猪流行性腹泻病毒S基因序列分析

根据猪流行性腹泻病毒S基因序列设计引物,应用RT-PCR方法从广东省某猪场采集的初生仔猪腹泻样品检测猪流行性腹泻病毒,并将其克隆测序分析。结果表明,病料样品中有猪流行性腹泻病毒,S基因与KNU-0801、KNU-0901亲缘关系最近,处于同一个分支;与弱毒疫苗株CV777的S基因亲缘关系较远,处于另外一个分支。     

宁夏某猪场猪流行性腹泻紧急流行病学调查

2017年5月10日,宁夏回族自治区动物疾病预防控制中心接到青铜峡市某规模化猪场发生大规模腹泻的报告。经流行病学调查和实验室检测,确定猪流行性腹泻病毒是导致该猪群发生大规模腹泻的主要原因,生物安全管理水平不高、运输车辆或人员进场管理不严是疫病传入的主要风险因素;场内管理不严是疫情扩散的原因。按照调查建立的病因假设,采取了针对性防控措施,包括对猪场的入场清洗消毒设施等进行升级改造,加强饲养管理等。半年内该场未再发生大规模猪腹泻疫情。     

连云港市规模猪场猪流行性腹泻流行病学调查

采用RT-PCR方法对从连云港市64个规模猪场(发生腹泻病)采集的960份猪肛拭粪便样本进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测(其中腹泻样品640份、非腹泻样品320份),所有样本PEDV感染阳性率为38.33%(386/960),其中腹泻样本达46.25%(296/640),非腹泻样本达22.5%(72/320),哺乳仔猪达41.23%(336/815),育肥猪达22.07%(32/145),猪场阳性率为78.125%(50/64)。结果表明PEDV在连云港地区规模猪场腹泻猪群中感染率较高。     

四川部分地区猪流行性腹泻的分子流行病学调查

本研究对四川猪流行性腹泻病毒(PEDV)开展了分子流行病学调查。参照毒株CV777的M基因序列,设计1对特异性引物(预期扩增大小为392bp),建立了快速检测PEDV的RT-PCR技术,对四川9个地区规模化猪场的75份仔猪腹泻病料进行检测与分析。再根据S基因的变异区域设计1对引物(扩增大小为947bp),选择扩增了四川9个地区的代表样品的S基因序列,并进行了进化与变异分析。结果显示,建立了检测PEDV的M基因的RT-PCR技术,并确定了最佳反应条件和反应体系,用该方法检测了四川75份腹泻病料,检出64份PEDV阳性,PEDV阳性检出率为86.67%,结果显示PEDV在四川地区发病季节除冬春季外,近年夏季也呈高发趋势。四川9株PEDV的S基因的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为95.1%~100%,四川毒株与14个国内外参考毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为84.6%~99.5%和84.2%~99.5%;四川流行毒株的S基因(S蛋白)存在碱基(氨基酸)缺失和插入现象。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了四川部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导该地区PEDV科学防控提供了依据。     

河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻病毒流行情况调查及S1基因序列分析

为初步调查河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻(PED)分子流行病学情况,试验于2022年1月—12月从河北省邢台市及周边县(市、区)采集疑似感染PED猪肠道病料或新鲜粪便共206份,采用荧光定量PCR技术检测样品猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率;同时采用RT-PCR法扩增部分PEDV阳性病料S1基因序列,根据S1基因序列特征分析毒株基因型和变异情况。结果显示：共47份样品为PEDV核酸阳性,平均阳性率为22.82%,其中腹泻仔猪、育肥猪和母猪样品PEDV检出率分别为27.05%、15.15%和20.83%;采用RT-PCR法共扩增6份PEDV阳性样品S1基因部分序列,进一步序列分析发现5个毒株属于PEDV变异株,1个毒株属于PEDV经典株。研究结果表明,河北省邢台市及周边地区PED流行情况较严重,且同时流行PEDV经典株和变异株,但PEDV变异株为优势基因型。     

2020—2022年玉溪市猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查及遗传进化分析

为了解近年玉溪市猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)流行及遗传进化情况,本研究采集了2020—2022年间玉溪市4个养猪场的临床腹泻样品33份,采用RT-qPCR方法调查PEDV的流行情况,再用RT-PCR方法扩增PEDV阳性样品的M基因,分析病毒的遗传进化。流行病学调查结果显示,33份腹泻样品中,RT-qPCR检测PEDV阳性率为39.39%(13/33)。PCR扩增13份阳性cDNA样品M基因,测序结果证实为PEDV M基因片段。基于M基因遗传进化分析结果显示,玉溪市猪群流行的PEDV均属于基因2型,与其他代表毒株基因同源性为97.06%～99.56%,氨基酸同源性为96.48%～99.56%。结果表明,玉溪市PEDV以基因2型为主,提示需要选择更有效的疫苗来控制PEDV的流行。     

