基于实时环介导等温扩增技术快速检测玉米晚枯病菌

为了利用实时环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术,特异、灵敏、快速地检测检疫性病原菌玉米晚枯病菌（Cephalosporium maydis）,本研究选择种间遗传距离较高的Tef-1α和H3基因作为特异性基因,进行特异性引物的筛选、检测温度的优化、灵敏度和特异性检测等研究。实验结果表明,最佳引物组合为Tef-2,检测温度为65℃,最小检测限为0.10 pg/μL,且只对玉米晚枯病菌靶基因特异,检测应用结果可靠。环介导等温扩增技术能够用于玉米晚枯病菌的高效特异性检测,可为检验检疫部门对玉米晚枯病菌的检测工作提供有力的保障。     

基于环介导等温扩增技术检测瓜类细菌性果斑病菌

本文利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),针对西瓜嗜酸菌(Acidovorax citrulli)基因组中Aave_4063和Aave_4064序列设计了2对特异引物Ac-F3/Ac-B3和Ac-FIP/Ac-BIP,建立了西瓜嗜酸菌的LAMP检测体系。利用该体系在65℃保温1h,通过荧光显色即可完成检测。设计的引物特异性强,其检测灵敏度为2.0×101 cfu/mL。该方法为西瓜嗜酸菌的检疫及其所致病害的快速诊断提供了新的技术。     

核酸环介导等温扩增技术及其在植物检疫中的应用

介绍核酸环介导等温扩增技术的基本原理、特点及应用前景.环介导等温扩增技术具有简单、快速、特异性强和扩增效率高等特点,目前可部分替代普通PCR,日后伴随着不断改进、完善和标准化,必将在植物检疫上有广阔的应用前景.     

基于环介导等温扩增技术快速检测美澳型核果褐腐病菌

本文建立了美澳型核果褐腐病菌(Monilinia fructicola)环介导等温扩增技术,并利用此技术开展了M.fructicola的检测和鉴定。采用M.fructicola SCAR分子标记的MO368特异片段为靶标序列,设计并筛选出M.fructicola的特异性LAMP引物,建立了该病菌快速诊断方法。试验结果表明,仅M.fructicola的菌株DNA扩增后呈天蓝色的阳性反应,而在其他真菌的供试菌株中均呈紫色的阴性反应。检测灵敏度可达到100 pg/μL。利用该方法对无锡机场截获的7份疑似李子褐腐病样本进行检测,结果有3份样品呈LAMP阳性反应。本文建立的M.fructicola LAMP检测方法具有灵敏度高、特异性好,简便易行等优点,为美澳型核果褐腐病菌的快速检测提供了一种新技术。     

逆转录环介导等温扩增技术检测南芥菜花叶病毒

根据南芥菜花叶病毒外壳蛋白基因序列设计并合成了2组RT-LAMP引物,通过筛选试验,最终确定Ar4组引物为最佳引物,建立了南芥菜花叶病毒的RT-LAMP检测方法.同时,通过实时浊度仪和钙黄绿素分别对检测结果进行了判断.特异性和灵敏度试验结果显示,RT-LAMP方法快速、特异且灵敏,其灵敏度与普通RT-PCR法一致.     

逆转录环介导等温扩增技术检测南方菜豆花叶病毒

 根据南方菜豆花叶病毒外壳蛋白基因序列设计并合成了4组RT-LAMP引物,通过引物筛选试验,确定SB1组引物为最佳引物,并进行了引物特异性与灵敏度检测试验,最终建立了南方菜豆花叶病毒的RT-LAMP检测方法。灵敏度检测试验显示,RT-LAMP方法比普通RT-PCR法灵敏度高10倍,而检测时间明显缩短,整个反应过程只需40 min。此外,体系中加入钙黄绿素,反应结束后,可裸眼观察颜色变化来判定结果。本研究所建立的SBMV RT-LAMP方法具有快速、稳定、灵敏、特异、操作简单的特点,适合于SBMV的现场快速检测。     

基于环介导等温扩增技术检测由强雄腐霉引起的玉米茎腐病

为建立强雄腐霉Pythium arrhenomanes的快速分子检测技术,基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)以β-tubulin基因为靶标序列,设计强雄腐霉的特异性引物,建立了一种准确快速的LAMP检测方法,并对该检测方法的特异性、灵敏度和实际应用效果进行评估。25μL LAMP最终反应体系为:10×ThermoPol Buffer 2.5μL、10 mmol/L dNTPs 3.5μL、6 mmol/L MgSO_4 2μL、5 mol/L甜菜碱4μL、40μmol/L FIP-1/BIP-1各1μL、5μmol/L F3-1和B3-1各1μL、40μmol/L LB-1 1μL、Bst DNA polymerase 1μL、2.5 mmol/L HNB 1.9μL、模板DNA 2μL、灭菌水3.1μL。LAMP体系在等温64℃条件下反应60 min,HNB显色反应显示天蓝色即为阳性反应;扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳验证为梯形条带,也可判定为阳性反应。特异性检测结果显示,LAMP体系能特异性地检测出强雄腐霉,而其它卵菌近缘种和常见植物病原真菌均未检测出。灵敏度检测结果显示,LAMP体系的最低检测灵敏度为10 pg/μL,是普通PCR反应灵敏度的1 000倍。在实际应用中,LAMP体系能够快速检测出人工接种和实际发病玉米组织中的病原菌。表明本研究建立的快速、准确、可视化的LAMP检测方法能在60 min内检测出强雄腐霉。     

