口蹄疫病毒Akesu／O／58株结构蛋白基区的克隆和细胞受体结合位点初探

将Akesu／O／58口蹄疫病毒分离株牛舌皮毒适应乳鼠，通过RT—PCR法分别获得了该病毒结构蛋白基因vp1和p1。结果表明：vp1和p1基因分别为639bp和2208bp，与Akesu／O／58细胞适应株FMDV的vp1和声1基因核苷酸序列的同源性分别为83．9％和84．7％，氨基酸序列的同源性为89．7％和95．1％。本试验分离株与OHK99、O1K、Taiwan97病毒株的细胞受体结合位点均为RGD（Arg-Gly-Asp），而Akesu／O／58细胞适应株的细胞受体结合位点为SGD（Ser-Gly-Asp）。     

持续感染黄牛体内口蹄疫病毒抗原性和血清中和特性分析

以口蹄疫病毒O/Akesu/58毒株感染黄牛获得口蹄疫病毒持续带毒动物,定期分离黄牛食道/咽喉部黏性液体（O/P液）和血清,研究病毒分离毒株抗原基因变异及其血清中和特性,从基因水平和血清学方面研究口蹄疫病毒持续感染分离株的抗原变异性。用RT-PCR扩增分离株抗原基因VP1,分析VP1基因变异情况;用微量血清中和试验检测了口蹄疫病毒持续感染血清与对应动物分离毒株的中和特性,并用液相阻断ELISA方法检测了口蹄疫病毒持续感染血清的抗体水平变化,并对其相关性进行了分析。结果发现所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,没有碱基缺失或插入现象;与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%。持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有2个位点造成氨基酸突变（I 56→T、A 210→E）;而持续感染分离毒株有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换突变;同时证实不同时间分离株与对应血清都能相互中和,且中和作用能力随着时间延续呈下降趋势,最低为1∶80,具有较强的中和能力,这与LPB-ELISA检测结果基本一致。这说明口蹄疫病毒持续感染分离株抗原变异不显著,没有变异到动物自身血清不能识别的程度,而且分离毒株与自身动物血清具有较强的中和特性;在持续感染过程中,动物血清保持高水平抗体滴度,且持续感染毒株的分离与否与抗体水平没有显著相关性。     

禽流感病毒A/chicken/Mudanjiang/0823/2000(H9N2)株NP及M1基因的克隆及序列分析

参照已发表的A型禽流感核蛋白(NP)、基质蛋白(M1)基因序列及其基因组特性,设计合成了一条通用反转录引物和两对特异性引物,采用RT-PCR法,成功克隆了禽流感病毒国内分离株A/chicken/Mudanjiang/0823/2000(H9N2)株的NP、M1基因.序列测定结果为NP基因cDNA全长1497bp,编码498个氨基酸.M1基因cDNA全长759bp,编码252个氨基酸.将其序列与数株A型流感病毒(H9N2)NP及M1基因序列进行比较,NP基因同源性为90.51%～98.46%,氨基酸序列同源性为95.38%～98.59%.M1基因同源性为90.78%～97.36%,氨基酸序列同源性为95.63%～99.60%.     

口蹄疫病毒3ABC基因的克隆与测序

参考 Gen Bank中发表的猪源 O型口蹄疫病毒 3 ABC的基因序列 ,设计一对特异引物 ,以猪源 FMDV/ O/ CC株基因组 RNA为模板 ,RT-PCR扩增 3 ABC基因 ,并克隆到 p MD1 8-T载体中。测序结果显示 ,FMDV/ O/ CC株 3 ABC基因 c DNA长 1 2 81 bp,编码为 42 7个氨基酸残基组成的多肽。核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。     

鸡新城疫病毒新疆分离株F基因遗传进化分析

对2株分离自新疆乌鲁木齐市的鸡源新城疫病毒F基因进行了扩增、序列测定和分析.结果显示,该2株新城疫病毒F基因核苷酸序列长度分别为1586 bp和1654 bp,分别编码520和545个氨基酸；氨基酸裂解位点的序列均为112R-R-Q-K-R-F117,具备了基因Ⅶ型强毒株的特征；同源性分析表明,该2株新城疫病毒分离株与...     

口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定.结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142 nt,开放读码框(ORF)长6 969 nt、编码2 322 aa,5'UTR长1 004 nt,3'UTR长93 nt,3'UTR之后为23nt的poly(A)尾巴.应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析.结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415-499位连续缺失85 nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失.其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注.     

