秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。     

秀珍菇种质资源的ITS-RFLP分析

对36个命名为秀珍菇的菌株进行ITS特异性扩增,结果显示菌株间没有多态性.根据ITS-RFLP及ITS序列,将36个菌株分为两类,第1类菌株包括Pl.g 0003、Pl.g 0006、Pl.g 0009、Pl.g 0016和Pl.g 0026,是糙皮侧耳,不是秀珍菇;余下31个菌株归入第2类,是凤尾菇,也不是秀珍菇.ITS-RFLP可应用于商业秀珍菇种性的鉴定.     

基于 COX III 基因的侧耳属真菌遗传多样性分析

侧耳属真菌是具有重要经济价值的食药用真菌, 对该属真菌的准确鉴定对菌种的分离纯化和提高 菌株生产潜力有重要意义。 其种类繁多, 种群复杂, 形态差异大, 且常会受到环境的影响, 分类鉴定不易, 常 会引起争议。 首次将 COXIII 基因用于真菌的遗传多样性分析, 侧耳属菌种经 PCR 扩增和测序后得到 13 种侧 耳属真菌的 COXIII 部分序列, 并使用粒子群算法得到 DNA 序列的二维聚类图, 用 PHYLIP 软件构建其系统演 化树, 探讨侧耳属真菌的系统亲缘关系。 结果表明： 金顶侧耳、 桃红侧耳和鲍鱼菇彼此之间以及与其他侧耳属 菌种的亲缘关系较远; 阿魏蘑和白阿魏蘑之间的关系十分密切; 糙皮侧耳、 阿魏蘑、 杏鲍菇关系较近。 结合其 他学者的研究和形态学证据, 说明 COXIII 基因可以很好地对侧耳属进行遗传多样性分析。     

基于COX Ⅲ基因的侧耳属真菌遗传多样性分析

侧耳属真菌是具有重要经济价值的食药用真菌,对该属真菌的准确鉴定对菌种的分离纯化和提高菌株生产潜力有重要意义。其种类繁多,种群复杂,形态差异大,且常会受到环境的影响,分类鉴定不易,常会引起争议。首次将COXⅢ基因用于真菌的遗传多样性分析,侧耳属菌种经PCR扩增和测序后得到13种侧耳属真菌的COXⅢ部分序列,并使用粒子群算法得到DNA序列的二维聚类图,用PHYLIP软件构建其系统演化树,探讨侧耳属真菌的系统亲缘关系。结果表明:金顶侧耳、桃红侧耳和鲍鱼菇彼此之间以及与其他侧耳属菌种的亲缘关系较远;阿魏蘑和白阿魏蘑之间的关系十分密切;糙皮侧耳、阿魏蘑、杏鲍菇关系较近。结合其他学者的研究和形态学证据,说明COXⅢ基因可以很好地对侧耳属进行遗传多样性分析。     

白阿魏侧耳及其近缘种的线粒体SSU rDNA5′端序列分析

以白阿魏侧耳(Pleurotus.nebrodensis)及其近缘种刺芹侧耳(Pleurotus.eryngii)、阿魏侧耳(Pleurotus.ferulae)为供试材料,利用差速离心法和改良的CTAB法提取供试菌株线粒体总DNA,并以此为模板,MS1和MS2为引物特异性扩增出供试菌株线粒体SSU rDNA 5′端的DNA片段,并对PCR产物纯化后进行序列测定。所测序列经比对后用BioEdit 6.0.5和MEGA 3.1软件分别对其序列长度、(G+C)含量和遗传距离进行分析,确定供试菌株间的亲缘关系。结果表明,白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳之间具有较近的亲缘关系,而且阿魏侧耳与白阿魏侧耳之间的亲缘关系比其与刺芹侧耳之间的亲缘关系更近,但白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳为3个不同的种。同时提示线粒体SSU rDNA 5′端序列可以区分不同种间亲缘关系。     

北京地区秀珍菇菌株遗传多样性的RAPD分析

[目的]找出一种适合秀珍菇的分子标记方法,研究其遗传多样性。[方法]应用RAPD技术对11株秀珍菇（Pleurotus geesteranus）菌株进行了遗传多样性分析。[结果]在供试的60条RAPD随机引物中,有13条可扩增出清晰、稳定的DNA条带。聚类分析表明,在相似系数0.820水平上,可将供试菌株分为4类：第1类包括土秀、灰平260、高平172、夏丰1号;第2类包括凤尾、秀珍菇、秀12、高678、秀18;第3类仅有3014;第4类仅有灰秀。[结论]该研究揭示了北京地区秀珍菇菌株的遗传多样性。     

