辽东湾斑海豹线粒体ND4、tRNAArg、ND4L和ND3基因序列分析

用PCR产物直接测序法,测定渤海辽东湾斑海豹15个个体线粒体的一段从ND3到ND4基因长度为625 bp的DNA序列。其中的1~118 bp是ND3基因的后部分,120~188 bp是tRNAArg基因完整序列,189~485 bp是ND4L基因完整序列,479~625 bp是ND4基因的前部分。在ND4L和ND4之间,有7个碱基是重叠编码的。15个序列间,只有ND4L基因中有一个位点发生C/T碱基转换。与GenBank中的斑海豹序列比较,tRNAArg基因序列完全一致,而ND4L基因序列则有两处发生转换。利用从GenBank中下载的22个海豹科动物的ND4L基因序列的系统发生分析表明,海豹科动物分为南半球和北半球两大类群,斑海豹与港海豹为北半球种类,亲缘关系最近。     

斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究

本研究采用LA-PCR扩增和引物步移相结合的方法对我国辽东湾斑海豹的线粒体基因组全序列进行了测定,并完成了基因组成和系统发生学分析。辽东湾斑海豹线粒体基因组长为16 754bp,其基因构成与其他海洋哺乳动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个控制区。在其37个基因中,ND6、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro位于L链上,其余均位于H链上。对我国辽东湾、韩国和美国阿拉斯加斑海豹线粒体基因组进行了比较分析,结果显示,三者线粒体基因组长度略有不同,差异主要体现在以重复片段形式存在的控制区序列中。值得注意的是,在编码区中,3个目标群体的线粒体ND5基因核苷酸差异最为显著,共检测到了18个突变位点,造成4处氨基酸序列变异。斑海豹线粒体基因组蛋白编码基因的变异分析及海豹科系统进化分析结果显示,我国辽东湾和韩国斑海豹的序列同源性显著高于美国阿拉斯加斑海豹,说明辽东湾和韩国斑海豹很可能来自同一个种群。     

利用线粒体DNA序列进行斑海豹鉴定的研究

通过对待鉴定的血液样品中线粒体控制区扩增和序列测定,并与基因库中序列比对分析,成功地对斑海豹进行了种类鉴定。本研究所用方法在野生珍稀动物的种类鉴定中有很好的应用价值。     

基于线粒体控制区序列的南海圆舵鲣种群遗传结构分析

利用线粒体控制区(D-loop) 高变区序列作为遗传标记, 分析了中国南海5N～21N 之间7 个圆舵鲣( Auxis rochei) 地理群体的遗传结构特征。201尾样本的D-loop 区序列共检测到185 种单倍型。各个采样点均呈现出很高的单倍型多样性(0.958 2～1.000 0)和较高的核苷酸多样性(0.034 327～0.041 235) 的特征。单倍型邻接关系树未呈现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析和成对遗传分化系数(FST) 显示南海海域圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内(98.33%) , 群体间基因交流频繁, 是一个随机交配群。核苷酸不配对分布和中性检验表明南海圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张。结果表明, 南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平, 遗传分化不显著, 在渔业上可以作为一个单元来管理。     

条石鲷养殖群体线粒体控制区序列遗传变异分析

利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构.通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量.30条线粒体控制区序列共定义了1...     

深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析

采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析,通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增,获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较,共检测出114个碱基存在变异,其中包括84个简约信息位点,5个碱基存在插入/缺失;并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明:其序列差异(转换 颠换)在0·010~0·154之间,得出20个个体有20种单倍型;并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0·05278和27·500。研究结果表明:深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大,该种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

基于线粒体控制区序列的光裸方格星虫群体遗传多样性分析

为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。     

中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547～549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。     

北部湾3种金线鱼属鱼类CO I基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus,japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(C0Ⅰ)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系.在所分析的48条COⅠ同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点.单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流.序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化.利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支.研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远.本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据.     

大连湾、辽东湾养殖水域有机氯农药污染状况

采用毛细管GC ECD法测定大连湾、辽东湾表层沉积物及表层、微表层海水中 16种有机氯农药 (OCP16 )的含量。结果表明 ,辽东湾海区表层海水OCPs平均质量浓度为 4 1.94ng/L ,显著高于大连湾海区 4 .5 2ng/L的平均值 ,但 2个湾OCPs质量浓度均未超出渔业水质标准。辽东湾表层沉积物OCPs平均质量分数为 10 .15ng/g ,也明显高于大连湾表层沉积物 6.17ng/ g的平均水平。表明辽东湾有机氯农药污染程度较大连湾重。大连湾各站位微表层海水OCPs含量显著高于表层水 ,显示微表层海水对OCPs有较强的富集作用 ,平均富集系数为 5 .1～ 15 .4。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％）,A＋T〉C＋G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33．4％,G的使用率较低,为17．1％;密码子第3位A的使用率高,为34．2％,而G的使用率较低,仅为7．9％;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11．％,远高于其他氨基酸。     

Allozyme genetic analysis in hatchery strains and wild blue shrimp, Penaeus (Litopenaeus) stylirostris (Stimpson), from the Gulf of California

We conducted a population genetic analysis of Penaeus stylirostris to describe the genetic variability in two wild samples (Guaymas and Peñasco) and in two cultivated strains (A and B), and to determine the relationship among samples. Seventeen enzymatic systems and general proteins were used to visualize 31 loci. Of the 31 loci, 11 polymorphic loci (35%) were detected in all the organisms, with an average heterozygosity of 0.10 and an average of 1.8 per locus. There were no significant differences among the four samples of observed heterozygosity or percentage of polymorphic loci. According to Hardy–Weinberg, both cultivated strains showed disequilibrium in more loci than the wild samples. Guaymas showed linkage disequilibrium in five pairs of polymorphic loci, Peñasco samples in two pairs, A in seven pairs, and B in nine pairs. Peñasco and both cultivated lineages showed evidence of recent reductions in their effective populations size. Based on the comparisons of F_st values, and the distribution of the allelic frequencies, the cultivated strains were significantly different from the two wild populations. There is evidence that strain B originated from A and the discrepancies between the strains are probably the result of genetic drift and a founder effect.     

