基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制

研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物。通过Swiss Target Prediction预测优效化合物的靶点集,并通过Genecards数据库获取免疫调节相关靶点集,两者取交集得到铁皮石斛免疫调节相关靶点集,进一步通过Cytoscape软件建立化合物-靶点网络图,将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。通过R的Cluster Profiler包对核心靶点进行功能富集分析,包括基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点-生物功能网络。最终,共筛选出优效化合物124个,对应靶点421个;与免疫调节相关化合物58个,对应靶点60个;其中黄酮类化合物对应的免疫靶点较多,可能为主要的免疫活性成分。得到9个免疫调节相关核心靶点,GO分析发现这些核心靶点共参与了2 059个条目,KEGG分析获得153个代谢通路。本研究通过化合物-靶点-生物功能网络展示了铁皮石斛多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续作用机制的深入研究和验证提供了可行方向。     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点，以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析，筛选出核心靶标并绘制网络互作图，再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型，最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个，DR相关基因共4 231个，其中药物疾病共同靶点145个，涉及有效成分76个；GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05），主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等；关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

基于网络药理学的平胃散治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

通过网络药理学研究平胃散对于溃疡性结肠炎(UC)的治疗作用及其潜在机制.通过检索中药系统药理数据库(TCMSP)收集平胃散中苍术、厚朴、陈皮、甘草4味中药的主要活性成分及其相关药物作用靶点;基于UC相关疾病数据库GeneCards、 TTD以及OMIM综合筛选疾病靶点;比对药物与疾病靶点筛选共同潜在靶点,通过STRING数据库、 Cytoscape软件构建平胃散治疗UC靶点相互作用网络并筛出核心节点;同时将药物和疾病的共同潜在靶点与筛选后的平胃散中活性成分通过Cytoscape＿v3.2.1软件生成体现活性成分-靶点相互作用的网络图并筛选出核心节点;利用STRING在线分析药物与疾病共同潜在靶点的GO生物富集过程和KEGG通路富集情况,构建活性成分-靶点-通路网络,并通过AutoDock＿Vina软件对药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证.在平胃散活性成分-靶点-通路网络中有40个活性成分、 35条KEGG通路以及16个核心靶点,分子对接结果显示,10个活性成分与蛋白靶点MMP9,CAT,PTGS2,MAPK3,MAPK8,AKT1,MAPK14的最低结合能小于-7 kJ/mol,说...     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学与分子对接探讨火把花根干预IgA肾病的作用机制研究

运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制。通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息。利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息。利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证。共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素...     

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling...     

基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于网络药理学探究鱼腥草芩蓝口服液清热抗炎的作用机制

为探究鱼腥草芩蓝口服液潜在活性成分的清热抗炎机制,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集鱼腥草芩蓝口服液5味中药的有效成分和作用靶点,构建化合物-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图以及靶点通路图。结果共筛选出24种化合物,包括异热马酮、黄芩黄酮Ⅱ、依靛蓝酮、毛果芸香苷、连翘醇等,筛选到与24种化合物相关的作用靶点79个。PPI网络包含43个靶点蛋白,包括ESR1、NCOA1、HSP90AA1、PTGS2、NOS3、MAPK14等关键靶点。富集分析得到与生物过程相关的GO条目64个(FDR<0.05),与分子功能相关的GO条目17个(FDR<0.024),与细胞成分相关的GO条目4个(FDR<0.41)。以P<0.01为标准筛选出显著性富集的GO条目,得到参与清热抗炎的生物过程有:血液循环、雌激素调节、突触后膜调控等。KEGG分析得到5条信号调控通路,包括禽孕酮介导的卵母细胞...     

基于系统药理学菊花清热解毒功效的分子机制研究

基于系统药理学方法探索菊花(Flos chrysanthemi)清热解毒功效的分子机制,利用TCMSP、Drugbank、STRING、DAVID、BIOGPS等在线数据库,进行化合物筛选、网络构建、核心靶点筛选、信号通路富集与归经分析。结果表明,菊花主要通过槲皮素、山奈酚、木犀草素、柚皮素等21种化合物,作用于255个靶点发挥药效作用。JUN、TP53、AKT1、MAPK3、MAPK1、RELA、TNF等为菊花的核心靶点,通过GO功能富集分析得到146个GO条目,应用KEGG通路注释分析,菊花靶点主要作用在炎症和免疫相关信号通路。通过靶点归经分析,菊花核心靶点主要分布在肺脏、平滑肌与肝脏。菊花可能是通过槲皮素、山奈酚、木犀草素等核心化合物作用在肺脏、肝脏等器官发挥清热解毒作用,其机制与调控炎症相关信号通路通过AKT1、TNF等靶点发挥抗炎作用有关。     

