侵染胡椒的黄瓜花叶病毒海南分离物全序列分析及亚组鉴定

对侵染海南胡椒的3个黄瓜花叶病毒分离物(CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT)的全序进行克隆和分析。CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT分离物RNA1全长分别为3 361,3 360,3 359个核苷酸(nt),编码1a蛋白;RNA2全长分别为3 044,3 048,3 046 nt,编码2a和2b蛋白;RNA3全长分别为2 217,2 224,2 216 nt,编码3a和CP蛋白。序列一致性比较结果表明,CMV-WN1,CMV-DA,CMV-FT的RNA1,RNA2,RNA3均与CMV亚组IB CMV-SD序列一致性最高,编码的所有蛋白的氨基酸序列一致性也均与CMV-SD序列一致性最高,其中除了2b氨基酸序列一致性低于90%外,其他蛋白的氨基酸序列的一致性均高于93.5%。RNA3的5'NTR结构分析以及RNA3 5'NTR核苷酸序列和CP氨基酸序列系统进化树分析结果表明CMV-WN1,CMV-DA及CMV-FT均属CMV IB亚组。CP系统进化树中CMV-WN1,CMV-FT与云南胡椒分离物CMV-YNP聚成一簇,而CMV-DA与海南胡椒分离物CMV-HNP独立形成另一个分支。     

黄瓜花叶病毒贵州辣椒分离物外壳蛋白基因序列分析

[目的]分析贵州辣椒主产区黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)分离物的分子变异情况,为抗病毒辣椒品种选育及辣椒病毒病的防控提供科学依据.[方法]以来自贵州省8个县(榕江、大方、石阡、安龙、绥阳、德江、关岭和惠水)的16个辣椒CMV分离物为材料,采用逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)扩增辣椒CMV分离物的CP基因序列,利用DNAMAN和BioEdit对CMV分离物的CP基因序列进行比对分析,用MAGE 7.0的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,分析贵州辣椒CMV分离物的遗传多样性.[结果]将16个贵州辣椒CMV分离物的CP基因核苷酸序列及编码蛋白氨基酸序列与CMV亚组代表株系进行一致性比对,结果表明,贵州辣椒CMV分离物与CMV亚组分离物的CP基因核苷酸序列一致性为89.7%~100.0%、CP蛋白氨基酸序列一致性为96.8%~100.0%.系统进化分析结果表明,CMV-DF、CMV-RJ、CMV-SQ、CMV-SY、CMV-DJ与CMV I代表株系聚为一个亚支,但更趋近于CMV亚组IB株系,CMV-HS、CMV-GL、CMV-AL与CMV亚组Ⅱ株系聚为另一个亚支,说明侵染贵州辣椒的CMV株系有两大组群,其中大方、榕江、绥阳、石阡和德江CMV分离物归属于CMV亚组IB株系,惠水、关岭和安龙CMV分离物归属于CMV亚组Ⅱ株系.[结论]不同地域的贵州辣椒CMV株系发生了变异.     

辣椒CMV广州分离物的CP基因序列分析及亚组鉴定

从广州市呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到1个黄瓜花叶病毒的分离物(CMV-GZ)。利用RT-PCR技术克隆了该病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因,其序列长度为657 bp,编码218个氨基酸。对CP基因序列进行同源性比较分析,结果表明该病毒分离物的CP基因与CMV亚组Ⅰ5个株系的同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ4个株系的同源性均低于80%。据此将该分离物归属于CMV亚组Ⅰ。     

鲁粤两省黄瓜花叶病毒辣椒分离物CP基因序列分析及亚组鉴定

从广东和山东呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到2个黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的分离物.利用RT-PCR技术克隆了病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因.核苷酸序列测定表明,CMV-GDLJ和CMV-SDLJ 2个病毒分离物CP基因序列长度为657bp,编码218个氨基酸.2个病毒分离物的CP基因序列与CMV亚组Ⅰ的6个株系CP基因序列同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ的3个株系同源性均低于80%,据此将分离物CMV-GD和CMV-TA归属于CMV亚组Ⅰ.     