逆转录环介导等温扩增技术检测烟草环斑病毒的研究

 本研究采用环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP),建立了一种快速、简便的烟草环斑病毒检测方法。根据TRSV外壳蛋白编码基因上的8个位点,共设计了6条引物,通过RT-LAMP扩增得到特征性的梯度条带。特异性试验表明,引物对TRSV的检测具有良好的特异性;灵敏度试验显示RT-LAMP比普通RT-PCR高10倍。通过反应温度和时间的优化,该方法只需在水浴锅中60℃等温扩增60 min,整个检测周期约1.5 h,结果采用SYBR green I染色显示,易于观察和判定。     

逆转录环介导等温扩增技术检测草莓潜隐环斑病毒的研究

采用环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）,建立了草莓潜隐环斑病毒（Strawberry latent ringspot virus, SLRSV）检测方法。根据SLRSV外壳蛋白编码基因上的8个位点,共设计了6条引物,通过逆转录环介导等温扩增得到特征性的瀑布状条带。特异性试验表明,引物对SLRSV的检测具有良好的特异性;灵敏度试验显示RT-LAMP的灵敏度比普通RT-PCR高出100倍。该方法无需特殊的试剂和设备,只需在水浴锅中65 ℃等温扩增,整个检测周期约1.5 h,结果采用SYBR green I染色显示,易于观察和判定。     

逆转录环介导等温扩增技术检测烟草脆裂病毒

为实现进境种球中烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)的快速检测,本研究应用逆转录环介导等温扩增技术,建立了 TRV-RT-LAMP检测方法,在60℃,60 min条件下,能特异性地检测到TRV,灵敏度可达到10pg/μL,是普通RT-PCR的100倍.用SYBR Green Ⅰ染色后可以使检...     

快速检测马铃薯干腐病病原接骨木镰孢的环介导等温扩增技术

 本研究基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP),建立了一种快速、准确和灵敏的接骨木镰孢的检测技术。通过比对接骨木镰孢与其近源种之间的候选靶标序列,选取TEF1-α(translation elongation factor 1-α,翻译延伸因子)基因作为靶标,设计并筛选出一套对该病原菌具有种特异性的LAMP引物,建立了检测接骨木镰孢的 LAMP 体系。该体系在反应前加入染料羟基萘酚蓝(hydroxynaphthol blue,HNB),经62℃恒温反应70 min之后,可根据肉眼观察到的反应物的颜色判定结果。特异性分析结果表明,仅接骨木镰孢的DNA经检测后呈天蓝色的阳性反应,而其他供试菌株的DNA均呈紫色的阴性反应。该方法对DNA的最低检测限为100 pg·μL^-1。在采自内蒙古和黑龙江的28份马铃薯干腐病疑似病害样本中,检测到14份阳性样品。该方法的建立为接骨木镰孢的检测及其所致病害的诊断提供了快捷准确的技术。     

环介导等温扩增技术检测大丽轮枝菌

 本研究基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),通过比对分析大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)与其相近种不同靶标序列间的差异,选取Gpd(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,甘油醛-3-磷酸脱氢酶)基因作为靶标基因,设计并筛选了四条特异性强、灵敏度高的LAMP引物和两条环引物,建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的大丽轮枝菌的检测方法,并进行了特异性、灵敏度实验及田间发病组织的检测。该方法在62 ℃等温条件下进行核酸扩增反应70 min,扩增前加入染料HNB(羟基萘酚蓝),反应后根据染料颜色变化判定扩增结果。特异性试验中,仅含有大丽轮枝菌菌株DNA的反应管扩增后呈天蓝色的阳性反应,而其他供试菌株均呈紫色的阴性反应。该方法的最低检测限为100 pg·μL^-1,在土壤中检测的灵敏度为10个孢子/0.25g土壤。该技术能够检测出棉花发病组织中的目标菌,对采自江苏和山东的24份疑似病害样本进行检测,11份为阳性。该方法的建立为大丽轮枝菌的检测及其所致病害的诊断提供了新的技术。     