蛋鸡输卵管积液中新城疫强毒的分离鉴定与分子特征

从病鸡输卵管积液中分离了一株新城疫病毒(命名为SHY06),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间和1日龄雏鸡脑内致病指数分别为52 h和2.0,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征.根据F基因(1-374 bp)对SHY06和19个NDV参考毒株进行基因分型结果表明SHY06属于基因Ⅶ型.F基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为97.5%～99.5%,与基因Ⅸ型NDV(F48E9等)同源性为91.7%～92.4%,与基因Ⅱ型(疫苗株LaSota等)同源性为89.2%. HN基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与近年来分离株同源性较高,为92.1%～99.7%,与疫苗株(LaSota)和标准强毒株(F48E9)同源性较低,分别为87.6%和89.9%.     

鸡新城疫病毒内蒙古地方株F基因遗传变异分析

将3株新城疫病毒(NDV)内蒙分离株纯化培养后,提取病毒RNA,经RT-PCR扩增F基因,并测定出F基因的全部核苷酸序列为1662bp,编码有554个氨基酸残基。与国内外发表的部分NDV的F基因核苷酸序列进行比较,结果表明这3株分离株核苷酸同源性分别为97.5%,97.9%和98.0%,与标准毒株F48E9的同源性分别为85.8%,86.4%和86.8%,与长春、河北、山东、广东、广西、浙江、韩国等地的NDV的同源性在96.3%~98.8%之间。并且这3株分离株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,具有典型的强毒株裂解位点的特点。     

6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

野鸭源新城疫病毒的分离及其F基因的克隆与序列分析

用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。     

口蹄疫病毒vp1基因的克隆与植物双元表达载体的构建

通过RT．PCR法获得阿克苏（Akesu／O／58）FMDV结构蛋白基因vp1，将该基因克隆到pGEM．TEasy载体进行核苷酸序列测定。将vp1基因、Kozak序列等插入中间表达质粒pBin438，构建重组中间表达载体pBinVP1。采用三亲融合法构建植物双元表达载体pBinFMDV-vP1。结果表明：vp1基因为639bp。重组中间表达载体pBinVP1经BamHI／Sal I双酶切、PCR扩增和序列测定，表明vp1基因、Kozak序列等插入pBinVP1中。在含50mg／L卡那霉素、25mg／L链霉素和50mg／L利福平的YEB培养基上筛选及对融合农杆菌质粒进行vp1基因的PCR检测，证明植物双元表达载体pBinFMDV-vP1构建正确。     

口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析

本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV) Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础.从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定.结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099 bp;5'NCR长1040 bp,开放阅读框长6966 bp;3'NCR长93 bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构.通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30 bp的缺失.另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ 4个毒株为同一基因型.     

FMDV结构基因P1的克隆与植物双元表达载体的构建

通过RT-PCR法获得阿克苏(Akesu/O/58)FMDV结构基因P1,将该基因克隆到pGEM-T Easy载体进行核苷酸序列测定。将P1基因、Kozak序列等插入中间表达质粒pB in438,构建重组中间表达载体pB inP1。采用三亲融合法构建植物双元表达载体pB inFMDV-P1。结果表明:P1基因为2 208 bp。重组中间表达载体pB inP1经BamHⅠ/SalⅠ双酶切、PCR扩增和序列测定,表明P1基因、Kozak序列等已插入pB inP1。在含50mg/L卡那霉素、25 mg/L链霉素和50 mg/L利福平的YEB培养基上筛选及对融合农杆菌质粒进行P1基因的PCR检测,证明植物双元表达载体pB inFMDV-P1构建正确。     

A群猪轮状病毒JS株vp7基因序列分析

根据已发表的猪轮状病毒OSU毒株vp7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计一对特异引物,以猪轮状病毒JS毒株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1000 bp目的片段。将其进行T-A克隆、序列测定和分析。结果表明,vp7基因全长1062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与已知的15个毒株vp7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,同源性分别为74.5%～78.5%和75.2%～83.1%,核苷酸系统发育进化树结果表明,JS毒株与轮状病毒G9型参考毒株ICB2185、O-1亲缘关系较近,分为一个群,表明JS毒株血清型为G9型。目前,我国尚未见猪及其它动物轮状病毒G9型流行株的报道。     

表达FAdV-8b Fiber蛋白重组FAdV-4的构建与鉴定

为了构建能够同时防控鸡肝炎-心包积液综合征(HHS)和包涵体肝炎(IBH)的新型疫苗,本研究利用禽腺病毒4型(FAdV-4)中国流行株CH/HNJZ/2015的反向遗传操作技术,将禽腺病毒8b型(FAdV-8b)中国流行株的全长Fiber基因插入至FAdV-4基因组中1 966 bp自然缺失区,构建感染性克隆并拯救出重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b,利用PCR、Western blot和间接免疫荧光试验对重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b进行鉴定。结果表明,FAdV-8b的Fiber基因得以准确插入,Fiber蛋白正确并稳定表达,重组病毒rHNJZ-Fiber/FAdV8b具有良好的遗传稳定性,在细胞中具有与亲本毒株相似的高滴度生长特性和复制动态。本研究构建的表达FAdV-8b中国流行株Fiber基因的重组FAdV-4将为同时研发HHS和IBH的有效疫苗提供新的思路。     