云南主要地区辣椒分离的黄瓜花叶病毒的亚组鉴定*

 在云南富民、砚山、邱北和南涧等云南主要辣椒产区采集了28个病毒样品,选择应用RT-PCR,Msp I以及EcoR I酶切和克隆测序等分子生物学手段对其中的7种进行检测。经过RT-PCR实验确定其病原为黄瓜花叶病毒（CMV）,同时分离物的Msp I酶切图谱与CMV亚组I的酶切图谱很相似,经EcoR I酶切后也没有出现异常差异。进一步对所检测的黄瓜花叶病毒分离物的外壳蛋白基因进行克隆测序,结果表明,分离物的核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物的核苷酸序列有极高的同源性,达93%~98%; 而与亚组II株系的核苷酸序列同源性仅为77%。因此将所分离到的黄瓜花叶病毒分离物归属于黄瓜花叶病毒亚组I。     

山西西葫芦花叶病病原鉴定与部分序列分析

利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病西葫芦进行了分子鉴定。序列测定及分析发现,具有明显花叶和斑驳症状的西葫芦受到黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的侵染。为进一步明确黄瓜花叶病毒山西西葫芦分离物(CMV-XHL)的分类地位,克隆了CMV-XHL RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-XHL CP核苷酸序列和氨基酸序列与CMV亚组ⅠB中CMV烟草分离物(CMV-SG)的相似性最高,分别为98.6%和99.5%;MP核苷酸序列和氨基酸序列与CMV亚组Ⅰ分离物的相似性最高,为93.2%~94.6%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-XHL与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员。研究结果对西葫芦病毒病的防治提供一定的理论依据。     

黄瓜花叶病毒分子变异分析

利用不同生物信息学软件及算法对黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的分子变异进行分析.结果表明:不同CMV分离物外壳蛋白基因的核苷酸序列同源性为76.1%～99.2%.系统进化分析显示不同CMV分离物分为3个大的类群,不同分离物呈现一定的地域相关性,未见明显寄主相关性.重组分析显示澳大利亚...     

侵染烟草的黄瓜花叶病毒株系分化研究

根据已报道的黄瓜花叶病毒(CMV)外壳蛋白(CP)基因序列合成1对引物,对侵染烟草的黄瓜花叶病毒贵州分离物的病毒外壳蛋白基因进行基因扩增和序列分析。结果表明:40个CMV贵州分离物和CMV株系亚组ⅠB系列CP基因核苷酸相似性为95.1%~100.0%,与CMV株系亚组ⅠA系列CP基因核苷酸相似性为92.3%~98.2%,亚组ⅡCP基因核苷酸相似性为78.2%~80.5%。表明贵州CMV分离物与CMV株系亚组ⅠB系列同源性关系更密切,因而它们都属于CMV株系亚组ⅠB系列。     

云南香料烟花叶病病原分离物的鉴定

从云南保山采集具典型花叶症状的香料烟病株，用病株汁液接种心叶烟，进行单斑分离纯化。电子显微镜观察到杆状病毒粒体（18nm×300nm），三抗体夹心酶联免疫吸附（TAS-EUSA）检测与烟草花叶病毒（Tobaccomma／cv／nu，TMV）抗血清呈阳性反应；用TMV外壳蛋白（CP）基因特异性引物进行RT-PCR扩增，克隆，经序列测定分析，侵染云南保山香料烟的病原分离物CP基因含480个核苷酸，编码159个氨基酸，通过核苷酸和氨基酸序列分析，与TMV-152的相似性最高，核苷酸序列的相似性为98．8％，推导编码氨基酸相似性达到100．0％，亲缘关系最近。根据这些特性，引起云南保山香料烟花叶病的病原分离物是烟草花叶病毒的一个分离物。     

云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。     

水稻条纹病毒云南分离物病害特异性蛋白基因的分子变异

对采自云南大理、陆良、禄劝、石林、玉溪、保山和宜良等地的水稻条纹叶枯病病样,提取病叶总RNA,经RT-PCR、cDNA克隆和序列测定,获得了水稻条纹病毒(Rice strip virus,RSV)7个云南分离物的SP基因序列,核苷酸长为537 nts,并与GenBank中已报道的RSV SP基因进行同源性比较,综合分析了云南RSV不同分离物SP基因的分子变异.对纤细病毒属6种病毒的SP蛋白氨基酸序列进行进化分析,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,与RGSV亲缘关系最远.     