夏枯草抗乳腺癌成分-靶点-通路的网络药理学研究

目的 应用网络药理学方法预测夏枯草抗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗乳腺癌的作用机制。方法 在TCMSP和TCMID数据库中检索并筛选出夏枯草的潜在活性成分,在TCMSP数据库中查询活性成分作用靶点并采用Cytoscape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图;在HPO和DisGeNET数据库中检索乳腺癌相关基因;将活性成分作用靶点和乳腺癌相关基因进行比对,得到重复项（即活性抗乳腺癌的可能靶点）;利用String平台构建潜蛋白互作网络（PPI）;使用Cytoscape 3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点-乳腺癌网络,并根据度值、介数和紧密度筛选出关键靶点;应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路并进行GO生物过程富集。结果 夏枯草中有19种活性成分,作用于253个靶点;夏枯草有17种成分可作用于乳腺癌相关的29个靶点,其中有7个关键靶点,7种主要活性成分,9条相关信号通路。结论 夏枯草可通过雌激素受体、细胞特异性周期蛋白、表皮生长因子受体等靶点及相关通路,发挥抗乳腺癌作用。     

基于网络药理学的核桃防治老年痴呆功能成分及其作用靶点研究

基于网络药理学方法探究核桃(Juglans regia L.)防治老年痴呆(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制,通过TCMSP数据库和文献挖掘获得核桃的活性成分及相应潜在靶点;使用OMIM等数据库进行AD相关基因预测和筛选;采用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络以形成核桃防治AD的成分及靶点相互作用关系,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果表明,筛选获得29种核桃活性成分,其中17种成分具有AD相关靶点159个,PTGS1/2、RXRA、RELA、MAOB和NOS3可能是AD的关键靶点,主要信号通路为AGE-RAGE信号通路、动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路。核桃通过多成分、多靶点、多途径防治AD,其中作用靶点最多的成分为槲皮素、油酸、鞣花酸;受最多化合物作用的靶点为前列腺素过氧化物合成酶、视黄酸受体、转录因子p65、单胺氧化酶和一氧化氮合酶。     

基于网络药理学探讨艾草抗鸡马立克病毒的活性成分与作用机制

运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒（Marek’s disease virus,MDV）的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。     

基于网络药理学探讨芒果叶干预肌肉减少症的活性成分和分子机制

采用网络药理学和分子对接方法预测芒果叶活性成分及干预肌肉减少症的分子机制。芒果叶活性成分靶点来自中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库，肌肉减少症靶点来自GeneCards、DisGeNET数据库。蛋白相互作用（PPI）网络由Cytoscape生成，通过拓扑分析确定核心靶点。将核心靶点导入DAVID平台，用于GO和KEGG分析，应用Mcule在线平台进行分子对接。最终筛选出25个主要成分，确定7个核心靶点。关键通路涉及乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路。分子对接结果表明芒果叶活性成分中槲皮素与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、基质金属蛋白酶9、肿瘤抑制基因P53及小窝蛋白-1均具有较好结合能力。应用网络药理学和分子对接方法分析预测可知芒果叶具有通过调节细胞凋亡和抗炎来抑制肌减少的潜力，为进一步药理试验和药物开发明确方向。     

基于网络药理学探究马齿苋与枳椇治疗糖尿病的异同分析

本研究采用网络药理学探究马齿苋与枳椇治疗糖尿病物质基础和作用机制的异同.挖掘TCMSP和ETCM数据库化学成分与靶点,以DisGeNET、Genecards数据库筛选糖尿病基因.利用软件Cytoscape3.7.0构建共有及特有蛋白网络,构建"中药-成分-靶点-疾病"网络,并对靶点进行GO和KEGG分析.结果表明马齿苋...     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学探讨余甘子治疗糖尿病及其并发症的机制

