的野毒株。说明广西地区仍以高致病性PRRSV为主要流行毒株,但2018年新发现类NADC30毒株和类GM2毒株的流行。     

猪繁殖与呼吸综合征病原流行病学调查

为了解山东省鲁北地区猪繁殖与呼吸综合征病原流行状况,从而全方位做好该病的防控工作。2017年全年在鲁北地区的9个县采集295份病料样品,对病料中的PRRSV进行扩增检测,试验结果显示,总平均阳性率为48.4%,PRRSV以单一感染数为主,占阳性样品总数的79.7%),且于CSFV、PCV2和PRV存在不同程度的混合感染。然后对PRRSV阳性病料进行分型检测,结果显示,HP-PRRSV阳性率为48.3%,类NADC30阳性率为39.9%,经典毒株阳性率为7.7%,HP-PRRSV毒株和类NADC30毒株混感的比率为4.2%。从而为鲁北地区更好的开展PRRS的防控工作提供了依据。