猪流行性腹泻病毒云南省流行毒株S1基因序列分析

为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的流行现状及现有疫苗株的保护效果,从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因,利用生物信息学方法,对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等。结果显示：2份样品位于G1基因群,其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群。7份G2b基因亚群样品的核苷酸和推导氨基酸同源性较高,与G2基因群的AJ1102和L/W/L疫苗株处于不同基因亚群且同源性较低,并在第13、139、289和363位发生了不一致的突变位点;与现有疫苗株相比,在抗原中和位点COE区域以及其他区域,有明显的抗原性变化。结果表明：云南省存在G1基因群和G2b基因亚群PEDV同时流行,但以G2b基因亚群为主;流行株和疫苗株间存在较远的遗传和亲缘关系,以及氨基酸突变和抗原性差异,这很可能是导致目前PED控制不理想的原因,因此需要研发安全有效的疫苗。     

上海市某腹泻猪群猪流行性腹泻病毒检测及全基因序列分析

猪流行性腹泻（PED）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染引起的仔猪严重腹泻性疾病,传播快,发病急,死亡率高,给我国养猪业造成巨大损失。2021年10月上海某猪场产房仔猪发生腹泻,发病率为30%～50%,死亡率为20%～30%,猪群之前进行过疫苗免疫。粪便样本经猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（RV）荧光RT-PCR检测,结果显示：PEDV检测为阳性,TGEV和RV检测均为阴性。经全基因测序后进行系统进化分析,结果显示：全基因序列属于GⅡ-c亚群,S基因序列属于GⅡ-b亚群,与目前的经典疫苗株CV777和变异株AJ1102相比,CV777的全基因和S基因都属于GⅠ-b群,AJ1102的全基因和S基因都属于GⅡ-b亚群,研究结果表明新基因型的PEDV已在上海地区流行,而传统疫苗株无法提供好的免疫效果,提示新的防控策略的制定和有针对性的疫苗的生产和使用,对于预防PEDV感染和流行有重要意义。     

2012年广东猪群腹泻流行病学调查

为了解2012年广东猪群腹泻的发病状况,对全省19个地级市102个不同养殖规模的猪场进行了猪群腹泻的流行病学调查。采集236份肠道和粪便样品,采用猪流行性腹泻病毒(PEDV)-猪轮状病毒(PRo V)-猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)三重荧光RT-PCR方法进行病原检测。结果显示,猪群腹泻的场阳性率高达68.63%,发病率为37.76%,病死率为50.26%。从规模看,以存栏母猪100头以下的猪场群内发病率和病死率最高,分别为63.55%和66.75%;从生长阶段(用途)看,以哺乳仔猪的发病率和病死率最高,分别为47.74%和61.11%;免疫率高、生物安全措施好的场发病率和病死率均较低。PEDV阳性率为33.05%(78/236),PRo V阳性率为17.8%(42/236),未检测到TGEV。因此认为,广东猪群腹泻流行面广,导致猪病毒性腹泻的病原以PEDV为主,且以哺乳仔猪发病和死亡最多。     

北京地区猪主要病毒性腹泻疾病的流行病学调查

为了解近年来北京地区猪主要病毒性腹泻疾病的发生发展状况,2012-2013年,从北京地区昌平、延庆、大兴、顺义等区县的规模化猪场、养殖户等试验场点,采集样品1 201份,利用多重RT-PCR方法进行了检测,结果显示,样品中猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)阳性率为2.58%,猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率为4.66%,猪轮状病毒(Po RV)阳性率为6.16%。春季TGEV、PEDV和Po RV阳性率分别为0.69%、6.25%、5.56%,夏季TGEV、PEDV和Po RV阳性率分别为1.04%、5.19%、12.21%,秋季TGEV、PEDV和Po RV阳性率分别为0.72%、4.35%、5.07%,冬季TGEV、PEDV和Po RV阳性率分别为0.00%、2.63%、6.58%。说明Po RV在猪群中普遍存在,尤其是夏季受环境条件影响更为高发。而PEDV作为高发病率、高死亡率腹泻的主要病因应受到高度关注。北京地区PEDV、TGEV近年来受季节因素影响不明显,提醒长期加强猪主要病毒性腹泻疾病的预防与控制。     

