TOLLIP基因3'侧翼区的群体遗传多态分析

为了寻找TOLLIP基因的突变位点,揭示中国荷斯坦牛的群体遗传特征.以中国荷斯坦牛群体66头个体为研究对象,用PCR方法扩增了牛TOLLIP基因3'侧翼区的部分片段,通过直接电泳与测序相结合的方法检测该片段的多态性,计算基因型频率,基因频率和多态信息含量,分析该多态位点在中国荷斯坦牛群体中的遗传特征.结果表明,该扩增片段的第43 bp处存在5个碱基(TCGGG)的缺失,致使多态性产生.其从,AB和BB的基因型频率分别为0.348 5,0.515 2和0.136 4;A等位基因(243 bp)和B等位基因(238 bp)的频率分别为0.6061和0.3939:多态信息含量和杂合度分别为0.363 5和0.477 5,表明该缺失突变在中国荷斯坦奶牛群体中处于中度多态;X2适合性检验结果表明,中国荷斯坦牛群体在该位点的缺失突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).     

山羊GH基因5′侧翼序列多态及生物信息学分析

试验采用PCR-SSCP方法,分析了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊168只个体GH基因5''侧翼区两个位点的遗传多态性,同时分析了三个群体是否为平衡群体.结果如下在GH基因的两个位点上均发现了多态性,其中第1对引物出现6种基因型,存在2处突变;第2对引物出现3种基因型,存在3处突变.群体分析表明,第1个位点三个群体都处于非平衡状态,说明该位点有经过人工选择的可能;而第2个位点三个群体则都处于平衡状态.进一步利用生物信息学软件分析GH基因的5''侧翼序列,发现在其多态位点处存在IA-1、PIT-1、Gsh-2、C/EBP等多个分值较高的转录因子结合位点,其中264位T→C的突变导致PIT-1和Gsh-2结合位点的消失,至于这些位点是否会影响到GH基因的表达,进而影响到山羊个体的生长发育还需作进一步的研究.     

牛亚科5个群体β-Lg基因PCR-RFLP分析

应用PCR-PFLP技术,分析荷斯坦奶牛、鲁西黄牛、闽南黄牛、渤海黑牛和青海牦牛5个群体741头个体β-乳球蛋白（β-Lg）基因第4外显子和β-Lg 5′侧翼区2个基因座的多态性。结果表明：前4个群体β-Lg A、B基因频率分别为0.4125/0.5875、0.1419/0.8581、0.0333/0.9667和0.1857/0.8143,β-Lg 5′侧翼区A、B基因频率分别为0.412 5/0.5875、0.7286/0.2714、0.7328/0.2672和0.8637/0.1364;牦牛β-Lg B和E基因频率为0.0732/0.9269,未发现其他等位基因。适合性检验表明：β-Lg第4外显子在荷斯坦奶牛、鲁西黄牛和渤海黑牛3个群体中已达Hardy-Weinberg平衡状态,而闽南黄牛未达到平衡状态;β-Lg 5′侧翼区位点荷斯坦奶牛群体接近平衡,其余群体均已达平衡。群体遗传学分析表明：除闽南黄牛β-Lg 5′侧翼区为低度多态外,2个位点在其余群体内均为中度多态,荷斯坦奶牛这2个位点的杂合度和期望杂合度最高,闽南黄牛最低。提示这一研究成果为开展地方遗传资源保护奠定了基础。     

西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区多态性分析

根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物，用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现，在西农萨能奶山羊群体中，PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam I消化后，表现出3种基因型。等位基因A，B的频率分别为0．91和0．09，3种基因型AA，AB，BB的频率分别为0．821，0．179和0．000。经检验，在所研究的群体中，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

4个牛群体MSTN基因第1外显子单核苷酸多态性分析

以肌生成抑制素(MSTN)为候选基因,采用PCR-SSCP技术检测了该基因第一外显子在皖东牛、皖南牛、和牛和西门塔尔牛4个群体中的多态性。通过SNP检测,发现MSTN基因外显子1的267碱基发生A→G的同义突变,在所检测牛群中存在3种基因型(AA、GG、AG),A等位基因为优势基因。该位点在4个牛群体中均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛、皖南牛和和牛处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),西门塔尔牛处于哈代-温伯格不平衡状态(P0.05)。     

中国5个牛种leptin基因外显子3的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。     

猪催乳素受体基因3′-UTR多态性及其与产仔性能的关联分析

通过研究PRLR基因多态性与母猪产仔性能的关系,为该基因在标记辅助选择中的应用提供依据。采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪5个品种(系)共计323个个体PRLR基因3′-UTR的多态性.并采用单变量动物模型,分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因3′- UTR存在多态性,在所研究的群体中检测到A、B两个等位基因和AA、AB、BB三种基因型。在马身猪和山西白猪中,A等位基因占优势,频率分别为0.97和0.88;而在大白猪、长白猪和山西黑猪中,A、B两个等位基因的频率基本相似,分布在0.47～0.53之间。PRLR基因3′-UTR多态位点对母猪产仔性能无显著影响(P>0.05),不同基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数均没有显著差异,但均表现出AB>AA>BB的趋势。     

苏淮猪BMP7基因3′-UTR多态性分析

[目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考.[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;池DNA测序筛选苏淮猪B...     

