油松DNA的提取及RAPD标记技术试验初报

本试验利用RAPD技术,对陕西陇县八渡林场油松种子园14个无性系进行遗传分析.试验确立了提取油松嫩梢DNA方法,提取的DNA可用于RAPD扩增;通过对RAPD反应体系的优化,建立了油松扩增的反应体系和反应程序;用筛选出的8个引物对14个油松无性系进行扩增.共扩增出23个条带,其中具有多态性的条带为14条,占总扩增条带数的60.8%,结果表明:检测到了14个油松无性系具有较丰富的DNA多态性.     

漾濞核桃RAPD反应优化体系的建立

以漾濞核桃中的大姚三台核桃为实验材料,通过对影响RAPD扩增结果的主要因子Tag酶、Mg+2、引物、模板DNA、dNTPs等不同的浓度和组合的试验研究,确定了漾濞核桃的最适反应体系和扩增程序,即在25μL反应体系中,0.75 u.L-1Taq DNA聚合酶,3.0 mmol.L-1Mg+2,0.3 mmol.L-1引物,含1.6 mg.L-1模板,2.5 ul 10×Buffer,dNTPs各0.2 mmol.L-1。扩增程序为:94℃预变性300 s,94℃变性40 s,36℃退火60 s,72℃链延伸120 s,45次循环后,72℃延伸600 s。     

闽楠基因组DNA提取及RAPD反应条件优化

以闽楠叶片为材料，研究了闽楠基因组DNA提取方法及RAPD反应条件。采用改良的CTAB高盐法提的DNA质量较高，适宜RAPD-PCR分析。在20μL反应体积中，RAPD分析的优化反应体系为：2mmol/L的Mg^2 ，200μmol／L dNTP，1，5ng/μL的模板DNA，1UTap酶，50nmol／L引物。     

枫香ISSR-PCR扩增条件的优化

对浙江省天台山枫香自然种群的DNA进行提取和ISSR-PCR扩增条件的优化。分析了Mg2+浓度、4×dNTP浓度、BSA浓度、模板DNA用量、引物用量、Taq DNA聚合酶用量等对反应结果的影响。建立了适用于枫香ISSR分析最适宜的反应体系:10μl PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%TritonX-100),2.0 mmol.L-1Mg2+,0.15 mmol.L-14×dNTP,2 mg.mL-1BSA,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.9 U TaqDNA聚合酶,引物UBC808的最适退火温度为52.4℃。用此反应体系对天台山枫香自然种群进行了遗传多样性分析,结果显示其多态位点百分率为84.26%,Nei指数为0.2665,Shannon信息指数为0.4044,其遗传多样性处于较高水平。     

香果树RAPD扩增条件的优化及遗传多样性初步分析

对浙江省天台山自然香果树种群的DNA进行了提取和RAPD扩增条件的优化,分别测试了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响,通过各因子的组合研究,可知香果树RAPD分析较适宜的扩增条件为:15μLPCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液,1 8mmol·L-1MgCl2,2UTaq酶;10ng模板DNA;20pmol引物;dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0 1mmol·L-1。以此适宜条件对12个引物进行扩增,共扩增出51个DNA片段,多态位点百分率为45 1%,种群内遗传多样性较低,进一步研究不同种群香果树的遗传多样性具有一定的意义。     

桢楠DNA提取和RAPD条件的优化

以桢楠（Phoebe zhennan）新鲜叶片、硅胶干燥叶片为材料,研究了DNA的提取方法,并对影响RAPD反应的各因素进行了优化。得到了桢楠RAPD的优化反应体系及程序,适合桢楠RAPD反应的体系总体积为25μL,DNA模板2μL,Taq DNA聚合酶用量0.3μL,引物用量1μL,Mg2＋用量5μL,dNTPs用量0.5μL,ddH2O16.2μL;适合桢楠RAPD扩增的程序是94℃预变性3 min,94℃变性1min,36℃复性1 min,72℃延伸2 min,42个循环,最后72℃延伸10 min,产物于4℃保存,同时结果表明硅胶保存的样品完全可以与传统的新鲜叶片得到同样的PCR扩增结果,完全可以满足研究需要。     

