基于16S rRNA测序揭示杜洛克猪早期体重与肠道微生物的关系

本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。     

基于16S rRNA测序分析PRRSV感染仔猪肺和肠道中微生物菌群的变化

本试验旨在探究猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)感染对仔猪肺、肠道中的菌群影响以及肺和肠道的组织学变化。试验选取35日龄断奶健康仔猪14头,适应性饲养7 d,随机分为感染组(n=7)和对照组(n=7),感染组仔猪接种2 mL 1×10⁵ TCID₅₀·mL^-1PRRSV-JTS毒株病毒液,对照组仔猪接种2 mL DMEM培养基。感染组3头仔猪分别于10、12和19 d死亡,将存活的感染组与对照组仔猪于21 d后处死,并取肺、不同肠段组织样品以及肠道内容物。采用免疫组化染色和HE染色观察肺和肠道组织病理学变化,并基于16S rRNA基因的高通量测序分析仔猪肺和各肠段菌群结构。结果表明,感染组仔猪肺部和肠道均有病毒分布;与对照组仔猪相比,感染组仔猪肺部和肠道均存在明显的炎症反应。微生物组成结构及多样性分析显示,感染组仔猪Chao1、ACE指数在肺中上升,在仔猪各肠段中下降,Shannon、Simpon指数在肺中升高,在...     

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明：雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(Shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae＿Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(Streptococcus,3.74%)、SMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(P<0.05);在...     

水貂肠道枯草芽孢杆菌的分离及16S rRNA鉴定

为了获得水貂的有益菌种,及研制毛皮动物益生菌制剂提供基础,并为进一步深入研究枯草芽孢杆菌提供参考,从健康水貂的肠道中分离纯化出1株枯草芽孢杆菌,编号为 P2,通过形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA 序列分析及同源性比较进行综合鉴定,结果显示菌株 P2与菌株 Bacillus subtilis CICC 10023（GU980947.1）亲缘关系最近,同源性达到了99.9%,因此鉴定 P2菌株为枯草芽孢杆菌。     

基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异

提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella＿1、Treponema＿2、Prevotellaceae＿NK3B31＿group、Eubacterium＿coprostanoligenes＿group、p-1088-a5＿gut＿group、Prevotella＿9、阿克曼菌属、Prevotellaceae＿UCG＿009、Ruminococcaceae＿UCG-014、Ruminococcaceae＿NK4A214＿group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链...     

水貂奇异变形杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列分析

从辽宁某貂场发病水貂中分离到1株致病菌,命名为PMSD株,通过形态学观察和生化试验等常规鉴定发现符合奇异变形杆菌特性,进一步经VITEK 2Compact 30全自动细菌鉴定及药敏分析系统鉴定该株细菌为奇异变形杆菌。药敏试验结果显示PMSD株对氨基糖苷类药物、喹诺酮类药物等敏感,而对β-内酰胺类药物和磺胺类药物等不敏感。以细菌16SrRNA基因为模板应用通用引物进行PCR扩增,得到PMSD株的16SrRNA基因序列,长约1 504bp,提交到GenBank中,登录号:KM229530。将该序列与GenBank中序列进行BLAST比对,结果发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达99%以上。选取其中前20株作为参考序列,运用生物学软件构建系统发育树并进行同源性比对,结果表明,分离菌PMSD株与20个代表菌株的同源性为98.9%~99.7%,其中与BB2000株、HI4320株、B1株和FCC141株同源性最高,为99.7%。本研究为预防和控制奇异变形杆菌引起的水貂疾病奠定了一定的基础。     

基于16 S rRNA测序分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化

为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属.结果 显示:冰鲜鸡腐败过程中微生物丰富度和均匀度均显著下降,保存5d和7d样本与保存1d和3d样本微生...     

猪不同发育阶段肠道微生物菌群特征分析

为研究不同生长发育阶段猪肠道微生物菌群结构与特征的差异,本研究将50头28日龄体重8 kg左右的杜×长×大断奶仔猪随机分为5栏,分别在第60、90、120、150、180日龄饲喂前,从每栏随机挑选5头猪,每头采取100 g左右的新鲜粪样,采用16S rRNA高通量测序技术对微生物多样性进行研究。结果显示:通过菌群分类学分析发现,不同时期猪肠道微生物分布于22个门、42个纲、74个目、119个科、321个属和579个种,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、螺旋体门(Spirochaetae)为主要优势菌门,不同时期的特异菌群显著差异;对丰度值前30的肠道菌群与血液免疫抗体浓度进行相关性关联分析发现,IL-2浓度与12个菌群存在显著相关性,IL-6浓度与14个菌群存在显著相关性,IgG浓度与12个菌群存在显著相关性,IgM浓度与11个菌群存在显著相关性,IgA浓度与26个菌群存在显著相关性。综上表明,猪肠道微生物菌群结构与组成在不同生长发育阶段均存在显著差异,对猪免疫性能具有重要作用。     