北部湾花斑蛇鲻生物学特征的演化

根据1959-1960年、1992-1993年、1997-1999年和2009-2010年北部湾底拖网渔业资源调查的生物学资料,对花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)群体组成、生长和生殖力参数等生活史特征进行了研究。结果表明,花斑蛇鲻的平均体长从1959-1960年的185.5 mm下降到1992-1993年的163.1 mm、1997-1999年的133.2 mm和2009-2010年的130.5 mm,相应地平均体质量分别为66.5 g、46.4 g、23.8 g和22.6 g。1959-1960年、1992-1993年、1997-1999年和2009-2010年间的Von Bertanaffy生长方程的渐近体长(L)、生长参数(k)和理论初始年龄(t0)分别为497.8 mm,0.26,-0.49;424.1 mm,0.28,-0.48;385.3 mm,0.33,-0.41和342.5 mm,0.39,-0.36。体质量拐点年龄(tr)分别从1959-1960年的4.05龄提前到1992-1993年的3.66龄、1997-1999年3.05龄和2009-2010年2.43龄。50%性成熟体长(L50)则从1959-1960年111.2 mm下降到1992-1993年的105.2 mm、1997-1999年的95.6 mm和2009-2010年的96.7 mm。对于同一体长组,当前花斑蛇鲻的个体相对生殖力比20世纪60年代上升了56.4%。花斑蛇鲻种群生活史特征参数的一系列变化表明,在捕捞引起进化背景下,北部湾花斑蛇鲻种群产生了适应性进化反应,种群明显趋向小型化和低龄化,生长速度加快,性成熟提前。     

Genetic Introgression Between Arctic Charr (Salvelinus Alpinus) and Brook Trout (Salvelinus Fontinalis) in Bavarian Hatchery Stocks Inferred from Nuclear and Mitochondrial DNA Markers

Nuclear insulin-like growth factor 2 gene (IGF-2), growth hormone 1 gene (GH-1) and internal transcribed spacer 1 (ITS-1) of the ribosomal DNA as well as the mitochondrial NADH-3 and NADH-4 dehydrogenase genes (ND-3/4) exhibited species-specific restriction fragment patterns and three microsatellite loci (Sfo18, Ssa85 and Ssa197) had non-overlapping allele size ranges in Arctic charr and brook trout and were used as diagnostic markers for testing genetic purity of hatchery stocks and wild populations of Arctic charr and brook trout in Bavaria, Germany. Screening of four wild populations (three in Arctic charr and one in brook trout) revealed only a single hybrid (back-cross to brook trout) individual in L. Starnberg. In contrast, in three (out of five) hatchery stocks of Arctic charr and in both hatchery stocks of brook trout hybrids were detected with the frequency from 3 to 100%. Three hatchery stocks (SS2, SA and BS1) represent a hybrid swarm because they contained a very high proportion of hybrids (from 83 to 100%) and most or all hybrid individuals had alien alleles at only one or a few of six unlinked diagnostic loci, indicating that post-F₁ hybrids represent the majority of individuals in these stocks and introgression has taken place. Release or escape of introgressed individuals from hatcheries into natural water bodies should be avoided in order to protect the biological diversity and genetic integrity of native fish populations.     

北部湾鲔(Euthynnus affinis)的摄食习性及其随生长发育的变化

基于2008年9月-2009年9月在北部湾逐月采集的435尾鲔(Euthynnus affinis)生物学数据,对鲔生长、摄食习性及其随生长发育的变化进行了分析。结果显示,北部湾鲔属于广食性鱼类,主要摄食中上层小型鱼类,另外还包括底栖鱼类、甲壳类和头足类等。少鳞犀鳕(Bregmaceros rarisquamosus,45.50%)、青带小公鱼(Stolephorus zollingeri,11.81%)和长颌棱鳀(Theyssa setirostris,5.89%)为鲔优势饵料生物种类,并且其主要饵料生物种类随采样时间的不同而有所差异,如金色小沙丁鱼(Sardinella aurita,1月)、未能鉴定鱼类(4-7月)、长颌棱鳀(8月)、条鲾(Leignathus riviulatus,9月)、青带小公鱼(10月)、少鳞犀鳕(11–翌年3月)。体长小于340 mm的鲔个体随体长的增加其平均摄食饵料生物的个数与质量呈上升趋势;体长在341-520 mm范围内的鲔个体,随着体长的增加其平均摄食饵料生物的个数与质量总体上呈现下降趋势。鲔产卵主要集中在4-8月,根据雌性GSI(性腺成熟度指数)分析,具有两个产卵高峰期(6月、8月),产卵高峰期和中上层水温的升高有密切关系。鲔的摄食强度在性腺发育过程中波动较大,但在产卵期间,其摄食强度并未明显降低。