马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区PCR-SSCP多态性分析

[目的]为探明马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区的多态性。[方法]以蒙古马4个地方类型、三河马和英纯血马共270匹马为研究对象,从马的基因组DNA中扩增IGF-Ⅰ基因3′侧翼区序列,并对其进行PCR-SSCP分析。[结果]通过PCR-SSCP分析检测到AA、BB和AB 3种基因型,基因型频率计算结果显示,所选研究对象除锡尼河马(XN)和巴尔虎马(BH)之外,基因型分布均符合"哈代-温格伯定律"。[结论]IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区存在多态性位点,可能影响马的生长发育机制。该研究对提高马的生产性能,促进马产业的发展具有重要的理论和现实意义。     

3个绵羊群体BMPR-IB基因多态性与产羔数的相关分析

[目的]为解决多胎肉用绵羊杂交育种技术的关键问题提供依据。[方法]以BMPR-IB基因作为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测其在萨福克羊、小尾寒羊及萨寒F1代杂交羊中的多态性分布,分析其与产羔数的相关性。[结果]在萨福克绵羊中只有1种基因型野生型(++);在小尾寒羊中检测到3种基因型纯合突变型(BB)、杂合突变型(B+)和野生型(++),基因型频率分别为0.14、0.80和0.06。在萨寒杂交绵羊中,检测到2种基因型(B+和++),基因型频率分别为0.99和0.01。3种绵羊的产羔数差异极显著,萨寒杂交羊的多羔率和平均产羔率均明显高于纯种萨福克羊。[结论]BMPR-IB基因的遗传方式符合孟德尔遗传规律。利用小尾寒羊对萨福克羊的繁殖性能进行杂交改良是有效可行的。     

牛MyoG基因单核苷酸多态性分析

以皖东牛和广丰牛共128头牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测牛MyoG基因的多态性。结果表明,在牛MyoG基因的外显子466碱基处发生G>C突变,检测到AA和AB 2种基因型,该位点的突变未引起氨基酸序列的变化。在皖东牛群体中AA基因型频率为23.66%,AB基因型频率为76.34%;在广丰牛群体中AA基因型频率为17.24%,AB基因型频率为82.76%。皖东牛的多态信息含量(PIC)为0.3606,广丰牛为0.3702,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);广丰牛处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。     

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析.结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon 16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型.3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875.基...     

GPAT／AIRC基因对白耳鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

以GPAT/AIRC基因为侯选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对GPAT基因外显子2,AIRC基因外显子8进行SNPs检测.结果各发现了一个单核苷酸多态性位点.各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:GPAT基因外显子2中AA型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于AB型和BB型个体,AB型个体也稍高于BB型,但差异不显著;AIRC基因外显子8中CG型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于GG型和CC型个体,GG型个体的胸肌肌苷酸含量也显著地高于CC型.两个基因的单倍型对IMP含量也有显著的影响:单倍型为AACG的个体比单倍型为BBCC的个体高1.006mg/g,单倍型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应.因此,可以利用该单倍型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择.     

6个牛品种在FSHR基因位点的遗传关系及其多态对双胎性状的标记

用PCR-RFLP技术,对秦川牛、中国荷斯坦牛、晋南牛、南阳牛、延边牛、中国西门塔尔牛6个牛品种176个个体的促卵泡素受体(FSHR)基因5′端进行多态性分析,4种内切酶对PCR产物的单酶切结果发现,Pst ,Sin 和Hae 3种内切酶的酶切产物均为单态,而Taq 的酶切产物出现多态性,表现为3种基因型(AA,BB,AB),品种间基因频率和基因型频率均有较大差异。对3个有单双胎记录牛的品种分析发现,秦川牛双胎母牛的等位基因A(0.5500)及基因型AA(0.5000)的频率高于单胎母牛(A:0.3500,AA:0.3000);而荷斯坦牛双胎母牛的等位基因B(0.5937)及基因型BB(0.6875)的频率均高于单胎母牛(B:0.5416,BB:0.4167),在后代中有同样的趋势;在中国西门塔尔牛的双胎母牛、随机母牛及种公牛3种类群中,双胎母牛和种公牛的等位基因B(0.5909,0.5417)和杂合子基因型AB(0.8182,0.9167)的频率高于随机母牛(B:0.3182;AB:0.4546)。根据Nei氏标准遗传距离聚类分析,表现为西门塔尔牛和延边牛首先聚在一起,然后晋南牛、秦川牛、荷斯坦牛、南阳牛依次加入。     