8个秀珍菇菌株遗传亲缘关系初步分析

利用ISSR分子标记技术对8个秀珍菇菌株进行分析,用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。16条ISSR引物中,有8条ISSR引物多态性丰富,条带清晰。8条引物共检测到207个位点,其中多态性位点119个。在DNA指纹图谱中,引物P828、P974扩增条带多态性最高。UPGMA聚类分析结果显示,8个秀珍菇样本在遗传相似系数(GS)0.82处分成4个组,S1、S3分别单独聚为一类,S2、S5、S6聚为一类,S4、S7、S8聚为一类。结果表明,秀珍菇近缘种间具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效鉴别秀珍菇及其同属近缘种,这为秀珍菇资源的收集和分类提供了理论依据。基于ISSR分子标记技术研究秀珍菇菌株的遗传多样性和它们之间的系统发育关系,可为秀珍菇种质资源分类鉴定和育种提供参考。     

亚侧耳遗传多样性的ISSR和SRAP综合分析

对全国范围内收集到的19个亚侧耳菌株的遗传多样性进行简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)和序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,简称SRAP)分析。首先随机选取19个亚侧耳菌株中的3个样本对ISSR和SRAP引物进行基因组DNA的PCR扩增,最终成功筛选出13条ISSR引物和13对SRAP引物。利用这26个引物或引物对,以19个亚侧耳菌株的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得301条稳定且清晰的DNA条带,其中285条具有多态性。聚类分析结果表明,在相似系数为0.70时,可将19个供试菌株分为5大类。利用ISSR和SRAP分子标记技术揭示了19个亚侧耳菌株的遗传多样性,为亚侧耳优良菌株的选育奠定了理论基础。     

白灵菇的生物学特性及栽培要求

白灵菇(Pleurotus nebrodensis Inzenga)系刺芹侧耳白色变种,亦称白阿魏蘑.白灵菇是北京商业品牌名称,新疆地区称阿魏蘑,天山神菇.在新疆伊犁、塔成、阿勒泰、木垒等地区,每年春末夏初大量发生,它腐生或兼寄生在伞形科多年生药用植物阿魏蘑或刺芹植物的死根茎上.     

阿魏侧耳与白灵侧耳的菌丝体生长和出菇特性

对2个白灵侧耳和2个阿魏侧耳菌株,进行拮抗试验、菌丝体生长观察和出菇试验.结果表明:两种侧耳的菌丝形态、子实体形态和对温度的反应有很大的差异.白灵侧耳的一级种、二级种均比阿魏侧耳菌株提前3～5天长满,栽培菌袋也是如此.拮抗试验两者间产生不生长区带.两种菌丝在低温下(15～20℃)试管内都易分化原基.阿魏侧耳由于播种期不同菇体的颜色和出菇所需的时间变化很大.白灵侧耳随着秋季播种期推后出菇时间延迟,菇形无变化,两者每袋产量差异不显著.     

复合木霉菌对水稻立枯病的防治研究

应用木霉菌混合菌株防治水稻立枯病的结果表明,当不同菌株间混合时,从出苗率上看,除了有两个混合菌株处理出苗率显著低于对照和其它处理外,大多数处理间差异不显著;从对水稻立枯病的防治效果上看,只有少数组合具有增效作用,其余大多数是降效。具有增效作用的是９４３１１０＋９４５２ ３以及９４４０＿４＋９５２４＿５,总体防效最好的是９４４０＿４＋９５２４＿５,防效为９０８２％。     

转录靶向猪Jiv基因shRNA细胞株的建立 及抗猪瘟病毒转基因猪的构建

【目的】构建转入靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段的阳性细胞株,通过比较各细胞株对猪瘟病毒增殖的干扰效果,筛选对猪瘟病毒增殖有明显抑制作用的细胞株,为抗猪瘟转基因猪的构建提供材料。【方法】研究设计了靶向猪Jiv基因的4个shRNA干扰片段,并构建插入干扰片段的慢病毒(P1、P2、P3、P4)。将慢病毒分别转染PK-15细胞,阳性细胞接种猪瘟病毒后72 h用实时荧光定量PCR检测猪瘟病毒RNA的量,以比较4种干扰细胞株对猪瘟病毒增殖的干扰效果。将对猪瘟病毒增殖有较好干扰效果的P2慢病毒干扰载体转染猪胎儿成纤维细胞,获得稳定表达靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段的猪胎儿成纤维细胞株,作为抗猪瘟病毒转基因猪构建的供体细胞,将细胞核移植到成熟的去核猪卵母细胞中,获得体细胞核移植胚胎,移植入受体母猪输卵管中进行转基因猪构建,对获得的转基因猪进行外源基因的鉴定。【结果】获得了4株转入靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段的PK-15细胞株,其中转入P2干扰载体的细胞株对猪瘟病毒的增殖有明显的抑制作用,将转入P2干扰载体的猪胎儿成纤维细胞株为核供体细胞通过体细胞核移植,获得经鉴定为外源基因插入阳性的转基因猪。【结论】细胞Jiv基因的表达对猪瘟病毒的增殖有一定的影响,筛选获得的一个干扰细胞株对猪瘟病毒的增殖有明显的干扰效果;通过体细胞核移植技术获得一头转入靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段（P2）的转基因猪。     