2021年广东省猪流行性腹泻病毒分子监测和部分S基因序列分析

广东省是生猪消费大省,也是养猪大省。猪流行性腹泻病毒引起的猪流行性腹泻严重威胁着生猪健康,尤其是对产床仔猪危害巨大,严重者可引起仔猪100%死亡。本研究对2021年采集的来自广东省主要地市养猪场的379份样品进行监测,样品阳性率13.19%。对获得的8株S基因与参考序列进行比较,发现其与疫苗株（CV777、DR13、AJ1102、LW、ZJ08）同源性较低,而与流行株（SDFQ、SDSJ、SXZJ、JXTQ）同源性较高;遗传进化树分析也显示本研究获得的毒株多与流行毒株在同一分支。综上分析,通过一年的监测表明猪流行性腹泻病毒仍然在猪场流行,并且多以流行毒株为主,揭示今后仍要做好猪流行性腹泻病毒流行毒株的预防和控制。     

猪流行性腹泻病毒流行病学调查综述

由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引发的猪流行性腹泻在世界范围内造成了巨大的经济损失,给广大养猪业主带来了沉重的苦恼。针对近年来我国PEDV的流行病学进行综述报告,为广大临床兽医人士提供一个基础性认识。     

安徽部分地区冬春季仔猪腹泻的流行病学调查与分析

2012年1-3月间,通过定点监测、问卷调查、实地调查和实验室检测等方式,对安徽省16个市、50个县的757个养猪场(户)的仔猪腹泻发病情况进行了流行病学调查,并采集74份发病或病死仔猪样品肠内容物进行实验室检测.结果表明,安徽省仔猪腹泻主要以流行性腹泻、猪传染性胃肠炎为主,其中猪流行性腹泻病毒阳性率为89.2％,猪传染性胃肠炎病毒样阳性率为10.8％,饲养管理条件差和环境气候多变等是冬春季仔猪腹泻多发的重要诱因.     

猪流行性腹泻病毒部分S1基因克隆

为研究江西省PEDV流行株可能的变异情况,作者采用RT-PCR成功扩增了PEDV的部分S1基因,并将其克隆至T载体,经测序同源性分析,与PEDV标准毒株同源性在95%以上,说明成功的克隆了PEDV病毒部分S1基因,为将来进一步研究打下基础。     

猪流行性腹泻病毒JS2017株的分离鉴定及S基因序列分析

为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。     

猪流行性腹泻病毒变异株XP2018的分离及S基因序列分析

本研究旨在从临床仔猪腹泻样品中分离猪流行性腹泻病毒(PEDV),并对其S基因进行测序分析.对腹泻仔猪小肠样品进行RT-PCR检测、病毒的分离培养、RT-PCR和间接免疫荧光鉴定、S基因测序及遗传演化分析.结果显示:仔猪腹泻由流行性腹泻病毒引起;在Vero细胞上成功分离流行性腹泻病毒,命名为XP2018,该毒株细胞病变明...     

6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的特点,掌握其遗传变异情况,本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定;应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示,6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp,编码1 387个氨基酸,与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间,氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间;进化树分析结果显示,6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近;与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明,PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化,近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。     

沈阳地区1株猪流行性腹泻病毒S1基因序列测定与分析

利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(⁵⁶G、⁵⁹QGVN⁶²和⁶⁹G)和6个氨基酸的缺失(⁷³N、¹⁵⁷FA¹⁵⁸、³⁸⁰YL³⁸¹和⁵²¹G),且在2个主要中和抗体表位(aa499～637和aa763～770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%～92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%～98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。     

广西猪流行性腹泻流行病学调查

对广西6个市的6个规模化猪场进行了猪流行性腹泻流行病学调查。对其中4个猪场统计，在11090头猪中，患流行性腹泻的猪4658头，发病率为42％；死亡265头，病死率为5．69％。对6个猪场的170头份血清检测，阳性血清14份，阳性率为8．24％。结果表明广西的一些规模化猪场有猪流行性腹泻存在。     

广西猪流行性腹泻流行病学调查

对广西6个市的6个规模化猪场进行了猪流行性腹泻流行病学调查。对其中4个猪场统计,在11090头猪中,患流行性腹泻的猪4658头,发病率为42%;死亡265头,病死率为5.69%。对6个猪场的170头份血清检测,阳性血清14份,阳性率为8.24%。结果表明广西的一些规模化猪场有猪流行性腹泻存在。