甜瓜坏死斑点病毒山东分离物的基因组

甜瓜坏死斑点病毒(Melon necrotic spot virus,MNSV)是我国甜瓜病毒新纪录种,主要靠种子和土壤真菌传播。本文以MNSV山东分离物(MNSV-Shandong)为材料,利用RT-PCR和RACE技术获得了MNSV山东分离物基因组,并分析了其基因组成和进化关系。MNSV-Shandong基因组为4 267 nt,编码5个ORF,参与复制的p29和p89基因分别编码29 kDa和89 kDa蛋白质;p42基因编码的外壳蛋白为42 kDa;p7A和p7B基因编码的移动蛋白均为7 kDa。系统进化树表明MNSV-Shandong与海门分离物(MNSV-HM)聚在一起,与欧洲、部分亚洲及北美洲在一个分支上,与日本分离物距离较远。本文为国内首次报道MNSV山东分离物基因组。     

甘薯病毒2中国分离物全基因组序列克隆及遗传进化分析

正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃     

百合无症病毒大连分离物全基因组克隆及其序列分析

 本研究对大连地区栽种的百合进行LSV检测,对其全基因组进行克隆及序列分析,并与已报道的分离物进行比对,以明确LSV不同分离物之间存在的分子变异,为百合抗病品种的培育及对其分子生物学的深入研究提供参考。     

黄瓜绿斑驳病毒河北分离物基因组克隆及序列分析

为揭示河北省黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)分类地位及系统进化情况,通过分子克隆测定了来自河北省西瓜产区分离获得的分离物CGMMV-chb的近全基因组序列,分析其基因组结构特征;并依据近全基因组核苷酸序列及外壳蛋白氨基酸序列进行了系统进化关系分析。结果表明,CGMMV-chb近全基因组大小为6 383 nts,Gen Bank登录号为KJ658958,含4个开放阅读框,编码4种蛋白;与Gen Bank库中的其它12个CGMMV分离物的核苷酸相似性为92%~100%,氨基酸相似性为98%~100%。CGMMV-chb与韩国分离物CGMMV-KW基因序列相似性最高,为98%~100%,与以色列分离物CGMMV isolate Ec基因序列相似性最低,为92%~99%;系统进化关系中CGMMV-chb与其它中国分离物、日韩分离物亲缘关系较近,处于同一亚组的不同分支中,与以色列分离物亲缘关系相对较远。     

香蕉束顶病毒海口分离物基因组的克隆及序列分析

 以海口香蕉束顶病株的幼嫩假茎和叶片总DNA为模板,通过反向PCR法克隆了香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物(命名为BBTV-HaiKou)的6个DNA组分的全长序列。结果表明,DNA1~6序列全长分别为1106、1040、1058、1040、1013和1082nt。各组分非编码区各包含一个茎环共同区和一个主要共同区,同源性分别为91.55%和88.45%。各组分编码区均编码一个开放可读框(ORF),其中DNA1 ORF内部还有一个小的ORF。序列分析表明,BBTV-HaiKou分离物与其它分离物间的DNA1最为保守,DNA2变异最大。DNA1组分核苷酸序列与亚洲组、南太平洋组各分离物及ABTV (Abacá bunchy top virus)分离物同源性分别为93.1%~99.1%,89.6%~90.7%和76.2%~77.4%,相应的编码蛋白氨基酸序列同源性在BBTV和ABTV中分别为93.4%~100%和85.7%。根据Karan等的分类方法,确定BBTV-HaiKou分离物属于亚洲组成员。     

烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析

为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。     

甘薯病毒C中国分离物全基因组序列测定及比较分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从采自河南南阳的甘薯样品上获得甘薯病毒C中国分离物(SPVC-Ch1)的全长基因组序列。序列分析结果表明,SPVC-Ch1基因组由1 0846个核苷酸组成,3'末端包含poly(A)尾序。基因组含有1个由10 446个核苷酸构成的开放阅读框,编码一个由3 481个氨基酸残基构成的393 k Da多聚蛋白。将SPVC-Ch1与Gen Bank中登录的其他SPVC分离物序列进行比较分析发现,SPVC不同分离物间全基因组核苷酸序列相似性为92.7%~98.9%,多聚蛋白的氨基酸序列相似性为95.1%~99.2%,SPVC-Ch1与Bungo分离物的相似性最高,与C1分离物的相似性最低。系统进化树分析结果表明,SPVC-Ch1与日本的Bungo、以色列的IL、韩国的CW135和UN202等分离物形成一个分支,亲缘关系较近。这是SPVC中国分离物全基因组序列的首次报道,研究结果丰富了SPVC全基因组序列信息,有助于全面了解SPVC种群的遗传进化关系。     

