犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测

将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列(GenBank编号为:AEV77096.1)与Gen Bank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProtein server在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12¹8、6118、61⁶6、24366、243²46、410246、410⁴15、421415、421⁴29、434429、434⁴47、452447、452⁴56、480456、480⁴87氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。     

猪水肿病大肠杆菌SLT-IIeB蛋白的B细胞抗原表位预测

基于SLT—IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域．利用Kyte—Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson—Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位．综合以上方法最终预测SLT—IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT—IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31—36区段内。     

猪水肿病大肠杆菌FedF的B细胞抗原表位预测

目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Oarnicr-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPrcd在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51．57、115．122,148．153、199．206、225：232、254．259区段内。     

羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及B细胞和T细胞抗原表位预测

为了预测羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及其优势B细胞和T细胞抗原表位,分别利用在线软件ProtParam预测ORFV113蛋白的理化性质,DeepTMHMM预测其跨膜区,SignalP 6.0预测其信号肽,SOPMA预测其二级结构,PSORT预测其亚细胞定位,ABCpred预测其优势B细胞表位,IEDB预测其优势细胞毒性T细胞表位。结果：ORFV113蛋白由208个氨基酸组成,为不稳定亲水性蛋白,分子质量约22.08 ku,理论等电点(PI)为4.36,在3～25 aa处存在1个跨膜区,不含信号肽,主要定位于细胞质膜;ORFV113蛋白的二级结构由延伸链(16.35%)、α-螺旋(23.08%)、β-转角(4.81%)、无规则卷曲(55.77%)组成;ORFV113蛋白存在11个优势B细胞表位,分别位于164～179 aa、62～77 aa、132～147 aa、120～135 aa、138～153 aa、101～116 aa、56～71 aa、188～203 aa、175～190 aa、49～64 aa、108～123 aa;存在3个优势T细胞表位,分别位于63～71 aa、...     

B细胞抗原表位预测方法的研究进展

抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。     

鸭肝炎病毒VP1蛋白B细胞抗原表位预测及变异分析

以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位.结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1 B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大.     

PRRSV-GP5基因的克隆及其蛋白结构和B细胞表位预测

应用RT-PCR扩增PRRSV-GP5目的基因,将纯化DNA与pMD18-T载体连接并转化入DH5α菌株,将阳性重组质粒进行测序和同源性对比。以此基因为材料,应用同源模型化的方法建立其3D结构和DNAStar软件预测其二级结构、亲水性、抗原指数、表面可及性及柔韧性,并综合分析了其B细胞抗原表位。结果表明,该基因高度保守,同时PRRSV-GP5蛋白呈现较规则的空间结构,其肽段32～36、51～53、140～142、146～151和196～197可能是其优势B细胞抗原表位区域,该结果将为PRRSV-GP5基因工程疫苗的研究和体外表达产物的应用提供理论依据。     

Ⅰ型与Ⅱ型IBDV前体多聚蛋白B细胞抗原表位的预测与比较

用生物信息学方法比较了GenBank中9株Ⅰ型IBDV与2株Ⅱ型IBDV基因片段A前体多聚蛋白的推导氨基酸(aa)序列,预测并分析了上述两型IBDV毒株前体多聚蛋白的线性B细胞抗原表位.结果表明,两型IBDV毒株的前体多聚蛋白有75个aa残基的差异,其上大多数预测B细胞抗原表位的位置及其指数值均无明显差异;但两型IBDV在第3～10位中的aa残基差异影响了该序列肽的预测指数和结构,以及与Ⅰ型IBDV多抗的反应性.     

细胞的抗原表位研究方法

多表位疫苗有望成为预防多种病原体感染的理想疫苗,因而被认为是将来疫苗的发展方向。抗原表位是研究抗原的免疫机制和表位疫苗的基础,近年来在表位研究方面取得了一些可喜的进展,特别是抗原表位的研究方法。B细胞表位的研究方法已经不局限于通过交叠合成多肽进行研究,又诞生了噬菌体随机肽库以及表位预测等方法;在T细胞抗原表位的研究方面也有了相应的预测方法,尤其是将ELISPOT试验、体外抗原提呈试验等应用于T细胞表位活性的鉴定,极大的促进了T细胞表位的研究进展。文章全面系统地对B细胞表位与T细胞表位的研究方法的进展进行了综述。旨在为表位和表位疫苗的研究提供先进的多种技术方法。     

猪圆环病毒2型CAP蛋白B细胞表位预测与分析

基于PCV2 CAP蛋白的氨基酸序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案、Karplus方案Jameson-wolf抗原指数方案,辅以对PCV2 CAP蛋白的二级结构柔性区域分析,并结合吴玉章氨基酸抗原指数计算方法预测CAP蛋白的B细胞表位。结果表明,最有可能的B细胞优势表位位于CAP蛋白N端第4~18,23~28,32~41,57~64,96~103,175~182区段和第224~233区段。本研究用多参数预测PCV2 CAP蛋白的B细胞表位,为多肽疫苗的设计提供理论依据。     

狐貉源犬瘟热病毒F蛋白基因的二级结构及其B细胞抗原表位预测

以犬瘟热病毒基因组序列为材料,采用Garnier-Robson、Chou-Farsman和Karplus-Schultz方法预测了其结构蛋白的二级结构,用Kyte-Doolittle方法对结构蛋白的亲水性进行了分析,用Emini方法预测了结构蛋白的表面可及性,以Jameson-Wolf方法预测了蛋白的抗原指数,综合评价了犬瘟热病毒F蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:F蛋白N端含有抗原指数较高的区域,提示可能含有潜在的B细胞优势抗原表位。     

猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测

以TGEV基因组序列为基础,运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析,Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数,Emini方法预测了N蛋白的表面可能性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11～31、52～65、128～147、155～188、210～227、313～319、331～347区段,α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12～31,154～191,204～243,309～320,329～354区段,而这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。     

马疱疹病毒1型gB糖蛋白线性B细胞表位的预测与鉴定

试验旨在应用生物信息学技术综合分析马疱疹病毒1型（equine herpesvirus 1,EHV-1） gB糖蛋白,预测B细胞表位,筛选出具有潜在诊断价值的线性B细胞表位。将EHV-1 gB糖蛋白的基因序列输入DNAStar软件中的Protean工作区中,经参数综合比较分析筛选潜在的B细胞表位,克隆、表达预测表位的基因片段,利用表达的融合蛋白作为抗原与马疱疹病毒阳性血清反应。经预测分析,gB糖蛋白的B细胞表位可能位于第6-10、23-32、53-65、72-98、111-120、152-166和173-180位氨基酸区域。本试验成功构建并原核表达含7个潜在B细胞表位的融合蛋白。Western blotting试验结果显示,其中5个融合蛋白能被马疱疹病毒阳性血清识别。本试验利用生物信息学技术结合分子生物学技术成功筛选到5个潜在的B细胞表位,为EHV-1表位诊断、表位疫苗抗原的设计奠定了技术基础。     

猪内源性反转录病毒囊膜蛋白基因的克隆及其蛋白二级结构和B细胞表位预测

猪内源性反转录病毒（PERV）是与猪-人异种移植病原安全性密切相关的一类病毒。env基因编码病毒的囊膜蛋白,它与病毒的亚型分类、宿主感染范围、细胞的嗜性以及对宿主细胞的感染机制、诱导宿主产生中和抗体等密切相关。本研究利用RT-PCR的方法,从五指山小型猪外周血淋巴细胞中扩增PERV的囊膜蛋白基因并进行测序,随后用生物信息学相关软件和方法,对PERV-Env蛋白二级结构及B细胞表位进行预测。经综合分析评价,结果发现PERV-Env蛋白有18个可能的B细胞优势抗原表位区域,7个可能的糖基化位点。该分析预测结果不但有利于PERV疫苗的设计、单抗及诊断试剂研制,而且将有助于分析Env蛋白的功能及PERV对人源细胞的感染机制。     

猪流行性乙型脑炎病毒B细胞多表位抗原的表达及免疫原性分析

流行性乙型脑炎病毒(JEV)可引起猪的繁殖障碍性疾病。本文利用基因重组技术,选取JEV prM/M、E、NS1蛋白的6个B细胞抗原表位,设计B细胞多表位基因,构建原核表达质粒,在大肠杆菌BL21中表达融合重组蛋白rMEP。纯化的rMEP免疫小鼠,通过抗体、中和抗体及亚型检测研究其免疫原性。结果表明,rMEP在上清中高效表达,Western blot结果证实rMEP具有较好的抗原性。在小鼠免疫模型中,rMEP免疫组小鼠血清中产生较高水平的针对rMEP的抗体和特异性中和抗体,且rMEP可诱导产生IgG1和IgG2a抗体,但以IgG1为主。这些结果表明,构建的JEV B细胞多表位蛋白能够刺激小鼠产生较强的体液免疫应答,为研究JEV的多表位疫苗提供新的思路和参考。     

乙型脑炎病毒E蛋白抗原表位多肽序列鉴定及分析

为了对流行性乙型脑炎病毒(JEV)E蛋白抗原表位E19进行核心序列定位,本研究设计了一系列编码相互部分重叠短肽核苷酸序列,原核融合表达后经western blot分析,确定其抗原表位核心序列为150ENHGNYS156.该表位在乙型脑炎不同基因型的各种病毒株间为高度保守序列;根据JEV E19表位与同一血清群其他黄病毒之间的差异,在同源序列位置设计了系列突变短肽,融合表达后western blot分析的结果表明,其他黄病毒属病毒同源序列不能与抗JEV阳性血清反应.本实验结果表明JEV E蛋白抗原表位E19具有鉴别检测JEV与西尼罗病毒等其它黄病毒的意义.本实验为进一步研究E蛋白结构和功能以及建立乙型脑炎临床鉴别诊断方法奠定了分子生物学基础.     

绵羊痘病毒ORF121基因的序列分析及其B细胞表位预测

选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORF121蛋白B细胞表位.结果表明:4株不同绵羊痘毒株OBF121基因核苷酸序列的同源性为99%;在ORF121蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象.结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区,具有潜在的疫苗或/和诊断价值.     

绵羊痘病毒ORFl21基因的序列分析及其B细胞表位预测

选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORFl21蛋白B细胞表位.结果表明:4株不同绵羊痘毒株ORF121基因核苷酸序列的同源性为99%;在ORFl21蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象.结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区.具有潜在的疫苗或/和诊断价值.     

新型鸭肝炎病毒GD1株VP1结构蛋白的基因分析及B细胞抗原表位预测

对新型鸭肝炎病毒(DHV)GD1株VP1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。采用DNAStar Protean软件对VP1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可能性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布。结果表明,VP1基因长720 bp,编码240个氨基酸。与国内和韩国分离的新型毒株的氨基酸序列相似性最高,分别为99.6%,92.9%和92.5%。与台湾新型DHV的序列相似性均较低,分别为80.6%,80.2%,与传统的Ⅰ型DHV毒株的序列相似性最低,相似度仅为25.5%。较1型DHV存在多个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～220位。VP1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,有多个区域为B细胞优势表位。该方法预测的B细胞表位结果有较高的准确度,为试验确定新型DHV毒株的VP1结构蛋白的B细胞表位和新的多表位疫苗设计提供了理论基础。