中国4个牛品种LHX4基因的多态性及遗传效应研究

利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对秦川牛、南阳牛、郏县红牛和中国荷斯坦牛（共计817个个体）的LHX4基因外显子5及其两侧部分内含子序列进行多态性分析,并结合南阳牛的生长指标,分析不同基因型的遗传效应。新发现3处单核苷酸突变位点,分别是NW₀01493443:g.42757G>A、NW₀01493443:g.42768A>G和NW₀01493443:g.42917T>C,并因此形成AA、AB和BB 3种基因型。4个牛群体中,AA基因型的频率分别为0.766 2、0.771 70、.723 4和0.891 3。群体间的χ2检验结果揭示,不同牛品种的基因型频率差异不显著（P>0.05）。南阳牛群体中不同基因型个体与生长指标间的相关性分析结果显示,AA基因型个体的6月龄体质量显著大于其他基因型个体（P<0.05）,暗示该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。     

4个绒山羊群体i<>KAP13-1基因的遗传多态性分析

【目的】对中国河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和陇东绒山羊4个绒山羊群体KAP13-1基因的遗传特征进行分析,为揭示绒山羊遗传特征和生产利用提供基础数据。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测河西绒山羊、内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊及陇东绒山羊(共721只)KAP13-1基因的多态性。同时基于DA遗传距离用UP-GMA法进行聚类分析,以明确各群体间的遗传关系。【结果】基因组DNA扩增后得到491bp的扩增产物,经SSCP分析,从4个绒山羊群体KAP13-1基因中共发现6种基因型,4个等位基因中存在5个变异位点,这些多态位点主要为点突变,且均处于编码区,其中转换位点3个(占60%),颠换位点2个(占40%)。在170和197位分别发生了T→G、C→G的错义突变,导致氨基酸分别由Leu、Thr变为Arg、Ser。该基因在河西绒山羊与陇东绒山羊中均存在4个等位基因,而内蒙古绒山羊未检测到C和D等位基因,辽宁绒山羊未检测到D等位基因。聚类结果显示,河西绒山羊与陇东绒山羊之间的遗传距离较小,在系统发生树中聚为一支,辽宁绒山羊与内蒙古绒山羊聚为一支。【结论】KAP13-1基因在4个绒山羊群体中呈中度多态,群体间存在差异。生态学作用对4个绒山羊品种的进化过程有一定的影响。     

5个绵羊群体的BMPR-IB基因多态性分析

选择骨形态发生蛋白受体IB基因(BMPR-IB)作为一种侯选基因.采用PCR-RFLP方法检测其在杜泊绵羊、湖羊、小尾寒羊及杜湖、杜寒杂交F1代群体中的多态性分布规律.结果显示:在杜泊绵羊中只存在1种基因型,即野生型( );在湖羊和小尾寒羊中检测到两种基因型,纯合突变型(BB)和杂合突变型(B );湖羊中BB、B 基因型频率分别为0.909和0.091,小尾寒羊中BB、B 基因型频率分别为0.563和0.437;在杜湖和杜寒杂交绵羊中发现两种基因型(B 和 ),杜湖羊B 和 基因型频率分别为0.875和0.125;杜寒羊B 和 基因型频率分别为0.786和0.214.BMPR-IB分子标记可作为一种新颖的辅助技术用于评估杜泊绵羊与湖羊或小尾寒羊杂交后代的繁殖力.     

鲁西牛ANGPTL6基因的3个多态位点与其生长性状的关联性分析

【目的】揭示鲁西牛ANGPTL6 (angiopoietin-like protein 6)基因的遗传变异特征,发现与鲁西牛生长性状显著相关的候选分子标记,为鲁西牛分子育种积累基础资料。【方法】以183头鲁西牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-RFLP等技术检测ANGPTL6基因的序列变异。【结果】检测到鲁西牛ANGPTL6基因内含子中3个新的SNPs。χ2检验表明这3个多态位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。遗传变异特征分析显示,T2359C 和 G3258T位点属于中度多态性,C2403A位点属于低度多态性。连锁不平衡和单倍型分析表明,鲁西牛ANGPTL6基因3个多态位点之间为弱连锁,单倍型TCG（野生型）属于优势单倍型（频率为44.3%）。方差分析表明,单个的SNP和不同SNPs之间的组合均与鲁西牛生长性状有着显著或极显著的关联,杂合型个体的生长性状指标均高于纯合型个体。【结论】鲁西牛ANGPTL6基因的3个SNPs与其生长性状显著相关,并且杂合基因型个体明显优于纯合基因型个体,此结果可以应用于鲁西牛的分子育种实践。     

鸭LXRα基因3′-UTR多态对生长和肉质性状的影响

肝X受体α（LXRα）在动物生命代谢活动中起着重要的调控作用,对动物的生长和肉质有重要影响。采用PCR-SSCP法和DNA直接测序相结合检测LXRα基因3′-UTR多态,并分析其多态性对鸭生长和肉质性状的影响。结果发现,3′-UTR存在1396 C>G突变,三穗鸭和兴义鸭群体中产生3种基因型CC、CG和GG,樱桃谷鸭群体中仅检测到CC基因型;关联分析结果显示,1396 C>G突变对鸭的胸深、胫长和胸肌剪切力值有显著影响,G等位基因是生长性状的有利等位基因,可能作为提高鸭生长性状的一个标记性辅助选择位点。