八角RAPD-PCR反应体系的建立及引物筛选研究

在提取高质量八角基因组DNA的基础上,通过对其RAPD反应体系的Taq DNA聚合酶、dNTPs浓度、Ｍg2+浓度、引物浓度等因子的优化,建立了稳定、重复性高的八角RAPD-PCR反应体系.研究结果表明,在25 μL PCR反应体系中,含1.0 UTaq DNA聚合酶,0.15 mmol·L-1 dNTPs,2.0mmol·L-1 Mg2+,2.0 μmol·L-1引物,20～ 80 ng模板.最佳反应程序为,94℃预变性5 min,扩增后94℃变性30 s,31 ～37℃退火30 s,72℃延伸30 s,35个循环;72℃完全延伸7 min,4℃保存.在建立RAPD-PCR反应体系的基础上,从240条RAPD引物中筛选出15条扩增条带清晰、稳定性好的引物,并通过各引物的退火温度梯度实验,确定了各引物的最适退火温度.     

濒危药用植物延龄草RAPD反应体系的建立

以濒危药用植物延龄草(Trillium tschonoskiiM.)的叶片为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA进行RAPD扩增,优化了RAPD扩增反应的程序及模板、引物、dNTP、Taq酶浓度等参数。结果表明:适合延龄草的RAPD扩增程序为:94℃预变性5 min,然后执行40个循环,每个循环中94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸2 min,最后72℃延伸10min;适宜的反应体系为:25μL总体积中含DNA模板50 ng,Mg2+2.5 mM,引物0.6μM,dNTP 0.2 mM,Taq DNA聚合酶3 U。     

云南箭竹基因组DNA的提取及RAPD反应条件的优化

用改良的SDS法从云南箭竹硅胶干燥的叶片中提取基因组DNA进行RAPD扩增。通过正交法对RAPD反应条件优化,6个试验因子的最适条件为:模板DNA1.5ng/μL,随机引物0.8～1.0μmol/L,dNTPs浓度0.1～0.15mmol/L,Mg2+浓度2.0～2.5mmol/L,Taq酶用量0.5～1.0U。最佳热循环参数为:94℃预变性2min,之后进行40次循环(94℃变性30s,36℃退火60s,72℃延伸90s),最后72℃总延伸7min后在4℃终止反应。     

麻竹RAPD反应条件的优化

以麻竹DNA为模板,对影响麻竹RAPD扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立麻竹RAPD反应的最适体系。最终得出的麻竹RAPD反应体系为:20μL反应体系,2μL10倍反应缓冲液,模板含量为50ng,2 5mmol·L-1的Mg2+,1 5U的Taq酶,dNTP为1 75mmol·L-1,引物浓度为0 4μmol·L-1。优化后的RAPD反应程序为:94℃3min→[94℃1min→37 5℃1min→72℃1min20sec]40个循环→72℃8min→4℃保持。     

核桃DNA的提取及RAPD分析的引物筛选

以核桃叶片为材料,对其DNA提取方法和RAPD引物的筛选进行了研究。结果表明,采用核沉淀法从核桃叶片中能提取到高质量的DNA,可以用于RAPD分析;从120条随机引物中筛选出了14条显示核桃遗传差异的多态性引物。     

DNA fingerprinting of Populus trichocarpa clones using RAPD markers

Nine trees from a single, natural population of black cottonwood (Populus trichocarpa Torr. et Gray) in Alaska were screened for randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers with ten different 10-base random oligonucleotide primers in order to evaluate the use of RAPD analysis for distinguishing black cottonwood clones. Nine primers amplified the genomic DNA targets; two primers were able to differentiate all clones. Eight clones were distinguished among the nine tree samples assayed. Two trees showed identical banding patterns with all primers used; therefore it is suggested that these trees are from the same clone. The RAPD fingerprinting method is simple and powerful-one primer can distinguish different clones, while the use of multiple primers reduces fingerprint similarity and resolves discrepancies.     