以16S rRNA为基础的检测技术在肠道菌群研究中的应用

肠道微生态菌群是一个非常复杂的微生态系统。胃肠菌群对于宿主的健康和生产成绩非常重要。依赖于以细菌分离培养为主的传统分析方法已经远远不能适应深入研究的需要。近些年围绕16S rRNA发展起来的分子方法在肠道微生态菌群研究中的应用越来越广,本文将就这些方法的应用情况作一简述。     

16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用

在细菌的进化过程中,rRNA结构既具保守性又具高变性.保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,rRNA是属种鉴定的分子基础.因此,可以利用保守区设计通用引物扩增细菌的相应靶序列,再利用可变区的差异鉴别菌种,文章就16S rRNA、 23s rRNA和16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用做以下综述.     

16S rRNA基因测序分析犬骨癌的癌内菌群特征

本研究旨在分析患骨癌犬的癌组织的菌群特征及其与癌旁组织菌群的构成差异,进而探究癌内菌群对犬骨癌发生发展的影响。提取癌组织与癌旁组织菌群的基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析两者的菌群特征,并利用Tax4Fun对其菌群进行功能预测。结果发现,2组菌群的丰富度指数(Ace、Chao1)和多样性指数(Shannon、Simpson)无显著性差异(P>0.05)。相对丰度方面,2组样本在门水平的菌群主要是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门,其中癌组织的拟杆菌门(t=0.114,P=0.039)、广古菌门(t=0.067,P=0.017)、脱硫菌门(t=0.019,P=0.002)以及螺旋菌门(t=0.021,P=0.072)显著高于癌旁组织;在属水平上主要由绿脓杆菌属、乳杆菌和链球菌属等组成,其中癌组织的甲烷杆菌属(t=0.495,P=0.02)、互营杆菌属(t=0.495,P=0.004)以及Sarcina属(t=0.436,P=0.011)显著高于癌旁组织,且癌旁组织中不含有Sarcina属。PCoA图提示2组肠道菌群有显著性差异;LDA差异贡献分析发现2组之间共有27个物种存在显...     

水貂12S rRNA基因的克隆

为探讨水貂的系统发育关系,对金州水貂的12S rRNA基因进行了克隆测序,序列长度为450 bp。结果表明,金洲水貂的12S rRNA基因与伶釉的同源性为92.48%,与林釉的同源性为91.83%,与北美水貂的同源性为90.99%,与獾的同源性为90.99%。     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异,筛选出腹泻驴驹的特异性菌群,试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份,利用16S rRNA高通量测序技术,对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比,在门水平上,厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中;在属水平上,腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异,厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

16S rRNA基因检测技术在肠道微生态研究中的应用

动物肠道是多种细菌的良好生存环境,相当一部分肠道菌长期定居在肠道内,对宿主有益无害,这类菌群被称之为肠道正常菌群。肠道正常菌群在宿主内生存和增殖,对维持宿主组织器官的正常结构和功能起着十分重要的作用,它们能够在肠内壁     

新疆某牛场大肠杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

为了调查新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的原因并确定病原,无菌采集15份腹泻犊牛粪样进行病原的分离培养,采用形态学观察、生化试验、血清学和致病性分析等方法鉴定分离菌株,利用大肠杆菌16SrRNA通用引物进行基因序列扩增并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的其他菌株序列进行同源性比对,采用Mega...     

应用16S rRNA测序技术分析冷暖季节放牧牦牛瘤胃细菌区系特征的研究

试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组（暖季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液）、BT组（冷季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液）、DO组（暖季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液）和DT组（冷季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液）。结果表明,在门水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中拟杆菌门、软壁菌门丰度在冷季明显高于暖季,而厚壁菌门和互养菌门的丰度在暖季明显高于冷季。在属水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中产酸糖酵菌属、Papillibacter的菌属丰度在冷季明显高于暖季,而未分类-普雷沃氏菌属和欧氏菌属丰度明显降低。功能预测中显示,在冷季时期1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃微生物区系中的聚糖生物合成与代谢功能、酶家族和脂质代谢和运输和分解代谢功能等相关基因的表达量明显高于暖季,而翻译功能相关的基因表达量明显低于暖季。研究表明,暖季放牧牦牛瘤胃水解产物降解菌群在种类、数量、能量代谢等方面均高于冷季,表明暖季放牧更有利于牦牛瘤胃细菌区系的生长发育。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析生鲜水牛乳在加工前的细菌多样性

本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性.分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序及BLAST比对.结果显示,在属水平,刚挤出3...     

狍18S rRNA基因的克隆测序

为了研究狍与鹿种其它动物之间的系统关系和进化历史 ,用所查文献引物 ,对鹿科动物狍的 18SrRNA基因序列进行基因克隆、测序 ,序列测定测得的序列长度为 115 4bp ,并与其它鹿科动物的相应序列进行比较。同时将该序列发送到Genebank上 ,其登录号是AY6 2 6 16 1。