新城疫病毒V4株NP和P基因及其间隔区序列的克隆与分析

采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分进行同源性比较,与Quuesland V4株的同源性最高。NDV V4株NP和P基因间隔区序列与其他13株NDV毒株相应部分的比较结果表明,F48E9等强毒株较La sota等弱毒、无毒毒株和试验用V4株在这个区域多了6个碱基,这6个碱基插入的位置在La sota等弱毒、无毒毒株全基因组序列的1647-1648 nt处;参比的14株NDV在这个区域的同源性为63．9％-100％,弱毒株之间的同源性较高,弱毒株与强毒株之间及强毒株之间的同源性差异较大。     

桉树根际土壤解磷细菌的分离、筛选及其解磷效果

采用选择性培养基对柳桉、邓恩桉和尾巨桉3种桉树林地根际土壤解磷细菌进行分离和筛选,并对其解磷能力进行测定.结果表明:(1)3种林分根际土壤中均存在大量的解磷细菌,其中的解有机磷细菌数量为(2.23~4.17)×104cfu·g-1,溶无机磷细菌数量为(2.05~4.00)×104cfu·g-1,解有机磷细菌数量多于溶无机磷细菌数量.不同林分根际土壤解磷细菌数量分布有差异,其数量大小为:柳桉尾巨桉邓恩桉.(2)筛选到12株溶无机磷细菌和14株解有机磷细菌,且不同解磷细菌的解磷能力存在显著差异(P0.05).12株溶无机磷细菌在无机磷培养液中的有效磷含量为55.854~367.169μg·m L-1,最大为P7菌株;14株解有机磷细菌在有机磷培养液中的有效磷含量为11.374~30.330μg·m L-1,最大为YP菌株.溶无机磷细菌溶解的无机磷含量与蒙金娜无机磷培养基的p H之间存在极显著负相关性(P0.01),解有机磷细菌分解的有机磷含量与卵黄培养基的p H之间无显著相关性(P0.05).综上所述,26株解磷细菌中,P7菌株溶解无机磷的能力最强,YP8菌株分解有机磷的能力最强,这两个菌株可作为下一步研制桉树微生物肥料的重点菌种.     

鸭疫里氏杆菌江苏分离株G＋C含量测定及DNA同源性研究

采用苯酚－氯仿混合法,提取了鸭疫里氏杆菌（Ｒｉｅｍｅｒｅｌｌａ ａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ）血清１型Ｊｂ２株,Ｊｂ３株,未定型菌Ｔｂ１株以及鸭大肠杆菌Ｅ４株和大肠杆菌Ｋ１２株的基因组ＤＮＡ。用热变性法测得Ｊｂ２,Ｊｂ３,Ｔｂ１和Ｋ１２株的解链温度分别为６８．５,６８．５,６９．０和７３．５℃（缓冲液为０．１×ＳＳＣ）。由计算可知Ｊｂ２,Ｊｂ２和Ｔｂ１株的Ｇ＋Ｃ含量分别为３５．６２％,３５．６２％和     

MDV CVI988/Rispens弱毒株VP22基因克隆和序列分析

血清I型马立克氏病病毒(MDV-1)的UL49h基因编码病毒被膜蛋白VP22在病毒的复制和传播过程中具有非常重要的作用.根据已发表的MDV-1 GA株的序列,从CVI988/Rispens弱毒株感染的鸭胚成纤维细胞中扩增VP22基因片段,结果获得大小为732 bp的PCR产物.将PCR产物克隆T载体并测序分析,结果发现,与经典强毒GA株相比,弱毒株CVI988的VP22存在3个定点突变和一个缺失性突变.缺失的位点亲水性强,并位于VP22主要的抗原决定簇区.结果证明强毒株与弱毒株的VP22存在明显差异,为利用CVI988 VP22的蛋白传导域传导目的蛋白奠定了理论基础.     