快速微量提取竹子叶片DNA的方法

介绍了一种快速微量提取角竹叶片DNA的方法。该方法简便易行，操作简单，所需材料少，提取的DNA纯度较高，OD260/OD280。一般在1．9左右，可满足一般的RAPD、SSR、转基因植株的PCR检测为基础的实验需要。     

RAPD标记在桉属种间杂交一代的分离方式研究

以 1个尾叶桉×细叶桉全同胞家系的 2个亲本和 2 12个子代为材料 ,利用 RAPD分子标记技术进行了 RAPD标记在桉树中的分离方式研究。结果表明 :7个随机引物共扩增出 4 0个标记 ,标记在 F1代的分离方式可以分为两类 :符合孟德尔方式和偏离孟德尔方式。符合孟德尔方式的标记包括 :亲本均有而在子代中不分离的 9个 (在这类位点上代表的杂交组合为 AA× AA、AA× Aa或 Aa× AA) ,亲本间呈多态性而在子代中不分离的 7个 (aa× AA或 AA× aa) ,亲本间均有而在子代中 3∶ 1分离的 2个 (Aa× Aa) ,亲本间呈多态性且在子代中 1∶ 1分离的 9个 (Aa× aa或 aa×Aa)。偏分离的标记包括 :亲本间呈多态性而在子代中偏离 1∶ 1分离的 12个 ,两亲本均有而在子代中偏离 3∶ 1分离的 1个。亲本间呈多态性且在子代中 1∶ 1分离的位点在拟测交策略中可以用于遗传连锁图谱构建 ,这为利用 RAPD标记构建桉树遗传连锁图谱提供了理论支持。     

相思基因组DNA提取及其RAPD初步分析

以马占相思、大叶相思、厚荚相思幼苗的叶片为材料,采用SDS法、改良SDS法和改良CTAB法进行了基因组DNA的提取并对DNA提取方法作了比较,结果表明改良CTAB法提取效果最好。同时利用改良CTAB法提取出的DNA为模板进行了RAPD分析,鉴别了不同树种之间的多态性。其中有11个引物共扩增出117条谱带,树种间多态性比率为54.7%,遗传多态性明显高于种内。     

A Recommendable Method for Plant Genomic DNA Isolation

提取高质量的植物基因组ＤＮＡ是顺利开展ＲＡＰＤ分析研究的一项重要基础工作,在目前比较广泛使用的植物基因组ＤＮＡ的提取方法中,改进的Ｄｏｙｌｅ和Ｄｏｙｌｅ等人的ＣＴＡＢ植物基因组ＤＮＡ提取法被证实为一种简单、高效的方法,值得推荐．     

山苍子AFLP反应体系的建立及其引物筛选

通过对山苍子幼嫩叶片、顶芽、花蕾3种组织的DNA提取效果分析和对影响酶切及选择性扩增效果的4个主要因素(酶切时间、Mg²⁺浓度、dNTPs浓度、引物浓度)的比较研究,建立了适合于山苍子AFLP分析的技术体系。结果表明,山苍子的顶芽是较好的DNA提取材料;山苍子基因组DNA经5 U EcoR I和5 U Mse I酶切1 h即可完全酶切;最佳的选择性扩增体系为20 μL反应体系中含有1.0 U rTaq聚合酶、2.0 μL 10×PCR缓冲液、1.8 μL 25 mmol·L^-1MgCl₂、1.4 μL 2.5 mmol·L^-1dNTP、100 ng·μL^-1引物各1.0 μL。使用该反应体系获得了清晰、稳定的DNA指纹图谱,并筛选出10对多态性较好的AFLP引物组合,为利用AFLP标记技术进一步开展山苍子种群遗传结构、遗传分化等研究奠定了基础。     

韩国、美国和中国栗疫病菌的遗传变异分析

用RAPD方法,对来自韩国、美国和中国的26个栗疫病菌菌株进行了遗传变异分析.使用筛选的12个随机引物,共扩增了115个0.19～3.1 kb大小的扩增片段,其中多态性片段占61.7%.聚类分析结果,相似系数为0.92时,26个菌株分为两大组,一组由21个菌株组成,包括大部分韩国菌株和美国菌株;另一组包括部分韩国菌株和中国菌株.表明美国菌株和大部分韩国菌株的遗传相似性很高,部分韩国菌株有较大的变异,而中国菌株则表现出了遗传上的远缘关系.