基于网络药理学方法探讨余甘子治疗糖尿病（DM）、糖尿病肾病（DN）、糖尿病足（DF）的作用靶点、信号通路及潜在的分子生物学作用机制。通过中药系统药理学技术平台（TCSMP）、PubChem数据库筛选出余甘子的有效活性成分及作用靶点;利用DisGenet及GeneCards获取与DM、DN、DF相关的靶点基因;将余甘子活性成分的作用靶点与疾病的靶点基因取交集,得到共同的靶点基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络图;借助STRING在线数据库构建蛋白互作PPI网络图,使用Cytoscape 3.9.1软件插件ClueGo对共同靶点进行基因本体（GO）分析和信号通路（KEGG）分析,筛选出潜在的信号通路,并分析其作用机制。通过筛选得到余甘子的有效活性成分有7个,余甘子作用于DM、DN、DF的靶点分别为116、76、34个,余甘子可同时治疗3种疾病的共同靶点有32个。GO富集分析结果显示,余甘子-糖尿病及其并发症的交集基因的生物功能主要涉及到凋亡过程的负调控、细胞增殖、细胞迁移、蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）信号通路的正向调控等生物学过程。KEGG...     

基于网络药理学和分子对接探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎的分子机制

本文探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎(GA)的潜在分子机制。检索中药系统药理学分析平台,挖掘上中下通用痛风方的活性成分和对应靶点,检索DisGeNET、GeneCards和DrugBank等数据库,挖掘GA疾病靶点,采用R语言Venn包,获取药物与GA的交集靶点基因。采用Cytoscape 3.8.0构建药物-成分-靶点网络并筛选核心成分;采用String平台构建交集靶点的蛋白互作网络并筛选核心靶点基因。采用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接。共挖掘出上中下通用痛风方与GA交集靶点基因45个。筛选出槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等7种核心成分,重组人趋化因子8(CXCL8)、白介素(IL)-1β等3种核心靶点基因。GO功能共富集1 561个条目,主要涉及对脂多糖的反应、细胞膜凹样内陷和氧化还原酶活性等;KEGG通路共富集120个条目,如AGE-RAGE、IL-17等。分子对接结果表明,核心成分与靶点蛋白结合活性良好。上中下通用痛风方核心成分槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等可通过作用于CXCL8、IL-1β等核心靶点对AGE-RAGE和IL-...     

基于网络药理学和分子对接探究杜仲防治骨质疏松作用机制

本研究运用网络药理学和分子对接的分析方法，探究杜仲防治骨质疏松的分子作用机制。通过TCMSP、GeneCards、OMIM以及DrugBank数据库分别对杜仲的入血有效活性成分、作用靶点以及与骨质疏松有关的疾病靶点进行汇总与筛选。将杜仲的有效活性成分与作用靶点经Cytoscape处理建立起药物靶点的网络关系图，找到药物疾病的共同作用靶点；通过STRING平台建立这些靶点的蛋白质言进行关键靶点的基因本体（Gene Ontology, GO）功能和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析，并将分析数据可视化，最后利用AutoDock进行分子对接验证。结果显示筛选后共得到25个杜仲的有效活性成分和202个预测作用靶点，对应的主要化学成分为槲皮素、山柰酚和?-谷甾醇，与骨质疏松有关的疾病靶点共计4 603个，与杜仲有共计144个共同作用靶点，在这144个关键靶点的PPI网络中筛选后得到14个关键靶点。关键靶点的基因富集结果显示，PTGS2、HSP90AA1、PPARG、ESR1和JUN等核心靶点主要通过...     

基于网络药理学策略分析青蒿应用于新型冠状病毒感染肺炎的可行性

为分析青蒿应用于新型冠状病毒感染肺炎(以下简称新冠肺炎)的可行性,采用TCMSP,Pubchem数据库获取青蒿化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库筛选新冠肺炎相关的靶点;利用Cytoscape 3.6.1软件、 STRING 11.0数据库分析青蒿的关键靶点、 GO富集、 KEGG富集.结果表明:青蒿活性成分为19个,青蒿与新冠肺炎交集的靶点共13个,筛选出的核心靶点7个(IL6,TNF,CCL2,IL1B,NOS2,TP53,CASP3),其中12个活性成分均可作用于NOS2,认为NOS2为主要关注靶点,作用于NOS2的活性成分为主要关注成分. GO和KEGG富集分析显示:青蒿可作用于TNF/NOS2信号通路的多个靶点而减轻新冠肺炎的肺部炎性损伤,认为青蒿应用于新冠肺炎具有可行性.