几株光合细菌的分离鉴定及净水能力分析

从养猪场的排污池池水以及淤泥中分离纯化得到4株光合细菌,分别命名为P1、P2、P3、P4.根据菌株形态特征、对碳源利用能力以及活细胞光吸收特征的鉴定结果:P1为褐螺菌属莫氏褐螺菌(Phaeospirillum molischianum),P2为红螺菌属深红红螺菌(Rhodospirillum rubrum),P3为着色菌属小着色茵(Chromatium minus),P4为红菌属东方红茵(Rhodobium orientis).在实验室条件下,测定这些菌株对灭菌污水的化学需氧量(COD)去除率,以衡量它们的净水能力.结果显示,P1,P4对污水的COD降低作用最明显,COD降低率分别为55.2%和37.9%.     

中国与美国松材线虫体表细菌在线虫体表对峙及对松苗致病性

松材线虫体表的细菌存在演替现象,美国松萎蔫病危害不严重的原因可能是松材线虫体表细菌演替的结果。利用美国线虫体表的细菌来替代中国线虫体表的细菌,从而降低中国松萎蔫病的流行,为松萎蔫病的生物防治提供了可能。为此,本研究从3株美国松材线虫体表分离得到15株细菌菌株,并确定MG3、MG4、MG5、MG8、MG9、MG11、MG12为优势菌株。用中国松材线虫体表的4个致病细菌菌株YG1、YG2、YG3、YG4分别和15株美国菌株在实验室条件下进行对峙,发现美国MG4、MG5、MG8、MG9等菌株在松材线虫体表具有很强的竞争能力。用竞争能力最强的3个美国菌株MG5、MG8、MG9,混同无菌松材线虫分别对黑松、马尾松、湿地松和油松进行接种,发现相对于中国YG2菌株,美国菌株MG8和MG9对4种松树的致病性均明显较低。提出美国菌株MG8和MG9可以作为生物防治的候选菌株。      

湖南多花黄精根腐病病原菌的分离与鉴定

【目的】明确多花黄精根腐病在湖南地区的发生规律及其病原菌种类,为湖南多花黄精根腐病的综合防治及GAP （中药材生产质量管理规范）种植提供科学依据。【方法】以湖南地区具有典型根腐病症状的多花黄精植株为材料,采用传统的平板分离法对其病原菌进行分离纯化,通过rDNA-ITS序列分析及形态学观测鉴定病原菌的种类和分类地位,并依据Koch's法则验证病原菌的致病性。【结果】湖南地区的多花黄精根腐病以生长旺盛期（5—7月）发生最严重,平均发病率为12%,严重时可达20%;发病部位主要是多花黄精根部。从患典型根腐病多花黄精根茎的病健交界处分离获得4株分离菌株（G1~G4）,菌株G1、G2和G4经PCR扩增分别获得511、573和573 bp的目的条带,菌株G3因PCR扩增条带混杂,导致测序失败。菌株G1与F.foetens（GenBank登录号NR_159865.1）的rDNA-ITS序列相似性为99.22%,菌株G2和G4与F.hostae（GenBank登录号NR_171109.1）的rDNA-ITS序列相似性为99.81%。菌株G1在PDA培养基上生长较快,培养7 d后其菌落直径为6.7 cm,气生菌丝致密,呈毡状,白色至粉紫色;菌株G2和G4在PDA培养基上培养7 d后其菌落直径为6.2 cm,气生菌丝呈放射状,白色至淡黄色。将菌株G1、G2和G4分别接种至健康多花黄精植株的根茎上,接种10 d后均表现出强致病性,呈典型的根腐病发病症状。其中,菌株G1接种10 d后多花黄精根茎开始变褐腐烂,且伴有明显的腥味;菌株G2和G4接种10 d后多花黄精根茎初期变褐色,后期病斑腐烂部分的根茎出现凹陷。【结论】不同地理位置、栽培方式及黄精品种,均有可能导致黄精根腐病的发生情况及其病原菌存在差异,在一定程度上增加了黄精根腐病防治工作的难度,且给后期的产品加工带来安全隐患。F.foetens和F.hostae是引起湖南多花黄精根腐病的致病菌。     

大豆糖蜜中高产乙醇菌株的筛选及其生长特性研究

采用TTC平板法、乙醇耐性测定以及产乙醇性能三级筛选等方法,从大豆糖蜜中分离的1380株野生菌中,筛选到一株可耐受20％（v/v）乙醇、初始发酵乙醇浓度达9．07％的菌株P14。研究了该菌在大豆糖蜜中的生长特性,确定了其最适生长条件为：在转速140r。min^-1下培养,其中糖浓度12％,接种量4％,生长温度26℃,pH6．0。在此条件下,摇瓶培养16h获得最佳的发酵种子培养液。