From rabies to rabies-related viruses

Antigenic differences between rabies virus strains characterized with monoclonal antibodies presently define at least four serotypes within the Lyssavirus genus of the Rhabdoviridae family: classical rabies virus strains (serotype 1), Lagos bat virus (serotype 2), Mokola virus (serotype 3) and Duvenhage virus (serotype 4). The wide distribution of rabies-related virus strains (serotypes 2, 3 and 4) and above all, the weak protection conferred by rabies vaccines against some of them (principally Mokola virus) necessitates the development of new specific vaccines. We first determined the complete nucleotide sequence of a rabies virus strain of serotype 1 (Pasteur virus) and characterized the structure of the viral genes and their regulatory sequences. We then extended this study to the Mokola virus genome. Five non-overlapping open reading frames were found in both viruses and had similar sizes and positions in both. Similarities were also found in the mRNA start and stop sequences and at the genomic extremities. Comparison of both genomes helps to analyze the basis of the particular antigenicity of these two serotypes. The sequence homology in the region coding for the viral glycoprotein was only 58% between the two viruses, compared with 94% between different rabies virus strains within serotype 1. This comparison, extended to other unsegmented negative strand RNA viruses, gives new insight into the understanding of rhabdoviruses and paramyxoviruses. Furthermore, molecular cloning provides a rationale for the genetic engineering of a future vaccine.     

表达O型口蹄疫病毒P1-2A-3C基因的山羊痘病毒弱毒株的构建及筛选

为构建和筛选表达O型口蹄疫病毒P1-2A-3C基因的山羊痘病毒弱毒株,用已构建的口蹄疫病毒O/Chi-na99毒株的EGFP-P7.5-P1-2A-3C基因整体通过平末端连接到KpnⅠ酶切后的线性载体pUC119-TK中,得到重组载体pUC119-TK-EGFP-P7.5-P1-2A-3C。重组载体通过缺失的TK基因与羊痘病毒弱毒株在BHK-21细胞中同源重组,用EGFP作为标记筛选出重组毒株,并进行PCR鉴定、抗原捕获ELISA试验检测及Western blot分析。结果显示该重组弱毒株能在1~10代BHK-21细胞中稳定传代,扩增出约3000bp片段,并经测序确证为基因P1-2A-3C;抗原捕获ELISA试验检测均为阳性;Western blot分析表明转移载体pUC119-TK-EGFP-P7.5-P1-2A-3C在感染的GTPV AV41BHK-21细胞中表达的蛋白可被O型FMDV高免血清特异性识别,并具有反应原性。这些结果表明获得了表达O型口蹄疫病毒P1-2A-3C基因的重组山羊痘弱毒株。     

禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(LPAI-H5N2)株HA全基因克隆与序列分析

为进一步分析禽流感病毒(AIV)H5N2分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表H5亚型禽流感HA基因序列设计了1对引物,采用RT-PCR技术,以禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(D96)RNA为模板,扩增了HA全基因并进行核苷酸同源性比较,氨基酸编码分析,绘制系统发育进化树。结果表明,扩增片段长1737个核苷酸,包含了完整的HA基因的开放阅读框架,与Genbank已发表的H5N1和H5N2分离株的HA基因序列比较,发现与国内H5N1分离株同源性较低,只有80%左右,而与H5N2各株序列具有很高的同源性,最高达97.5%,印证了AIV基因组8个片段间频繁的重组及AIV高变异性的特点。推导的氨基酸序列分析表明,HA蛋白裂解位点上游丢失了4个连续碱性氨基酸(R-R-R-K),裂解位点处氨基酸序列为E-T-R,仅包含一个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病性毒株的特征,证明为低致病性毒株。其HA推导后氨基酸序列与H5N1AIV的同源性接近90%,以其研究的疫苗,可以有效抵御我国流行的H5亚型AIV病毒的感染,同时因为是弱毒株,以其研制的疫苗具有更好的安全性,也更符合公共卫生学的要求。     

口蹄疫病毒3ABC绿色荧光蛋白载体构建及表达

将O型口蹄疫病毒Akesu／58株适应细胞培养。用RT—PCR技术从适应细胞株中克隆了3ABC基因,将其克隆入pGEM-T载体,测序鉴定。然后将目的基因与线性化的绿色荧光蛋白（PEGFPNl）栽体连接筛选阳性质粒命名为PEGFPN1-3ABC。将阳性质粒转入JM109大肠埃希茵增殖。提取PEGFPN1—3ABC质粒转染入BHK细胞,在荧光显微镜下直接观察表达结果。