百合斑驳病毒云南分离物 全基因组序列分析及CP结构预测

 对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus, LMoV)进行全基因组序列测定及分析,并对LMoV嵩明分离物(LMoV-SMi1、LMoV-SMi2)和玉溪分离物(LMoV-YXi1、LMoV-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMoV分为2个类群,玉溪分离物属于种群I,嵩明分离物属于种群II。2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7%~89.5%、90.1%~92.7%,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失。对国内外LMoV所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMoV分离物可划分为2个种群,种群I分离物较种群II分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异。此外,对LMoV-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考。LMoV-SMi2和LMoV-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大。     

香石竹斑驳病毒云南分离物全基因组序列测定和侵染性克隆构建

香石竹斑驳病毒(Carnation mottle virus,CarMV)是危害香石竹的一种重要病毒,本研究通过构建农杆菌介导的CarMV侵染性克隆来进一步研究该病毒基因功能。首先获得CarMV云南分离物全长序列,与报道的上海分离物相似性达到94.78%;将CarMV全长cDNA基因序列构建到具有35S启动子的双元表达载体pCV-nGFP,通过农杆菌浸润到本氏烟中瞬时表达,本氏烟系统叶片RT-PCR能检测到CarMV。试验结果表明,本研究构建Car-MV侵染性克隆通过农杆菌介导可快速高效侵染植物,可以用于病毒基因功能研究;同时CarMV云南分离物全长序列测定结果表明其属于P164 K331组群。     

侵染一品红的一品红曲叶病毒山东分离物的全基因组克隆和序列分析

2012年,在山东青州花卉市场采集一品红样品,利用双生病毒通用引物PA/PB对样品进行扩增并测序。所得序列经NCBI BLAST比对,发现是一种新的双生病毒,为一品红曲叶病毒（Euphorbia leaf curl virus, ELCV）。随后对该分离物（ELCV-Shandong）进行全基因组序列扩增和测序（GenBank登录号：KC852148）,经分子比对和进化分析,发现其与广西报道的一品红曲叶病毒G35 (AJ558121) 的相似性最高为99%,同处于一个小分支,并且中国报道的所有一品红曲叶病毒分离物都处于一个分支内,从而进一步确定了山东青州一品红病毒分离物为一品红曲叶病毒。这是一品红曲叶病毒在北方地区发生的首次报道。     

苹果褪绿叶斑病毒辽宁分离物生物学和基因组研究

正苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)属于乙型线形病毒科(Betaflexiviridae)纤毛病毒属(Trichovirus),基因组为正义单链RNA,含有约7 500个核苷酸,编码3个部分重叠的开放阅读框。目前从Gen Bank数据库可以检索到19个ACLSV分离物的基因组序列。该病毒侵染仁果与核果,如苹果和桃,在苹果栽培种上不引起症状,在特定指示植物上引起症状,如俄罗斯苹     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。     

葡萄浆果内坏死病毒变种类型1分离物全长基因组序列分析

正近年来,随着高通量测序技术的运用,国内陆续发现和报道了一些新的葡萄病毒~([1～4]),但由于尚缺乏相关的基础性研究及防治措施,给葡萄产业的健康发展带来一定影响。其中,葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)为2016年国内新报道的葡萄病毒,可引起一些葡萄砧木和品种产生褪绿斑驳和环斑症状,造成严重     

油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析

 采用双链RNA(double-stranded RNA, dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病地黄进行分子鉴定,并测定油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)山西地黄分离物(YoMV-SX)的基因组全序列。序列测定及分析发现侵染地黄的病毒为油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)。获得YoMV-SX(GenBank登录号JX422022)全长为6 304 nt,5′UTR长度为68 nt,3′UTR长度为236 nt,含有4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。全序列核苷酸一致性分析显示YoMV-SX与Tobamovirus亚组Ⅲ中分离物的一致性为90.7%～96.0%,与同属亚组Ⅰ和Ⅱ的一致性仅为50.2%～63.3%。全序列系统进化分析表明,YoMV-SX与YoMV-Wh形成一个独立分支,亲缘关系最近。这是YoMV侵染地黄的首次报道。     

苹果茎痘病毒新疆阿克苏分离物基因组全序列测定及分析

正苹果病毒病在世界各苹果种植地广泛发生,严重影响苹果生产。苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种危害苹果的重要潜隐病毒,是凹陷病毒属Foveavirus的代表种(Adams et al.,2004),基因组为正单链RNA,长约9 306 nt,编码5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。自然寄主有苹果、梨、樱桃和海棠等,被ASPV侵染后一般症状不明显,但生长不良,树势衰退,果实产量和品     

黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析

通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。