假禾谷镰刀菌LAMP快速检测方法的建立

<正>假禾谷镰刀菌(Fusarium pseudograminearum)1999年由Aoki等[1]在澳大利亚首次发现,是引起冠腐病和赤霉病的主要病原,该病菌在世界小麦产区造成严重的经济损失,包括澳大利亚、北美、土耳其、和新西兰等地区,在澳大利亚冠腐病对小麦生产造成的损失超过了5 600万美元。特别在昆士兰、威尔士南部和澳大利亚南部的部分地区发生尤为严重。2011年Li等[2]在中国河南省矮抗58小     

利用环介导等温扩增(LAMP)技术快速检测辣椒疫霉菌

<正>辣椒疫霉(Phytophthora capsici)是一种重要植物病原菌,能造成植株坏死、果实腐烂,严重影响产量[1]。辣椒疫霉侵染植物的早期病症并不明显,易被忽视。因此,对辣椒疫霉早期快速、准确检测显得尤为重要。聚合酶链式反应(PCR)为动植物病原物检测的重要方法,但需要较昂贵的仪器、试剂与耗材,后期的电泳检测也费时费力,致使这一技术很难在生产一线普及推广。Notomi等2000年研发了环介     

Genetic variability of Fusarium fujikuroi populations associated with bakanae of rice in Italy

The heterothallic ascomycete Fusarium fujikuroi (teleomorph: Gibberella fujikuroi) is the causal agent of bakanae of rice, a disease of increasing economic importance in the major rice‐producing areas in the world and a serious threat for Italian rice cultivation. A few studies have characterized F. fujikuroi isolates in America and the Philippines but no data are available on the genetic structure of Italian pathogen populations. Microsatellite SSRs are useful tools to study the intraspecific diversity at population level. In this study, 19 polymorphic SSRs have been identified and applied to characterize the genetic variation of 334 isolates of F. fujikuroi coming from eight Italian rice‐growing areas. A high degree of diversity at haplotype level has emerged: in the eight populations, 107 unique haplotypes were scored. Analysis of molecular variance (amova ) showed that 98% of genetic variability occurred within F. fujikuroi Italian populations, as confirmed by the allelic Shannon index ranging from 0.56 to 1.06. The presence of a 1:1 ratio of mating type alleles in six out of eight of the Italian fungal populations suggests a potential for sexual reproduction in the field. However, the high fraction of clonality (43%), confirmed by neighbour‐joining clustering analysis, and the high level of linkage disequilibrium observed, indicates that reproduction of F. fujikuroi is mostly clonal in Italy. All data suggest that the observed genetic variability was probably mediated by human activity and transmission by rice seeds.     

采用环介导等温扩增法(LAMP)快速检测苹果根结线虫

为高效、简便、快速地对我国进境植物检疫性有害生物名录中的非中国种—苹果根结线虫Meloidogyne mali进行检疫,通过比较Gen Bank中根结线虫相关序列,以苹果根结线虫28S r DNA非保守区域序列设计环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)的特异性引物,并优化反应条件,建立一种可快速检测苹果根结线虫的LAMP检测体系。结果显示:d NTPs浓度为0.4 mmol/L、Mg~(2+)浓度为5.0 mmol/L、不添加甜菜碱、反应时间为60 min时,LAMP检测体系扩增效率最高;用琼脂糖凝胶电泳、SYBR Green I染色和LFD试纸均能检测到苹果根结线虫的扩增产物。所建立的LAMP检测体系能够从10种供试植物线虫种群中特异性地检测出苹果根结线虫,灵敏度为1/20 000条线虫DNA,比常规PCR灵敏度高10倍。表明所建立的苹果根结线虫LAMP快速检测体系可用于我国口岸进境植物中苹果根结线虫检疫。     

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay based on unique markers derived from genotyping by sequencing data for rapid in planta diagnosis of Panama disease caused by Tropical Race 4 in banana

The socio-economic impact of Fusarium odoratissimum, which is colloquially called tropical race 4 (TR4), is escalating as this fungal pathogen spreads to new banana-growing areas. Hence, the development of simple, reliable and rapid detection technologies is indispensable for implementing quarantine measures. Here, a versatile loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay has been developed that is applicable under field and laboratory conditions. DNA markers unique to TR4 isolates were obtained by diversity arrays technology sequencing (DArTseq), a genotyping by sequencing technology that was conducted on 27 genotypes, comprising 24 previously reported vegetative compatibility groups (VCGs) and three TR4 isolates. The developed LAMP TR4 assay was successfully tested using 22 TR4 isolates and 45 non-target fungal and bacterial isolates, as well as on infected plants under greenhouse and field conditions. The detection limit was 1 pg µL⁻¹ pure TR4 DNA or 10² copies plasmid-localized TR4 unique sequence (SeqA) per reaction, which was not affected by background DNA in complex samples. The LAMP TR4 assay offers a powerful tool for the routine and unambiguous identification of banana plants infected with TR4, contributing to advanced diagnosis in field situations and monitoring of fusarium wilt.