朱顶红褪绿环斑病毒云南君子兰分离物S序列的克隆及分析

利用RT-PCR以及ELISA对采自云南省昆明市的君子兰样品进行鉴定,确定了其病原物为朱顶红褪绿环斑病毒(hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)。这是首次在君子兰(Clivia miniata)中检测到番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒,为明确其序列特征,设计了HCRV S RNA全序列扩增引物,进一步克隆了该分离物的S RNA全基因组序列,并进行了序列分析。结果表明,HCRV-CM分离物S RNA全长2 749 nt(Gen Bank登录号:KY484836),与已报道的HCRV基因结构一致。基于核壳体蛋白N基因序列的系统进化分析显示HCRV-CM与来自云南的HCRV株系聚为一支,说明HCRV-CM与HCRV云南分离物亲缘关系较近。     

甘蓝花叶病病毒种类鉴定及BrYV遗传变异分析

为了明确引起甘蓝花叶病的病毒种类,利用小干扰RNA（small interfering RNA,siRNA）高通量测序技术,并结合分子生物学方法查找甘蓝样品中的病毒序列,发现存在芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus,TuMV）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）、蚕豆萎蔫病毒2（broad bean wilt virus2,BBWV2）、烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）和芸薹黄化病毒（brassica yellows virus,BrYV）等5种病毒。采用RT-PCR技术进行验证,结果显示样品检测到BrYV、TuMV和CMV共3种病毒。对获得的BrYV外壳蛋白基因（coat protein,cp）进行测序和系统进化分析,获得1条576 bp的BrYV cp基因全长序列,与GenBank中BrYV分离物cp基因核苷酸序列同源率为88.0%~96.4%,氨基酸序列同源率为90.1%~95.8%。基于cp基因序列构建系统发育树,BrYV-GL为BrYV-C基因型,与中国内蒙古油菜BrYV（GenBank登录号EF079907）分离物cp基因序列聚集在一起,亲缘关系较近。BrYV cp基因共检测到4个潜在重组事件,可为后续甘蓝花叶病的研究和防治提供参考。     

黄瓜花叶病毒紫松果菊分离物外壳蛋白特性分析

以紫松果菊上分离的黄瓜花叶病毒2-1-2的RNA为模板,采用RT-PCR(反转录聚合酶链式反应,下同)技术对2-1-2的外壳蛋白(coat prote in,CP)基因进行了克隆和序列测定。该CP基因全长657个碱基,编码218个氨基酸。其核苷酸序列和推导的氨基酸序列与亚组I代表株系Fny的同源性分别为94.5%和98.1%,与亚组II代表株系Q的同源性分别为77.7%和82.5%。对包括该分离物在内的20个CP序列与地域之间的关系进行了分析,结果表明CMV不同分离物的亚组类型与地域无明显关系。     

云南水稻条纹病毒RNA3的分子变异及遗传多样性分析

为从分子水平上探讨云南水稻条纹病毒(RSV)分子变异及其遗传多样性,采用RT-PCR技术,对云南省大理州巍山县和昆明市宜良县2个分离物的RNA3进行克隆和测序,获得RNA3YWS和RNA3YYL全长序列,2个分离物的RNA3核苷酸序列长度分别为2489和2490bp.并将获得的序列与不同时期、不同区域的RNA3全长序列进行比较,并对22条RNA3序列构建系统发育树.结果表明,YWS和YYL与YBS、YA、FYi等分离物具有更近的亲缘关系,与云南以外的中国分离物和日本T和M分离物亲缘关系较远,表明RSV在自然界中的分子变异与地理分布有着密切的关系.根据不同基因在核苷酸和氨基酸水平上的差异,探讨了22条RNA3的分组情况,YWS和YYL同属于第一组,即云南组;同时对RNA32个编码基因及IR3在DNA水平上的遗传多样性进行分析,综合分析了云南RSV不同分离物RNA3的分子变异.推测云南独特的地理气候条件和丰富的生物多样性可能是造成云南RSV复杂遗传分化的主要原因.     

江苏玉米矮花叶病病原鉴定

可以感染玉米引起花叶症状的病毒有玉米矮花叶病毒(MDMV)、甘蔗花叶病毒(SCMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)和高粱花叶病毒(SrMV)等4种,目前国内主要认为是SCMV.为明确江苏发生的玉米矮花叶病的病原,2011年从姜堰田间采集自然发生的呈现玉米矮花叶病典型症状的玉米病叶,初提纯物电镜观察可见750 nm×13 nm线状病毒粒子.根据已经发布的SCMV设计特异性引物,通过RT-PCR扩增获得预期的CP、HC-Pro、NIb和Vpg基因片段,而用MDMV、JGMV和SrMV特异性引物未扩增到预期目的片段.序列测定和同源性分析表明,扩增到的基因片段序列与SCMV对应基因片段序列的同源性在90％以上,与SCMV亚组中另外3个株系MDMV、SrMV和JGMV相应基因片段序列的同源性在80％以下.由此判断姜堰玉米矮花叶病的病原为SCMV.     

黄瓜花叶病毒在洛阳地区的发生及亚组鉴定

【目的】明确黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)在洛阳地区主要蔬菜作物上的发生情况及其亚组类型,为该地区蔬菜作物上CMV的田间诊断和预防监测,防止CMV在该地区的大规模暴发等提供重要的理论依据。【方法】对采自洛阳地区的茄科、葫芦科和豆科等疑似病毒病蔬菜作物进行CMV的RT-PCR检测鉴定,利用相关分子生物学软件对获得的CMV CP基因进行序列分析,并构建系统进化树。【结果】86份疑似病毒病蔬菜样品中共检出CMV样品13份,检出率为15.12%,在番茄、辣椒、菜豆和花生上均有发生,该4个CMV CP基因核苷酸同源性为90.8%～98.8%,与已报道的CMV亚组Ⅰ和亚组Ⅱ分离物构建系统进化树发现该4种作物上的CMV分离物均为亚组Ⅰ病毒。【结论】CMV在洛阳地区茄科和豆科蔬菜作物上均有发生,且CMV Ⅱ可能为侵染的优势种病毒,应提前在作物种植早期做好蚜虫防控工作,并应在相关作物上积极开展CMV Ⅰ的抗病育种工作。     

云南马铃薯A病毒分布及其外壳蛋白分子变异分析

为研究云南马铃薯A病毒(PVA)分布及其外壳蛋白的分子变异,2007年至2011年分别从云南滇西北、滇东北、滇中及滇南马铃薯种植区采集381份马铃薯样品,进行马铃薯A病毒DAS-ELISA检测,结果表明,PVA阳性样品共43份,其中滇西北22份,滇中17份,滇东北4份,滇南未检出。对带有PVA的部分样品进行电镜负染色观察,电镜下观察到长约750 nm、直径约15 nm的线状粒子。根据已报道的PVA外壳蛋白基因(cp基因)序列设计合成特异性引物,以带毒样品总RNA为模板,RT-PCR扩增得到807 bp目的片段,克隆测序并对其推导的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行同源性分析,并比较分析了不同地区PVA分离物CP氨基酸序列分子变异。结果表明,云南不同地区PVA分离物与GenBank中登录的部分PVA分离物CP氨基酸序列同源性为93.3%～100%,依据不同PVA分离物CP氨基酸序列构建系统进化树,云南PVA分离物与中国福建分离物(AF483279)亲缘关系较近,形成一个进化簇。PVA不同分离物CP氨基酸序列分子变异分析表明,不同分离物CP氨基酸变异位点主要分布在氨基酸序列的N端。     

水稻条纹病毒外壳蛋白基因和病害特异性蛋白基因的克隆和序列分析

水稻条纹病毒编码的外壳蛋白 (CP)和病害特异性蛋白 (SP)是两种与症状密切相关的蛋白 .本文对我国云南 YL分离物的 CP基因和 SP基因进行了克隆和测序 .结果表明 ,CP基因和 SP基因分别由 96 6和 534个核苷酸组成 .与已发表的一些分离物相比 ,YL分离物 CP基因与我国山东 C分离物和日本 T、M分离物的核苷酸序列一致性在 96 .0 %左右 ,氨基酸序列一致性为 97.0 % ,但从序列一致性和碱基变异方式来看 ,C分离物与 T、M分离物的亲缘关系稍近 .YL 分离物 SP基因和云南 CX分离物之间有 99.0 %的核苷酸序列一致性 ,但与 T、M分离物的核苷酸一致性只有 94 .0 %左右 .可见 ,不同分离物间 SP基因的变异与其地理分布有密切的关系 .     

灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异

为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒(rice stripe cirus,RSV)的NS2和NS3基因分子变异特征,采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物,RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序,再结合Genbank中已报道的其他分离物序列,利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分高物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明,20个分离物NS2和NS3 2个基因核苷酸序列同源性分别为96.5%~100%(NS2)和95.4%~100%(NS3),推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97.0%~100%(NS2)和96.2%~100%(NS3)。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组,其中一组均为中国云南水稻上的分高物,2组间遗传距离分别为0.05711(NS2)和0.06081(NS3),2基因的Z-test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析,其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关,2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群;其次与寄主相关,可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。